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至于日本人提出的允许日本学生进入燕大的要求，司徒雷登“巧妙地应付，同意日本学生报考，一视同仁”，“结果一个也没有录取。日本人提出疑问，就拿出试卷给他们看，日本学生都是特别派来的，学历知识不够标准，英语、智力测验等各门考卷，得分很低，因而落选”。
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司徒雷登一方面与日本人虚与委蛇，另一方面则暗地里支持燕大师生的抗日行为，前文所提到的学生生活辅导委员会护送学生去解放区或大后方即为一例。如今依然健在的侯仁之先生曾经向笔者如此回忆当年的情况：
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1940年6月，我完成硕士学业后，已经决定留校任教，并开始备课。司徒雷登找我，把我叫到他办公室，他说：“侯仁之，你在学校已经八年之久，对学校情况了解，现在学生在日本宪兵的包围之下有很多问题，必须要解决，你在学校这么久了，和学生来往很多，希望你除了教课之外，兼做学生生活辅导科的科长。”我一看，我不愿意干这个行政工作，书呆子愿意教书，开两门课压力够大的了，我怎么办呢？我说想一想，然后找我的老师洪煨莲，他想一想说：“这个一定要做，这是爱国的事情，帮助同学成长的事情，一个人不行，日本宪兵就在西苑，那个头叫花田，老到学校来捣乱。”洪老师接着说，“在燕京大学的中外教室中有个德高望重的人叫夏仁德，一个美国人。我给你考虑，你不要（一）个人做干事，组织（一个）委员会，请一个美国的教授来做主席，你做他的秘书，让文、理、化三学各进一个人，年轻的教师，组成一个学生生活辅导委员会。”我就回去告诉了司徒雷登，他完全同意，然后就成立一个委员会，夏仁德那个美国教授是主席，我是副主席。那时经常有些学生因为思想问题来找我，最后发现一些学生有的愿意到内地去抗战，到国民党，有的要参加八路军，可是他们严格要求，我做不了主，这时候有一个燕京大学的学生从延安回来，他是我的好朋友，一二·九学生运动负责人之一，陈絜，他从延安回来就来到燕京大学，名义上做我老师的研究生，实际上做地下工作。他说你这个任务很重要，发现学生谁有激进的思想要参加抗战去解放区，你想办法告诉我，我说行。之后我们俩一起去找了司徒雷登，司徒雷登对我们的想法完全同意，并且让陈絜一起负责。随后，陈絜告诉我，我们俩之间要进行“单线”联系。
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从1940年冬天到1941年夏天，经陈絜的安排，然后我具体联系，从燕京大学到解放区的学生共有三批，十来个人。前两批先是从学校走着出发，走小路翻过西山到妙峰山下萧克的司令部所在地，然后进入解放区。第三批先坐火车到磁县，然后再从磁县步行转入西山原定的目的地。当时要走的同学都各人随手带一点吃的东西，打扮成要去野外郊游的样子，接到出发的通知后立即动身。在路上，为了保证安全，必须要等带路的人来接。陈絜叮嘱我一定要在出发的前一个晚上再通知要走的学生。当时还不止一次地推迟了出发的时间，因为带路的人不能按时到。
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最后一次决定第二天就要走的那个晚上，临熄灯前，我告诉那些要走的同学：“明天早上八点钟，在学校机器房照例鸣汽笛的时候，准时到达前去颐和园中途的挂甲屯村，在那里就会看到有个农民装束的老乡迎面走来，就可以问他：‘老乡，去圆明园怎么走？’如果他回答说：‘我们是同路的。’那就证明是带路人。他答完话后就转向路北一条石板道，顺着达园的西墙向圆明园走去，这时就要隔开一定的距离跟着他，一直到进圆明园。”现在那条石板道已经被起走，不在了。我记得还有一个女学生叫吴寿贞，她直接找到我，要求去解放区。我当时很惊讶，因为当时要去解放区的学生都是通过内部联系才会找到我的，吴寿贞是怎么知道的呢？后来吴寿贞在去解放区的过程中被日本人打死了，这是经我联系送往解放区唯一牺牲的一个学生。
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燕京大学：1919-1952
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抗战初期日军尚未进入燕大，中国共产党利用燕大的特殊环境，把贝公楼后的下水井作为秘密联络点，传送情报和贮运军事器材。
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燕京大学：1919-1952 在珍珠港事件之前，燕大师生甚至还曾经和日本人有过一次短兵相接。1940年2月，燕京大学研究生、物理系助教冯树功骑自行车从外回校时，被一辆日本军车轧死。消息传到学校后，群情激愤，纷纷提出要日本军方严惩肇事凶手。燕京大学当即向占领军提出抗议。随后，研究生同学会干事蓝铁年在院长陆志韦的同意之下，写了一份哀启，号召全校师生参加追悼会。追悼会由陆志韦主持，司徒雷登也参加了。据当年的学生蓝铁年等人回忆，在日本军官在场的情况下：
