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陳獨秀對包惠僧說：「國際代表（指維經斯基——引者）走了，上海難道就沒有事情做了？李漢俊急甚麼，中國的無產階級革命還早得很，可能要一百年上下，中國實現共產主義遙遠得很。……我們現在組織了黨，不要急，我們要學習，要進步，不能一步登天，要尊重客觀事實。」
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李漢俊（1890～1927），湖北潛江人。中國共產黨第一次代表大會代表
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在中國，從1915–1919年的啟蒙運動到1920–1921年的馬克思主義傳播和建立無產階級政黨，只有5、6年的時間。中國要在幾年時間裏走完西方150所經歷的思想、革命、社會變遷歷程，顯然會遇到許多西方和俄國沒有遇到過的問題。這是對陳獨秀等共產黨人嚴峻的考驗。社會的改造，不管是政治制度、社會結構等硬體，還是全體人民思想習俗，從封建主義變為共產主義，那是絕對不能在幾天、幾年、幾十年的時間內可以完成的。如包惠僧所說：「陳獨秀主張各種思想爭鳴，自由發展，信仰自由，讓各種思想都暴露出來，由人民群眾評論誰是誰非。」[11]
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形勢強於人，陳獨秀就在這樣的思想狀態下，從廣州來到上海，正式擔負起中共中央局書記的角色，主持起中國共產黨最初年代的工作。
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陈独秀全传 [:1705944878]
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與馬林的僵局因被捕而轉變
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儘管陳獨秀上任時有「慢慢來」的思想，但幹起來一點也不消極。他要麼不幹，要幹就雷厲風行。
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在20世紀50年代聯共中央移交給中共中央的原共產國際中共代表團檔案中，有一份用毛筆寫的《中央局通告》，落款是「一九二一年十一月中央局書記T.S.Chen」。[12]這是迄今為止發現的中共中央第一個工作文件，而且從蒼遒筆跡和署名來看，證明是陳獨秀親筆起草並簽發。這個文件表明，陳獨秀回上海後經過一個多月的準備，就擔負起建立中共全國組織並領導全國革命的工作。
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陳簽署的中共中央第一個工作計劃
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在這一個多月的時間裏，他主要是為了處理兩個很麻煩的事件，排除了兩個重大的干擾：
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第一件：與馬林的衝突。馬林染上當時俄共和共產國際看不起中共的毛病，在工作中表現出不尊重中共中央的傲慢作風。馬林本來對陳獨秀不參加「一大」有意見，更對陳當上中央局書記後還遲遲不回上海主持工作很不滿意。他召集張國燾、李達、周佛海、包惠僧開會，指出陳獨秀當選中國共產黨書記，應該盡到責任，不能由別人代替，共產黨領導人不能在資產階級政府裏做官。於是決定派包惠僧到廣州把陳接回來。
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陳獨秀到上海後，發現在諸如中共與共產國際關係、與國民黨的關係、黨的建設和革命策略等一系列問題上，與馬林有着廣泛的分歧。於是在兩個具體事情上，爆發了衝突：一是共產國際遠東局派來幫助建黨工作的正式代表尼科爾斯基根據指示，提出「黨的領導機關會議必須有他參加」，馬林向國際報告說：「中國同志不同意這樣做，他們不願意有這種監護關係」；[13]二是馬林不徵求中共中央的意見，擅自密派張太雷赴日本聯絡社會主義者參加即將在俄國召開的遠東勞苦人民代表大會（又稱「遠東各國共產黨及民族革命團體第一次代表大會」）；三是張國燾與馬林商定，一大後成立的專門指導全國工人運動的機構「勞動組合書記部」的計劃和預算，決定接受共產國際的津貼，給工作人員發薪金。馬林認為：「中國共產黨從成立起就編入了第三國際，是國際的一個支部」，要受國際的領導和經濟援助，這是無產階級國際主義和世界革命的需要，「你們承認與否沒有用」。[14]這種情況，再加上張國燾利用馬林與中國同志語言上的隔膜，封鎖中國同志，更造成馬林與中國同志之間的對立。李漢俊、李達等，都對馬林的傲慢態度和張國燾的附庸作風十分不滿。
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陳獨秀作為中國黨的領導人，自尊心更是受到極大傷害，斥責張國燾和馬林的觀點是「僱用革命」，強調：「中國革命一切要我們自己負責，所有黨員都應無報酬地為黨服務，這是我們所要堅持的立場」；[15]還如上所說「不能要第三國際的錢」；「革命是我們自己的事，有人幫助固然好，沒有人幫助，我們還是要幹，靠別人拿錢來革命是要不得的。」[16]他當時介紹包惠僧到重慶師範學校去教書。包說當時陳主張同志們應從獨立生活的環境中去發動革命，不要以革命為職業。
