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但是，由於陳獨秀到上海後全面轉向馬克思主義，並開始籌建中國共產黨，《新青年》也隨着完全「赤化」。5月出版的第7卷第6號是「勞動節專號」，第8卷第1號起又變成共產黨的機關報。陳獨秀估計到北京同人必有異議，就在吸收陳望道參加編輯部後，4月26日即「勞動節專號」出版前，致函李大釗、胡適等12人，徵求《新青年》今後怎麼辦。他提出：是否繼續出版？編輯人問題：（一）由在京諸人輪流擔任；（二）由京一人擔任；（三）由弟在滬擔任。[82]此舉顯然沒有抓住問題的癥結——思想分歧。因此北京的成員都沒有表態。實際上，胡適等人對撰稿開始怠工。
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但是，如上述，第6號編輯好後，由於出版商群益書社在「定價與登（廣）告」問題上，與陳獨秀多次發生衝突，5月7日，陳獨秀又給胡適和李大釗發去一信，催促北京對辦《新青年》的意見，並告與群益老闆的衝突，甚至說：「一日之間我和群益兩次衝突。這種商人既想發橫財又怕風波，實在難與共事。」為此，他又提出兩個新的辦法：「《新青年》或停刊，或獨立，改歸京辦，或在滬由我設法接辦（我打算招股辦一書局），兄等意見如何，請速速賜知。」，「我因以上各種原因，非自己發起一個書局不可，章程我已擬好付印，印好即寄上，請兄等切力助其成，免得我們讀書人日後受資本家的壓制。」[83]
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此信發出後，又發生一件事：因「五四運動」一周年來臨，京滬等地一些學生，以抗議「山東問題」而舉行罷課集會等活動。胡適、蔣夢麟於5月4日在報上發表《我們對於學生的希望》，規勸學生安心讀書。結果有人在上海的《正報》上發了一篇罵胡適的文章。陳獨秀乘機，在上信四天後的5月11日，又在胡適等北京諸人沒有回信的情況下，把此報寄給胡適，並附信說：「群益對於《新青年》的態度，我們自己不能辦，他便冷淡倨傲令人難堪；我們認真自己妥辦，他又不肯放手，究竟應如何處置，請速速告我以方針。」信中還第一次附和胡適對學生運動的主張，認為當時形勢不該輕易發動學生運動，所以表示對《正報》的罵胡文章「看了只有發笑；上海學生會，受這種人的唆使，幹毫無意識的事，犧牲了數百萬學生的寶貴時間，實在可憎之至，倘數處教會學校果然因此停辦，便更是可憎了」；並熱情建議胡適「邀同教職員請蔡（元培）先生主持北大單獨開課，不上課的學生大可請他走路，因為這種無意識的學生，留校也沒有好結果。政府的強權我們固然應當反抗，社會群眾的無意識舉動我們也應當反抗。」[84]
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半個月內，陳獨秀連給胡適三封信，說明陳獨秀真是一個硬漢子，同時又很重感情，如初交時那樣的確對胡適的才華特別欣賞，而且與他在新文化運動中與保守勢力激烈鬥爭與創新亢奮中結成的情誼，難以忘懷。
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胡適終於被深深打動，立即回了「快信」，並在6月14日追加一信，擔心經費問題，勸其不要獨立招股辦《新青年》。陳獨秀在19日，回信胡適，表示了堅決招股獨立辦刊的四條理由：
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（1）「新青年社」簡直是一個報社的名子，不便招股。
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（2）《新青年》越短期，越沒有辦法。單是八卷一號也非有發行所不可，墊付印刷紙張費，也怕有八百元不可，試問此數從那裏來？
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（3）若作者只能出稿子，不招股集資本，印刷費從何處來？著作者協濟辦法，只好將稿費算入股東；此事我誓必一意執行，成敗聽之。
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（4）若招不着股本，最大的失敗，不過我花費了印章程的九角小洋。其初若不招點股開創起來，全靠我們窮書生協力，恐怕是望梅止渴。
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信的末尾，具體解釋了陳與群益衝突的原因，加強了他執意獨立辦刊的決心：我對於群益不滿意不是一天了。最近是因為六號報定價，他主張非六角不可，經我爭持，才定了五角；同時因為怕風潮又要撤銷廣告，我自然大發窮氣。衝突後他便表示不能接辦的態度，我如何能才（再）將就他，那麼萬萬做不到的。群益欺負我們的事，十張紙也寫不完。[85]
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但是，獨立自辦《新青年》，談何容易！不僅有經費缺乏，還有稿荒問題。胡適等北京諸人由於陳「一意孤行」，也只好靜觀待變，不供稿，待塵埃落定再說。陳獨秀又焦急起來，原來打算與一家叫「興文社」的出版商合作，因群益的反對也只好取消。5月25日陳又致函胡適解決辦法：「群益不許我們將《新青年》給別人出版，勢非獨立不可。我打算興文社即成立，也和《新青年》社分立，惟發行所合租一處（初一二號只好不租發行所，就在弟寓發行），較為節省。如此八卷一號的稿子，請吾兄通知同人從速寄下，以便付印。此時打算少印一點（若印五千，只需四百餘元，不知北京方面能籌得否；倘不足此數，能有一半，我在此再設法），好在有紙版隨時可以重印。吾兄及孟和兄雖都有一篇文章在此，但都是演說稿，能再做一篇否？因為初獨立自辦，材料只當加好萬不可減壞。」
