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胡適終於被深深打動，立即回了「快信」，並在6月14日追加一信，擔心經費問題，勸其不要獨立招股辦《新青年》。陳獨秀在19日，回信胡適，表示了堅決招股獨立辦刊的四條理由：
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（1）「新青年社」簡直是一個報社的名子，不便招股。
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（2）《新青年》越短期，越沒有辦法。單是八卷一號也非有發行所不可，墊付印刷紙張費，也怕有八百元不可，試問此數從那裏來？
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（3）若作者只能出稿子，不招股集資本，印刷費從何處來？著作者協濟辦法，只好將稿費算入股東；此事我誓必一意執行，成敗聽之。
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（4）若招不着股本，最大的失敗，不過我花費了印章程的九角小洋。其初若不招點股開創起來，全靠我們窮書生協力，恐怕是望梅止渴。
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信的末尾，具體解釋了陳與群益衝突的原因，加強了他執意獨立辦刊的決心：我對於群益不滿意不是一天了。最近是因為六號報定價，他主張非六角不可，經我爭持，才定了五角；同時因為怕風潮又要撤銷廣告，我自然大發窮氣。衝突後他便表示不能接辦的態度，我如何能才（再）將就他，那麼萬萬做不到的。群益欺負我們的事，十張紙也寫不完。[85]
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但是，獨立自辦《新青年》，談何容易！不僅有經費缺乏，還有稿荒問題。胡適等北京諸人由於陳「一意孤行」，也只好靜觀待變，不供稿，待塵埃落定再說。陳獨秀又焦急起來，原來打算與一家叫「興文社」的出版商合作，因群益的反對也只好取消。5月25日陳又致函胡適解決辦法：「群益不許我們將《新青年》給別人出版，勢非獨立不可。我打算興文社即成立，也和《新青年》社分立，惟發行所合租一處（初一二號只好不租發行所，就在弟寓發行），較為節省。如此八卷一號的稿子，請吾兄通知同人從速寄下，以便付印。此時打算少印一點（若印五千，只需四百餘元，不知北京方面能籌得否；倘不足此數，能有一半，我在此再設法），好在有紙版隨時可以重印。吾兄及孟和兄雖都有一篇文章在此，但都是演說稿，能再做一篇否？因為初獨立自辦，材料只當加好萬不可減壞。」
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信中的約稿，除了胡適的一篇演說稿和陶孟和夫人的一篇譯稿已經收到外，還提到張申府的譯稿、守常的文章和周作人、魯迅兄弟的小說，要胡適「分別催來」。[86]
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就這樣，以6期為1卷的《新青年》，自5月1日出滿七卷後，由於改為自辦和胡適等北京同人不供稿，作為月刊的它，停了三期。而恰恰這三個月中，陳獨秀完成了由文化救亡到政治救亡的轉變，由民主主義者到馬克思列寧主義者的轉變，並由醞釀建立共產黨到正式成立中共上海發起組。因此辦刊的經費和稿源的問題也總算解決了。因為，自八卷一號開始，《新青年》成了發起組的理論機關報，經費自然由共產國際代表維經斯基支付了，而撰稿和編輯的基本力量也逐漸被發起組的成員所取代。對胡適等北京同人的繼續怠工，滿懷希望和熱情的陳獨秀也漸漸失望了。這可以從7月2日陳獨秀給高一涵的信中看出：
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《新青年》八卷一號，到下月一號非出版不可，請告適之、洛聲二兄，速將存款及文稿寄來。
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興文社已收到的股款只有一千元，投股的事，請你特別出點力才好。適之兄曾極力反對招外股，至今《新青年》編輯同人無一文寄來，可見我招股的辦法，未曾想錯。文稿除孟和夫人一篇外，都不曾寄來，長久如此，《新青年》便要無形取消了，奈何！[87]
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有意思的是，這封信用的信紙，上有「各盡所能，各取所需」印刷體口號，下有「勞工神聖社制」的標記。這與文中提到的「興文社」一起，似乎是一種人為的動作，在於掩飾俄國人維經斯基出資辦雜誌的真相。因為，若讓胡適等人知道《新青年》現在在拿盧布「自辦」，那陳獨秀還有何臉面做人。
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維經斯基，原名格裏格裏・納烏莫維奇・札爾欣，在華期間化名吳廷康，筆名魏琴、衛金等。俄國人。是共產國際幫助成立中國共產黨的第一人
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直到此時，陳獨秀還想最後爭取胡適等人。8月2日，8卷1號的稿子湊齊時，他又致函胡適，望其為2號供稿，並點題說：「我近來覺得中國人的思想是萬國虛無主義——原有的老子說、印度空觀、歐洲形而上學及無政府主義——底總匯，世界無比。《新青年》以後應該對此病根下總攻擊。這攻擊老子學說及形而上學的司令非請吾兄擔任不可。」[88]
