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抗戰爆發後，托洛斯基與第四國際對中國托派路線有明確的指示。1937年8月，第四國際通過關於中日戰爭的決議案，提出了兩個「打倒」的口號：「打倒國民黨！」「打倒日本帝國主義！」[78]托洛斯基在致友人信中也表示，中國抗日戰爭是正義戰爭，但蔣介石的抗戰是違反自己意志的，是「被人推向前」的，「明天，他又要背叛」。他指示中國托派：「對於蔣介石和他的黨，以及整個中國統治階級，我們無需要存絲毫的幻想」；對於抗戰，一面要「積極參加」，「一面政治上準備推翻蔣介石」。[79]對於第二次國共合作托氏更是極力批評：「共產國際的中國支部遵照着莫斯科的命令，拋棄了馬克思主義，接受了反動的與學究氣的『孫文主義』，加入了國民黨，服從它的紀律……在目前的對日戰爭中，又在重複着這個同樣的致命的政策。」[80]
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陳獨秀出獄後不久，其他托派也先後被釋放。彭述之由於在托派運動中的嚴重爭吵，不像鄭超麟和王文元、濮清泉那樣與陳見面，而是歷盡千辛萬苦回到已成日寇統治中心的上海，從此與陳訣別。這時上海托派只剩下10個人，他與另一個從監獄出來到滬的劉家良一起加入臨委。臨委書記仍是陳其昌（不久由彭述之接任），其他委員有李福仁、寒君和邵志誠（又名邵魯，對外充當李的司機）。根據托洛斯基和第四國際的指示，1937年11月上海失守後，召開了一次「中國共產主義同盟上海黨員代表大會」，通過了《目前抗戰中我們的任務與策略的決議》，提出了托派的抗戰綱領。
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決議認為，國民黨抗戰，一是「不能不以『應戰』來維護其統治權，一是以『應戰』作為達到它妥協投降目的的手段」。托派的政策是：「全體民眾自動組織和武裝起來參加抗戰……立刻召集緊急的普選全權國民會議以領導徹底的抗日戰爭」；對於國民黨各派，「號召群眾監視他們的行動，並準備力量推翻他們」。對中共執行的民族統一戰線，他們更是杯弓蛇影，稱之為「徹底投降」——「今天的『國共合作』，不僅是1925–1927年國共合作的重演，而且是自覺的叛變。斯大林黨已經完全墮落為小資產階級的改良派，它今後只有依附於一派資產階級以反對另一派資產階級……成為資產階級欺騙和壓迫民眾之天然工具。」[81]
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陳獨秀斥責上海托派臨委的主張是「極左派」，不屑一顧。轉向托派以來，他與這種傾向作了不懈的鬥爭，寫了無數的文字，實在已經倦了，現在終於出現了擺脫他們的機會。他對上海托派的厭惡之辭是：「總是將革命之所有能事歸結於辦一張可憐的報紙」，已如上述。
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托派中最有理論修養、被稱為陳獨秀「忠實學生與同志」的鄭超麟1937年8月29日出獄後，曾到陳的住處（陳鍾凡家）看望。鄭明確反對陳擬的幾條抗戰提綱，特別是反對暫時對國民黨「休戰」，並從理論到實踐各方面預測共產黨會解散組織加入國民黨。陳反駁了鄭的觀點，堅決支持共產黨聯合國民黨一同抗日的政策。鄭很克制，沒有大吵大鬧。他太瞭解陳了，吵也沒有用。話不投機半句多，第二天就離開了。這一對從1924年以來在腥風血雨中結成深厚情誼的同志，就這樣再也沒有見面。此後陳在文章和書信中，經常批評鄭把中日戰爭看作是蔣介石與日本天皇之戰，應當採取「失敗主義政策」等荒唐觀點。鄭活到1998年，壽數98歲，經歷了共產黨勝利後給他的49年思想改造，包括27年監獄生活，其托派信仰始終未改。
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陳獨秀知道，在抗戰初期表示的抗日主張及在武漢與何基灃的接觸及與第三種勢力的聯絡，必不為上海托派中央所容。所以，在南京和武漢「廣泛聲明」，不再代表任何黨派，並於1937年10月21日致陳其昌信中明確告訴托派臨委：「我只注重我自己的獨立思想，不遷就任何人的意見，……不能代表任何人，我已不隸屬任何黨派，不受任何人的命令指使，自作主張自負責任。將來誰是朋友，現在完全不知道。我絕對不怕孤立。」[82]
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這個聲明引起托派臨委驚慌。他們有的主張「公開向外聲明，D.S.同志的意見不是我們共產主義同盟的意見，有些同志甚至主張與他決裂」。[83]代表年輕人的托派中最極端的極左派劉家良說：「陳獨秀及其附和者對中國資產階級存在着強烈的幻想……據我們觀察：這個機會主義者（一個標準的機會主義者）是沒有希望了。與他決裂只是一個時間問題。」[84]
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最後，臨委在多數人的贊成下，通過了一個叫《我們對於獨秀同志的意見》[85]的提綱，嚴厲指責陳獨秀發表的「與任何黨派沒有關係」的聲明，稱其：
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「完全採取了『超黨』的，即『超階級』的立場。他自『八一三」以來所發表的一切文字，正由這一立場出發，因此一貫地充滿了機會主義的精神，即充滿了站在各黨派之間、站在政府與民眾之間的調和主義精神，這是根本違背了馬克思主義的『階級對階級』的基本觀點」。
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接着，提綱逐條批駁了陳獨秀的主張：
