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影响二语习得的内部因素主要包括语言、情感、认知、年龄、性别、策略等方面。20世纪80年代以前，对内部因素的研究主要集中于语言因素，此后则逐渐扩大到其他因素。
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（1）语言因素
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语言因素是指影响学习者二语习得的一语背景。学习者的一语背景会影响到他们语言迁移的规律，即语言迁移在何时发生，又在何时不发生；或者为什么该迁移时未迁移，而不该迁移时却迁移了等。涉及的问题主要是语言类型学方面的，包括“标记性”（markedness）和“距离”（distance）两大问题。
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标记性，指世界语言中的某些结构比其他结构更自然、更基本、更常见。那些比较普通的结构，叫做“无标记”（unmarked）结构，反之则是“有标记”结构。结构的标记性也是一个程度问题，“有标记”和“无标记”只是相对而言。因此，语言结构的标记性可以按其强弱排列为一个“可及性等级体系”（accessibility hierarchy）。标记性越强，则可及性越低。
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例如，有这样一个“关系小句可及性等级体系”（The Accessibility Hierarchy for Relative Clauses），包括6种关系代词功能（主语、直接宾语、间接宾语、介词宾语、所有格、比较宾语）。跟别的许多语言不同，英语允许全套的6种功能（见表1-2）。
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表1-2关系小句可及性等级体系
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（译自Ellis，1997）
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可及性等级体系具有蕴含性，即在某种具体语言中，排列次序较低的关系代词功能的存在，暗示着在它之上的所有代词功能的存在，但不暗示在它之下的代词功能的存在。例如，在表 1-2中，任何允许关系代词直接宾语功能存在的语言，必定允许其主语功能的存在，但可能不允许其间接宾语功能的存在。
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就语言习得而言，某种结构标记性越弱，甚至无标记，那就越容易习得。那么在二语习得中，一般的推论应该是，在习得次序方面，无标记结构先于有标记结构的习得；在语言迁移方面，学习者从其一语迁移无标记结构比迁移有标记结构的可能性大得多。
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一些研究发现（Ellis，1997），这个等级体系的确预示了关系小句的习得次序，也就是说，它预示了学习者在关系小句中犯偏误的频度：在带有主语代词的关系小句中所犯错误最少，在带有比较宾语功能的关系小句中所犯偏误最多。
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又如，从关系小句的位置来看，在像英语那样的语言中，一个关系小句可以附在主句结尾处：“The police have caught the man who bombed the hotel.”（警察抓住了炸旅馆的那个人。）或者也可以打断主句而嵌在主句当中：“The man who bombed the hotel has been caught by the police.”（炸旅馆的那个人被警察抓住了。）当英语学习者开始习得关系小句时，他们总是从第一种类型开始（Ellis，1997）。这是因为，第一种是无标记的，第二种则是有标记的。
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在汉语习得方面，王秀娟（2007）运用标记理论考察了“把”字句15种句式的标记性程度，提出了一个6等级假设。我们总结为表1-3：
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表1-3汉语“把”字句15种句式标记性等级表
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马超（2008）也根据标记理论，分析总结了前人关于外国留学生汉语复合趋向补语习得次序的研究，认为，在语义层面上，复合趋向补语的本义功能为无标记的，而引申义功能为有标记的；根据标记强度，可分为下列等级：
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趋向意义>结果意义>状态意义>其他意义。
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该研究还指出，经实证得知，就复合趋向补语而言，无标记形式或标记程度低的形式的习得要先于有标记形式或标记程度高的形式的习得。
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不过，标记性和习得次序的关系可能比人们想象的更复杂，因为习得次序与输入频度也有关系。也就是说，较早习得的形式也可能是由于它们的使用频率较高，而未必是由于标记程度低。
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艾利斯（Ellis，1997）指出，我们需要确定，正是标记性而不是某个其他因素决定了习得的次序。例如，学习者首先习得了英语关系代词的主语功能，可能不是因为它是最无标记的，而是因为它是输入中最高频的。为了检验究竟是标记性还是输入频度决定了习得次序，我们必须判定输入中分别是较低和较高频度的无标记的和有标记的结构。这可以分为四种情况：①常用而有标记的结构；②不常用而有标记的结构；③常用而无标记的结构；④不常用而无标记的结构。而最新完成的研究工作提示，学习者更可能先习得一种常用而有标记的结构，后习得不常用而无标记的结构，而不是相反。