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當時在思想上，無政府主義也是馬克思主義的主要對手。鑒於胡適反對空談的「主義」中，包括無政府主義和馬克思主義，陳獨秀想引導胡只反無政府主義而保護馬克思主義，使胡成為反無政府主義的同盟軍。可謂用心良苦，但卻是對牛彈琴。胡適不予理睬，繼續怠工。陶孟和則寫信給陳獨秀和胡適，提議辦一日報，以《新青年》的「重要分子」為主體，多請外間專門家撰稿。主張以「穩健」為妥。初擬辦法為：（一）專門問題請專門家擔任。（二）終年不停刊。（三）社論等皆署名。（四）無「法律編輯」，由同人中之一人立案負責。（五）擴張通信一欄，取為輿論之參考。（六）同人除必不得已外，暫不支薪。[89]
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此議顯然有取代《新青年》之意，無論就私（陳獨秀個人）還是就公（上海發起組），陳獨秀都不可能答應，故而未見陳有何答復。而由於北京同人的繼續怠工，他不得不正式吸收上海發起組成員加入編輯部。12月1日《新青年》8卷4號出版後，寫信給北京同人報告現在編輯部新加入沈雁冰、李達、李漢俊，主要編輯工作仍由陳望道負責，並告他不久將南下廣州。
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但這時陳獨秀還想維持與北京同人的聯繫，甚至不惜遷就他們的意見。12月16日赴廣州工作前再次致函胡適、高一涵，說：「《新青年》色彩過於鮮明，弟近亦不以為然。陳望道君亦主張稍改變內容，以後仍以趨重哲學文學為是。但如此辦法，非北京同人多作文章不可。近幾冊內容稍稍與前不同，京中同人來文太少也是一個原因。」「南方頗傳適之兄與孟和兄與研究系接近，且有惡評……我盼望諸君宜注意此事。」[90]
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這一下如捅了馬蜂窩，在北京同人中引起強烈反響。胡適接到1日的信後就要大家傳閱，並提示《新青年》已不准郵寄；接到16日信後，他更是火冒三丈，回信答辯與研究系首領梁啟超等近年思想見解一直相左，責怪陳獨秀竟然相信謠傳。
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但是，陳獨秀還不知北京以上的反應，就在1920年12月21日廣州致函高一涵與胡適，報告17日從上海動身，昨天到廣州，「此間倘能辦事，需人才極多，請二兄早為留意，一涵兄能南來否？弟頗希望孟和兄能來此辦師範，孟和兄能來此辦工科大學，請適之兄向顧、陶二君一商……我十分盼望杜威先生能派一人來實驗他的新教育法，此事也請適之兄商之杜威先生」。[91]
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顯然，這時陳獨秀認為《新青年》的事，對胡適等北京同人已經沒有甚麼可說了，而由於應廣東省長陳炯明聘請到廣州來辦教育，就專力思考廣東的教育建設了。殊不知，北京同人對此根本不感興趣，反而對辦《新青年》事，如上述的陳獨秀那樣，十分熱心起來了。所以，陳獨秀的這封信，有點「對牛彈琴」。
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與此同時，北京同人開會討論《新青年》辦法，陶孟和以英文名“Turexy”給胡適一紙條，贊成第三種辦法「停辦」《新青年》，並勸胡不要為陳獨秀說的他倆與研究系接近的話而生氣：「仲甫本是一個鹵莽的人，他所說那甚麼研究系底話，我以為可以不必介意。我很希望你們兩人別為了這誤會而傷了幾年來朋友底感情。你以為然否？」但此紙條又在紙邊輕蔑地補充說道：「廣東、上海，本來是一班浮浪淺薄的滑頭底世界。國民黨和研究系是『一丘之貉』。我想，仲父（應是『仲甫』，原文如此——引者）本是老同盟會出身，自然容易和國民黨人接近，一和他們接近，則冤枉別人為研究系的論調，就不知不覺地出來了。」[92]
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1921年1月3日，胡適把各人意見歸納起來復函陳獨秀，解決《新青年》「色彩過於鮮明」的辦法有三：（一）聽任《新青年》流為一種特別色彩之雜誌，而另創一個哲學文學雜誌。（二）移北京，並發表聲明「不談政治」。（三）停辦（此為陶孟和提出）。此信發出後，魯迅並代表周作人聲明，三個辦法都可以，「而第二辦法更順當」，宣言「不談政治，我卻以為不必」。胡適再次致函陳，強調移北京有兩種辦法：不發表宣言或發表宣言不談政治。[93]
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很顯然，這是對陳獨秀的最後通牒。前兩種都是意味着分裂，第三種是瓦解，而陳獨秀還想維持。所以，他接信後很生氣，1月9日，立即回復，並異乎尋常地寫了致適之、一涵、慰慈（張祖訓）、守常、孟和、豫才（魯迅）、啟明（周作人）、撫五（王星拱）、玄同九人信，對「不談政治」極為不滿，認為「另辦一雜誌」的主張是「反對他本人」，聲明胡若另起爐灶，「此事與《新青年》無關」，逐條答復了三種辦法：
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第三條辦法 孟和先生言之甚易，此次《新青年》續出弟為之甚難；且官廳禁寄，吾輩仍有他法寄出與之奮鬥，銷數並不減少。自己停刊，不知孟和先生主張如此辦法的理由何在？閱適之先生的信，北京同人主張停刊的並沒有多少人，此層可不成問題。