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第三個顧慮應該是他複雜處境中與國共兩黨及蘇聯、共產國際的關係。這是他自傳中的敏感問題。正如他以上致陶信中透露的：「雜誌登載長文，例多隔期一次，非必須每期連載，自傳偶有間斷，不但現在勢必如此，即將來亦不能免。佛蘭克林自傳，即分三個時期隔多年完成者，況弟之自傳，即完成，最近的將來，亦未能全部發表，至多只能寫至北伐以前也。」
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不過，在給陶寫這封信時，還沒有完全放棄續寫自傳的打算。翌年（1938年）3月，亞東圖書館將其兩章自傳出單行本時，他還向汪孟鄒表示打算完成其自傳的全部，並允許各章繼出單行本。可能是受了這時發生的中共誣陷其是「每月向日本間諜機關領取300元的漢奸」的刺激，對中共完全絕望而徹底破裂，寫自傳已經無所顧忌了。然而，這個「打算」由於至死沒有完成另一部學術著作《小學識字教本》而沒有實現。當時他入迷似地研究文字學，撰述《教本》。汪孟鄒多次催促續寫自傳。但他認為寫《教本》比寫自傳更為重要，答應此書寫好後考慮自傳的續寫問題。沒有想到《教本》沒有寫完，他就病逝了。所以，《實庵自傳》這兩章，成了自傳絕筆，沒有寫到波瀾壯闊一生中最精彩的篇章。
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陈独秀全传 [:1705944950]
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嘔心瀝血的文字學著述
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陳獨秀把文字學的研究和著述看作比寫自傳還重要，主要是他認為漢字的落後將貽誤子孫後代。應該說，他這個想法起源於五四新文化運動時期。當時激進的如錢玄同，曾主張廢除漢字，陳獨秀則主張漢字拼音化，並在1928年終於完成《中國拼音文字草案》。他曾滿懷希望此稿能出版，許多朋友也都幫忙促成，但終未能如願。於是他退而求其次，研究漢字形成的規律，企圖解決漢字的難認、難記、難寫的問題。
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監獄的環境和朋友的幫助，給了他繼續研究這個純學術（遠離政治）問題的良好條件。所以，這是他一生中從事文字學研究和著述時間最長、收穫最多的時期。他也希望那些「書生氣」的朋友們學他——「棄政從著」。他曾為魯迅議政而中斷小說的創作而惋惜，也曾為胡適從政而中斷文學革命而可惜。1932年12月1日，他致函胡，說胡「著述之才遠優於從政」，並贈以「王楊盧駱當時體，不廢江河萬古流」詩句相勉，望其從著不從政重新煥發「五四」時期文學革命的青春；甚至具體建議胡從推廣拼音文字入手，要其幫助早日出版他三年前著的《中國拼音文字草案》。他天真地認為，自己既已被捕，當局就不應再怕他，商務印書館「可以放心出版了」，或者由崇拜他的學生傅孟真掌管的國立中央研究所出版。希望此書能起到「引龍出水」的作用，「引起國人批評和注意，坑人的中國文字，實是教育普及的大障礙」。為此殷殷囑告胡適：「新制拼音文字，實為當務之急，甚望先生能夠拿出當年提倡白話文的勇氣，登高一呼」，掀起中國拼音文字的運動。[48]
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但是，胡適對此沒有回應。除了對文言文和愚昧落後的國民性深惡痛絕外，對漢字的改革，胡適似乎不感興趣。其實，在這個問題上，胡適是比較理智的，陳獨秀倒有點像堂．吉訶德。因為，一種文字是一個民族長期共同生活中形成的公器，特別是漢字，是幾千年的傳統產物，要改成像西方拼音文字那樣的東西，豈不與「廢除漢字」相同。這個工作決不是一二人「登高一呼」或搞一二個運動所能解決的。漢字與西方拼音文字相比，孰優孰劣，直到今天還是個頗多爭論的問題。特別是有了電腦以後，漢字的優越性，似乎在某些方面還佔了上風。所以，「漢字改革」的聲音越來越遠去了。
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陳獨秀最後似乎也理解到這個道理，生命的最後幾年，他把主要精力放在探索漢字規律上，幫助人們如何較方便地掌握漢字，也就是寫一部通俗的「漢字入門」書，碩果累累。歸納起來，成果可以分為兩大類：
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音韻學方面，寫就《連語類編》。此稿隨作者輾轉跋涉到四川江津，因北大同學會資助其晚年生活費，1941年春將此贈北大以為報答。但因戰時困難，社會難顧這類生僻的學術著作，到他去世時也未出版。《古音陰陽入互用例表》在獄中寫了初稿，1944年初重訂，作自序，油印25份，徵求文字學家魏建功、陳鍾凡、顧頡剛（均是陳獨秀北大時的學生）意見，得到評價甚高。抗戰中一直在研究音韻學的魏建功說：「余惟先生實為檢討向來古音分部結果而有此作，其要旨具詳自序，銳思精斷，非依違章（太炎）高（本漢）所可夢想。」（章、高是當時音韻學家最大的權威——筆者）
