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这意味着要修改已经签署的条约。尚未答应之前，对日本提出的这一要求，李鸿章的疑心更重。当然，他不打算和柳原进行修改条约的谈判。不过，在双方数次接触的过程中，清朝方面做出了补充说明，声称第二条并非是军事同盟，这才总算减少了欧美列强的猜疑。第二条虽然未被删除，日本政府判断其影响已经减弱，才最终批准了《中日修好条规》。外务卿副岛种臣来到天津，于1873年4月30日与北洋大臣李鸿章签署了条约。
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这么看来，《中日修好条规》终究不是为了建立日清之间平等的友好关系，或是进行合作的条约。反而是，当时已经存在的日清之间的矛盾均被包含其中，这种看法比较稳妥。在此之后，日清的互相猜疑不断加深，对立不断产生，也可以说是必然的结果吧。
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其中最重要的是，《中日修好条规》第一条对“所属邦土”的规定。它不过是利用了西方式的规定国际关系的条约这一形式，特别是反过来利用了它的约束力，来达到保全包括现有的属国在内的清朝的邦土罢了。李鸿章在谈判当中使用的这一手段，在处理与日本和西方各国之间的关系中成为一大争议点。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920575]
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从台湾出兵到琉球处分
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920576]
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琉球漂民事件与琉球
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《中日修好条规》签订后大约两个月，1871年11月30日，54名琉球宫古岛岛民漂流到台湾，遭到“生番”杀害，这就是所谓的“琉球漂民事件”。
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琉球自建国以来，就是明朝的朝贡国，即属国。到了清代也继续维持这一关系。直到17世纪初，琉球被萨摩藩征服。琉球这一微妙的地位，到了19世纪后半期，在与西方开始通交的日清之间成为问题。
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首先采取行动的是日本。琉球漂民事件发生后大概过了一年，琉球王国的维新庆贺使抵达东京，明治政府把琉球王国改为琉球藩，任命国王尚泰为琉球藩王。过了没多久，又把琉球的外交权转移到外务省。这些都和琉球漂民事件没有直接的关系。然而，从此以后，琉球的地位发生变化，和台湾问题挂上了钩。
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首里城正殿前的册封仪式
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对琉球王国而言，与中国王朝的朝贡、册封关系是举国之大事（《琉球册封图》，冲绳县立博物馆所藏）
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1873年4月至6月间，外务卿副岛种臣为了互换《中日修好条规》的批文，以特命全权大使的身份访问了天津和北京。这一趟使节之行在和李鸿章于天津交换了批文之后，成功地觐见了同治帝，而名噪一时，当时也就琉球漂民事件和琉球相关之事进行了打探和协商。
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6月21日，副岛派遣随员一等书记官柳原前光前去总理衙门会谈。日本方面就会谈内容做了如下记录：
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对方说：“此岛民有生熟两种，从前归服我王化者为熟蕃，置府县而治之，至今尚未归服者为生蕃，将其置于化外，远未治理。……不制生番之横暴，我政教则无法逮及。……”
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柳说：“贵大臣若说生蕃之地政教所不及，又有以前旧证，乃化外孤立之蕃夷，唯独归我独立国处置而已。……”
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也就是说，日本认为，清朝明确表示台湾的“生蕃”乃“化外之民”。
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把琉球国民当成“我国人民”或日本人，是日本方面的主张。而清朝总理衙门的回答是台湾的“生蕃”处于统治之外，这么一来，日本就要亲自来追究责任了。
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果然在1874年，日本政府亲自追究“生蕃”的责任，决定向台湾出兵。其理论根据便是总理衙门的“化外之民”这一表述。
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李鸿章·袁世凯：东亚的近代·现代中国的起点 [:1705920577]
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出兵与交涉
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1874年5月，陆军中将西乡从道率领3600名日军，从台湾南部登陆，第二年占领了“生蕃”的大本营，军事行动结束。列强们的批判、强行发兵以及作战上的困难等出兵过程中的情况，基本上都广为人知，这里就不再详述了。
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此处想强调的是清朝的反应。首先，上面所提到的日本方面用于出兵借口的柳原会谈，清朝方面记录的史料却无从入手。总理衙门在出兵后的奏章中，对当时的事情如此写道：
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日本的翻译官郑永宁说：“对台湾生蕃派人，今后若有日本人前往，希望得以善待，我等目的在于传达此事，不打算行使武力。”我等送副岛回国时，再次要求“今后总之按照修好条约之条文，凡两国所属邦土，不可稍有侵越”，他也答道：“也是我之本意。”
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上面的文字是事后写的，其中提到的郑永宁和副岛承诺不行使武力，很可能经过了润色。应该解读为总理衙门在日本出兵台湾这一事态前，为了回避责任，因此强调了日本方面的过失。而这一对应值得注意的是，作为谴责日本出兵的论据，李鸿章的《中日修好条规》的第一条“所属邦土”不可侵犯的规定发挥了作用。