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最能說明問題的是1939年國民黨採取過的一個特殊行動。張國燾向蔣介石提議：派國民黨知名人士公開訪問陳獨秀，將陳的抗戰言論編輯成冊，來對付共產黨在抗日宣傳上的影響。於是，蔣即派兩位心腹愛將胡宗南和戴笠帶上禮物，親自來到江津訪陳。而在「禮物」中，有一件特殊的東西——去年3月由傅汝霖、段錫朋等人在《大公報》上為陳的所謂「漢奸」事件辯護啟事的剪報。他們以為這是提供陳大罵中共的最好材料，可謂用心良苦。
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正如1933年在法庭上表現的那樣，陳獨秀對共產黨的抨擊出於自己的立場和理論，與國民黨的「反共」完全不同。對國民黨的十年拉攏，他始終採取「不合作主義」，猶如當年蔡元培與北洋政府當局那樣。雖然當時站在革命左派立場上的陳獨秀並不贊成蔡的做法，曾寫文章進行抨擊，引起胡適的反擊與譏諷；現在，他自己卻被逼到這個立場上，真是歷史的諷刺。
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陳與胡、戴一見面，第一句話就直捅二人的背後，問是不是蔣介石關照要他們來的。二人答是。陳原以為他們是來審查他的行動的，而自己自出獄後被國民黨監控，也早已察覺，所以，陳早有思想準備，當即表示，自己逃難入川，雖以國事縈懷，卻並不與聞政治，更不曾有任何政治活動。但天下興亡，匹夫有責。然後就詢問他們的來意。胡宗南一面讓陳閱看帶去的「啟事」剪報，一面說：
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受到人身攻擊一事大家不平則鳴。傅汝霖、段錫朋諸先生是陳老的學生，忘年之交的朋友，諸先生為陳老恢復名譽的辯護啟事，乃國人之公論，民心之所向。今天特來求教，請陳老談談對國事的看法。值茲二次大戰爆發，德軍席捲歐陸，波羅的海四國乃蘇俄前衛邊沿，被德軍閃電一擊，不一周而盡失，眼看蘇俄處於極不利之局。國內國共問題，由分而合，由合而鬥，大戰當前，如國策不能貫徹，前途實堪隱憂。當今之計，陳老意下如何？[37]
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胡宗南的意思很清楚：國際國內前途堪憂，你又受到中共的惡毒誣陷，還不起來大罵一番！這種場合下，應酬的話是要講一點的。於是，陳獨秀沉思良久後，慢吞吞地說出了這樣一番話：
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蔣先生的抗戰決策，是符合國人願望的。弱國強敵，速勝困難，只要舉國上下，團結一致，則任何難關都可渡過。延安坐井觀天，謬論橫生，我本人多遭誣衊，幸公道在人心，先生等所示剪報啟事一則，足可證明。列名為我辯者，乃國內知名人士，有國民黨的，有非國民黨的，有以教育家聞名的。我原打算向法院起訴，因見代鳴不平的公啟，乃作罷。先生等對我的關註，深致謝意。本人孤陋寡聞，雅不願公開發表言論，致引起喋喋不休之爭。務請二君對今日晤談，切勿見之報刊，此乃唯一的要求。言及世界形勢，大不利於蘇，殊出意料。史大林之強權政治，初敗於希、墨極權政治，蘇聯好比爛冬瓜，前途將不可收拾。蘇敗，則延安決無前途，此大勢所趨，非人力所能改變。請轉告蔣先生好自為之。[38]
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「西北王」胡宗南
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當時國際形勢錯綜複雜，英美等國竭力引誘德國東侵蘇聯，蘇聯則以與希特勒妥協對付之。這種政治手法的詭詐，直線思維的書生陳獨秀怎能理解？從個人經歷或托派立場出發，說出以上那些話，是很自然的。
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囑「切勿見之報刊」，說明陳不願意為國民黨所利用。早在1938年4月23日，張國燾自延安逃武漢而未經國民黨安排與陳會見時，《新華日報》和親共的《大公報》就造謠說陳獨秀「會見叛徒張國燾」。當日，陳立即給在長沙的賀松生（即何之瑜）寫信闢謠：「張特立到武漢事，你們想已在報上看見（今天的新華及大公），我並未遇見他，有人造謠他已來見我，真可笑！」[39]因為當時賀松生與長沙八路軍辦事處的徐特立有聯繫，所以，此信實際上是對中共的抗議。
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蔣介石對陳獨秀這種軟硬不吃的獨立人格，既惱又尊。惱的是至陳死也未能把他爭取過來，助其反共一臂之力；尊的是，被其爭取過來的中共高級領導人物有的是，如張國燾、顧順章等，都曾為其獻計獻策。陳已劇烈反中共，為甚麼不能為其所用？除了他的人格比那些被中共稱為「叛徒」的人崇高之外，沒有別的可以解釋。所以，看了胡宗南、戴笠寫的訪陳報告後，蔣說：「陳的見解深刻，眼光遠大。」讚嘆之情溢於言表，並認為陳與張、顧「過來」之人，不可同日而語。於是，不僅通過朱家驊和何之瑜向晚年的陳資助巨額醫藥費，陳逝世時，還資助殯葬費。但也許正因為如此，再加蔣畢竟是個多疑之人，恐其以後再被延安爭取過去，因此至陳死也沒有放棄對他的監控。