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信中的約稿，除了胡適的一篇演說稿和陶孟和夫人的一篇譯稿已經收到外，還提到張申府的譯稿、守常的文章和周作人、魯迅兄弟的小說，要胡適「分別催來」。[86]
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就這樣，以6期為1卷的《新青年》，自5月1日出滿七卷後，由於改為自辦和胡適等北京同人不供稿，作為月刊的它，停了三期。而恰恰這三個月中，陳獨秀完成了由文化救亡到政治救亡的轉變，由民主主義者到馬克思列寧主義者的轉變，並由醞釀建立共產黨到正式成立中共上海發起組。因此辦刊的經費和稿源的問題也總算解決了。因為，自八卷一號開始，《新青年》成了發起組的理論機關報，經費自然由共產國際代表維經斯基支付了，而撰稿和編輯的基本力量也逐漸被發起組的成員所取代。對胡適等北京同人的繼續怠工，滿懷希望和熱情的陳獨秀也漸漸失望了。這可以從7月2日陳獨秀給高一涵的信中看出：
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《新青年》八卷一號，到下月一號非出版不可，請告適之、洛聲二兄，速將存款及文稿寄來。
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興文社已收到的股款只有一千元，投股的事，請你特別出點力才好。適之兄曾極力反對招外股，至今《新青年》編輯同人無一文寄來，可見我招股的辦法，未曾想錯。文稿除孟和夫人一篇外，都不曾寄來，長久如此，《新青年》便要無形取消了，奈何！[87]
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有意思的是，這封信用的信紙，上有「各盡所能，各取所需」印刷體口號，下有「勞工神聖社制」的標記。這與文中提到的「興文社」一起，似乎是一種人為的動作，在於掩飾俄國人維經斯基出資辦雜誌的真相。因為，若讓胡適等人知道《新青年》現在在拿盧布「自辦」，那陳獨秀還有何臉面做人。
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維經斯基，原名格裏格裏・納烏莫維奇・札爾欣，在華期間化名吳廷康，筆名魏琴、衛金等。俄國人。是共產國際幫助成立中國共產黨的第一人
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直到此時，陳獨秀還想最後爭取胡適等人。8月2日，8卷1號的稿子湊齊時，他又致函胡適，望其為2號供稿，並點題說：「我近來覺得中國人的思想是萬國虛無主義——原有的老子說、印度空觀、歐洲形而上學及無政府主義——底總匯，世界無比。《新青年》以後應該對此病根下總攻擊。這攻擊老子學說及形而上學的司令非請吾兄擔任不可。」[88]
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當時在思想上，無政府主義也是馬克思主義的主要對手。鑒於胡適反對空談的「主義」中，包括無政府主義和馬克思主義，陳獨秀想引導胡只反無政府主義而保護馬克思主義，使胡成為反無政府主義的同盟軍。可謂用心良苦，但卻是對牛彈琴。胡適不予理睬，繼續怠工。陶孟和則寫信給陳獨秀和胡適，提議辦一日報，以《新青年》的「重要分子」為主體，多請外間專門家撰稿。主張以「穩健」為妥。初擬辦法為：（一）專門問題請專門家擔任。（二）終年不停刊。（三）社論等皆署名。（四）無「法律編輯」，由同人中之一人立案負責。（五）擴張通信一欄，取為輿論之參考。（六）同人除必不得已外，暫不支薪。[89]
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此議顯然有取代《新青年》之意，無論就私（陳獨秀個人）還是就公（上海發起組），陳獨秀都不可能答應，故而未見陳有何答復。而由於北京同人的繼續怠工，他不得不正式吸收上海發起組成員加入編輯部。12月1日《新青年》8卷4號出版後，寫信給北京同人報告現在編輯部新加入沈雁冰、李達、李漢俊，主要編輯工作仍由陳望道負責，並告他不久將南下廣州。
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但這時陳獨秀還想維持與北京同人的聯繫，甚至不惜遷就他們的意見。12月16日赴廣州工作前再次致函胡適、高一涵，說：「《新青年》色彩過於鮮明，弟近亦不以為然。陳望道君亦主張稍改變內容，以後仍以趨重哲學文學為是。但如此辦法，非北京同人多作文章不可。近幾冊內容稍稍與前不同，京中同人來文太少也是一個原因。」「南方頗傳適之兄與孟和兄與研究系接近，且有惡評……我盼望諸君宜注意此事。」[90]
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這一下如捅了馬蜂窩，在北京同人中引起強烈反響。胡適接到1日的信後就要大家傳閱，並提示《新青年》已不准郵寄；接到16日信後，他更是火冒三丈，回信答辯與研究系首領梁啟超等近年思想見解一直相左，責怪陳獨秀竟然相信謠傳。
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但是，陳獨秀還不知北京以上的反應，就在1920年12月21日廣州致函高一涵與胡適，報告17日從上海動身，昨天到廣州，「此間倘能辦事，需人才極多，請二兄早為留意，一涵兄能南來否？弟頗希望孟和兄能來此辦師範，孟和兄能來此辦工科大學，請適之兄向顧、陶二君一商……我十分盼望杜威先生能派一人來實驗他的新教育法，此事也請適之兄商之杜威先生」。[91]
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