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「五四運動」爆發
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陳獨秀在運動爆發的5月4日當天出版的《每週評論》上發出最強烈的憤怒與號召：「甚麼是公理，甚麼是永久和平，甚麼威爾遜總統十四條宣言，都成了一文不值的空話……與世界和平人類真正幸福，隔得不止十萬八千里，非全世界的人民都站起來直接解決不可。」[76]
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5月11日，針對北洋政府鎮壓學生和學生運動只注重罷免曹、章、陸三人的情況，陳獨秀列數政府從二十一條、中日軍事協定到參戰借款和濟順、高徐二條鐵路借款等一系列行為，再到禁止國民集會，拿辦愛國學生，逼走大學校長（蔡元培）的種種罪惡，指出：鬥爭矛頭不能僅僅指向作為政府「機械」的三個賣國賊，而更應指向造成這些「根本罪惡」的北京政府。[77]5月18日，針對北京運動總是局限在學生階層和有人把民族的鬥爭視為山東一省的問題的錯誤認識，陳獨秀又發表文章「敬告中國國民」：
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現在日本侵害了我們的東三省，不算事，又要侵害我們的山東，這是我們國民全體的存亡問題，應該發揮民族自衛的精神，無論是學界、政界、商人、勞工、農夫、警察、當兵的、做官的、議員、乞丐、新聞記者，都出來反對日本及親日派才是。萬萬不能把山東問題當做山東一省人的存亡問題，萬萬不能單讓學生和政客奔走呼號，別的國民都站在第三者地位袖手旁觀，更絕對的萬萬不能批評學生和政客的不是。[78]
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針對當局不斷鎮壓和逮捕學生，而運動中又出現妥協和厭倦傾向，陳獨秀在5月26日和6月8日又及時發出戰鬥檄文，指出：國民要有（一）不能單純依賴公理的覺悟；（二）不能讓少數人壟斷政權的覺悟。提出了鮮明的戰鬥口號：強力擁護公理，平民征服政府。[79]
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他又諄諄告誡在運動中受盡磨難的學生：
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世界文明發源地有二：一是科學研究室，一是監獄。我們青年立志出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室，這才是人生最高尚優美的生活。從這兩處發生的文明，才是真文明，才是有生命的有價值的文明。[80]
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從此，「出了研究室就入監獄，出了監獄就入研究室」就成為五四運動中青年學生的座右銘。毛澤東在指導湖南學生運動的刊物《湘江評論》創刊號中，就直接引用了這句話。
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刊出此文第二天，即6月9日，為了推動運動進一步深入，也為了改變北京運動囿於學生圈子、目標只指向曹、章、陸的狀態，陳獨秀竟不顧大學教授的身份衝上第一線。他親自起草了內容，並請胡適譯為英文，印成中英兩種文字的《北京市民宣言》的傳單，到鬧市區香廠新世界屋頂花園向下層露台上看電影的人群散發，隨即被暗探逮捕。
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值得注意的是，這份《宣言》明確提出五條「最低要求」。收復山東權利，「取消民國四年七年兩次密約」，表現了反日的徹底性；不僅免除曹、章、陸，還要免除當時的實權派徐樹錚（西北籌邊使兼西北邊防軍總司令，實際掌握當時北洋政府軍權）、段芝貴（陸軍總長、京畿警備總司令）、王懷慶（步兵統領）官職，並「取消步兵統領及警備司令部兩機關」。這就把一般的愛國政治運動，導向革命的道路了。
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據1923年12月的一份民意調查，被訪問者（大多數是青年學生）心目中國內大人物是哪幾位？結果以孫中山、陳獨秀、蔡元培三人票數最多。[81]這樣的歷史地位，充分說明陳獨秀在新文化運動和五四愛國運動中的作用。八十多年來，不少人以階級和黨派的偏見，極力貶低或抹殺陳獨秀在五四運動中的影響，甚至有人說他「不曾領導過、甚至不曾支援過五四運動」，是多麼的無知和妄說！
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6月28日，中國代表終於在巴黎和約上拒絕簽字。這個勝利，一方面是全國各大中城市廣大人民群眾鬥爭的結果，特別如上海、天津等地以工人階級為主力的包括學生、工商資產階級在內的「三罷」鬥爭的結果。陳獨秀提出的運動不應局限於學生，應該最大限度地包括社會各階層的主張，雖然在北京沒有實現，而從全國來說是在一定程度上實現了。
