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「現在有兩條對立的戰線：一是國民黨的戰線，一是軍閥的戰線……國民黨除了集合自己的真勢力——國民勢力，引導國民去做革命運動以外，實無別路可走；斷不可徘徊依違於軍閥之間而終無所就，徒然失去國民之希望與同情，致阻國民革命的機運，所以我們不得不向敬愛的國民黨垂淚而道之。」[66]
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忠於依靠工農革命戰略思想的馬林，也不滿孫中山國民黨繼續推行「依靠軍閥倒軍閥」的路線，為此，在1923年5月31日給布哈林的信中，他坦率地承認在中共機關報《前鋒》上「嚴厲批評了國民黨」，並且認為國民黨會因其「領導上的種種錯誤而垮台」。[67]
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中共機關報《前鋒》
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7月21日，馬林給廖仲愷的信中，對國民黨的綱領、領導體制到策略路線上的錯誤，更是全面地進行了坦率的批評：
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關於綱領，馬林批評國民黨不反帝。國民黨「認為不用觸動外國在中國的勢力，就有可能建立一個新中國，由中國人自己決定中國的一切事務。」因此，「國民黨對許多重大問題（例如世界大戰、1919年五四運動、華盛頓會議召開時的運動、對京漢路大罷工的大屠殺，抵制日貨運動）採取了既不領導也不參與的態度。黨沒有成為國民運動的領導者，卻與各封建軍閥為伍。」
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關於領導體制，他說：
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辛亥革命時，「採取了符合家長制傳統的領導方式，這種個人領導方式延續至今，對黨的發展極為不利」；那時以來，中國和世界發生了許多變化，「這些變化本應使國民黨產生新的思想，但是，國民黨的體制，國民黨從不召開代表大會或代表會議，以及它政治宣傳工作的薄弱等都不利於黨的新策略思想的產生和發展。」
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關於策略路線，他說：
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雖然國民黨的三民主義是革命的，然而在實際行動上，卻日益封建主義化。雖然黨綱規定黨應採取新的鬥爭形式，動員資產階級、知識分子、農民和工人參加國民運動，但實際上黨只依靠軍閥、依靠那些和他們在華北的敵人毫無區別的軍閥。[68]
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這封信對國民黨的分析，與去年陳獨秀的「四・六信件」基本上是一致的，完全切中要害。說明在這個問題上，馬林與陳獨秀中共中央是一致的而且是堅決的。因為這關係到能不能在國共合作中保持共產黨的純潔性和獨立性的原則問題。如果國民黨繼續走「依靠軍閥反軍閥」的軌道，那麼，加入國民黨的共產黨就改變性質了，而且這是毫無勝利希望的投機行為。
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當時馬林和陳獨秀為孫中山草擬的「國民黨改組計劃」，也是為了克服這些缺點。在荷蘭保存的此計劃草案中寫道：「黨的執行委員會由21人組成」，名單在「全國黨代表大會上選舉」。「黨代表大會每年舉行一次」。「執行委員會由黨的總理、組織部長、宣傳部長、各部長和國內各地方黨部負責人組成。」或「設立由黨的總理、組織部的三名部長和宣傳部的三名部長組成的中央委員會處理日常事務」。所有這些規定，都是旨在改變孫中山一人獨裁的傳統體制。而且，在各部部長人選名單中，除了組織部長人選為張繼、廖仲愷外，全是共產黨人。陳獨秀被列為三個部長的人選：宣傳部、聯絡部、知識分子部。
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這個名單，充分表現出當時馬林和陳獨秀執行的黨內合作方針的確是利用國民黨、掌握國民黨領導權，進而掌握革命領導權。不過，後來的實踐證明，這種「雄心壯志」是一廂情願的，不現實的。但也雄辯地證明，當初陳獨秀同意國共合作方針，沒有一點後來史太林和毛澤東所說的所謂「右傾機會主義」。
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但是，正如陳獨秀給維經斯基「四・六信件」中指出的，孫中山還是那個老脾氣，只要求黨員對他絕對忠誠和服從，不允許對他的批評，「絕對不能容納新加入分子的意見」。他屢次對馬林說：
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「共產黨既加入國民黨，便應該服從黨紀，不應該公開批評國民黨，共產黨不服從國民黨，我便要開除他們；若蘇俄袒護中國共產黨，我便要反對蘇俄。」[69]
