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第二條辦法 弟雖離滬，卻不是死了，弟在世一日，絕對不贊成。第二條辦法，因為我們不是無政府黨人，便沒有理由可以宣言不談政治。
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第一條辦法 諸君盡可為之，此事於《新青年》無關，更不必商之於弟。若以為別辦一雜誌更無力再為《新青年》做文章，此層亦請諸君自決。弟甚希望諸君中仍有幾位能繼續為《新青年》做點文章，因為反對弟本人，便牽連到《新青年》雜誌，似乎不大好。[94]
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但陳獨秀還是想維持北京同人，所以在信後又附言：「前擬用同人名義發起新青年社，此時官廳對新青年社頗忌惡，諸君都在北京似不便出名，此層如何辦法，乞示知。」
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胡見信後頗感委屈，認為「獨秀答書頗多誤解」，「我並不反對他個人，亦不反對《新青年》」。因陳生氣，他出於多年來對陳的真誠情誼和尊敬，以及他的寬宏胸懷，表示很願意取消「宣言不談政治之說」，取消「另辦一雜誌」的主張，單提出「移北京編輯」一法，並以趨重哲學文學為是。他並抱怨《新青年》「此時在素不相識的人手裏」，「差不多成了Soviet Russia（即蘇維埃俄羅斯——引者）的漢譯本」。
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這裏，胡適再次表明他之所以仍堅持《新青年》的文化運動方向，堅持哲學文學的內容，主要矛頭還是指向馬克思主義和蘇維埃，反對《新青年》落到陳望道等上海共產黨人手中而成為共產黨的機關報。於是，北京同人又開會表決。1月26日，胡適整理表決結果：
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贊成移北京編輯者：慰慈（張祖訓）、一涵、守常（李大釗）；
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贊成北京編輯，但不必強求，可任它分裂成兩個雜誌，也不必爭《新青年》這個名目：豫才（魯迅）、啟明（周作人）、玄同；
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贊成移北京，如實不能則停辦，萬不可分為兩個雜誌，致破壞《新青年》之團結：撫五（王星拱）、孟和。[95]
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當時錢玄同比較厚道，力挽新文化陣營分裂，他致函胡適，懇切地說：《新青年》的「停辦之說，我無論如何，是絕對不贊成的，而且是我們不應該說的。因為《新青年》的結合是彼此思想投契的結合，不是辦公司的結合。所以，思想不投契了，盡可以宣告退席，不可要求別人家不辦。換言之，即《新青年》若全體變為蘇維埃俄羅斯的漢譯本，甚至於說這是陳獨秀、陳望道、李漢俊、袁振英等幾個人的私產，我們也大可說陳獨秀等辦了一個『勞農化』的雜誌，叫做《新青年》，我們和他全不相干而已，斷不可能要求他們停板。」[96]
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實際上，當時北京諸人不可能讓上海的《新青年》停辦。至此，新文化陣營終於四分五裂。陳獨秀只得接受這個現實。1921年2月15日，他致函胡適：「現在《新青年》已被封禁，非移粵不能出版，移京已不成問題了。你們另外辦一個報，我十分贊成。……但我卻沒有工夫幫助文章。而且在北京出版，我也不宜作文章。」同時，他又致函周氏兄弟：「《新青年》風浪想必先生已知道了，此時除移粵出版，無他法。北京同人料無人肯做文章，唯求助於你們兩位。」[97]
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至此，《新青年》作為中共中央機關報的地位才完全確立起來。《新青年》由一個文化刊物變成一個政治刊物，意味着從1915年開始的中國近代啟蒙運動——新文化運動正式結束。此後的文化改革、文藝改革、文學革命、文字改革、教育改革等，雖然從未中斷過，但作為一種聲勢浩大、影響深遠的運動，特別是對於長期生活在封建主義社會中的中國人民至關重要的民主主義啟蒙運動，的確是結束了。在這個過程中，胡適曾企圖挽回，提出過重整新文化運動的綱領：「研究問題，輸入學理，整理國故，再造文明。」[98]但是，一是胡適這時還遠沒有陳獨秀那樣的人望；二是更重要的，由於巴黎和會和蘇俄對華宣言這一反一正事件撞擊性慣性的推動，這時歷史潮流，西方民主主義潮流衰落長達30–40年之久，而馬克思主義潮流磅礴而來，任何個人也難以阻擋。
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陈独秀全传 [:1705944874]
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與胡適分道揚鑣，友誼長存
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陳獨秀與胡適的思想矛盾沒有解決。由於二人在新文化運動中結下了深厚的友情，於是，二人以後的關係發展，呈現出一條奇特的軌跡：政治思想上不斷爭吵，個人生活和某些工作上互相關心和幫助。
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在雙方分裂，北京同人實際上已經退出《新青年》編輯部一年以後，陳獨秀還是把他們視為編輯部成員，每期出版，照樣寄送。1921年9月5日，陳獨秀給胡適一短信說：「《新青年》已寄編輯部諸生百本到守常兄示轉交（他那裏使用人多些，便於分送）。除我開示贈送的七十本外，尚餘卅本，兄與守常兄商量示置」。信中還建議胡適或任叔永（鴻雋）任安徽省教育廳長，認為「皖教廳事，非你和叔永不會以全體贊成」。[99]