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還有其他音韻學論著，一共七種，在陳獨秀逝世後，由何之瑜彙編成第一本《陳獨秀遺著》，由商務印書館出版，取名《古音陰陽入互用例表及其它》。1949年3月，該書排出清樣，大16開本，共271頁。但因改朝換代，共產黨不容已逝世八年的陳獨秀，該書胎死腹中。不過手稿和清樣一直完好地保存着。1993年，筆者把清樣稿推薦給中國最著名的古代文學出版社——中華書局。該書領導慧眼識珠，當即決定正式出版。由於在政治思想上陳獨秀一直被當局揪住不放，再加上該書稿不僅是繁體字，而且有許多已經不用的古文字，製版甚難，2001年才得以出版，改名為《陳獨秀音韻學論文集》。人們終於看到了陳獨秀研究音韻學的全貌和高深的造詣。該書首印3000冊，很快就銷售一空。
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文字學方面，先後完成《甲戌隨筆》、《干支為字母說》、《實庵字說》、《誤字初階》、《隨筆》等稿。其中《甲》稿出現最晚，人們都以為此稿遺失了。從內容上看，此稿內容相當雜亂，應是1934年（甲戌）（陳獨秀在以上研究音韻文字學時，隨手寫的心得筆記。後來可能由陳自己或何之瑜稍作整理、歸類，並把陳晚年整理的房東楊魯丞文字學著作作為「附錄」一起編入，取名《甲戌隨筆》，以作為《陳獨秀遺著》之一種流傳下來。陳逝後先由其至友方孝遠保存，後其子方繼孝秘藏，待陳獨秀遺著及音韻文字學著作相繼出版之後，它才撩開神秘的面紗，2006年11月，以很不貼切的《陳獨秀先生遺著》這個總稱為書名出版了。實際上，在何之瑜編的《陳獨秀叢著目錄》中，它排在倒數第二位，即遺稿中的第十一種。應該說是陳獨秀文字學著作中的最次要部分。自然，如此說並非要貶低此稿，因為陳獨秀從不「無病呻吟」、「無得而作」，而是以其讀書研究中的偶有心得，記錄下來的，不是一部完整的著作，所以稱為「隨筆」。自然，由於是陳獨秀的心得，它的出版還是有價值的，而且值得紀念，尤其要感謝收藏者方繼孝先生在整理此稿、奔走出版的工作中，做出的極大的努力。
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《陳獨秀遺著》封面
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《金粉淚》滄桑
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陳獨秀在進行以上公開的政治鬥爭和學術研究之外，還進行了一些隱蔽的鬥爭和文學創作活動。這在他這次被捕之初給何應欽和看守人員的題字中已有表現，後來則集中表現在秘密創作的《金粉淚》五十六首組詩中。
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《金粉淚》是一組七言絕句，全詩感時傷事，情思悲憤。「金粉淚」的命題旨意，是因南京乃舊時「六朝金粉」的繁華古都，而今達官貴人不顧國家民族存亡，人民卻在痛苦呻吟。組詩以嬉笑怒罵的方式，從讀報和接待來訪人員中所見所聞的事實，在政治、經濟、文化、軍事、外交等廣闊領域內，淋漓盡致地揭露、諷刺、痛斥、控訴。試分類舉例如下：
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飛機轟炸名城墮，將士歡呼百姓愁；虜馬臨江卻沉寂，天朝不戰示懷柔。（「名城」即錦州——引者，下同）
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長城以外非吾土，萬里黃河慘澹流；還有長江天塹在，貴人高枕永無憂。
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人心不古民德薄，中夏亡君世道憂；幸有安排謝鄰國，首宜統一慶車郵。（「慶車郵」諷刺政府與偽滿簽訂通郵協定）
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兩載匆匆亡四省，三民赫赫壯千秋；中華終有新生命，海底弘開紀念周。（「四省」指東北三省加當時地跨長城內外的熱河省。「三民」指三民主義。「海底」乃諷刺代理行政院長宋子文告熱河將士書中說：「諸君打倒哪裏，子文跟到那裏，……諸君打到海裏，子文跟到海裏。」）
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健兒委棄在疆場，萬姓流離半死傷；未戰先逃恬不恥，回鑾盛典大鋪張。（「回鑾」指蔣介石於「一．二八」上海抗戰起第三天，匆忙宣佈遷都洛陽，《淞滬協定》簽訂後，又回到南京。）
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開門閉戶兩爭持，佝僂主人佯不知；幸有雄兵過百萬，威加百姓不遲疑。開門閉戶謂英美與日本之爭持也（英美主張門戶開放，日本主張閉門獨佔。佝僂主人不去抗日，只知殘害百姓。）
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木鞋踏破黃河北，救國三民有萬能；革命維新皆反動，祭陵保墓建中興。（「木鞋」批日本。「三民」即三民主義。「祭陵保墓」指考試院長戴季陶等到陝西祭奠周陵、茂陵。）
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四方烽火入邊城，修廟扶乩更念經；國削民奴皆細事，首宜復古正人心。
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人心一正般般古，四裔夷酋自罷兵；中國聖人長訓政，紫金山色萬年青。