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「愛國情殷，深自悔悟」，就是自找台階下的託詞。為了儘快甩掉陳獨秀這個包袱，國民黨陷入自相矛盾的境地：既然「愛國情殷」，何需「深自悔悟」？此其一；其二，這個說法又與當年判罪理由「借反日救國名義，欲將建設中華民國之國民黨國民政府推翻」相矛盾。不管怎麼樣，當局也顧不得這些了。所以，21日當天就把呈文批下，向司法院發出了「國民政府指令」。「指令」只把「呈文」「近以時局嚴重」一句圈掉，以更加突出「愛國情殷，深自悔悟」，其末尾稱：「呈悉。應予照准。業經明令宣告減刑矣。仰即轉飭知照。此令。」[4]司法院接到「指令」後，當日「訓令」司法行政部部長王用賓，稱「現值時局緊迫，仰即轉飭先行開釋可也」。[5]
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請看，「時局緊迫」，「先行開釋」。自然，「悔過」之類的手續也不用辦了。從「呈文」到「指令」、「訓令」，以及見報的「明令」，竟然在一天之內就完成了。第二天，即8月22日，「宣告陳獨秀減刑」的「國府明令」就在《中央日報》等各大報上刊登出來，宣稱：「將陳獨秀原執行有期徒刑八年減為執行有期徒刑三年，以示寬大。」
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與此同時，監獄當局也向陳獨秀宣佈了這個「明令」。陳當然不能接受「深自悔悟」的不實之詞。照顧他生活的濮德志和羅世藩勸他發表聲明：「愛國情殷」可以默認；「深自悔悟」必須更正。但是，一向「實話實說」、快人快語的陳獨秀，既沒有像當年法庭上那樣極力抗爭，也沒有像讓他寫悔過書那樣強烈抗議，似乎是「默認」了。濮德志後來回憶說：「陳獨秀這個人是非常怪僻的，新聞記者來見他，本可乘此機會講講自己的主張，但他避而不見，把我和羅世藩氣壞了。」其實，陳獨秀是玩了一個小把戲：認為經過上次抗爭和朋友幫忙，政府已經不讓他寫「悔過書」了，這次再拒絕，怕生枝節，耽誤出獄大計，爭取先出獄再說。
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於是，8月23日，陳獨秀一生中最後一次出獄，從而在大半生秘密地下生活後，獲得了人生的自由。出獄後第3天，他就給《申報》寫了一封聲明信，批駁「政府聲明」中的「深自悔悟」。此信不長，文字極為精彩，是《獨秀文存》之外的稀有佳作，全文如下：
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鄙人辛苦獄中，於今五載。茲讀政府明令，謂我愛國情殷，深自悔悟。愛國誠未敢自誇，悔悟則不知所指。前此法院科我之罪，誣以叛國。夫叛國之罪，律有明文，外患罪與內亂罪是也。通敵之嫌，至今未聞有人加諸鄙人之身者，是外患罪之當然不能構成。邇年以來，國內稱兵據地或企圖稱兵據地之行為，每役均於鄙人無與，是內亂罪亦無由周內。無罪而科以刑，是謂冤獄。我本無罪，悔悟失其對象。羅織冤獄，悔悟應屬他人。鄙人今日固不暇要求冤獄之賠償，亦希望社會人士尤其是新聞界，勿加我以難堪之誣衊也。以誣衊手段摧毀他人人格，與自身不顧人格，在客觀上均足以培養漢奸，此非吾人今日正所痛心之事乎！遠近人士，或有以鄙人出獄感想見詢者。蓋以日來都中有數報所載鄙人言行，皆毫無風影，特發表此書面談話，以免與新聞界諸君面談時口耳之間有所訛誤。
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陳獨秀（章）
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八月廿五日[6]
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這樣一封妙文佳作，竟被湮沒約半個世紀。《申報》是當時上海歷史悠久、印張最多、影響最大的民營報紙，所刊報導和評論比較客觀。當年報導陳獨秀案的審判就是如此。陳獨秀自撰的《辯訴狀》在法庭上曾引起轟動，上海各報攝於國民黨的高壓，隻字不敢刊載，獨有《申報》別出心載，在「地方通訊」欄內用「蘇州通訊」的形式，發表了《辯訴狀》的要點。陳欣賞該報的膽識，這大概是投信於它的原因，以此聲明天下，了卻這樁公案。但是，這次他卻未能如願。
