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《岩间圣母》被送到德意志，可能解释了它最终为何出现在卢浮宫。卢浮宫馆藏的一些列奥纳多的作品是他本人于1516年带到法国的，但没有迹象表明其中包括《岩间圣母》。这幅画可能是随着哈布斯堡家族的收藏品一同于1528年或更晚被转移到法国的。当时马克西米利安的孙女埃莱奥诺拉嫁给了弗朗索瓦一世，使画作最终出现在卢浮宫。1625年时，这幅画一定在法国，卡西亚诺·德尔·波佐那时在枫丹白露看到过它。
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这一理论为这幅画的第二个版本，即伦敦版提供了一个特定的创作原因：这是一幅为圣灵感孕兄弟会而作的复制品，以替代送给皇帝的那幅。按照这种说法，伦敦版可能是1493年至1499年间的某个时候开始创作的，即列奥纳多离开米兰时；而后来1503年至1508年的诉讼中提到的画应该也指的是这一幅，而非巴黎版。藏于温莎城堡的一幅美丽的红色粉笔婴儿侧脸画像也支持了上述推测的时间，这幅画中的婴儿与伦敦版中的幼儿基督姿势相同，并且其画风也是列奥纳多在15世纪90年代中期时的典型绘画风格。 21
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《岩间圣母》是列奥纳多最神秘的画作之一。观看这幅画，我们的眼睛会立刻被前景中几只手非凡的芭蕾舞姿所吸引：圣母庇护圣子的手、天使伸出手指的手、圣子祝福的手。
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这幅画得名于其中的岩石景观，可能的先例有菲利皮诺·利比现藏于柏林的《基督诞生》（Nativity ），以及曼特尼亚作于15世纪60年代早期的《博士来朝》，后者是为曼图亚的贡扎加家族所绘。二者都想象基督诞生的地点是一个小岩洞。然而，列奥纳多的作品描绘了婴儿基督与婴儿圣约翰的相遇，传统上这二人的相遇发生于神圣家族逃出埃及时。（他们的相遇不见于圣经记载，而是出自伪经《圣雅各福音》。）岩石是荒野和沙漠的意象（后者在文艺复兴时期的意义是一个无人居住或被遗弃的地方）。 22 画中的静止场景暗含着一段故事：这家人一路奔波，而现在他们在休息，天色渐晚，他们将会在这个条件恶劣但能提供庇护的洞穴过夜。我前文曾提到，《大西洋古抄本》中那段写于1480年左右的引人入胜的短文以洞穴为主题，《岩间圣母》恰恰展示了在洞穴的幽暗处有一些“奇妙的东西”。当我们看着《岩间圣母》时，会感到恍然大悟，我们有点像那篇短文的叙述者，那个“在昏暗的岩石间徘徊了一段时间”的人，现在他停了下来，“我来到一个巨大的洞口前站了一会儿，被眼前新发现的这个地方震惊了……”。
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伦敦版《岩间圣母》中的幼儿基督和天使（左），以及圣子头部和肩部的红色粉笔素描。
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自然环境和其中所显露的宗教意象的相互作用，被一系列具有象征宗教属性的完美地实体化的野花所突显。在圣母头部右方的是耧斗菜，它更加广为人知的名字的意思是“圣灵的鸽子”。在她右手上方的是一种拉拉藤属的植物，我们在英文中常称之为“圣母的垫床草”，传统上与马槽联系在一起。婴儿基督的脚下是仙客来，其心形的叶子使之成为爱与虔诚的象征；在他膝盖旁边的是簇生的报春花，象征美德（就像在韦罗基奥的雕塑《手执花束的女子》中一样）。在跪着的圣约翰下面可以看到另一种十分常见的植物莨苕，传统上它被种在坟墓上，由于这种植物在春天很快长出有光泽的绿叶，因而被认为是复活的象征。画中的岩石上沿边缘长着金丝桃，或称“圣约翰花”，其黄色花瓣上的小红点象征着殉道的圣约翰的鲜血。 23 这些象征性的联想是画家和他们的有教养的观众所共享的视觉词汇的一部分，但这幅画的精确性和使人身临其境之感，也坚决地表明这些是真正的植物，而我们所看到的也是物质现实的自然——岩石、石头和植物——发生了属灵的变化。画面中央的人物是圣灵感孕兄弟会向其致敬的圣母，但她某种程度上也是自然的女性化身——“所有大师的女主人”——列奥纳多对她情有独钟。
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达·芬奇传：自由的心灵 逃离之路