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據1939年春至1943年春先後在重慶衛戍總司令部任第二科中校副科長和黨政組中校組長的易嘯夫說：1938年10月武漢淪陷後，各方人員湧入重慶，不久成立了重慶衛戍總司令部，其下設有稽查處。稽查處對各黨派的監視，分為「監視對象」和「注意對象」兩種。據易回憶，由軍統交下的監視對象黑名單約有百人之多。對監視對象要派專人跟蹤，並規定不准離渝。列入被監視的黨派人員有共產黨、救國會、職教社、生教社、鄉建派、平教會、福建人民政府、民盟、第三黨、托派、青年黨、國社黨、汪精衛系等方面的。列入托派的有陳獨秀、高語罕二人。[40]
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陳也看透了蔣的心思，1941年3月5日，陳獨秀在給江津第九中學任教的何之瑜信中，談到國民黨密探到該校，囑何「不必謹慎過度」，「他們願探的三件事：（一）我們與幹部派（指中共——引者）有無關係；（二）我們自己有無小組織；（三）有無反對政府的秘密行動。我們一件也沒有。言行再加慎重些，他能探聽甚麼呢？」[41]
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陈独秀全传 [:1705944972]
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最後的思想輝煌
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陳獨秀對蘇聯和中共的批評，有些意見出於托洛斯基理論的黨派偏見，不盡正確，如中共發展的前途（能否奪取大陸政權），蘇聯最後與同盟國聯合打擊法西斯等，都沒有說對；對中國抗戰前途，由於當時處於最艱苦的時期，表現出悲觀，情有可原。當擺脫黨派偏見而獨立思考時，他的驚世之言和偉大預見就會大放光芒。這些思想，是在最後幾年與上海托派極左派領導集團的爭論中發表的。
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陳獨秀入川後，國內外戰爭形勢發生了一系列重大的變化。國內，武漢、廣州相繼失守，國民黨軍隊大潰敗。蔣介石把重慶定為「陪都」，憑藉川、雲、貴天險，防守待變，其軍事實力受到嚴重削弱之後又繼續衰弱下去。而在各地與共產黨的摩擦事件如「皖南事變」等不斷發生，加劇了民族危機，並且不關心民眾疾苦，任物價特別是米價飛漲，逐步喪失民心。中共則深入敵後日佔大城市及交通線以外的廣大農村和小城市，實行減租減息又交租交息政策，建立三三制政權（共、國、中間勢力各佔三分之一的抗日聯合政權），利用「民主」反對國民黨的獨裁，籠絡廣大中間勢力和知識分子，為它日後的壯大奠定了基礎。國際上，自稱社會主義的蘇聯為自保，對付英美的「慕尼克陰謀」，不惜與魔鬼握手，1939年8月和11月，先後與德國、日本簽訂互不侵犯條約；而在這年冬天（11月30日）又藉口邊防安全（保障列寧格勒），大舉入侵小國芬蘭，引起國際公憤。[42]1940年9月，德日意結成軍事同盟。1941年6月，希特勒發動侵蘇戰爭。12月，日本偷襲美國珍珠港海軍基地，第二次世界大戰全面爆發。
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始終關心政治和人類命運的陳獨秀，在專心進行文字學研究的同時也不時發表議論，有時在報刊上直接發表，有時是他給表弟（時在雲南某師範學校教書）濮清泉（筆名「西流」）信與文章並由其轉給上海的托派朋友王凡西、鄭超麟等。這些後來被稱為「陳獨秀最後論文和書信」的文字，爭論的焦點集中在戰爭與革命、民主與專政及與此相關的抗戰前途和蘇聯問題上。
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第一、關於戰爭與革命
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第一次世界大戰，列寧執行使本國政府在戰爭中失敗的「失敗主義」，從而引發統治危機，造成革命時機，奪取了十月革命的勝利。托派中央堅持所謂列寧的「失敗主義」和「以國內戰爭轉變帝國主義戰爭」的路線和口號，宣揚在抗日戰爭中引發社會主義革命。
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陳獨秀在給西流的信和《我的根本意見》等書信和文章中反復批判這種論調。意思是，不僅十月革命式的「社會主義革命」不可能發生，「民主革命」也不可能發生。他列出以下幾條理由：
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（一）「不會在任何時間、任何空間，都有革命局勢。最荒謬的是把反動的局勢，說成革命局勢……我們必須駁斥『人民愈窮愈革命』的胡說。『壓力愈大反動力也愈大』這一物理現象，雖然也可以應用於社會，而必以被壓迫者有足夠奮起的動力為條件。」
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（二）「無產階級的群眾，不會在任何時間都傾向革命，尤其是大鬥爭遭到嚴重失敗之後，或社會經濟大恐慌之時。」
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（三）「無產階級沒有適合於其社會條件的充分數量，沒有經濟的政治的組織，和別的居民沒有甚麼大的不同。（經驗）使我們不能把現時各國無產階級力量估計過高，使我們不能輕率宣佈『資本主義已到末日』，沒有震動全世界的力量之干涉，此次大戰自然不是資本帝國主義之終結，而是它發展到第二階段之開始，即是由多數帝國主義的國家，兼併成簡單的兩個對壘的帝國主義的集團之開始。」[43]
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（四）「各國的革命力量，已為史大林派摧除乾淨」，「各國的資產階級有了一八七一和一九一七的經驗。」[44]