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同時，陳獨秀的文章還針對有些國民黨員擔心共產黨來赤化國民黨的疑慮，指出：中國階級鬥爭分為兩段路程：「第一段是大的和小的資產階級對於封建軍閥之民主主義的爭鬥，第二段是新起的無產階級對資產階級之社會主義的爭鬥。因為中國勞苦群眾的潛勢力雖然是無限的偉大，但是他們階級的形成及意識方在萌芽時代，所以他們所表現的，只是組織工會和罷工運動，可以說純粹為他們自己階級的政治鬥爭時期還未成熟。」
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對此，《民國日報》在9月14日發表重要文章《國民黨主義並無變更》一文，解釋由陳獨秀加入國民黨引起的「種種揣測」和「殊多誤會」，稱：「中國國民黨為民國惟一之政黨，入黨手續，中山先生已允加變通，……若三民主義五權憲法之黨綱，則決無所更變。陳獨秀君最近曾有《對於現在中國政治問題的我見》一文（曾載本報來論欄），其加入中國國民黨，於思想上亦似無矛盾也。」
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陳獨秀對國民黨的認識明顯受到了馬林觀點的影響，改變了過去一貫的特別是「四月六日」給維經斯基信中對國民黨資產階級性質的認識。這表現了他理論上的弱點、思想方法上時有片面性，太敏感，容易受表面現象和聽信他人之言的缺點。例如，9月20日，他為了說服黨內持反對黨內合作方針者，在機關報《嚮導》上發表《國民黨是甚麼》，竟說：「中國國民黨是一個代表國民運動的革命黨，不是代表那一個階級的政黨；因為他的政綱所要求乃是國民的一般利益，不是那一個階級的特殊利益；黨員的分子中，代表資產階級的知識者和無產階級的工人幾乎勢均力敵。」不過這個錯誤觀點沒有堅持太久，很快就改變了。
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由於中共中央接受了以共產黨員加入國民黨的黨內合作方式實行「國共合作」的方針，加上11–12月陳獨秀率領中共代表團參加莫斯科召開的共產國際「四大」再次加以確認，1923年1月12日，共產國際正式作出了關於共產黨與國民黨合作的決議《共產國際執行委員會關於中國共產黨與國民黨的關係問題的決議》。決議的主要內容如下：
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一、關於國民黨的性質。「中國唯一重大的民族革命集團是國民黨，它既依靠自由資產階級民主派和小資產階級，又依靠知識分子和工人。」——這同陳獨秀一樣，是接受了馬林的觀點，為當時國民黨的表面現象（如支持香港罷工等）所迷惑，抹殺了國民黨的資產階級性質。
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二、關於國共合作的必要性和黨內合作的形式。「由於國內獨立的工人運動尚不強大，由於中國的中心任務是反對帝國主義者及其在中國的封建代理人的民族革命，而且由於這個民族革命問題的解決直接關係到工人階級的利益，而工人階級又尚未完全形成為獨立的社會力量，所以共產國際執行委員會認為，國民黨與年青的中國共產黨合作是必要的。」「因此，在目前條件下，中國共產黨黨員留在國民黨內是適宜的。」
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以上兩條，從當時陳獨秀發表的文章和演說來對照，陳獨秀是接受的。
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三、關於加入國民黨的原則和目的。原則是：
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「不能以取消中國共產黨獨特的政治面貌為代價。黨必須保持自己原有的組織和嚴格集中的領導機構。」
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「中國共產黨應當在自己的旗幟下行動，不依賴於其他任何政治集團，但同時要避免同民族革命運動發生衝突。」
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「只要國民黨在客觀上實行正確的政策，中國共產黨就應當在民族革命戰線的一切運動中支持它。但是，中國共產黨絕對不能與它合併，也絕對不能在這些運動中捲起自己原來的旗幟。」
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目的是：「組織和教育工人群眾，建立工會，以便為強大的群眾性的共產黨準備基礎。」
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站在中共的立場上，這些規定無疑是十分明確而正確的。中心思想是必須保持中共的獨立性——「獨特的政治面貌」、「自己的旗幟」。支持國民黨是有條件的：「國民黨在客觀上實行正確的政策」。這就意味着如果違背這些原則，失去了這個條件，中共就應該及時退出國民黨。