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由於政治思想上的分歧，胡適對陳獨秀等宣傳馬克思主義、組織共產黨總是耿耿於懷。經過約一年多的醞釀，他終於在1922年5月創辦起「另一刊物」——《努力》週刊。他也不遵守「不談政治」的諾言了，邀集蔡元培、湯爾和、梁漱溟、李大釗、陶孟和、高一涵等共16人簽名發表《我們的政治主張》，要求建立一個「好政府」，一個「憲政的政府」，一個「公開的政府」，實行計劃政治的政府。同時對南北統一、裁兵、裁官、改革選舉制度等問題提出具體意見。這是胡適要求改良政治的第一個具體綱領。[100]
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胡適創辦的《努力》週刊
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接着，1923年1月，又因蔡元培辭職事件，陳、胡發生爭執。當時蔡因反對反動政客彭允彝出任教育總長，「不忍為同流合污之苟安」，請辭北大校長。北大師生掀起一個驅彭挽蔡運動。這個運動本來是反對北洋政府的正義行為，應該同情和支持，但陳獨秀卻評論說：「正告蔡校長及一般國民：革命的事業必須建設在廣大民眾積極運動的力量上面，依賴少數人消極的拆台政策來打倒惡濁政治，未免太滑稽了，太幼稚了，而且太空想了。」
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此論確是過左，是唯我獨左的「革命萬能論」的表現，而且左得可愛又可笑。所以引起胡適過度反應，著文反駁：「自從袁世凱以來，政府專用金錢來收買政客，十年的功夫，遂使豬仔遍於國中，而『志士』一個名詞竟久已不見經傳了！新文化，學生運動，安其那，社會主義，共產主義……無不可作豬仔之敲門磚！今天談安其那，明天不妨捧為政客；今天談共產主義，明天不妨作教育次長（指陳於1921年上半年曾任廣東教育委員會委員長——引者）！在這個豬仔世界裏，民眾不用談起，組織也不可靠，還應該先提倡蔡先生這種抗議的精神，提倡『不降志，不辱身』的精神，提倡那為要做人而有所不為的精神。」[101]
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8月以後，二人又在「科學與人生觀」論戰中短兵相接。當時發生了以張君勱等人為一方與丁文江等人為另一方的這場論戰。前者宣揚「自由意志」和孔孟的內心修養，認為科學不能解決人生觀的問題；後者則鼓吹科學萬能，科學能解決人生觀問題，但他們又認為人的感覺也是物質，即物質並非客觀存在，而是「覺官感觸的集合」。胡適在為這場論戰的論文集寫序時，支援後者，並明確批判陳獨秀的唯物史觀，說「唯物（經濟）史觀至多只能解釋大部分的問題」，相信知識言論教育也可以「變動社會，解釋歷史，支配人生觀」。
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陳獨秀也為該論文集寫序，答覆胡適，指出：「唯物史觀並不是不重視思想文化宗教道德教育等心的現象之存在，惟只承認他們都是經濟的基礎上面之建築物，而非基礎之本身」，是「一元論」，而非「多元論」。然後指出「適之果堅持物的原因外，當有心的原因……，像這樣明白主張心物二元論，張君勱必然大搖大擺的來向適之拱手道謝！」胡適則說：「仲甫的答書，近於強辯，末段竟是誣人，使我失望。」[102]由此看到，二人矛盾，由信仰、政治領域，深入到世界觀。不僅如此，爭論之激烈，有時還大失學者風度，發展到人身攻擊。
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1924年9月，在紀念辛丑條約23周年時，陳獨秀曾撰文，改變過去徹底否定義和團的觀點，肯定其反帝的意義，「是中國民族革命史上之悲壯的序幕。」[103]胡適立即攻擊說：「六年前作《克林德碑》那篇痛罵拳匪的大文的作者，現在也大出力頌揚拳匪了！」「這真是翻手為雲，覆手為雨，我們只好叫他訟棍的行為！」[104]——其實胡適攻擊和譏諷的恰恰是陳獨秀知錯必改、追求進步的精神。因為不管怎麼說，義和團運動的反帝性質是抹殺不了的。而胡適的矛頭所向，卻是借題發揮攻擊共產黨。
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1925年，胡適參加段祺瑞皖系政府的「善後會議」，被社會上譏笑為軍閥分贓的幫凶。北大一院的厠所牆上甚至有學生的咒罵，說其「賣身於段賊」，「擁戴段祺瑞為父」。陳獨秀聽到此事後，2月5日致函適之表示支持，但囑要「卓然自立」，一改前次反對蔡元培「不合作主義」的態度：「現在有出席善後會議資格的人，消極鳴高，自然比同流合污者稍勝，然終以加入奮鬥為上乘（弟曾反對孑民先生不合作主義以此）。因此，兄毅然出席善後會議，可嘗試一下，社會上頗有人反對，弟卻以兄出席為然。但這裏有一個重要問題，就是兄在此會議席上，必須卓然自立，不至失去中國近代大著作家胡適的身份才好。」[105]但他對胡與章士釗合辦報紙，效力政府的傳說，卻竭力表示反對，言詞激昂。
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胡適接信後，10日回信，責怪陳聽信關於胡適與章士釗合辦報紙之謠言。陳在23日接讀後，立即回復，表示「十分喜慰。前函措詞冒昧，特此謝罪。惟此次來函說『一時的不愉快』，此語雖然不能完全做逆耳解，或不免有點逆耳的嫌疑罷，一笑」；「既無此事，我們真喜不可言。」《申報》、《新聞報》、《北京新聞》譏胡為段祺瑞的留聲機，列在準安福系，「我們固然不能相信這是事實，然而適之兄！你的老朋友見了此等新聞，怎不難受！」「我並不反對你參加善後會議，也不疑心你有甚麼私利私圖，所以這些話都不必道及」；「你在會議中總要有幾次為國為人民說話，無論可行與否，終要嘗試一下，才能夠表示你參加會議的確和別人不同，只準備『看出會議式的解決何以失敗的內幕』，還太不夠……」[106]