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曹、朱的论文发表后，我受到猛烈的抨击。人们说文章投稿后六个月便刊登，时间太短，根本不够时间审稿。事实上，我早已有考虑。首先，出版界会将重要的文章及时发表，这是向来的做法。而且，我也问过几位几何流的专家，包括汉密尔顿和佩雷尔曼，邀请他们审稿，而他们都回绝了，不得已之下我才自己当了审稿人。事实上，除了上述两位外，我在这方面的认识比很多人深刻。而且我在哈佛听了朱熹平的讲课超过60小时，又细心看过文稿，并没有发现任何修补不了的问题，我把推荐发表的意见告知其他编委。我没有发现什么明显的错处，但也不能保证它百分百正确，事实上哪个人能保证？你只能说，经过详尽审视后，就我所知，此文正确。
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我接着把文章在学报编委之间传阅，看看有何反应，结果无人反对亦无其他意见，是以依照学报既定的程序，论文便被接受了。必须指出，这学报要求每篇刊登的论文，都必须经过全体编委的同意，这种做法比许多顶尖的数学期刊都来得严格。
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但种种解释不足以令批评者闭嘴，他们说我在编辑过程中走了快捷方式。2006年6月20日于北京，在我组织的弦理论会议中，我以庞加莱猜想为题做了演讲，这次又碰到麻烦。虽然佩雷尔曼曾说“在此文中，我们实现了汉密尔顿计划的一些详情”，他不止一次强调汉密尔顿工作的重要性，后来更坚持说汉密尔顿对庞加莱猜想的贡献和自己一样多。然而，听众中有些人觉得我过于看重汉密尔顿的基础性工作。
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有些人对这个差不多一小时长的演讲中的两句话特别感到不快。我说：“在佩雷尔曼的文章中，很多关键的想法只有勾画或简说，而完整的证明却往往付之阙如。最近曹怀东和朱熹平的文章……首次给出庞加莱猜想完整详细的证明。”我想第一句是无可置疑的，佩雷尔曼的想法也许是对的，但他的证明太简洁了，细节都找不到。对第二句话，回想起来，我应该在用词上更为小心。我不怀疑曹、朱二人的论文是正式刊登的“详细说明”。但这文章，还有克莱纳—洛特和摩根—田的文章是否“完整”，似乎尚有可议之处。我从未讲过，也不以为，曹、朱的文章超越了佩雷尔曼的工作——他们的贡献在于补全佩雷尔曼没有写出来的东西。虽然他们的工作是介绍性的，但也很重要。赞扬曹、朱二人把证明严格地写出来之余，我也在激励中国的研究人员要大着胆子，敢于和数学前沿中的重要问题拼搏。
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中国的数学需要推一把。提升中国的数学水平是我一向的宗旨，这是先父的教导，老师陈省身也秉持同样的宗旨。在这件事上，我的勉励发挥了作用。曹、朱尽了最大的努力，他们热切地（也可说是成功地）弄清了整个证明。有时也不免有所怀疑，我的讲话招致了反弹，后者其实是一种情绪，即中国人在数学世界中仍然是二等公民，故此不要把自己放在世界的前列。
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曹、朱的论文开始后不久，有若干页重复了克莱纳—洛特的论证而没有标注，这是不幸的错误。他们解释说是因为在一整年的工作中，笔记当中有一项具体的证明，即有限的距离意味着有限的曲率，其实来自克莱纳—洛特的文稿。这个疏忽虽不经意，却引发很大的尴尬。作为学报的编辑，这些过失也受到非议。几个月后，学报刊登了曹、朱的道歉，正式鸣谢克莱纳和洛特的工作。
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2006年8月28日，我再次受到攻击，而且比以前都来得严重。《纽约客》杂志刊登了西尔维娅·娜萨（Sylvia Nasar）和戴维·格鲁伯（David Gruber）合著的文章《多重的命运》（Manifold Destiny）。娜萨是数学家约翰·纳什（John Nash）的传记《美丽心灵》（A Beautiful Mind）一书的作者，我曾花了不少时间和她在一起。而另一位作者格鲁伯毕业于哥伦比亚大学新闻系，当时在罗格斯大学攻读海洋学，我没有怎样跟他接触。我和娜萨相处融洽，甚至答应她的要求，安排她去北京参加我组织的弦理论会议，并且介绍那里的数学家和物理学家和她相识。在她的文章出来之前，我一直不知她葫芦里卖的是什么药。
