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道光《华岳志·西岳庙图》上的鼓楼和钟楼
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在佛教寺院当中，则从北宋初期起，一直在持续着唐代以来的传统。例如，北宋前期人宋白曾描述国都开封城内著名的大相国寺云：“岳立正殿，翼舒长廊，左钟曰楼，右经曰藏。”〔117〕稍后穆修撰《亳州法相寺禅院钟记》，虽然没有提到经藏的情况，但却讲述该寺“警旦暮者，其缺惟钟”，为此特建楼于“殿南东偏，居钟于上”〔118〕。又如元代金陵的保宁禅寺，始建于孙吴时期，至“宋太平兴国中，赐额曰保宁，祥符六年，增建经、钟楼，观音殿，罗汉堂，水陆堂，东、西方丈，庄严盛丽”〔119〕，同样也是以钟楼与经楼对举。由于宋元时期流传下来有《禅苑清规》、《禅林备用清规》、《幻住庵清规》、《敕修百丈清规》，以及南宋末年日本来华僧侣彻通义介所绘《五山十刹图》等诸多比较系统的丛林制度文献，寺院规制，有章可寻，建筑史学者对比研究相关实例和遗迹后指出，这种东钟楼、西经藏的配置形式，一直持续到元朝末年，而鼓楼出现于寺院，“是明代寺院布局上的一个新要素，并形成了左钟楼右鼓楼对置的格局。对置于寺院前端两侧的钟鼓楼，构成了元代以后明清两代寺院最显著的特征与标志”〔120〕。
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明刻《海内奇观·普陀寺殿图》上的钟楼和鼓楼〔121〕
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有人论述佛教寺院的布局形式，以为从宋代起，在禅宗寺院里面就出现了比较固定的左钟右鼓制度，并逐渐推及全国，至明代乃终成定格。由于在大多数情况下，寺院山门都是南向而开，故所说左钟右鼓，实际上也就意味着东钟西鼓〔122〕。宋代尚有一些文人和僧侣，常常使用“晨钟暮鼓”、“朝钟暮鼓”以及“声钟击鼓”之类的词汇，来描摹寺院生活〔123〕，从而很容易给人以钟、鼓并重的印象。左钟右鼓之制施行于宋代寺院的说法，或许就是由此推衍而来。
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今案元《敕修百丈清规》记述宋元禅寺制度，列举寺内有大钟、僧堂钟、殿钟三种不同用途的佛钟，其具体区别如下：
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大钟。丛林号令资始也。晓击则破长夜，警睡眠；慕（暮）击则觉昏衢，疏冥昧。引杵宜缓，扬声欲长。凡三通，各三十六下，总一百八下，起止三下稍紧。鸣钟行者，想念偈云：“愿此钟声超法界，铁围幽暗悉皆闻。闻尘清净证圆通，一切众生成正觉。”仍称观世音菩萨名号，随号扣击，其利甚大。遇圣节、看经、上殿下殿、三八念诵、佛诞、成道、涅盘、建散楞严会、讽经、斋粥、过堂、人定时，各一十八下。如接送官员，住持尊宿，不以数限。库司主之。
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僧堂钟。凡集众则击之。遇住持每赴众入堂时，鸣七下；斋粥下堂时、放参时、旦望巡堂吃茶下床时，各三下〔住持或不赴堂，或在假，则不鸣〕。堂前念诵时，念佛一声，轻鸣一下，末叠一下。堂司主之。
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殿钟。住持朝慕（暮）行香时，鸣七下。凡集众生（升）殿，必与僧堂钟相应接击之。知殿主之。〔124〕
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明天启刊《金陵梵刹志》中的鸡鸣寺〔125〕
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文中规格最高的“大钟”，便是悬挂于钟楼之上，这种制度，一直被沿用到今天〔126〕。鼓的用途，同样也有很多区别：
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法鼓。凡住持上堂、小参、普说、入室并击之。击鼓之法：上堂时三通，……小参一通，普说五下，入室三下，皆当缓击。
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茶鼓。长击一通。侍司主之。
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斋鼓。三通，如上堂时，但节会稍促而已。
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普请鼓。长击一通。
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更鼓。早、晚平击三通。馀随更次击。库司主之。
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欲（浴）鼓。四通，次第候众击〔其详见知浴章〕。知浴主之。
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以上宜各有常度，母（毋）令失准。〔127〕
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两相比较，可以看出，虽然在清晓黄昏，钟鼓都有报时的功能，但无论这种报时的“更鼓”，还是“身份”最为尊显的“法鼓”，或者其他各种佛寺用鼓，其作用和地位，都远不足以与“大钟”相并比，特别是在阐扬佛理方面，这一“大钟”还独擅有超法界、破铁围、证圆通、成正觉的神圣功效。穆修在宋仁宗天圣初年亦曾讲述说，据释氏之言，此钟“叩之可以上极天界，下洞幽泉，导死者冥昧之魂，出地狱沉沦之苦，……非独用之节昏晓、戒食寝而已”〔128〕。盖当时善男信女，笃信佛祖说法，“撞钟一声，以示阿难及诸大众反观内照，得入理门”〔129〕，这一点正是当时的寺院仅建有钟楼而未尝专门兴修鼓楼的内在缘由〔130〕。
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在宋僧宗赜撰著的《禅苑清规》一书当中，与殿主、阁主、塔主、罗汉堂主、水陆堂主、真堂主一道并列有“钟头”一项名目，述其职事为“拂拭尘埃，列正供具，以时洒扫，庄饰香灯，参后展席，以待众人瞻礼”，实际上是分头打扫寺内各类“教务”房舍，“钟头”显然负责收拾钟楼（除此之外，在寺院铸钟时钟头也具体司职铸造事宜），可是却没有开列管理鼓楼清洁卫生的人员；又书中《训童行》一篇，一一论列各项僧人职事，也只训示“打钟行者，不得失时。常令洒扫，并斋时烧香礼拜，愿闻钟声，皆得解脱”，同样没有对应的“打鼓行者”〔131〕，这些情况正显示出当时的寺院还没有设置鼓楼。京兆府兴平县保宁寺的钟铭显示，在宋真宗时，这座寺院的钟头同时还身兼本寺“落室院主”〔132〕，这也从一个侧面反映出钟楼独有的重要地位。
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《五山十刹图》上的南宋杭州灵隐寺伽蓝配置形式
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虽然日本入宋僧侣《五山十刹图》中所描绘的各禅宗寺院布局形式，并不完全一致，有的甚至没有标绘钟楼（如明州天童寺），有的寺院是钟楼西与观音阁相对（如台州万年寺），但在设置钟楼的情况下，钟楼位居东侧，而且西侧绝没有鼓楼与之对应，这一点则是各个寺院共有的配置形式〔133〕，这也应该是当时各地伽蓝普遍奉行的通则。