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潮州沦陷之一年，大饥，民至拾马粪，瀹其中脱粟而食者，予闻而悲之，为是赋云。
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岂大道之在粪兮，或齐观夫糇粮异类之不仁兮，驱降民于饿乡。振草酪既不得兮，掘凫茈且未央。仰肥马之骁腾兮，厩充牣乎稻粱。可以人而不如马兮，鼓枵腹而神伤。将攫夺而无力兮，妄意夫皀枥之秕糠。意秕糠兮不得，嗟裁属兮弱息。惟饥炎之方盛兮，苟垂涎兮马矢之余皀。拾白粲于污肠兮，延残喘于今夕。哀鲜民之无知兮，胡蒙耻而恋生。捐盗哺而喀喀兮，独不见夫贸贸之爰精。有嗟来而不食兮，况为味非洁清。孰使异物遒其相迫兮，悲故国之腥膻。翳马通之属餍兮，自书传而有焉。农稷煮汁以渍种兮，莳百谷以食我。葛缚铜荐丹砂兮，又之以为火。吴诮元逊可啖矢兮，恪谓太子宜食卵。果所出之雷同兮，宁古是而今不可。览宇宙之修辽兮，轸人类之幺么。萃芳鲍乎一室兮，沦康庄于嵬琐。独悲心之内激兮，羌谁碎此枷锁！感盐尸之载车兮，闵滔天之奇祸。瞻沟壑之悠悠兮，蔽白骨以蓬蒿。苟饿夫而可敦以义兮，吾将讯诸黔敖。
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《马矢赋》记下日寇在潮州制造惨绝人寰的一幕，由于无法生存，先生只能背井离乡，决定应詹安泰建议，准备起身去已搬迁到云南贗江的中山大学当研究员，从鲨鱼涌取道至香港，再转至云南，为了对潮州北部的土著族畲民进行研究，途经梅县进行实地调查，在这个时候，先生不幸染上了疟疾，这是他生过的最大的疾病，因病情严重，随之滞留香港。
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在港期间，协助王云五编撰《中山大辞典》。该辞典出版一个“一”字长编，只一个“一”字就是一本，规模十分浩大。王云五要先生帮他做书名提要，先生认为不仅做书名的提要，更向王云五提议逐篇撰写提要，使每本书编写更加详细。书中有很多重要的篇名，如《墨子》的《兼爱》、《非攻》，每一篇做几十、一百、几百字的提要，一下子要念很多书，这也奠定经史、诸子百家的基础。另外，帮王云五编四角号码，先生甚至发明了用八角号码来查甲骨文、金文，先生少年时就有研治甲骨文的动机，在此时期，先生获得了接触古文字材料的机缘，古文字成为后来他学问的一大支柱。
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机缘之下，继杨铁夫之后，先生辅佐叶恭绰做清代词人仕履的考证研究，协助编撰《全清词钞》，先生得以亲身拜读一流藏书家的各种珍本，真正进入了词学研究的核心，如此经历，也成为他后来从事词籍、词目、词乐、词律以及中国音乐史、中国音乐与宗教关系的研究夯实了基础。叶恭绰是第一个提出敦煌学的人，先生在叶老先生家里第一次见到私家珍藏的几千份敦煌经卷，他对敦煌学彻底着了迷。
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1940年，先生在香港完成了《楚辞地理考》，史学家童书业（曾是顾颉刚先生助手）为其书作《序》：
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考据之学，愈近愈精，读宗颐饶君之书，而益信也。君治古史地学，深入堂奥，精思所及，往往能发前人所未发，近著《楚辞地理考》，凡三卷二十篇，钩沉索隐，多所自得，乍闻其说似讶其创，详考之，则皆信而有徵，并世治古地理者，未能或之先也。钱君宾四，为学深博，与君持论异，而涂辙实同。往尝读钱君之书云：“屈原放居地在汉北，《楚辞》所歌，洞庭沅、澧诸水，本在江北。”余于《楚辞》地理，未曾深究，虽有所疑，未能明辨也。及观君是书，举凡洞庭、沅、湘诸名，靡不博徵详考，确定其地，叹观止矣！余于二君之说，固未足以平其得失，然窃有所见焉。屈子早居，旧说在汉北，实无明证，饶君辨之已详。至《楚辞》所陈洞庭、沅、湘诸地，疑在江南。《九歌湘君》：“会沅湘兮无波，使江水兮安流，驾飞龙兮北征，邅吾道兮洞庭，望涔阳兮极浦，横大江兮扬灵。”此明谓由沅、湘北征，徂江，邅道于洞庭，上两言指出发与所往之地，中两言指所出之方向与途径，故其下曰望涔阳而横大江，似无庸改旧说以从新也。至江北亦有洞庭、湘水等地名，自是可信，然不必以之释《楚辞》耳。尤有进者，《九歌》多汉世之文，太一、东君、云中、司命，汉氏之命祀也；未央、椒堂、寿宫、紫坛，汉皇燕居与礼神之所也：“《九歌》毕奏”，又汉代郊祀歌之词也。钱君之言曰：“湘域在两汉时，尚为蛮陬荒区，岂得先秦之世，已有此美妙典则之民歌，则《九歌》者，果为湘域之作，不得出于先秦之世矣，岂汉贤善拟古者若贾子、相如者之所为乎？不敢臆断，姑陈其疑，以质二君。”
