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高厚德认为，在看待燕大的去留问题时，应该更多地考虑到燕大所追求的最高理想是为中国人民谋福利，而不是单纯为某一个政治势力或某一种政府服务。由于“在人类生活中有许多基本的利益和要求，而政治关系只是其中的一个”，所以燕大必须留在北平，为华北的年轻人提供受教育的机会。高厚德不同意司徒雷登把是否自由视为燕大去留的最重要因素。他认为真理和献身才更具有价值，基督教精神要高于燕大精神，而为人类献身要比为国家献身更具有意义。他甚至希望司徒雷登扩大教育项目，接纳日本学生和日本教师。
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高厚德的一番话令司徒雷登有茅塞顿开之感，之前他只是觉得在美日没有处于战争状态的情况下，北大、清华等几所一流大学的南迁给日本占领区留下了一个高等教育空白，而没有想到在此之上还有着如此丰富的含义。正如他在后来写给托事部的信中所说的那样：“坦白地说，这一年对我们来说是实验性的一年，但已经形成了一种充满希望和建设性的一年，这就是：燕京的方针十分简单明确，我们将尽可能地友好和合作，避免一切不必要的刺激或者误解，除非我们的原则遭到侵犯。如果发生这种情况，我们将选择关闭学校并且承担后果……正处于战争之中的两个国家必须设法找到一种一起生存的方式。军事的胜利并不是最终的解决……我们现在正在探索一种可能的方式，看看是否能把日本人不断增长的影响引导到教学人员和课程方面……这将会充实我们的学术，扩大国际视野，为应该已经开始的复原和重建进程作出贡献。”
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而司徒雷登之所以坚持把燕大留在北平，除以上因素之外，还在于当时的国民政府也希望燕大能继续在北平办学，以便为华北广大青年提供一片自由求学的净土。据冰心回忆，因为不愿滞留在沦陷区，他们夫妇两人选择去大后方，但冰心当时怀有身孕，所以延至1938年才离开燕园。在他们向司徒雷登辞行的时候，司徒雷登再三挽留，并说他曾到过武汉，见了国民政府的教育部长陈立夫。陈立夫再三敦嘱他说：“燕大一定要在华北坚持下去。”
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实际上，燕京大学留在北平，也确实为沦陷区的“学生免受奴化教育提供了一片绿洲”。红学家周汝昌先生生前曾经向笔者如此口述当年他考入燕京大学的情况：
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燕京大学：1919-1952
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周汝昌在燕京大学的毕业证书。
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燕京大学：1919-1952
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陆志韦给周汝昌开的证明。
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燕京大学：1919-1952 1936年，我考入了天津南开中学高中，那里是闻名遐迩的南开大学的发祥地。我读高二那年，七七事变爆发了，自那以后，半亡国的生活经历就开始了。那时候，天津所有的教育部门都被伪华北政府控制，我是坚决不入那种学校去读书的，但是我还想考大学，就找了一个法国教会学校，考了那所学校的插班生。1939年秋天，我毕业考入燕京大学。为了什么选择了燕京呢？那年暑假我到北平拣选学校，只有燕京大学不受敌伪政权控制。说起来你们这代人大概不能了解，爱国在我们那一代的青年来说不是一个空洞的口号，对于一个爱国的青年来说，是宁死也不进敌伪学校的。
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查阅当年的《燕京新闻》，燕大学生注册人数在经历了1937年秋季的下降以后，逐年迅速增加：1937年9月，燕大注册学生人数仅为499人，至1938年底，在校学生已达945名，比上年秋季入学时几乎增加了一倍，为历年之冠。学生中以河北以及平、津三地学生居多，占50％。到1939年秋季，燕大在校生达到978人。1940年6月10日，司徒雷登主持召开了有32人出席的校务委员会，专门研究学校根据需求扩大招生规模的问题，针对在校学生增加而引起的一些学习和生活上的问题，会议确定要“以积极的态度应对”。到1941年秋季，燕京大学报到注册的学生更是达到了前所未有的1157人，其中男生810人，女生347人。“一个非常自然而又十分引人注目的结果，就是学生地方来源的变化。来自河北、山东和东北地区的学生不断增加，而来自广东和福建这些遥远省份的学生占了大多数。”
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尽管纽约在1937年7月19日收到的一封电报中说“校园迄今很平静”，但是实际上，日本人对于作为“抗日堡垒”的燕京大学一直虎视眈眈。就在纽约收到电报9天后的一个清晨，日本人轰炸了燕京校园附近的一个兵营，把司徒雷登从睡梦中惊醒，后来他在回忆录中说：“那是我第一次见到空袭，真是一次可怕的经历。校园里人人惊恐万状，连最荒诞的谣言亦信以为真。”而处于军事控制线另一边，在距北平75英里的清西陵度假的燕大教职员班美丽、韦尔巽和赵承信为了返回燕园，不得不乘火车到达广州，再从那里前往香港，又乘坐海轮抵达天津，再从天津坐火车到北平——为前往75英里外的目的地要旅行大约2000英里。
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为了应对新的环境，燕京大学再一次对自身进行了调整。在日本人占领华北以前，在校董会6月的会议上，担任了许多年校董会主席的孔祥熙被选为燕京校长，在他缺席时则由陆志韦代理，但是在日本人占领北平之后，作为中国国民政府的最高领导人之一，孔祥熙的身份显然不可能让他再担任一个处于日本控制区的大学的校长。陆志韦也感到，无论担任代理校长还是校长，他的身份都不合适。司徒雷登再次出任了校长。
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燕京大学：1919-1952 [:1704754222]
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燕京大学：1919-1952 二、校园里的战场
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迫于压力，司徒雷登不得不在校园里取缔公开的抗日活动，并且要求学生会停止活动。为了防止日伪钻学校的空子，司徒雷登还以校长办公处的名义公布了《学生生活条例》：
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（一）学生宿舍、食堂之管理，概由庶务处斋务股与女部办公室分别负责，但学生对于膳宿事宜如有建议，可推举代表向学生生活辅导委员会申述，于可能范围内，尽量采纳。
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（二）学生在校，无事不得离校外出，如因有事必须出校时，男生必须在斋务股登记，女生必须在女部办公室登记。登记时应填具体出校事由，以及出校目的地，以及出校返校时间等。
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（三）学生食堂，由学校尽量改善，学生尤宜合作，不得有殴打厨役或摔砸碗盘等不法举动。
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