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・對音韻學和文字學（古稱「小學」）的研究。
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這些研究的狀況和成果，以後各章會陸續介紹，這裏只敍述他與蘇曼殊對梵文和佛學的研究狀況。陳與蘇二人，無論從狂豪不羈的性格上，還是對佛學、文學（特別是外國文學）、詩詞字畫的興趣方面，都有共同的愛好，甚至到癡迷的程度。柳亞子說：蘇曼殊信佛，甚至削髮為僧，於是學梵文。陳獨秀送他一本英文版《梵文典》，蘇竟把它翻譯了過來，出版了，還請參加亞洲和親會的印度革命者「法學士波邏罕居士」、章炳麟、劉光漢、何震、熙州仲子（陳獨秀）題詞寫序。
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陳獨秀的學生何之瑜在給胡適的信中說：「我在仲甫先生遺篋中，發見一本《初步梵文典》的手稿，字跡很像仲甫的手筆。我就去問鄧仲純，他告訴我，他和曼殊和尚、仲甫先生二人，共同住在東京一間小房裏，曼殊向仲甫學字，學詩文，所以曼殊的字很像仲甫，曼殊的詩，不僅像，好多是仲甫做的或改的；而仲甫則向曼殊學英文、梵文，每天嘟呀也呀，他很討厭，時常還因此吵嘴。」[31]可見，陳與蘇達到了你中有我、我中有你的程度，對佛學的興趣達到了旁若無人的程度，即使朋友「討厭」、「吵嘴」也不在乎，真是兩匹不羈之馬！
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蘇、陳這時如此癡迷地信仰與研究佛學，與參加亞洲和親會有關。和親會約章規定：「振武我婆羅門、喬答摩、孔、老諸教，務為慈悲惻怛，以排西方旃陀羅之偽道德。」即把佛教、孔教、老子的道教，視為拯教東方各國社會道德的祖傳藥方。為此，他們曾成立「梵學會」和擬建「梵文書藏」。應者廖廖，不了了之。
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陳獨秀、蘇曼殊的友誼可以說達到如膠似漆的程度。二人不僅合譯《慘世界》，合譯《梵文典》（由陳獨秀協助），共研佛學。1906年，蘇、陳在蕪湖皖江中學任教，與鄧以蟄關係密切。該年暑假，三人去日本旅遊。回國時在船上閒聊，曼殊說到在日本與女友親昵之事。陳、鄧二人開玩笑，表示不信，逼得蘇把女友的髮飾等物給他倆看。不能與心愛之人長相守，曼殊把情物拋入海中，轉身痛哭起來。陳獨秀表示同情，題詩以安慰蘇。1913年，陳獨秀從滬回皖任安徽都督府秘書長，巧遇因赴日本江戶省親過滬的曼殊，激動不已，題詩一首：「春申浦上離歌急，揚子江頭春色長。此去憑君珍重看，海中又見幾株桑。」[32]
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蘇曼殊對陳也是情深誼長。1909年5月，蘇作《過若松町有感示仲兄》:「契闊死生君莫問，行雲流水一孤僧。無端狂笑無端哭，縱有歡腸已似冰。」[33]1913年底，蘇曼殊東行，在滬巧遇困居上海的陳獨秀。這時反袁鬥爭失敗，陳「靜待餓死」，只得匆匆離去。蘇作《東行別仲兄》曰：「江城如畫一傾杯，乍合仍離倍可哀。此去孤舟明月夜，排雲誰與望樓台？」[34]
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陈独秀全传 [:1705944848]
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事業失意，隱遁杭州
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從1902年在日本加入青年會起，陳獨秀以滿腔激情投入一系列愛國救亡、反清革命的運動之中。其結果是不斷失敗，遭到清政府的通緝，諸多戰友被殺或被迫流亡而去；所辦報紙、學校紛紛解散，岳王會的同仁幾乎是集體加入被他看不上的同盟會；自鳴清高而不能隨「俗」，陷於自我孤立；獨自探索喚起民眾、反帝反清的革命道路，又因曲高和寡而行不通……