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在完成《楚辞地理考》之后，应顾颉刚之约，本年先生为齐鲁大学国学研究所编纂《新莽史》及《古史辨》第八册（古地辨），因适逢抗战期间，未来得及刊印出版，仅有《目录》发表在《责善》半月刊第一卷第三期。后来，先生在美国收集《新莽史》资料时，多次阅读《资治通鉴》，觉得司马光没有称王莽为皇帝是很有见识的，给他的评断十分正确，以道德标准衡量历史人物的价值，检视王莽行为是反道德的，故先生至今将《新莽史》束之高阁，不予出版。据《顾颉刚年谱》记载：
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1940年12月，是年饶宗颐来信（7月6日）刊于《责善》半月刊之《学术通讯》第一卷第十五期。1941年12月，是年饶宗颐来信（7月16日），题《编辑古史辨第八册（古地辨）及论虞伯鲧等》，刊《责善》半月刊之《学术通讯》第二卷第十二期（9月1日）。
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以上是先生与顾颉刚书信往来在有关刊物发表的记录。
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1941年，25岁，其祖母辞世，先生做《白云赋》悼念，该赋作收入《固庵文录》，后编入《清晖集》中的韵文集，同年，撰写《广东之易学》，发表于香港《广东文物》（下册）。先生在广东通志馆编修艺文志，其兴趣已从修艺文志转到古地理学，他利用现有资料，加上各方志里的著录写成《广东易学考》（三卷），交由香港商务印书馆出版，但印书馆遭日寇炸毁，连《楚辞地理考》都被炸掉，现只剩下一篇《序》。《读全宋词》发表于《大风》第九十七期。年底，香港沦陷。
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1942年，先生从香港返回潮州，在揭阳避难，获得“潮州先贤遗像”二十余幅。9月份，倡议成立了“揭阳县文献委员会”，先生任主任，并聘蔡起贤等为委员，于1943年8月1日出版《文献》创刊号。在揭阳期间，先生访郭之奇故居，为《郭之奇年谱》增加详细的郭家世系资料。同时，拜访古文大家姚梓芳老先生，姚、饶两家是世交，姚老先生创办的姚氏学苑给先生提供了不少重要资料。姚老先生40岁后方开始在北京大学读书，至今他仍给先生留下深刻的印象。
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1943年初，先生到迁校于饶平凤凰山的金山中学任国文教员。从事教学工作，同时创作诗歌，在中学任教一年，他写了一本诗集，用贾谊《吊屈原赋》中“凤凰翔于千仞兮，览德辉而下之。见细德之险征兮，遥曾击而去之”的词语，将所作诗取名为《千仞集》，后来又换名《凤顶集》，此时期的诗歌皆因战乱而丢失了。
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秋天，中山大学的郑师许推荐先生到广西无锡国学专修学校任教，先生应邀前往，他先教古文字学，后来开始教诗词，同时从事文学工作。1944年桂林告急，先生疏散至蒙山，蒙山沦陷，先生两度入大瑶山，在逃亡的人群中，史学家简又文及赵文炳先生亦在同列。在此地，先生创作了《瑶山集》六十四首诗作，陈颙、詹安泰、刘寅庵分别为该集题辞。后收录入《选堂诗词集》、《清晖集》，1945年在北流山围写的《瑶山集自序》云：
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去夏桂林告警，予西奔蒙山，其冬敌复陷蒙，遂乃窜迹荒村。托微命于芦中，类寄食于漂渚。曾两度入大瑶山，攀十丈之天藤，观百围之柚木，霏霏承宇之云，凄凄慕类之麇，正则小山所嗟叹憭栗者，时或遘之。以东西南北之人，践坱轧罔沕之境。干戈未息，忧患方滋。其殆天意，遣我奔逃，俾雕锼以宣其所不得已。烈烈秋日，发发飘风，卑枝野宿，即同彭衙，裹饭趁墟，时杂峒獠。逢野父之泥饮，值朋旧而倾心。区脱暮警，寒柝宵鸣，感序抚时，辄成短咏。录而存之，都为一卷。今者重光河岳，一洗兵尘，此戋戋者，皆危苦之词，宜捐弃而勿道；然而他乡行役，诚不可忘，烧烛竹窗，如温旧梦，敝帚自珍，亦何妨焉。