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這就表明：除了對國民黨性質判斷失誤外，共產國際當初制定這個方針基本上是正確的。這些正確的方面，明顯地是受了陳獨秀「四・六信件」的影響。此後，陳在宣傳國際這個決議時，還強調：「此種聯合，純粹是兩階級革命行動之聯合，決非兩階級主義之聯合，此絕對不容混同者也。」[37]但是在1925年8月以後，共產國際受以史太林為首的聯共中央壓力，逐漸違背這些原則，剝奪共產黨的獨立性，變成任國民黨宰割的附庸。陳獨秀正是在這個過程中落入了陷阱。
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對於國民黨來說，這個黨內合作的方針，恰如同一個懷有二心的女人結婚一樣，長遠的結果決不會好。孫中山同意甚至歡迎共產黨加入，是要接受他的領導，搞三民主義，而不是搞共產主義。這一點，他也是光明磊落的，是通過1922初《孫越宣言》（國民黨與蘇聯政府簽訂的協議）公開聲明的：共產主義不適合於中國。這個黨內合作的方針，一開始就醞釀着日後必然分裂傷害一方、傷害雙方的悲劇。最可悲的是，這個方針的決定既不是國共任何一方，而是「第三者」——「老毛子」。是莫斯科，直接造成了1927年國共分裂。
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陈独秀全传 [:1705944881]
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莫斯科之行
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本來，陳獨秀可如當時其他中共領導人那樣，多次去朝拜馬列主義的「麥加」莫斯科。但是，他只去過一次——參加1922年11月舉行的共產國際第四次代表大會。這次中共代表團只有三個人，陳是率團的團長，團員是王荷波、劉仁靜。王是一個地道的產業工人——津浦鐵路浦鎮機器廠鉗工。建黨前就投入工人運動，建立浦鎮機器廠工會，任會長，後率此工會加入中國勞動組合書記部北方分部，1922年6月入黨，然後就當代表赴蘇，說明當時對產業工人的重視。劉仁靜能說一口流利的英語，實際上是翻譯。陳雖然英文不錯，但口語不行，在「四大」上的報告由劉翻譯。中共旅莫支部領導人彭述之，在早已與陳反目成仇後的晚年這樣回憶說：
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陳獨秀抵達莫斯科時，已是「不惑」之年，四十歲出頭了。他中等身材，前額寬廣，留有小鬍子，牙齒整齊潔白，體態文雅，待人隨和，但警惕性極高；眼神炯炯，閃耀着智慧之光，這就是他的充沛生命力。他的儀表確是與眾不同，顯然是一位大知識分子型。有時他那悠悠自得的神情幾近乎風流倜儻。他是一位健談者，在不拘形式的談話中，頃刻間就能把對方征服。他不斷地旁徵博引，常常是妙語連珠，妙趣橫生，確實引人入勝。他能把我們所有聽他說話的人逗樂了，甚至是件小事也會逗得我們開懷大笑，直到笑出眼淚來。說他是一位地道的逗人歡樂的人，並不為過。[38]
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陳獨秀是個風趣的人。大智者多數是幽默之人，在政治和文化陣地上叱吒風雲、衝鋒陷陣的陳獨秀也有此一面，既不是面目猙獰的好鬥者，也不是整天板着臉孔的訓導士。
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彭述之感覺中國代表團沒有得到應有的禮遇。他說：會議對「東方國家，特別是中國，在所有應予關心的問題中，卻被置於無關緊要的位置上。甚至對陳獨秀作為中國新知識分子的領袖，作為五四運動的領袖，作為中國馬克思主義思潮的主要鼓舞者所代表的重大意義，也沒有認識到。同時，對陳獨秀的出席代表大會，幾乎沒有引起注意。」
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1922年底參加國際四大時的陳獨秀
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陳獨秀對中國留學生談這次會議時，也沒有多大熱情。為甚麼？因為共產國際對陳獨秀「四・六信件」和中共中央曾經堅決抵制加入國民黨、並且總是強調保持共產黨的獨立性不滿。劉仁靜代表中國代表團所做的報告中說：「我們黨根據這一原則（即大會主題「建立反帝統一戰線」——引者），已決定和國民革命的政黨即國民黨建立統一戰線，其形式是我們共產黨員以個人名義參加國民黨。通過這樣的形式，我們想要達到兩個目的：第一，我們希望通過我們在國民黨內許多有組織的工人中進行宣傳，把他們爭取到我們這邊來」；第二，「我們打算在組織群眾和通過宣傳說服群眾方面和國民黨競爭……我們能夠把群眾團結在我們周圍，並分化國民黨。」[39]這代表了當時陳獨秀黨中央同意加入國民黨的真實思想：以我為主，利用國民黨。
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新上任的共產國際遠東局書記拉狄克認為這樣想不夠，他以教師爺的口氣說：「同志們，不要把事情看得太美好，不要過高估計你們的力量。」「我們對你們講的第一句話是：走出孔夫子式的共產主義學者書齋，到群眾中去！」「不要事先誇耀勝利。這句話很好，正像古代中國聖賢的話一樣，應當學習和好好理解（即「學而時習之」——引者）。」並對各國代表說：「我們的中國黨……把自己關在書齋裏，研究馬克思和列寧，就象他們從前研究孔夫子一樣。幾個月前還是這個樣子。」[40]