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他（指陆志韦）面色阴沉，头深深地垂下，脸上的肌肉在抽动。大礼堂一片肃静。突然，陆先生用嘶哑的声音讲道：“我……我讲不出话来！因为我这里（这时他以拳捶胸）好像有一块大石头，压得我喘不过气来！但是我相信，不仅是我，在座的每一个人都会感受到同样的压力！”这时台下鸦雀无声，人们似乎都只能听到自己的心跳。接着陆先生又说：“……看到最近校内发表了冯树功的近作，再知道他与我同样都是新诗爱好者，我和他原应结识为朋友，不幸发生了如此的祸事，使我今生再也无缘和他谈谈新诗了。”他说着，声音哽塞，热泪盈眶。接着他又说：“死者有一颗善良的心。他追求真、美、善，但是他却被假、丑、恶给毁灭了！……他向往美好的境界，向往正义、友谊和幸福，他得到的却是黑暗、不义和残忍！……死者不能复生，我们生者决不能忘记死者！永远永远不能忘记！”人群中的饮泣声突然爆发成一片大声的哭泣！接着，陆先生面向那日本军官冷颜正气地说：“我觉得当今世界上弥漫着一股貌似强大的势力，正在控制着你们，压迫着我们，正是这股势力夺走了我们年轻轻的冯先生的生命……”但那日本军官搪塞两句后，留下100元钱扬长而去。这时，人群中充满的饮泣声，突然爆发成一片大声的哭泣！
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一年之后，珍珠港事件爆发。
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燕京大学：1919-1952 三、燕园被封
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夏威夷时间1941年12月7日（星期日）早晨7点55分，或者北平时间12月8日（星期一）凌晨1时55分，日本出动了350余架次的轰炸机，对美国海军太平洋舰队司令部的所在地——夏威夷瓦胡岛的珍珠港海军基地进行了轮番轰炸。由于毫无防备，在不到两小时的时间里，太平洋舰队死伤3400多名官兵，损失了300多架战斗机和21艘战舰，几乎全军覆没。太平洋战争全面爆发。
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司徒雷登对美日之间发生战争似乎早有预感。1940年冬天，司徒雷登到上海开会，特意召见一群已经离开沦陷区的燕大学生。据当年的学生杨富森《偷渡新黄河》一文回忆，司徒雷登告诉他们，他此次南来，正是与美国驻华代表们会商分析目前的国际局势。他们一致相信，美日之间的冲突已经尖锐到极端，太平洋上战云密布，一触即发。如果真的不幸言中，那么燕京大学便要经历“最后一课”的不幸局面。“我们的校园也许会被迫封闭”，“但是我们的学校绝对不能因此而停办。恐怕不久的将来，整个燕大师生将步你们的后尘而离校出走”。在谈话中，司徒雷登回顾了过去三年的情况：燕大虽然处于敌伪的双重压力之下，但是燕大师生都能忍辱负重、洁身自好，无苟安之心，而存报国之念。但目前的局势已经酝酿着巨变，美国的旗帜恐怕不能久悬于燕园的上空，因此他表示：“我们师生也应当贡献自己，参与这次史无前例的伟大的爱国救亡运动。我们恐怕要效法过去北大、清华、南开师生的先例，奔向自由，准备长期的作战。”
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然而在1941年的12月8日，燕大却不得不面临严峻的历史时刻：这天清晨，一队鬼子骑兵迎着北平初冬的朝阳，从西苑疾驰东去，飞奔燕京大学。转眼，校园被严密封锁起来。据陈嘉祥回忆，9点，宪兵队长荒木把学生集合到礼堂，严厉宣布：“日本现在正式接管燕京大学，学生听从处理，不准有任何反抗。”日本人要求“学生必须离开校园；除了列入逮捕名单的人外，中国教职员在找到其他工作前可以留在校园内；西方人则必须全部集中在燕南园”。此时距离燕大得知珍珠港事件的消息，不过仅仅一小时。
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当天傍晚，学校宿舍楼门口贴出通告：“夜晚禁止出入，以免危险。”“显然是根据事先做好的计划”，几个著名的中国教职员当天就被捕。后来又逮捕了其他几人，使被捕人数达到15人(1)，其中包括4个院长、总务主任、注册主任、校务长助理和其他几名系主任和教授。同时有11名学生(2)也被捕。在狱中，日军发给被捕学生的《燕京大学抗日容疑取调询问》调查表表明，日本对于燕大的抗日活动早已察觉，被捕的学生被问到如下8个问题：（一）个人之普遍思想，对美思想，对日思想；（二）学校援蒋抗日策动；（三）学校抗日教育；（四）学校亲美教育；（五）对共产党及其外廓团队之认识及关系；（六）与共产军之联系；（七）学校内之抗日团体；（八）其他。
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亲眼目睹了这一过程的文彬如事后有一段极为生动的回忆：
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8日晨我去穆楼上课，教室里只有李家骥和另两位38班的女同学。她俩神色抑郁，语调低沉，不时叹息。我纳闷地问了一声：“快上课了，怎么来的人这样少？”李家骥未及答话，那位女同学开口了：“还上课，日本人和美国打起来了。你看！”我顺着她的指向，看见西校门果然有两个日本兵持枪把守。
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我信步走向贝公楼，一进门就看见一群日本兵匆忙地进入各个办公室，搬动一摞摞的文件。这时我想退出来，又怕欲进又出引起日本人的疑心，无奈只好硬着头皮装着若无其事的样子，稳步穿过正厅走出贝公楼。正厅上站着一个日本军官，没有好气地对着鸟居龙藏教授，鸟居耷拉着头，时而抬起应对几句，旋又垂下。
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当日10时许，日本人通知全校师生在贝公楼集合，一个日本军官讲话，身边站着一个翻译，军官讲日语，译者译成蹩脚的英语，讲了些什么，现在想不起来了，只记得最要害的是句：“If you… you are in danger of shooting.”翻译是日本人自己带的。