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對於同盟會內部勾心鬥角的矛盾，陳獨秀很有看法。以與其關係密切的章太炎、張繼、劉光漢三人為例：章是光復會發起人，發表過大量極端的仇滿言論。博學的國學基礎、《蘇報》案的影響、主編同盟會機關報《民報》並領導與保皇派的論戰，其在革命派中影響之大，不亞於孫中山。在革命戰略和策略上，由於受無政府主義思想影響，他和張繼、劉光漢都與孫發生矛盾。孫出於利用矛盾的考慮，不主張反對日本帝國主義，他們反對；孫提倡民主立憲，他們反對任何立憲；孫主張「平均地權」、「發展實業」，劉光漢主張農民群眾自發行動，「殺盡資本家」，等等。章太炎還為《民報》經費問題與孫大相齟齬，把這些矛盾公開暴露出來，抨擊孫中山，甚至醞釀改組同盟會。1909年，章太炎終於與陶成章重組光復會，自任會長，與同盟會分道揚鑣。
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劉光漢心術不正，從極端一變而為叛徒。他不僅反對孫中山，繼又與章太炎、陶成章鬧翻，與革命黨人關係全面惡化，並挑撥同盟會內部各派常起糾紛，進而提議改組同盟會總部，妄圖奪取幹事職權。此議遭到拒絕後，竟萌生異志。1908年，兩江總督端方為分化革命黨，派人到東京用官職金錢暗中收買同盟會會員。劉光漢夫妻及其姻弟汪公權（均為同盟會會員），三人隨即變節，成為密探，後來幹了不少壞事。陳獨秀雖然當時不知這些人墮落到那種地步，但對他們的為人和活動，肯定是不以為然的。1910年，他寫《存歿六首》，懷念最親密的十二位朋友，沒有章、張、劉三人。
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所有這些，使他從1907年起逐漸陷入寂寞、消沉、苦悶、彷徨之中。辛亥革命爆發前，因親愛的兄長陳孟吉、至友汪仲尹、熊子政、章谷士、趙聲等人相繼辭世，孤苦的情緒加重到極至。
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1909年9、10月間，陳獨秀由日本返國，到杭州。不久，接兄凶訊，即到瀋陽護孟吉棺木返回故里。憶及早年兄和母親撫育之恩，不禁淚如泉湧，作《述哀》五言長詩痛悼。這次不像1903年《哭汪希顏》那樣，化悲痛為力量，抒發豪情壯志，而是述說「兒命青絲懸」，[35]希望與兄同去「雙還」，表示悲傷之深，說明志氣之消沉。
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陳獨秀這次住家，時間較長，約有兩三個月時間。在此期間，他與胡淵如曾去拜訪程演生，二人結為終身友好。程與陳是同鄉，曾遊學歐洲，學識廣博。後歷任北京大學教授、安徽大學校長、安徽學院院長，任外交部特派員期間還先後出使法國、阿富汗、波斯（伊朗）、土耳其、暹羅（泰國）。「五四」時期，他在北京大學當教授，是北大文科學長陳獨秀領導新文化運動的積極支持者和合作者，曾親自支援陳對文科教學進行改革，囑陳「萬望鼓勇而前勿為俗見所阻」。[36]
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程演生於1932年4月接任安徽大學校長，並兼安徽通志館副館長
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好像是對這十年中國最初的民主革命作總結一樣，1911年初春，陳獨秀把這一時期最親密的戰友（死去的六位和活着的六位）的懷念壓縮在一首六絕句中，權作紀念：
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存歿六絕句
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伯先京口誇醇酒，孟俠龍眠有老親。
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仗劍遠遊五嶺外，碎身直蹈虎狼秦。
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（存為丹徒趙伯先，歿為桐城吳孟俠）
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何郎弱冠稱神勇，章子當年有令名。
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白骨可曾歸閩海，文章今已動英京。
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（存為長沙章行嚴，歿為福州何梅士）
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夬公說法通新舊，汪叟劇談騁古今。