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接到此信後，《申報》編輯部主持言論的胡仲持即與總經理馬蔭良商量。二人一致認為，以「危害民國」罪判陳入獄，可以說是一種「冤獄」，應予「平反」與「賠償」。現在說他「深自悔悟」，真是豈有此理！陳的信中表明兩點，無不言之成理，在《申報》發表，自無問題。但是採取甚麼形式發表，用「書面談話」，還是用「讀者來信」，一時不能作出決定。怕處理不當，或是「新聞檢查官」通不過，或為讀者所忽略，都不能達到陳獨秀的目的，所以遲疑不決。同時，馬、胡二人對於托派情況毫無瞭解，為了慎重起見，他們託胡仲持的哥哥胡愈之聽聽共產黨方面的意見，瞭解到彼方態度比較淡漠，認為是否發表此信，可由《申報》自己決定。
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陳出獄時批駁「深自悔悟」的信
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從郵戳上看到，此信是在戰局緊急的9月9日陳獨秀撤離南京逃亡武漢前發出的，正是上海抗戰最激烈之時。新聞熱點已轉向戰況報導，而且受戰爭影響，上海各報都縮小篇幅，《申報》由五、六大張，改為一張半，又多為軍事報導所佔，陳獨秀出獄的新聞並不引起重視。於是編輯部決定「暫不發表」。11月10日，上海淪陷，12月13日，南京失守，15日，有民族骨氣的《申報》因拒不接受日方的新聞檢查，自動停刊。[7]陳獨秀的這封信，就再也沒有機會公開發表了。44年後，上海《黨史資料》雜誌從博物館中挖掘出這封信並披露時，人們才知道他在這個問題上並不妥協，確是硬骨頭。
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陈独秀全传 [:1705944961]
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對國民黨態度的轉變
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這次出獄，結束了陳獨秀長期隱蔽、緊張、危險的地下生活和牢獄生活。許多親朋好友前來迎接，當然包括他實際上的第三任妻子潘蘭珍及元配高大眾所生第三子陳松年。協商後，陳獨秀決定先住學生傅斯年家，傅時任國立中央研究院語言所所長。幾天後，因附近房屋被日機轟炸，又於月底移居到陳鍾凡家。南京畢竟已是危城，雖吉人天相，兩度免難，也實在太被動。於是9月9日乘輪船遷往武漢。經朋友幫忙，最後落腳於武昌城內雙柏廟後街26號。
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據王文元說，這住所原是一桂系軍人的舊式平房，但頗有庭園風味，最適合陳獨秀這類大文人居住。在流亡途中能住上這樣的房屋，陳也比較滿意。落難總有貴人相助，表明「名望」是一個人的特殊財富。而「名望」不是天生的，也不能搶來騙來的，而是靠自己實實在在的、大公無私的奮鬥得來的。
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陳獨秀出獄前後，國際國內形勢發生了一系列重大而複雜的變化。蘇聯一邊大肆製造冤案，殘殺異己者，嚴重削弱國內有生力量，一邊為自保，先後與法國、波蘭締結互不侵犯條約，同時利用第三國際第七次代表大會精神，號召各國共產黨人建立廣泛的反法西斯統一戰線。雖然意在保衛蘇聯，但對各國共產黨，特別是對中共路線的轉變，有一定的積極意義。王明為首的駐共產國際代表團，在1935年「八一宣言」中發出「停止內戰，團結抗日」的呼籲。12月中共中央舉行的「瓦窯堡會議」制定了抗日民族統一戰線的策略，並通過張學良、楊虎城發動「西安事變」（捉蔣兵諫），最終實現了從「反蔣抗日」到「聯蔣抗日」的轉變。1937年，第二次國共合作實現。
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一向對政治形勢有敏銳觀察力的陳獨秀，思想也發生了重大變化，主要表現在兩個方面：
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第一，由「打倒國民黨」，轉變為「擁護國民黨政府領導抗日」。
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抗戰之初，全國人民同仇敵愾，抗戰情緒極度高漲。國民政府也較積極，國共合作較為融洽，先後出現了「平型關」、「台兒莊」那樣的勝仗，北平「七．七」及上海「八．一三」抗戰，雖敗猶榮。陳獨秀見此，很受鼓舞。因此先後在南京、武漢多次發表演說，撰寫文章說：「這一次抗戰，軍人確是盡了他們最大的力量，勇敢犧牲的精神，是可欽佩的」。[8]他對抗戰的前途也是相當樂觀，而且感染了一些失敗主義情緒嚴重的人。
