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五、堅持共產黨的基本立場，保持對國民黨的批評自由。「我們仍要求國民黨內的批評自由，我們便能在國民運動的根本問題上指摘右派政策的錯誤（最重要的，就是回避反帝國主義的爭鬥）——在我們自己的機關報上，在國民黨的機關報上，在種種集會的時候。」
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為此，會議強調：黨現時的根本任務是「在大產業的工人裏擴大我們的黨」；「組織純粹階級的鬥爭的工會」；「不必幫助國民黨組織滲入產業無產階級，不然，就是一個很大的錯誤。」[12]
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很明顯，這次會議的精神是強調階級鬥爭，強調保持國共合作中的共產黨的獨立性，強調共產黨自身的組織的發展，強調團結和訓練工農群眾的階級精神和階級意識，使之在共產黨的領導下參加國民革命，才能「防止資產階級的妥協，民族解放才能徹底」。一句話，就是要爭奪革命領導權。
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這就是當時陳獨秀的主要思想，並且得到維經斯基的支持，也得到共產國際執委內部一些人的支持。
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於是，陳獨秀在中央擴大會議後，馬上向廣州的鮑羅廷提出公開共產黨人左派面目、使派別鬥爭合法化的問題，共產黨也就取得批評國民黨的自由。
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但是，鮑羅廷認為：「中國國民黨宗旨最適用，中國尚可應用一百年」；所以，「第三國際認定中國革命，只能用國民黨黨綱。不能用他種主義。故使中國共產黨及社會主義青年團全部加入國民黨。如有不奉命令者，則認為違反命令。」恰巧在這時（6月），因發現共產黨和青年團在國民黨內建立黨團事件，國民黨右派再次掀起更大的反共浪潮。
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1924年6月，國民黨中央監察委員鄧澤如、謝持、張繼，發現一本小冊子，內容是中國社會主義青年團第二次大會決議案及宣言，其中有關於加入國民黨的共產黨員和團員組織黨團以指導黨團員工作的內容。於是，他們在18日以此為證據，再次向孫中山提出彈劾共產黨，聲稱共產黨員和共產主義青年團員加入國民黨，對國民黨自身的生存發展有重大妨害，主張國民黨內絕不宜「黨中有黨」。實際上，共產黨員和青年團員加入國民黨後，陳獨秀等人發表的任何批評國民黨的言論，都被國民黨人看作「黨員反黨」的證據，從而接連發生檢控共產黨人違紀、進而連署反對共產黨「跨黨」的案件。在這次彈劾案之前，此類案件已有20多起，黨員達2，000餘人。7月3日，國民黨中央委員會召開第四十次會議，對鄧澤如等彈劾案提出三點意見：（一）須有表示態度的宣言；（二）應開中央全會討論辦法；（三）呈請孫中山作出決定。
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7月7日，由汪精衛、邵元沖起草的這個宣言發表，稱已加入本黨的共產黨人，言論、行動有分道而馳的傾向，於是反對派借此肆意挑撥，同志間遂由懷疑而發生隔閡。中央委員會鄭重聲明：「對於規範黨員，不問其平日屬何派別，惟以其言論行動能否一依本黨之主義政綱及黨章為斷；如有違背者，本黨必予以嚴懲，以整肅紀律。」這是一個明顯的反共宣言，因此在國民黨內掀起了新一陣反共浪潮。
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但是，由於陳獨秀一再在共產黨的機關報上批評國民黨的路線，這次孫中山卻不像上次那樣去反擊右派，而是站到了右派的一邊，利用反共浪潮，壓一下陳獨秀，用紀律來制裁共產黨，決定召開中央全會，討論對共產黨的彈劾案。
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陳獨秀本來把孫中山視為國民黨左派，孫中山在接受國共合作方針時也答應改組國民黨，包括改變舊的路線政策，因此，陳以為對其堅持適度的批評不至於引起嚴重問題。但是，現在看到孫不去反帝和壓制右派，而來壓制共產黨，深感意外。7月13日，他寫信給維經斯基，在講述國民黨將開中央全會「討論和決定所謂的共產黨問題」後指出：
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孫中山雖不會馬上拋棄我們，但根本無意制止反動派對我們的攻擊。
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至於國民黨目前的狀況，我們在那裏只看到了右派反共分子，如果說那裏有一定數量的左派，那是我們自己的同志。孫中山和另外幾個領導人是中派，而不是左派（即便戴季陶也不是左翼理論家），所以現在支持國民黨，就只會是支持國民黨右派，因為他們掌握着黨的所有機構。在他們的對內政策中表現出反工人傾向，而在對外政策中表現出反蘇傾向……您須要緊急給鮑羅廷同志發一份電報，請他提供實際情況報告。我們期待你們將根據他的報告制訂共產國際的新政策。我們認為，對國民黨的支持不能沿用以前的形式，我們應該有選擇地採取行動，這就是說，我們不應該沒有任何條件和限制地支持國民黨，而只支持左派所掌握的某些活動方式，否則，我們就是在幫助我們的敵人，為自己收買（應譯成「製造」——引者）反對派。[13]
