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《知新报》的出版，使维新派在南方拥有了自己的喉舌阵地。澳葡当局对不危害自己统治的活动并不多加干涉，因而言论尺度较为宽松。当康有为筹划上清帝第五书时，其中学习俄日的思想就由他的弟子欧榘甲在时论中先予透露，以试探各方反应，进行舆论造势。这份上清帝第五书最早也是由《知新报》刊出，并且加上颇为大胆的跋语：“此折因有偏安字样，为堂官所捺，格不上达。至其忧愤迫切，挽救危急，阅者自知，无待赘言。”116对当时广受讥评的中俄密约问题，《知新报》放言批评是“引虎入室，认贼作子，祸未有艾，人人寒心”，说密约一手促成者状元郎洪钧罪不能掩。这些直言无忌的言论在内地报纸上是无法见到的。
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由于《知新报》刊登了不少当时国内报刊所不敢刊登的文章，在当时独树一帜，深受知识界的欢迎，甚至远销日本、新加坡。国内许多省的开明官员也通饬省内官员、士绅订阅该报。广西巡抚史念祖就在饬令中说：
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兹有广东澳门，开设知新报馆，其叙例著于篇首，所录各国近事，皆照各国本文译出，至详且备，亟应随时阅看，以广见闻。……且广西地处边陲，向无报馆，闭塞耳目，殊非细故，又或一行作吏，无暇读书，或远宦荒隅，隔绝文献，欲通时事，其道无由，非阅斯报，何以开智识而资艺业？117
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杭州官员也要求下属州县购阅《知新报》和《时务报》，说两报互证参观，于论政论学，更有裨益。
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《知新报》虽受读者欢迎，但清廷不容报纸放言无忌。1897年6月，清廷下谕，称澳门《知新报》所记各事，语极狂悖，并试图通过澳葡当局进行干预。从中可以看出，当初吴樵、谭嗣同等人主张《知新报》不与《时务报》“粘连”是有远见的，否则，《时务报》必受牵累。
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戊戌政变发生后，维新派遭到残酷镇压。包括《知新报》经理康广仁在内的六君子惨遭杀害，康有为辗转逃至加拿大，梁启超躲进日本使馆后赴东洋。何穗田在这时展现了自己侠义的一面，他冒着危险，接待了梁启超父亲和妻儿，还把康有为的父亲接到澳门保护。一时间，澳门成为维新派人士的“诺亚方舟”。为了保护维新人士，《知新报》从第68册以后，重要论著不再署作者姓名，或用笔名、化名，并多录译者。报纸也用“本馆经理人葡国伯爵非难地”的名义出版，还在“本馆经理人谨启”中声明：与旧人无涉。在国内，维新派的报刊相继被封，唯独《知新报》在华南坚守阵地，孤军奋战，及时报告了北京政变的真相，歌颂了为维新变法死难的烈士。
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1900年，唐才常领导的自立军勤王起义失败，康党侵吞华侨捐款的内幕暴露，何穗田遂与康党疏远。直到1901年2月《知新报》才自动停刊，成为国内出版时间最长的维新派报刊。
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纸上的火焰：1815-1915年的报界与国运 汪梁之争的一地鸡毛
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当梁启超从广东省亲回来后，很快卷入到一起“一地鸡毛”的人事纠纷当中。在《时务报》工作的同门梁启勋（梁启超二弟）、韩云台向他抱怨汪康年在这段时间对他们多有不公，甚至连馆中的佣人都拿他们另眼相看。对于梁、韩的抱怨，梁启超在情绪上多少受到感染，他对汪康年的处置方式也有不同看法，在随后写给黄遵宪的信中对汪康年便有所抱怨。让他始料未及的是，这封信点燃了黄遵宪对汪康年的积压很久的不满情绪，他一直不主张汪康年一人揽权，在《时务报》创办之初就提出仿照西方的三权分立，将立法、行政分开，设立报馆董事会，但这样的制度建设并没有付诸实践。这次梁启超来信，黄遵宪旧事重提，在致汪康年的信中提议汪康年辞去《时务报》馆总（经）理的职务，改任董事，“公仍住沪照支薪水，其任在联络馆外之友，伺察馆中之事”118。黄提议由吴樵或康有为的门人龙泽厚担任总理。
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黄遵宪的提议实际上是一次借题发挥，不能摆上桌面的真实理由是他认为汪康年应酬太繁，不能全面处理馆中事务，故希望汪氏让出报馆总（经）理的位置，而利用自己的所长负责馆外联络应酬。黄遵宪对汪康年的不满其实是由两人生活方式上的不同造成的。汪康年作为传统文人，不免沾染名士风流的习气，素来认为办报“必须吃花酒，乃能广通声气，故每日常有半日在应酬中，一面吃酒，一面办事”119。汪氏的生活方式在朋辈中不乏批评者，邹代钧在写给汪康年的信中直言：