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還在南京時，他與胡適、傅斯年談論形勢，傅很沮喪地說：「我對於人類前途很悲觀，十月革命本是人類運命一大轉機，可是現在法西斯的黑暗勢力將要佈滿全世界……我們人類恐怕到了最後的運命！」陳獨秀說：「不然，從歷史上看來，人類究竟是有理性的高等動物，到了絕望時，每每自己會找到自救的道路，『山重水複疑無路，柳暗花明又一村』；此時各色黑暗的現象，只是人類進化大流中一個短時間的逆流，光明就在我們的前面，絲毫用不着悲觀。」他甚至以半個多世紀的深刻的歷史經驗和觀察，這樣自負地說：「即使全世界都陷入了黑暗，只要我們幾個人不向黑暗附和、屈服、投降，便能夠自信有撥雲霧而見青天的力量。」當時傅斯年被他的話深深打動，說：「我真佩服仲甫先生，我們比他年紀輕，還沒他精神旺，他現在還是樂觀。」[9]
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所以對抗戰有如此的認識，一是看到由於國共合作的形成，出現了空前的團結，一致抗日，結局必勝的景象。陳獨秀多次留學日本，深知日本國土之小，資源之貧，想滅亡中國如蛇吞大象，最後必敗。二是對這次抗戰的意義有了比「救亡愛國」更深的認識。他認為這次抗戰是「被壓迫的民族反抗帝國主義壓迫束縛的革命戰爭」；它不僅是「進步的」，而且是「革命的」；不僅是「反侵略戰爭」，而且是中國「六七十年來改革與革命的大運動之繼續」，[10]「是第一次革命——辛亥革命、第二次革命——北伐戰爭之繼續」，其意義不僅僅是趕走日本帝國主義，而且「是推翻一切帝國主義的宰割，完成國家獨立與統一」，[11]「由半殖民地的工業進到民族工業，使中國的政治經濟獲得不斷的自由發展之機會」。[12]為此，他在自己的「抗戰綱領」中寫道：「以推翻帝國主義者所加於中國民族工業發展的障礙為此次抗日戰爭之最終目的。」[13]
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要實行這樣的抗戰，承擔這樣複雜而艱巨的任務，必須在軍事、政治、經濟等各方面，有一系列的綱領和政策，並有組織實施力量，就是全國要有統一的領導。領導過共產黨和托派十幾年的陳獨秀，現在已經超脫於黨派之外，手中也沒有群眾。他考慮的是：誰能領導這樣的戰爭，就擁護誰，為此聲稱：「此次抗日戰爭，無論是何人何黨所領導，任何人任何黨派都應該一致贊助。」[14]「誰能夠有實力有決心來領導這一戰爭，完成國家獨立（即收回以前所有喪失的主權）與統一，並且能夠解決農民問題，誰便能夠安然掌權。」[15]當時，除了國民黨，共產黨及其他黨派都沒有這個力量。這就是他擁護國民黨領導全國抗戰的基本出發點。
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同時，他對國民黨本身的認識，也與「九．一八」、「一．二八」時不一樣了，不再罵國民黨政府是「不抵抗」，「投降賣國」的政府，而說：「因『九．一八』的刺激，反日空氣彌漫了全中國，政府也有了二三年的軍事上的努力，於是乃有今日的抗日戰爭。」[16]他甚至稱國民黨政府是「堅決抗戰到底的政府」，「我們應該相信政府確有抗戰到底的決心，是不會中途妥協的了。政府曾昭告全中國人全世界上的人，『中途妥協即千古罪人』言猶在耳，忠豈忘心。人民不應該再懷疑政府了。」為此，一直處於反對黨地位的陳獨秀，一再強調「民族利益高於黨派利益」，呼籲全國民眾，尤其是「共產黨及其他黨派，都以在野黨的資格絕對擁護抗日戰爭；一致承認國民黨一黨政權及其對於抗日戰爭之軍事最高統率權」。[17]並且提議：「政府要抗戰到底，人民要援助政府使政府能夠抗戰到底……人民要政府抗戰到底，必須趕快有錢者出錢，有力者出力」。[18]
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請看，陳獨秀簡直成了忠誠的「國民黨員」了。可以看出，這時的陳獨秀對國民黨滿懷着期待，對國民黨抗戰的積極性，估計甚高。他還一改過去譴責政府壓制民眾自動起來抗戰的口吻，詰問說：「有人懷疑政府不許民眾自動的組織起來，武裝起來，我以為這是過慮，難道政府不許人民抗敵救國嗎？」在言論上愛走極端的陳獨秀，還本末倒置地說：「人民如果真能做到『有錢者出錢，有力者出力』這兩句話，我相信政府更能夠抗戰到底，不會中途妥協而言和。」[19]
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