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1485年，米兰正处于长达3年的黑死病疫情之中。列奥纳多在佛罗伦萨期间曾经历过黑死病疫情：1479年，佛罗伦萨曾爆发过黑死病，但短短几周后就平息了下来。米兰这次则严重得多。虽然可能有些夸大，但据估算，城市里约1/3的人口因此死亡。我们知道这幅景象：居民区惨遭蹂躏，空中弥漫着雾气，尸体被车运走并集体掩埋，教士们在布道坛上散布歇斯底里的言辞，人们忧心忡忡地检查身上的淋巴是否有肿块——这是感染的征兆。1485年3月16日，发生了日全食，人们认为这是不祥的预兆。列奥纳多通过一大张打孔的纸观看了日食，就像他在一则标题为《如何在不伤害眼睛的情况下观看日食》的简短笔记中所建议的那样。 24
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在这场流行病肆虐米兰的整个过程中，列奥纳多一直在创作《岩间圣母》：除了米兰提契诺门附近的德·普雷迪斯工作室，我们没有理由认为他在别的地方。我们知道，列奥纳多是一个很讲究的人，手指上有玫瑰水的香味，恶臭的气味、拥挤的人群和他们携带的传染病毒困扰着他，用他自己的话说：“人们像山羊一般聚在一起，一个挨着一个，每个角落都弥漫着恶臭，散播着瘟疫和死亡。” 25 但这幅画描绘了迷人的天地，所有这些都被排除在外：一个远离世间万物的凉爽岩洞，被赐予了荒野的祝福。
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大约在这个时期，他写下了一份药方——可能是治疗黑死病的秘方：
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取药用毒麦的种子
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棉花中的酒精
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一些白色天仙子
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一些起绒草
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乌头的种子和根
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将上述材料脱水。将它们的粉末和樟脑混在一起就做好了。 26
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黑死病的经历及其造成的紧迫感，使列奥纳多产生了最早的关于“理想城市”的形制和实践的构想。这是一个在文艺复兴时期十分流行的话题。阿尔贝蒂和菲拉雷特都曾讨论过这个话题，而在他们之前，伟大的罗马建筑师维特鲁威也讨论过；我们可以想象列奥纳多和他博学的朋友多纳托·布拉曼特就这个话题进行交谈的场景。他在1487年左右的笔记和画稿为我们展示了一座通风良好、用几何图形构建的未来城市，城市中有广场、凉廊、隧道和运河。（所谓的“未来”，是一种奇怪的死胡同意义上的未来，即在过去设想的未来。）这座未来城市建有两层：上层供人步行、社交，较为美观，与现代都市的“步行区”类似，而下层则建立在人工水道网络上，用来运送货物和牲畜，供商人和仓库使用，以及供他所谓的“普通”人居住。城市街道宽阔，房屋的高度得到了控制，烟囱高高地立在屋顶上排放烟尘。他建议在公共建筑中使用螺旋楼梯，因为方形楼梯有阴暗的角落，人们会在那里小便。改善卫生条件是他最关心的问题，无疑是为了应对黑死病。他也设想过理想的厕所，虽然不是像约翰·哈灵顿爵士在一个世纪后发明的那种冲水马桶，但也设备齐全：“厕所的座位应像修道院中的旋转栅门那样可以旋转，然后依靠平衡物使它回到原来的位置。厕所的天花板应有许多的孔，这样人们才能呼吸。” 27
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关于“理想城市”的笔记和草图。
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也是在这一时期，他再次将注意力转到人类飞行这一迷人的主题上：
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看看一只鹰如何拍击它的翅膀，在非常稀薄的空气中支撑它沉重的躯体……同样看看海面上流动的空气如何鼓满船帆，推动沉重的货船前行……所以，如果一个人拥有足够大的翅膀并被适当附着在身上，他或许就能克服空气阻力，征服空气，在其上飞翔。 28
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这段话之后是他对降落伞的描述和一幅相关草图：“如果有一张12布拉乔奥［3.66米］宽、12布拉乔奥长的覆有亚麻布的罩篷，一个人可以从任何高度跳下来并毫发无损。”这表明他现在正在认真考虑人类飞行的可能性，不然他为什么会思考降落伞呢？
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