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1、「D.S.主張『民族利益高於黨派利益』，這在馬克思主義的觀點，也是錯誤的。因為『民族』是抽象的，在現代的社會裏，真正代表民族利益的往往是一個最進步的階級（是現時的無產階級）……又必須是一個真正革命的馬克思主義的黨。所以單純地說：『民族利益高於黨派利益』，實際上即等於否認無產階級在民族解放鬥爭中的領導權，這根本是反動的思想。」
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2、「把國民黨政府這次應戰的革命意義儘量加以誇大，同時不僅自己擁護國民黨領導抗戰，又公開叫民眾『要相信政府有抗戰決心，是不會中途妥協了』，這完全是替國民黨政府作宣傳筒，結果即是欺騙民眾。這與我們的基本政策毫無共同之點。」
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3、「D.S.所說的『共產黨及其他黨派都應以在野黨的資格擁護抗日戰爭，一致承認國民黨一黨政權及其對抗日戰爭之最高統率權這一事實。不要把開放黨權和開放政權混為一談』。這裏十分明顯地是主張維持國民黨的軍事專政，是完全放棄了以普選全權的國民會議來代替國民黨的軍事專政之原來的政治主張。」
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4、「不但不嚴正反駁史大林黨之對於我們整個組織的無恥誣衊，反而公開地宣佈他與『托派』沒有任何關係，即公開宣佈他已脫離了『托派』，這完全表示了，他放棄了自己多年來所堅決擁護並為之奮鬥的革命旗幟，這等於叛變了組織，叛變了自己。」
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5、「D.S.所以遠離第四國際的基本立場，在最重要問題上走到了如此的機會主義，主要是由他自出獄後希圖無條件地保持自己的『公開地位』，因而不得不向國民黨政府妥協，不得不向史黨表示讓步……放棄了自己原來的革命立場，然而這正是社會民主黨及一切所謂合法馬克思主義者之所以墮落之根本原因。」
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提綱最後提醒說：「D.S.要想重新回到革命的隊伍裏來，首先必須考慮他所幻想的『公開地位』，進而考慮他近來全部思想錯誤的根源，否則他的錯誤將跟着時間前進至於不可收拾。」但在「附言」中，又以和解的口吻表示：「我們希望D.S.同志能站在革命的利益上來互相討論和批評，以便最後獲得共同一致的正確結論。」
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托派臨委這種思想僵化，抱殘守缺，不可理喻的狀態，使陳獨秀深為絕望。他明白，極左的根子在托洛斯基那裏，於是，採取了一個徹底的辦法，直接向托氏寫告狀信。由於向托氏寫信，又不得不用「我們」即整個中國托派的名義來自稱，說明陳還是希望托氏運用其聲望來挽救中國的托派事業。
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信一開頭就敍述中國抗戰潰敗的局勢及中國托派由於「極左派」路線的錯誤造成組織衰微，因而對這種局勢處於惱人的無能為力的狀態。他哀歎：「我們當然未曾幻想在此次戰爭中有很大的發展。然如果政策比較的正確些，也不致像現在這樣衰微。我們的集團，自始即有極左派的傾向。」然後例舉自己在與托派鬥爭中對方的極左觀點說：「這些極左派的傾向在組織內部的宣傳起了很大的作用，遂決定了對中日戰爭的整個態度，沒有人能夠糾正，誰出來糾正，誰就是機會主義。」這就是他的心酸之處，自己就被說成是一個「老機會主義者」，並一度被開除出托派。
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更使他痛心疾首的是，由於托派的這種極左派錯誤，使史太林、王明、康生的「托派即漢奸」的宣傳也產生了惡劣的影響。他說：
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在戰爭中，這般極左派的人們，口裏也說參加抗戰，但同時卻反對把抗日戰爭的意義解析得過高，他們的意思或者認為只有反對國民黨統治的戰爭才是革命的，反對日本帝國主義的戰爭不能算是革命的；又有人譏笑「愛國」這一名詞，甚至有人認為此次戰爭是蔣介石對日本天皇的戰爭。有人認為工人參加戰爭是替資產階級當炮灰。他們認為誰要企圖同共產黨、國民黨談判共同抗日的工作，誰便是墮落投降。群眾眼中所看見的「托派」，不是抗日行動，而是在每期機關報上滿紙攻擊痛駡中國共產黨和國民黨的文章，因此使史大林派的「托派漢奸」的宣傳在各階層中都得到了回聲，即同情於我們的人也不明白「托派」目前所反對的究竟是誰。從開戰一直到今天，這樣狀況仍舊繼續着，不但未能獲得群眾，簡直無法和群眾見面，因此使他們的意識更加狹窄，竟至有人造出一種理論說：一個革命黨員，社會關係越簡單越好。
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為此，他給托派下的結論是：「這樣一個關門主義的極左的小集團（其中不同意的分子很少例外）當然沒有發展的希望；假使能夠發展，反而是中國革命的障礙。」
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最後，為了打動托洛斯基的心，陳獨秀把托派在中國的發展與第四國際的威望聯繫起來。他把中共與托派對比，如數家珍似地報告托派的力量：「中共人數遠遠超過我們，然亦只是些知識份子和沒有一點工人基礎的武裝隊。我們在上海、香港二處有組織的人共計不滿五十；其餘全國各地游離分子大約在百人以上。」
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托洛斯基在閱讀報刊
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