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钱仲联先生在《选堂诗词集》序中说：
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《瑶山》一集，尤其独出冠时者也。时先生方都讲粤西，甲申夏桂林告警，西奔蒙山，蒙山踵陷，窜身荒谷，两入大瑶山，与峒氓野父相濡呴……长吟短咏，出自肺肠，入人肝脾。
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1945年，元旦，无锡国专二十五周年校庆，先生与爱国学者蒋庭曜（石渠）先生等一同欢庆。蒋老为无锡国专写下了最艰苦而光辉的一页，他的民族气节感天动地，为此，先生赠诗蒋庭曜曰：“谁与玄黄兵马秋，力能犯难砥中流。浑身是胆有蒋侯，载书五车费九牛。凿山缘木入荒陬……同来诸生几辈俦，有如陈蔡从孔丘……赴义无畏行无忧……似君须向古人求。”赞扬了蒋老中流砥柱赴义无畏的精神。9月，日本人投降，抗日战争胜利。10月，先生整理《瑶山集》，收集诗作共63首，陈颙、詹安泰、刘寅庵分别为该集题辞。
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1946年先生从北流返回广州，被聘为广东文理学院（华南师范大学前身）教授，先生在那里呆了一个学期之后返回汕头，任汕头南华大学中文系教授、系主任。当时，在广东第五区行政专员郑绍玄的倡导下，汕头成立了一个修志馆，先生负责《潮州志》总纂修。重修《潮州志》编修工程规模巨大，超过清代编修的四部《潮州府志》的总和，由于编修工程计划中间生变，修志工作由政府行为变为私人行为，先生只能独立担当管理和总纂工作，寻找修志经费以支撑修志工作，经过两年艰辛，《潮州志》修纂取得很大的成功，撰有一本凡例，后来收入《潮州志汇编》。《潮州志汇编》是先生利用日本东京内阁文库嘉靖郭春震《志》，同《永乐大典》所收《三阳志》以及清代、民国诸志，汇编而成的，为古今潮志之集大成者，在中国方志史上有开创之功，其内容涵盖历史沿革、大事记载、地理、交通、气候、水文、地质、农工渔猎、志异丛谈等，共有15个专志。介绍了潮州人文历史和风土民俗，对潮州文献史有着前无古人的巨大贡献，本书1965年由香港龙门书店出版。在中国现代的地方学编纂史上，先生首开现代科学编纂体例。
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1946年底，《楚辞地理考》由上海商务印书馆出版。全书分上中下三卷。附录部分收入钱穆的《楚辞地名考》、《再论〈楚辞〉地名答方君》，方授楚的《洞庭乃在江南屈原非死江北辨》及陈梦家《论长沙古墓时代》等篇目。先生在同年撰写《新莽艺文志》发表于《文教》杂志；《韩文编录原始》发表于《东方》杂志第四十二卷一十二号。
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1947年，5月，被聘为广东文献馆广东文物编印委员会委员，9月先生撰写的《潮州先贤像传》由汕头市立中正图书馆出版。先生作《序》云：
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吾州之学，启自赵德，惜乎图像无存。是编以年代先后为次，自唐大颠禅师至清曾右丞刚甫，凡三十人，并缀各传援据书目于卷末，备参稽焉——
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是书之刊，俾吾州前代巨人长德，于此一帙中，得以朝夕亲炙，申仰止之诚，偿尚友之志，启爱乡之心，长思齐之念，随在皆足发人深省。
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同时期，撰写《清初潮州迁界考》、《汕头释名》、《潮州历代移民史——民族志之一章》、《潮州滨海地带之冲积》，发表于《大光报·方志周刊》。
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