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陈独秀全传 [:1705944862]
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被捕轟動各界，明星如此閃爍
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從京師警察廳檔案看，陳獨秀在6月11日被捕，並不是初次散發傳單。此前他約李大釗等已經在群眾中散發過。暗探發現傳單後即進行偵察，發現「陳獨秀等以印刷物品傳播過激主義煽惑工人等情，並在大溝頭十八號設立印刷機關實屬妨害治安」。於是，警察廳密令各區署嚴密監視陳、李。6月11日，陳再次約高一涵等上街分頭散發傳單時，自然就被捕了。[82]
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四年來主編《新青年》，領導新文化運動，陳獨秀已是全國名人。他的被捕立即引起震驚。各界人士和許多社團、機構深為憤怒，紛紛致電致函政府，要求釋放。值得注意的是，在援救者中既有擁護新文化運動的人，也有反對甚至受到新文化運動衝擊的人。如安徽桐城派古文家馬通伯、姚永概這樣評論陳：「平時激於愛國之忱，所著言論或不無迂直之處。然其學問人品亦尚為士林所推許。」安徽省長呂調元在致警察廳總監吳炳湘電中也說：「懷甯陳獨秀好發狂言，書生結習，然其人好學深思，絕與過激派無涉。」甚至在北大直接受新文化運動衝擊的守舊派教授劉師培，也為報答當年陳營救自己的恩情，在呈文中說他「誠不免有越軌之嫌，然原其用心無非激於書生愛國之愚悃……可否於陳獨秀寬其既往。」[83]新文化運動也借此機會正好檢閱了一下自己的成就，從中可以看到陳獨秀這顆「思想界明星」如此閃爍！
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一直不注意群眾運動，只靠少數人武裝起義和地方軍閥進行共和革命的孫中山，受到「五四運動」的震撼，看到了群眾運動的力量。他認識到其與新文化運動的關係，給予高度的評價，從此開始改變革命觀。他說：「欲收革命成功，必有賴於思想之變化……故此種新文化運動實為最有價值之事。」；[84]「欲圖根本救國，非使國民覺悟不可。」[85]——革命救國應該從思想和文化上啟發國民的覺悟入手！這很接近於陳獨秀的思想。
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孫中山是一個實幹家，一有所悟，立即行動，6月8日就指派戴傳賢以《新青年》和《每週評論》為榜樣，創刊《星期評論》；8月1日，又指派朱執信創刊《建設》雜誌，加入了新文化運動行列。這兩個刊物在當時傳播馬克思主義方面做出了特殊的貢獻。
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正在這時，傳來陳獨秀被捕的消息。與陳素不相識的孫中山立即投入營救活動。他在上海接見北京政府和議代表許世英時，氣憤地說：「獨秀我沒見過……你們做得好事，很足以使國民相信我反對你們是不錯的證據」；「他們這些人死了一個，就增加五十、一百，你們盡做着吧！」。許世英連忙說：「不該，不該，我就打電報回去。」[86孫中山是當時廣州軍政府的精神領袖，廣州軍政府主席總裁岑春瑄也致電北京政府徐世昌和代總理龔心湛請釋陳獨秀。欲與南方謀和，徐世昌主張從速開釋陳獨秀。[87]這次陳獨秀獲釋，可以說孫中山起了重要作用。
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最能感受到新文化運動在社會中影響以及陳獨秀在新文化運動中地位與份量的，是與陳獨秀一起進行鬥爭的人們如李大釗等，還有親身受到陳獨秀聆教的毛澤東等人。
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李大釗在《每週評論》上發表《是誰奪走了我們的光明》，說有一位愛讀本報的人來信說：「我們對於世界的新生活，都是瞎子。虧了貴報的『隻眼』，常常給我們點光明。我們實在感謝。現在好久不見『隻眼』了，是誰奪了我們的光明。」[88]
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同期，還發表署名「赤」的隨感錄《入獄——革新》，稱「陳獨秀在中國現在的革新事業裏，要算是一個最乾淨的健將。他也被囚了，不知今後中國的革新事業更當何如？」
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李辛白的詩《懷陳獨秀》，更是悲情訴說：
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依他們的主張，我們小百姓痛苦。
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