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陳獨秀的話有些偏激，但指出國民黨內右派勢力之強大，共產黨（自然包括聯共中央和共產國際）不能無條件地支持國民黨，否則將是「幫助我們的敵人」，這種認識是十分尖銳而深刻的。大革命的結果，不幸而被其言中。
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其實陳不明白，俄國在中國推行國共合作方針，不管他們支持哪一方，必然引起敏感的另一方的強烈反應，最後結果必然是一方打倒另一方。這是1927、1949年悲喜劇的根本原因。
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同時，即7月21日，陳獨秀和毛澤東聯合簽發《中央通告第十五號》，作出一系列強硬措施，以保持共產黨的獨立性和對革命的領導權。同時，從以上陳獨秀給維經斯基的信和通告看出，他把希望放在對鮑羅廷和共產國際身上，希望他們採取新政策，至少是不要無條件地支持國民黨。
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但是，陳獨秀希望落空了。鮑羅廷雖然感受到國民黨內反共傾向的強烈，在給國際的報告中承認：「在對待共產黨人的態度問題上，國民黨內部的右派和左派，實行了一定程度的聯合，包括孫中山在內。……幾乎所有國民黨人都會參加反對共產黨人的鬥爭。」同時又認為：「不應當由此得出結論，像某些同志估計的那樣，似乎共產黨人在國民黨內所面臨的問題是如此尖銳，以致必須作好可能分裂的準備。」[14]於是，他非但沒有制止孫中山的行動，反而建議成立一個國際聯絡委員會來解決（控制）共產黨問題。
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鮑羅廷在大會上演說
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這時，瞿秋白正好應鮑羅廷之邀前往廣州，並未經中共中央同意，被鮑推舉參加國民黨中央政治委員會，與鮑一起出席了8月21日召開的國民黨一屆二中全會。當瞿從鮑處得到消息，鮑與孫中山內定成立一國際聯絡委員會來解決國共分歧問題時，馬上專信告知上海。陳獨秀聞訊怒不可遏，立即召開中央緊急會議，通過決定，並直接致電鮑羅廷和瞿秋白，極其強硬地規定：
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一、禁止在國民黨會議上進行任何有關共產黨問題的辯論，並對此辯論不予承認；
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二、中共中央拒絕承認國民黨下屬的為解決兩黨間問題而設立的國際聯絡委員會；
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三、責成我們的同志在全會上對反革命分子採取進攻態勢，從防禦轉入進攻的時機已經到來。[15]
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但是，這個決定到達廣州為時已晚。國民黨一屆二中全會已經結束。在會上，鮑羅廷和瞿秋白雖然為共產黨黨團問題進行了辯解，會議也否定了右派提出的請共產黨員退出國民黨的提議，但會議仍贊同成立國際聯絡委員會以監督共產國際和共產黨關係的決議。決議認為：「中國共產黨的活動，有關國民革命者，實有為國民黨周知的必要；中國共產黨對於其加入國民黨的黨員施以指導，使之對於國民黨應如何盡力，這與國民黨黨務、黨員紀律有直接間接的關係，本黨更不能不過問。」[16]就是要求中共將自身活動中與國民黨有關者，全部公開通報給國民黨。在當時共產黨員和青年團員全部加入國民黨的情況下，接受這個決議，就意味着共產黨失去獨立性，完全接受國民黨的監督和領導。
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這裏，黨內合作方針的致命弱點就暴露出來了。一方面，共產黨加入國民黨，自然在路線政策上和組織上要接受國民黨的領導，服從國民黨的紀律。對此，無論孫中山還是國民黨右派的要求，都不過份；另一方面，共產黨作為無產階級政黨，對於這次革命，除了共同的反帝反封建目標之外，還有自己特殊的要求，更重要的是，根據歷史經驗和規律的提示，資產階級往往在革命關鍵時刻動搖叛變，所以，共產黨又必須保持自己的獨立性和爭取革命的領導權，包括對國民黨錯誤的路線政策的糾正和領導職務上的安排。所以，實現國共合作時，國民黨必須進行「改組」。這也是無可非議的。這樣兩黨的合作勢必發生無窮無盡的日益尖銳的矛盾和衝突。要解決這個衝突，只有一方完全服從另一方，否則聯合必然瓦解。也就是說，黨內合作的形式是不可能長久的，應該根據形勢，及時調整，變黨內合作為黨外聯合。黨外聯合就自由、靈活得多，能聯合的問題上聯合，其他方面各保持獨立。或能聯合時聯合，不能聯合時各行其是。陳獨秀7月14日給維經斯基的信，也就是這個意思。
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