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掌管开放口岸的官职另有安排。上海以南的开放口岸为南洋大臣，以北的口岸则为北洋大臣，前面提到的薛焕，他就曾被任命为南洋大臣，而李鸿章即为他的后任。南北洋大臣是皇帝特派出来执行任务的，不能看作是总理衙门派到地方上的人。两者都直属皇帝管辖，而不存在上司和部下的关系。这一体制，并不能把北京总理衙门的意向直接反映给开放口岸。
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即便如此，当初总理衙门之所以能够独当一面，是因为地方大臣专心于镇压内乱，而外国凡事都要通过总理衙门来进行交涉。因此，西方各国的期待，随着时间的流逝而未能得到回报。
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可以说，合作政策总体上发挥了作用，维持住了稳定。但是，它只持续了19世纪60年代的十年左右。天空开始乌云密布。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920561]
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教会案件的频发
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其中代表性的事例是教会的案件。它指的是对基督教徒，特别是教会进行袭击和迫害的事件。清朝已经在《南京条约》签订后，默许开放口岸的外国传教士可以进行布教活动，而这一次的《天津条约》正式承认了基督教的内地传教、华人的信仰自由等。以此为转折点，19世纪60年代无论是基督教还是天主教，传教士们大批涌入内地，与此同时也引起了华人的反感。
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对基督教最为反感的是各地的绅士和官僚们。当地的权势者信奉儒教精神，掌握了中间团体的绅士除了厌恶基督教男女平等这一观点以外，还不满传教士教唆改宗的华人教徒皈依基督教社团，脱离以往的中间集团。官僚极为不满的是，华人教徒顾忌外国人的条约特权，而不服从政府权力，特别是不服从审判的现象。反过来，对绅士和官僚深为不满的民众，则寻求外国人的庇护，从其横行霸道中来达到保全自己的目的。
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受到绅士的鼓动将破坏行动付诸实施的是百姓。感到基督教威胁到自己利益的人们，故意制造流言煽动排外情绪。例如说，孤儿院挖下儿童的眼珠当药用，吃他们身上的肉，忏悔的习俗是为了诱惑妇女，等等。对这些骚动，当地的行政大员大多采取睁一只眼闭一只眼的态度。
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就这样，从19世纪60年代后半期开始，教会案件有所增加。1900年之前，光是发展为外交上的纠纷的案件，就有大约400件之多。这些都是关系到条约权益的问题，外国不肯妥协和让步，而这些问题同时也是触碰到儒教、中间集团这一清末社会基本构成的问题。倘若外国不改变态度的话，绅士们也不肯就此作罢。因此，在双方的意识都改变之前，教会案件是绝不会停歇的。这种情况之下，发生了一件大事，就是1870年的天津教案。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920562]
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天津教案
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第二次鸦片战争后，天津对法国的敌对感情更加激化。原本这里就是与英法联军作战的战场，再加上传教士在此建设教堂并进行布教，引起了当地民众的反感。特别是孤儿院，成为众人怀疑的对象。附属于教会的孤儿院收留孤儿，并有礼金答谢，于是有人为了礼金而拐卖儿童，甚至有华人被处刑。收留孤儿越多，接受他们洗礼的人越多，作为布教的成果受到的评价就越高。孤儿死去时，临死之前给他们洗礼，并用基督教的仪式来埋葬。
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1870年，天津流行疫病，孤儿院有不少孩子病死。人们对孤儿院更加怀疑，引起骚动，甚至去挖死去孩子的坟墓。天津的地方官员面对这一情况，6月21日要求法国驻天津领事深入教会调查此事。与领事馆毗邻的教会创建于1869年，起名为“胜利的圣母”，就是现在闻名的望海楼教堂。
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法国领事丰大业勃然大怒，他前往管辖北方开放口岸的通商大臣崇厚处抗议，并当场开枪威胁，用佩刀猛敲桌子，于是引起了一场惨事。
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丰大业不顾崇厚的劝阻冲出门外，当时已经有很多群众围在外面。他们是在“火会”这一维持消防的中间集团的组织下聚集起来的。亢奋之中的丰大业在人群中发现了天津知县，向他开枪。子弹击中了知县的随员，此人当场死亡。愤慨不平的群众杀死了丰大业和他随行的秘书官，将尸体大卸八块。随后，他们又袭击了先前的教堂、修道院、孤儿院，以及法国领事馆和其他国家的教堂，烧杀抢掠。被杀死的法国人和其他受牵连的外国人达到20人，还有一倍之多的华人基督教徒在事件中丧生。
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当时被烧毁的望海楼教堂 （东京大学综合图书馆所藏，摘自亚历山大·米契《维多利亚时代在中国的英国人》）
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920563]
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事件的处理
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天津教案发展为重大的外交事件。不仅受到条约保护的传教活动受到侵害，普通的外国人甚至外交官也惨遭杀害。这是外国一方的说辞。此事也关联到清朝当地政府的官员，还出了人命。掌管包括天津在内的口岸通商的崇厚虽然也是当事人之一，但仅靠他的权限是无法收拾残局的。于是他提出请求，由管辖天津的长官来处理此事。
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管辖天津的地方长官是直隶总督。总督府位于内陆的保定，管辖的范围大致相当于今天的河北省。由于就在首都皇帝的眼皮底下，在为数不多的督抚当中，直隶总督是级别最高的。当时任此官职的便是曾国藩。迎来六十大寿的曾国藩本想告病休假，无奈碰到这种情况，只好带病领命。他给儿子们留下遗嘱后动身，7月8日抵达天津，开始搜查。
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另一方面，各国的公使一同向总理衙门施加压力。8月中旬，天津和山东半岛的口岸烟台聚集了法、英、意共15艘军舰。战争一触即发，局势空前紧张。
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祸不单行，这时南方也发生了惨案。8月22日，两江总督马新贻在南京遇刺。由此，清政府于同月29日任命曾国藩继任两江总督，由李鸿章继任直隶总督。9月18日，李鸿章到达天津。如果没有这次的人事任命，也许他的人生会是另外一番风景。
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之后，曾国藩也继续留在天津处理此事。10月上旬，判处21名人员死刑，将法国方面要求处刑的知府、知县流放，赔款白银21万两，给付抚恤金白银28万两，派遣崇厚前往巴黎谢罪，事态总算暂时平息。法国本土得知天津教案发生时，已经和普鲁士开始了普法战争，不久皇帝拿破仑三世下台，已经无力在远东地区挑起战争了。就这样，清朝终于逃过了一劫。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920564]
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师徒交替
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这项任务对曾国藩而言，是极其苛刻的。不仅是他带病在身的缘故，他的处境原本就很艰难。一言概之，即受到内外夹击，进退维艰。