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在此之前，陆志韦已经明确表达了燕大不南迁的决定。1948年春天，陆志韦的老朋友胡适及胡夫人偕一位美国老人来到了他们家。陆志韦自然知道这位长者兼老友的意图，未等老朋友开口就让儿子陆卓明带领胡适去游燕园。陆卓明多年后回忆道：
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胡先生忙说：“燕园早游够了，你带他（指美国老人）去吧。”我带美国人在校园里慢慢走了一圈，回到燕东园时，胡适夫妇已在我家院门外告别。胡先生说：“这次回来（从南京官场回来）只有四天，特地来看看你，明天就走，不知以后何时再见。”他的语气并不高兴，父亲也板着脸。母亲调和说：“你们一见面就吵，分别还要吵！”他们走后，父亲叹口气说：“他也劝我走啊！”
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在对待国共两党的态度上，陆志韦远没有他的搭档司徒雷登那样左右逢源。早在抗战之前，陆志韦就曾经婉言谢绝国民党要他参加庐山会议的邀请，战后的庐山会议虽然没有再邀请陆参加，但是在会后依然送给陆一枚“胜利勋章”。据陆卓明回忆：
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他在家中楼上收到这个奖牌，就把它抛到楼下说：“把国家搞成这个样子，还发这种东西？！”
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陆卓明还回忆道：
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一位燕大校友在近年回忆说：校长在海淀区的一个座谈会上引用当时的顺口溜来表达民情——“处处不留爷，爷去投八路”。1947年美国特使魏德迈邀请他座谈中国国事，他在会后给魏德迈写信说：“中国的希望在于共产党。”并赞同共产党提出的联合政府。
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而胜利在望的共产党对于燕大也表现出了极大的善意。1948年12月13日拂晓，东北野战军先头部队攻下沙河车站后，继续向西南方向前进。将近中午，当部队进入万寿山圆明园遗址之间的平川地带时突遭国民党军队的猛烈炮击。国民党军企图利用周围的名胜古迹和燕京、清华两座著名的学府作为掩护，阻挡解放军的前进。
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当天晚上，太原前线野战军截获阎锡山部队的一份谍报，中称：“今（元）午北平外围情况急转直下，傅军主力集结，调集城郊。清河、南口镇即有激战，清华大学落有炮弹，人心恐慌，空气极度紧张。”坐镇后方的毛泽东得知这一情况后，立即于12月15日凌晨2时亲笔批示，并以军委名义急电东北野战军司令员林彪、政委罗荣桓、参谋长刘亚楼和第十三兵团司令员程子华、参谋长黄志勇，电文指示：“请你们通知部队，注意保护清华、燕京等学校及名胜古迹等。”前方军队在接到电文命令后表示，在此地区作战不适用炮击，而只用步枪、刺刀。当天，解放军全部占领海淀，燕园被解放。毛泽东得知此消息非常高兴，又于12月17日下午6时以军委名义致电林彪等人：
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燕京大学：1919-1952
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1948年冬，北平解放前夕，中央军委主席毛泽东指示前线指战员关于保护清华、燕京等学校和市郊名胜古迹的电文。
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燕京大学：1919-1952 林、罗、刘，并告程、黄：（一）丰台、门头沟、石景山、长辛店系重要工业区，我五纵、十一纵正在此区作战，望令他们充分注意保护工业，其办法是一切原封不动，用原来的工人、职员、厂长、经理办事，我军只派员监督，派兵保护。（二）沙河、清河、海淀、西山系重要文化古迹区，对一切原来管理人员亦是原封不动，我军只派兵保护、派人联系，尤其注意与清华、燕京等大学教职员、学生联系，和他们共同商量如何在作战时减少损失。（三）……
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军委十七日十八时(2)
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尽管陆志韦明确表示了不走的态度，但据陆卓明回忆：
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今后究竟怎样走革命之路，燕园怎样迎接解放，父亲心中并不清楚。他在晚间从储藏室架上拿出叶剑英送给他的崭新的平装书《新民主主义论》和《论联合政府》读着，想着。两本书说的大原则谁都看得懂，但是具体到燕大该怎样，仍想不出个头绪。他自言自语地像是在问我，我自然更不懂。
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……
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在解放前夕，他还不知道怎么办才好。未名湖一湖秋水激荡地漫过了石拱桥下的闸板，前面却还有一段漫长曲折的路，一直到现在也还没有走到头。