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娜萨的文章的架构是惯见的：佩雷尔曼是英雄，为理想奋斗，视名利如粪土。而这高贵灵魂的对手是个卑鄙坏人，一心想事事阻挠他。这角色由在下扮演，奈何我并无机会在这角色扮演的课题上提出异议。
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文章前面的一幅漫画就足以说明一切：画中我尝试抢去佩雷尔曼颈上的菲尔兹奖。这插画令人啼笑皆非，理由不止一个。首先，我已拿过菲尔兹奖，在过去超过八十年的历史中，从来没有人拿过多于一次奖，而我也肯定不会再次拿奖（其实也不可能，这奖只颁给四十岁以下的人，而我当时已五十多岁）。此外，我亦非往自己脸上贴金，汉密尔顿曾提议在一篇里奇流的关键性论文中把我列为合作者。我在感谢他的好意之余，婉拒了提议。而2006年佩雷尔曼获得菲尔兹奖时，我曾恭贺他并说这是实至名归的，这都可见诸公开的记录。
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正如汉密尔顿同年作证道：“丘不只没有窃取佩雷尔曼的功劳，他还颂扬他的工作，并且和我一样支持他拿菲尔兹奖。”顺便一提，佩雷尔曼并没有出席2006年8月在马德里的颁奖仪式。根据官方的赞词，他的获奖是因“他在几何学和里奇流中的分析和几何结构的革命性洞见”，这里见不到庞加莱猜想一词。事实上，他2002年和2003年的文章中都没有明显地提到这猜想。
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我对《纽约客》文章中的其他论述也甚感不快，很多根本并非事实。他们攻击我在卡拉比猜想和卡拉比—丘流形中多拿了功劳，纵使卡拉比曾亲口说过，是丘给他太多功劳了。
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《多重的命运》宣称陈省身先生想在北京主办国际数学家大会，我却在最后关头要把它弄到香港去。这样的说法错误不止一处。从一开始，我就是第一个提议在中国召开国际数学家大会的人。剑桥大学的约翰·科茨从1986—1994年是国际数学联合会执行委员会的成员，他可以肯定我于1988年左右正式向执委会写信，提出在北京召开大会的。科茨说：“我记得很清楚，回信是我草拟的。”
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其实一开始时，陈省身先生就对很多人表示，他对在北京召开数学大会一事不感兴趣，经过我和郑绍远的游说，才勉强同意。郑绍远当时是香港数学学会的副会长，他能证明我从来没有试图把大会移师香港。所有有关的传闻都是凭空捏造出来的，正如科茨所说，“文章说的都是没有根据的小道消息，消息的来源也不明”。
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《纽约客》又说，“很多数学家”都担心我搞的阴谋诡计会使整个数学界蒙污，又引用格里菲思的讲话：“权术、权力和操控在我们的圈子内并无立足之地，这些东西损害了整个数学界的良知。”这种离奇的讲法，正出自一个热衷于玩弄手段的数学家。维尔弗里德·施密德是格里菲思的弟子，虽然他一直很感谢其师，但也在一封为我辩护的信中，指出了这个讲法的可笑之处。他写道，“娜萨应当知道格里菲思在数学界的影响力”，他曾当过国际数学联合会的秘书、高等研究院的院长和杜克大学的教务长。他继续说：“和格里菲思不同，丘从来没有谋取具有影响力的行政职务。”
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《纽约客》还把我描画成一个恶霸，并引中文报纸中的一篇文章为证，说我曾抨击弟子田刚在“某中国大学几个月内收取了巨额酬劳”。杂志称田刚是我“最出色的学生”，本人对此不敢认同。它又把田刚描写为谨遵古训“尊师重道”的人。但是，我们这一行的人大都知道，我们之间尊师爱徒两者皆不闻久矣。