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闻公近来多花酒之学（西人认真做事者，断不讲此学），如不常在沪，偶一为之，固属不妨，既办报事，责任甚重，关系甚大，万不可花天酒地自娱。忙正事尚且不暇，何暇及此？120
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邹代钧的批评尚留余地，可偶一为之，黄遵宪留洋既久，对这种名士生活就难以容忍了，而且青楼酒馆都是高消费的场所，对报馆财务来说也是一笔不小的负担。
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汪康年
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梁启超致信黄遵宪本无如此深意，不过是想倾诉一下而已。但黄致汪的信则使问题骤然复杂化了。梁虽然对汪的一些举措不满意，但也还没有到要求换人的地步，在他看来，当时《时务报》馆的总（经）理还是非汪莫属。所以他抱怨黄的建议实在是“卤莽不通人情”，反而使自己在报馆中的处境更为尴尬。
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在汪康年眼里，黄遵宪的那封信很自然地被解读为是梁黄二人联手排挤自己。他回信黄遵宪予以反驳，自此衔恨在心，“在沪日日向同人诋排之，且遍腾书各省同志，攻击无所不至”121。黄、汪、梁的矛盾逐步公开化。
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黄、汪、梁的矛盾对于刚有起色的《时务报》极为不利，他们的一些共同朋友如谭嗣同、张元济、夏曾佑、吴德潚、邹代钧等得知此事后也万分焦急，纷纷劝说他们以大局为重，不要因正常的意见分歧而影响报馆的事务。
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在各方友人的劝说下，也正是出于对大局的考虑，梁启超主动与汪康年和解，他向汪解释说，这次矛盾之所以产生，主要是因为双方性格差异所致，相互之间又缺乏及时的沟通，至于黄遵宪的建议，也不应从消极及权力一层去分析，黄的建议就其本质而言，也是为了《时务报》未来的发展，有其合理成分在。他与汪康年共约，既然各自的意见都已讲明，此后当“誓灭意见”，为《时务报》的未来贡献各自的心智。
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然而，梁、汪的和解并没有维持多久，梁启超的文章再次拉爆观念之争的地雷。梁启超在此后所发表的文章中，一反《时务报》创办之初“不以所学入之报中”的承诺，而热衷于宣传康有为的“三世说”、“大同学”以及创立孔教的主张。这种转变可能与梁启超返粤之后与老师的接触有关，或是康有为的授意也未可知。但是，康有为的学说在当时并不为士林所接受，因而势必会引起学术上的争议，对维新同盟则会起离心作用。《时务报》馆中的康门中人称康有为为“教皇”，这种狂妄的说法更是引起了维新同志的反感。
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首先站出来大加反对的是古文经学干将章太炎，此时他也在报馆主持笔政。他始终不能认同康有为的今文经说，斥康氏学说为“粪球”，那些尊康有为为“圣人”的康门弟子好比一群屎壳郎在推滚粪球。这些话传到康门弟子耳中，学术之争则演绎为动作大片，一个叫梁作霖的康门弟子放出狠话说，以前在广东，也有个秀才诋毁康圣人，我们大庭广众之下痛揍了他一顿，今天再揍你们一顿！章太炎也不示弱，据说出手狠狠扇了梁启超一耳光。经此事件，倔强的章太炎愤然离开《时务报》。
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章太炎的离职本是学术之争的结果，但地域之争却因此而起。章和汪康年本是浙江同乡，梁启超等一众康门弟子则来自广东，习惯于联想的人开始纷传《时务报》馆“将尽逐浙人而用粤人”，报馆中人无形中划分出浙、粤两系，梁启超与汪康年之间的个人矛盾裹挟派系纠纷就无法拆解了。
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1897年8月，黄遵宪奉调署湖南按察使，路过上海的时候，与汪康年等人面谈，再次旧话重提主张设立《时务报》董事会。这个建议对《时务报》的长期发展是有利的，梁启超表示同意并劝说汪赞成，但此时的汪对黄的建议根本不予考虑，认为这是攘夺他的权力，他对梁启超说：“公度欲以其官稍大，捐钱稍多，而挠我权利，我故抗之，度彼如我何？”122
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黄、汪之间的冲突更加尖锐化了，这直接关系到《时务报》的前程，引起了各方友人的关注，他们纷纷劝说汪康年不必固执己见，认为黄的建议并非针对个人，黄对汪向来也没有贬斥之语，将办事之人与议事之人分开是“至当不易之论”。在多位共同朋友的劝说下，汪康年接受了黄的建议，成立了董事会。