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1948年，32岁，被聘为广东省文献委员会委员、副主任委员，先生通过实地考证，收集广东史志书籍、广东方志等历史资料，为整理广东文献做出卓越贡献。在揭阳、兴宁等地勘查出土的新石器时代遗物，完成了《韩江流域史前遗址及其文化》初稿。为充实其书稿，先生专程赴台湾，访日人金关丈夫教授，在参观台湾大学历史学系研究室所藏出土文物中发现，其印纹陶片与潮州的完全一致，并做了详细的对比，得出了结论：
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台湾印纹陶片，与潮州似不无关系。据日本国分直一教授语予，台湾印纹文化不止一时期，自社寮岛（基隆）起，环绕东海岸之印纹陶。为较晚期之物，可能非台湾本土文物，而系由浙闽粤传播而来。又前往屏东以南，调查潮州镇及潮人旅台资料。游日月潭等地有《鲲岛欸乃》。
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在辽宁教育出版社出版的饶宗颐《文化之旅》中收录了先生一篇散文《南澳：台海与大陆间的跳板》中亦提到本书撰写收集资料的一些经过：
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记得抗战胜利之翌年，我回汕头主持修志工作，在揭阳黄岐山发现一些新石器时代的遗物。我后来携带陶片到台北帝国大学，和日本考古家金关丈夫、国分直一两教授交流探讨，那时陈奇禄兄还是学生。日人未完全撤退，值魏道明当政，草山仍是一片荒凉，百废待举。我又在南方资料馆搜集有关资料，顺便到屏东南部的潮州郡调查，方才知道该地住民全部都说客家话，不懂潮语。后来于新竹县图书馆见到一本日文书名曰《鸣呼忠义亭》，是记述为清室殉职的客属人物，然后了解施琅入台，继而助清兵平定朱一贵的多是客属人，而说潮语、从郑成功，来自海阳、潮阳、饶平的人们在清代后期几乎全被视为反动而归于淘汰。
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其中的《高雄县潮州镇——一九四八年访问记》同样记载了台湾潮州镇的人文地理。
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广东文献馆计划出版《广东文物》特辑，叶恭绰、简又文向先生约稿，先生以薛中离事迹为题，著《薛中离年谱》，此文后收入《选堂集林·史林》。陈荣捷作英文序言，先生在《跋》中指出：
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中离先生为王门高弟，首钞《朱子晚年定论》，刻《传习录》，于师门宗旨，多所敷发。阳明居赣州，先生偕兄俊及群子弟往问业。由是杨骥、鸾兄弟、黄梦星、林文、余善、杨思元、陈明德、翁万达、吴继乔辈，闻风兴起，王学盛创行于岭南，论者咸推功于先生焉。先生之学，有入门、有归宿，一生气魄，百折不回，其节概具见《明史》及府县志本传。
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先生通过著述，表彰薛中离廉政爱民的美德。
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先生倾心学术一丝不苟，不管是谁的文章，如果与史料考据有出入的，他都欲与之讨论，余家菊在其著作《大学通解》附录《论郑晓古言类编》中怀疑石经《大学》乃唐伯元伪造。先生在此年随作《与余家菊论石经大学书》一文，提出不同观点：
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比读尊著《大学通解》附录中《论郑晓古言类编》，疑石经《大学》出于唐伯元伪造。考曙台此书唐彬求赐谥疏，作《大学注释》，嘉庆《澄海县志》作《石经大学解》，《千顷堂书目》及《经义考》均作《石经大学》，名与丰坊伪本同。考唐氏集中自序，实名《古石经大学》，其书旧鲜传本，道光间普宁方耀重刻《醉经楼集》，附刊卷后，始流传于世。书中于经文粗有注解，特欲证《学》《庸》两书，皆孔伋所撰，以申贾逵之说也。书首有论石经疏次序，次载丰坊伪本引虞松等语，又次为经文。核其字句，与丰坊本略异。其经文不删“此谓知本”、“此谓知之至也”、“此谓修身在正其心”一十八字，而丰本删之，一也；经文前引虞松语首句，不云魏政和，而云正始，二也；所不同者，仅此。所谓古石经《大学》，盖伯元得自吉安邹氏，疏称臣令泰和吉安，知府张振之手古石经《大学》授臣，询其自，乃从今翰林院庶吉士邹德溥为举人时所寄，随录一册笥之，此即丰坊伪本，匪别一石经本也。朱竹垞言丰坊伪石经《大学》，唐氏误信之，上之于朝，足证两书同本。夫丰本之伪，尽人皆知，魏政和三字，素为人所指摘。（吴应宾驳之，见《经义考》）今唐氏此书，独作正始，乃知所传丰本之作政和，盖传写之讹。且旧所传丰坊伪本，其异于注疏本者，在经文倒置，及增入颜渊问仁二十二字，而所省去“此谓知本”十八字，唐氏此书竟存之，又可见此十八字为脱简。丰坊原本，未曾缺也。故论丰坊石经，唐氏此书实其真面目耳。
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在《大光报·方志周刊》，先生继续发表论文，其中有《海宁考》、《隋代潮州与琉球之关系》、《台湾省高雄县潮州镇访问记》、《潮人移台小史》、《潮汕畲民之历史及其传说》、《福老》、《揭岭揭阳山辨》、《郝尚久〈潮州溪东关圣帝庙碑记〉》，前7篇皆收入《饶宗颐潮汕地方史论集》。《郝尚久〈潮州溪东关圣帝庙碑记〉》收入《固庵文录》。先生此时被广东省政府聘为广东省文献委员会委员。
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1949年初，又是先生人生的一个转折点，在赴港咨询资助人方继仁先生关于编写《潮州志》的事宜时，方先生认为国内尚未安定，香港相对平静，再三挽留先生，先生决定留居香港，开始塑造在香港的辉煌。方先生是一个生意人，亦是一代儒商，先生在《固庵文录》中有一篇《方继仁先生墓表》：
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性豁达，于乡，分羡以惠贫穷，兴学以牗大众，建亭以荫行旅，浚渠以益灌溉，为之不遗余力，乡人至今颂德弗衰。五十以后，杜门养疴，自以先圣曾荀，知命始学，乃奋发淬砺，泛览群书，下及历代诸儒学案，“剌”取其中嘉言懿语，以类相次，成《勉学粹言》十五篇，印二万册，分馈亲友。
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先生至今仍感念方继仁先生，他认为自己的整个生命中，方先生是很关键的一个人，到了香港后，他整个人就改变了，一切重新开始，所有的转折，连先生自己也想象不到，他变成一个新的饶宗颐。
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1939年至1949年先生撰写论文如下：
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1939年：
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撰《古籍篇名提要》稿。
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1940年：
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《“敷浅原”辨》，发表于上海《学术》；
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《新书序目》，发表于齐鲁大学国学研究所《责善》半月刊第一卷第三期，以《新史序目》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》
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卷六·史学；
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《为根圉考》（殷史探源之一），发表于齐鲁大学国学研究所《责善》半月刊第一卷第十三期。
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1941年：
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《广东之易学》发表于广州中国文化协进会《广东文物》（下册），又见上海书店《广东文物》，以《略记广东易学著述》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷四·经术、礼乐。
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1944年：