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跟田刚失和，主因是当时有大学推行一项我强烈反对的政策，而他却为这政策打开决口，先拔头筹，结果弄得一发不可收拾。根据《科学》杂志2006年的一篇文章所说，某几所中国的大学“设置了百万元教授的职衔，年薪达12.5万美元，在中国这是天文数字”。文章形容我这位弟子站在“席卷中国学术界的风暴的中心，田是这个可争议现象的主要个案，出生于中国而在海外全职工作的研究人员，在其祖国短期工作而获取巨大的报酬”。
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12.5万美元，约合近百万元人民币，这是当时中国国内顶级大学教授薪酬的十倍。其实，早在《科学》的文章前，我已知悉田刚在普林斯顿收取薪金的同时，在国内拿着优厚的津贴。其他海外的中国数学家步其后尘，纷纷在国外担任全职的同时，在国内大学收取高额的薪酬。
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我是首批公开抨击这种做法的人，反对的理由有好几个。首先，在中国当教授，薪金非常低微，当时研究生的每月津贴也只是大约五十美元而已，教授和研究生的资助都亟须改善。我大声疾呼，特别因为田刚是我门人，必须讲清楚我不会接受这类行为。
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差不多同时，中国也开始了“千人计划”，花大量金钱，吸引西方的知名学者到中国的大学访问，以提高大学的地位。可是有些访问学者把钱放进了口袋，却没有付出时间和精力。事实上，制度经常被滥用了。曾有学者既在美国全职工作，同时又在中国三处任职，本土教授的薪酬却如此低。反观本人从未在主持的数学中心中拿过一分钱，《纽约客》上的这篇号称揭露“庞加莱真相”的文章把我描写成一个坏人，真不知从何说起。
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最后，杂志还指我的事业每况愈下，说“丘上一次比较重要的工作，已是十年以前的了”。这论断把我近年来在弦理论中包括镜像猜想、SYZ猜想和斯特鲁明格方程式等可说是重要的工作，还有在广义相对论和其他领域的努力，都通通抹杀了。可喜的是，这些工作得到同行的首肯。2010年我因在几何分析中，把“偏微分方程、几何和数学物理以崭新的方法共冶一炉”获颁沃尔夫奖（Wolf Prize），也许可以说明，我在行内的地位，并未因四年前《纽约客》的描述而受损。
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纵使如此，这篇十八页长的文章，基本上丑化本人，神化佩雷尔曼，这种做法令人费解。读对自己作品的劣评固然令人难受，但是看到有意丑化自己事业和生平的文章更觉惊讶，尤其是那些评语如此明显地不公，兼且错误连篇。摆在目前的问题，是如何做出最佳的反击。
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能不能告杂志诽谤，我跟波士顿的一位顶级律师谈过。他觉得这是有胜算的，但会拖很久，起码要拖一年以上；就算最后赢了，也不能肯定能得到什么。虽然名誉受损令我不快，但最后决定恢复名誉的方法不在法庭，而在课堂、书房之中。我应当把此事抛诸脑后，法律上的缠斗只会适得其反。
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这时又想到了父亲提过的《礼记》上的故事，它发生在公元前五百年，是我有记忆以来最早听过的故事。有个名叫黔敖的富人在路上派发食物赈济饥民，他对其中一人呼喝道：“嗟！来食。”那人宁可挨饿也不要他的施舍。黔敖后来找到他，跟他赔罪，但那人依然拒绝救济，不久便饿死了。
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这个故事的教训，据我的了解，是人必须活得有尊严，同时也不可侮慢别人。这一课我学得很好，五十多年后还记得很清楚。小时候对这故事不大理解，现在回想起来才惊觉它对我的影响，在人生不同的时刻，我都会想起这故事。
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这当然包括娜萨文章里面的负评。但和《礼记》中这个饥民不一样，他受到冒犯却不反抗，而我则不会受损而退缩，我不会受到“全美最优秀的杂志”抹黑后默然不语。保护自己是人的天性，我不会让别人动我分毫的。
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