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陳獨秀與馬林的關係鬧得很僵。二人談了三、四次，總談不攏。有一次，張太雷企圖調解二人關係，勸陳獨秀說：「全世界的共產主義運動都是在第三國際領導之下，……中國不能例外。」不料，陳獨秀把桌子一拍說：「各國革命有各國情況，我們中國是個生產事業落後的國家，我們要保留獨立自主的權力，要有獨立自主的做法，我們有多大的能力幹多大的事，決不讓任何人牽着鼻子走。我可以不幹，決不能戴第三國際這頂大帽子。」[17]說完了拿起皮包出門就走。張太雷仍然笑嘻嘻地請他坐下來。陳不理，很氣憤地走了。
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於是，陳獨秀幾次拒絕馬林要與他會晤的要求，並要國際撤換馬林的代表職務。張國燾甚至認為「他在那裏籌謀撇開馬林，獨立進行工作的計劃」。馬林也對陳有絕望之感，挑動張國燾來領導共產黨。他向張表示：「陳獨秀同志回來已經兩個多星期，拒絕和我會面，他的言論又簡直不像一個共產主義者，這樣如何可以負起書記的責任。你為何不丟開他，自己領導起來。」他甚至鼓勵張像列寧當年反對普列漢諾夫那樣，「反對他的老師」。[18]
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第二件，陳獨秀再次被捕。從荷蘭阿姆斯特丹國際社會歷史研究所保存的系統的斯內夫利特（馬林）檔案表明：至少從1920年12月起，荷蘭政府就知道馬林「特受莫斯科第三國際派遣去東方完成宣傳使命」，「進行革命煽動」，並通知馬林護照上允許經過的各國政府設法「阻止他得到簽證」；尤其得知他將來華的消息後，更「提請中國政府注意」，「務必不使之入境」。雖然這一切企圖都未得逞，但馬林在奧地利被驅逐、經義大利、新加坡來到上海的行程，都在各國警方及荷蘭駐華公使、英國駐華公使及荷蘭駐滬總領事的監視之中。[19]因此，在法租界貝勒路樹德里3號（現為興業路76號）召開的中共一大雖然採取了嚴密的保密措施，中途還是被偵探侵擾，最後一天通過各項決議和選舉，不得不轉移到浙江嘉興南湖的遊船上舉行。而陳獨秀回到上海後，由於與馬林接觸，也引起租界巡捕房的注意。由於廣州的反陳派大肆宣傳、造謠誣衊陳主張「萬惡孝為首，百善淫為先」，也引起了上海北洋當局的注意。於是上海密探也跟蹤起陳獨秀來。看到他與馬林相會，一位密探捕風捉影，竟然編出這樣的情報來：
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廣州見陳獨秀主張萬惡孝為首、百善淫為先等詞句，故極端反對。全省人民請求陳炯明省長將其驅逐出境。陳不得已避居瓊島。彼處人民亦不容留。萬分無法，遂即潛行來滬與在申一般無聊政客既第一第二兩屆議員相周旋。恰有俄之過激黨徒古立脫甫（即馬林原名「斯內夫利特」——引者）來至上海，正擬傳播該項主義無人與其接洽之際，陳獨秀遂往見焉，自稱為中國過激黨首領。古立脫甫歡迎之極，接洽妥協立撥鉅款交陳，請其酌派相當之人分赴各省積極煽惑一般勞動界為入手，然後漸及軍人，以蒙俄攻至張家口，北京必致動搖，屆時彼輩為全體一致起事之期。[20]
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可以說，這個密探的想像力相當的豐富。
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10月4日，陳獨秀在家中被捕，同時被捕的有妻子高君曼，黨員楊明齋、包惠僧、柯慶施，並搜出《新青年》、《共產黨》、《勞動界》等刊物。在捕房登記時，陳獨秀用假名「王坦甫」，以為掩護。但是，接着去陳家拜訪的國民黨名人褚輔成（北京眾議院副議長、上海法學院院長）、邵力子被蹲守在那裏的暗探逮捕，帶到捕房，褚一見陳獨秀就拉着他的手說：「仲甫，怎麼回事，一到你家就把我帶到這兒來了！」於是，陳獨秀的身份暴露。褚、邵二人弄清身份後放了。陳獨秀即囑咐包惠僧等人，不可說出共產黨的實情，一切都推在他身上，以爭取陳一人在獄，其餘人先行獲釋。因為，被捕前陳曾接到馬林一封長信，談中共工作的。他怕落到巡捕手中，可能要判他七、八年徒刑。第二天審問時，法庭企圖追查共產黨的關係，認為其餘人是陳獨秀的黨徒。陳獨秀據理力爭，說他們是我的客人，高是家庭婦女，客人陪我太太打牌，有事我負責，與客人無關。
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陳被捕，在報紙上披露後，全國又掀起營救浪潮，但起關鍵作用的卻是馬林。因案子發生在法租界，馬林立即利用西方法制，花很多錢聘請著名律師巴和出庭辯護，又找鋪保保釋，並打通會審公所的各個關節。26日，法國副領事宣判：「搜獲書籍雖多，尚無激烈言論」。惟查出《新青年》因有「過激」文字，判罰一百元了案。[21]
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1921年，陳獨秀被捕時化名「王坦甫」的獄證
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