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不过，这并不影响陆志韦在12月16日召开的全校教职员会议上告诉大家：“我们已经解放了。”也是在那次大会上，他对全校师生说：“这是个伟大的变革，是比中国历史上任何一次改朝换代或是革命都要伟大的变革。”当天的燕大西校门内张贴了以十三兵团政治部主任刘道生署名的安民布告，特别写明为了保持正常的教学工作，任何军人不得进入校园。第二天下午，刘道生还专门来到燕大为全体师生员工作报告。他谈了两个问题，一个是把革命进行到底，举农夫救活了冻僵的蛇反而被蛇咬死的希腊故事为例，提出不能怜惜毒蛇一样的敌人；另一个是要把美帝与美国人民分开。他说，美帝帮助国民党打内战，是我们的敌人，但是美国人民是我们的朋友。据当年听报告的燕大校友董天民回忆：“听报告的人数之多，是燕大历史上所罕见的，连地板上、门口外都坐满了人。”“他的讲话使许多人心明眼亮，消除了对党的疑虑。会后，校务长窦威廉等几位美国教授宴请了他。”
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在翻天覆地的时代，令陆志韦难以选择的，不是在国共两党之间的选择，而是要在中美之间做到平衡。由于担任燕大校长，陆志韦与燕园里的不少外籍教授成为挚友，与远在纽约的托事部也有诸多联系，而托事部也在密切关注着中国局势的发展。1948年2月，托事部给燕大总务长范天祥和文学院院长梅贻宝发来调查提纲，其中涉及以下几个问题：“如果铁幕一旦落下，基督教大学属于共产党怎么办？”“你想如何应付共产党政权？”“已经有多少明确的计划？什么计划？”“对共产党没来之前离校的人和共产党来了也不走的人，你们做好了什么准备？做了什么工作？”这些调查表明，远在纽约的托事部不仅密切注意中国局势的发展，而且由于意识形态的不同，他们对未来燕京大学的命运已经有了隐约的担忧。
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托事部是美国的民间组织，并不直接接受美政府的指令，但其受美政府影响则不言而喻，哈佛燕京学社在这一时期先是迁移到广州，然后迁回美国，这一享誉国际的学术机构在中国的历史宣告结束。尽管托事部不喜欢共产党，不过，即使在局势已经明朗的1948年12月，纽约托事部依然批准了校董会关于燕大应该继续留在当时校址内办学的决定，并且许诺继续予以支持。托事部之所以作出这样的决定，是因为对于陆志韦这样一个与美国人有深厚友谊的基督徒抱有希望。一位美国的朋友在1948年12月6日给陆志韦的信中这样写道：“未来的岁月对于你和大学将是艰苦的，但我相信你必定会迎接考验的……旧约的犹太预言，新约的基督教福音，都是诞生在悲剧里的。基督教的历史中，它的危难时期也是它的最坚强时期。”1949年1月24日，范天祥组织部分中外教师推举陆志韦为解放后的燕大校长，燕大董事会及托事部通过了这一决议；两天之后的1月26日，燕大早期的创建者之一艾德敷致信陆志韦：“我完全明白燕京现在面临的任务之重大，以及维持大学的基督教宗旨的重要意义。我高兴目前初步显示的前途是有希望的，我确信你对解决这个问题会有重要贡献。”
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不过，在美国人对陆志韦的殷切期望之中，也包含着一些微妙的差异。比较托事部发给西籍教授范天祥的调查提纲和美国朋友发给陆志韦的信，就会发现，调查提纲是托事部的正式公函，且涉及意识形态的探讨，而美国朋友写给陆志韦的信都是出于个人名义，仅是以个人感情来探讨把燕大的未来寄于陆志韦身上的可能。这也表明，就托事部层面来说，陆志韦尽管是校务委员会主席，但依然被排除在权力核心之外，而范天祥组织部分中外教员推选陆志韦担任校长，则很有可能是出自托事部的授意或者暗示。这表明，即使在运行了30年之后，在燕京大学内部，“中”“美”关系依然存在着一定程度的紧张，这一点在过去以司徒雷登为研究主体的著作中都被严重忽略了。正是因为这样的原因，令陆志韦在与之具有共同信仰的美国教会和与之意识形态截然不同的共产党之间选择了共产党。(3)这一点，在之后范天祥写给托事部的报告中显露得更为明显。
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陆志韦谢绝了托事部的任命之后，把此意告诉了范天祥。1949年1月27日，范天祥在写给托事部伊文思的信中报告了陆志韦对于托事部任命的态度，范天祥写道：“志韦说他想做真正的校长，而不是纽约托事部的幌子。”
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陆志韦这种态度，随着中共建政的临近和他受到中共礼遇的提高愈加坚定和强烈。早在北平解放前夕，毛泽东就曾致电未来的北京市领导彭真、叶剑英等，指出“尽管燕大是司徒办的学校，但是燕大教职员中左倾者不少，陆志韦态度也较民主，对燕京大学应采取保护政策”，指名道姓地突出了陆志韦的地位和作用。1949年3月25日，陆志韦又作为少数民主人士和高级知识分子的代表，被邀请到西郊机场迎接毛泽东和其他党政领导人。《陆志韦先生传略》一文这样描述道：“当看到他思慕已久的毛主席衣着朴素、和蔼可亲，对党外同志的热情态度，不禁肃然起敬，回到家中对夫人刘文瑞说，中国领导人的高大形象可亲可敬，庆幸中国获得新生。”