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當時，馬林的一封信中這樣說：「上海的國民黨員抱怨我們《嚮導》周報上的批評太苛刻」；「孫中山告訴我，這個周報上的批評是無法接受的，如果陳獨秀不放棄批評，孫一定要把他開除出黨。」[70]當時任共產國際遠東情報部主任的斯列派克說：「事情到了這種地步，孫逸仙想把陳（獨秀）開除出黨，原因是後者在《嚮導》上批評了國民黨的行為。」[71]後來，孫中山雖未採取此極端措施，並且看在鮑羅廷帶來的大量經濟與軍事援助份上，還指定陳獨秀為參加國民黨一大的代表。但是，二人芥蒂從此埋下，第二年7、8月份終於發生要成立聯絡委員會控制中共的事件。
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又要國共合作，又要爭奪領導權，雙方都是心知肚明的。所不同的是國民黨採取了光明磊落的態度，共產黨則採取了孫悟空鑽進鐵扇公主肚皮裏的策略。一向光明磊落的陳獨秀由於受到了共產國際的牽制，採取了「知其不能而為之」的態度。因此，他在整個國民革命中的表現，始終是動搖和無奈的。
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1923年6月，北京發生直系曹錕驅逐總統黎元洪事件，政局動蕩。陳獨秀主持發表《中共中央第二次對於時局的主張》，提議：「由負有國民革命使命的國民黨，出來號召全國的商會、工會、農會、學生會及其他職業團體，推舉多數代表，在適當地點開一國民會議。」[72]同時，中共中央特別「函請孫中山赴滬召集國民會議」，但是，迷戀於依靠軍閥的孫未予理睬。致使陳獨秀感嘆這個印發了6，300（其中300為英文）份的中共宣言，除了香港各英文報發生反感外，「在國內輿論上無甚麼影響」，對孫中山的工作，「亦無結果」。[73]
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第二年10月，馮玉祥發動北京政變，囚禁曹錕重組內閣，邀請孫中山北上，同時又讓段祺瑞任中華民國臨時執政，搶先掌握實權。孫中山又產生幻想，企圖北上與北洋軍閥組織聯合政府。陳獨秀基於以上同樣的理由，召集中央會議作出決定，反對孫中山北上，指出孫北上是「軍事投機」，「與段祺瑞妥協」。而廣東區委則支援孫北上，認為此舉可以使革命運動推向北方發展。[74]後來見中山決意北上，11月6日，由陳獨秀和毛澤東簽署的《中央通告第二十一號》即改變態度，表示：「現在我們對於孫中山參加北方和會並不根本反對，然我們當警告孫中山在和會中本着國民黨的黨綱、政綱及北伐宣言說話，揭破帝國主義和軍閥在和會中勾結宰制中國的陰謀。」[75]在堅持原則性的前提下，表示了靈活性。
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馬林對孫中山堅持舊的策略也很惱火，於是提議莫斯科在這種情況下，不要為孫中山「南方毫無意義的軍事行動提供財政援助」，並說：
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我個人認為，如果我們的援助只是有利於舊策略的繼續，供養那些與革命的國民黨毫無關係的將領們，如果這種危險存在，就不要給予援助。最好是在對方保證不把援款用於南方的軍事行動之後，再開始提供援助。[76]
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7月18日，馬林離華前夕給越飛和達夫謙的信說得更堅決：「你們看見，孫中山更希望留在廣東，而不樂意同我們接近。現在，我對他毫無辦法。你們隨時可以通過上海找到他。我們的中央委員會（指中共中央——引者）感到，不能寄希望於通過健忘的孫中山改變態度去把國民黨的宣傳推上新的軌道。為了開展群眾工作，我們的人也不能總在廣州束手以待。現在的問題是，不能為了孫氏王朝控制廣東再把200萬元塞進南方將領們的腰包，最好是用21，000萬元（原文如此——引者），幫助為數不多的共產黨人從事國民黨的宣傳，看看他們在這方面會有甚麼作為。」[77]
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在5月31日給布哈林的信中，他甚至表示：「我堅決主張，如果國民黨因其領導上的種種錯誤而垮台，那就一定還要另建一個革命的國民黨。共產黨人在這個黨裏應做的事情與在國民黨裏所做的事情完全相同。」[78]
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順便說一下，馬林如此醉心於共產黨人做國民黨的工作，因為他堅定地認為：「在殖民地和半殖民地國家裏，絕對不能單純進行共產國際的工作，因為在這樣一些國家裏，階級的分化尚未到達這種地步，單純進行黨的工作是不相宜的」；「因為這些被壓迫國家的革命運動在很長時間內必將是民族主義的運動。」[79]這種認識是正確的，可以醫治急於進行共產主義運動的「左傾」急性病，然而也是他雖然獨創性的提出國共合作的方針，卻很快被共產國際拋棄的主要原因之一。
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實際上，馬林與陳獨秀的上述批評孫中山意見，是與維經斯基的意見一致的，或者說是貫徹了當時共產國際主流派的意見。早在1923年3月27日，維經斯基給莫斯科的薩法羅夫（共產國際東方部負責人）電報中就說：「建議在黨代會和工會代表大會（指中共三大和工會第二次代表大會——引者注）結束前讓馬林留在中國，指示他不要無條件地支持國民黨，而要向孫逸仙提出條件：第一，不要把主要精力放在與督軍建立軍事聯盟上，而要放在建立全國性的政黨上；第二，支持工人和學生運動；第三，斷絕同張作霖、段祺瑞的聯繫」。[80]