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在《大光报·方志周刊》，先生继续发表论文，其中有《海宁考》、《隋代潮州与琉球之关系》、《台湾省高雄县潮州镇访问记》、《潮人移台小史》、《潮汕畲民之历史及其传说》、《福老》、《揭岭揭阳山辨》、《郝尚久〈潮州溪东关圣帝庙碑记〉》，前7篇皆收入《饶宗颐潮汕地方史论集》。《郝尚久〈潮州溪东关圣帝庙碑记〉》收入《固庵文录》。先生此时被广东省政府聘为广东省文献委员会委员。
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1949年初，又是先生人生的一个转折点，在赴港咨询资助人方继仁先生关于编写《潮州志》的事宜时，方先生认为国内尚未安定，香港相对平静，再三挽留先生，先生决定留居香港，开始塑造在香港的辉煌。方先生是一个生意人，亦是一代儒商，先生在《固庵文录》中有一篇《方继仁先生墓表》：
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性豁达，于乡，分羡以惠贫穷，兴学以牗大众，建亭以荫行旅，浚渠以益灌溉，为之不遗余力，乡人至今颂德弗衰。五十以后，杜门养疴，自以先圣曾荀，知命始学，乃奋发淬砺，泛览群书，下及历代诸儒学案，“剌”取其中嘉言懿语，以类相次，成《勉学粹言》十五篇，印二万册，分馈亲友。
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先生至今仍感念方继仁先生，他认为自己的整个生命中，方先生是很关键的一个人，到了香港后，他整个人就改变了，一切重新开始，所有的转折，连先生自己也想象不到，他变成一个新的饶宗颐。
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1939年至1949年先生撰写论文如下：
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1939年：
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撰《古籍篇名提要》稿。
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1940年：
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《“敷浅原”辨》，发表于上海《学术》；
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《新书序目》，发表于齐鲁大学国学研究所《责善》半月刊第一卷第三期，以《新史序目》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》
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卷六·史学；
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《为根圉考》（殷史探源之一），发表于齐鲁大学国学研究所《责善》半月刊第一卷第十三期。
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1941年：
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《广东之易学》发表于广州中国文化协进会《广东文物》（下册），又见上海书店《广东文物》，以《略记广东易学著述》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷四·经术、礼乐。
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1944年：
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《殷困民国考》，发表于《文理学报》第一卷第一期，后由广东省文理学院以石印本刊行。
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1945年：
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《〈芜城赋〉发微》，发表于上海商务印书馆《东方杂志》第四十一卷第四号，后收录入《文辙·文学史论集》，《饶宗颐二十世纪学术文集》卷十一·文学。
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1946年：
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《新莽艺文志》，发表于广州《文教》，以《新莽艺文考》收录入《饶宗颐二十世纪学术文集》卷六·史学；
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《韩文编录原始》，发表于上海《东方杂志》第四十二卷第十二号·重庆版，修订版《赵德及其〈昌黎文录〉——韩文编选溯源》，发表于《香港潮州商会六十周年纪念特刊》，后收录入《文辙·文学史论集》（下册），《饶宗颐史学论著选》，《饶宗颐潮汕地方史论集》。
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1947年：
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《清初潮州迁界考》，发表于汕头《大光报·方志周刊》第三十一、三十二期，后收录入《饶宗颐潮汕地方史论集》，《饶宗颐二十世纪学术文集》卷九·潮学；
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《汕头释名》，发表于汕头《大光报·方志周刊》第三十三期，后收录入《固庵文录》，《饶宗颐潮汕地方史论集》；
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《潮州滨海地带之冲积》，发表于汕头《大光报·方志周刊》第三十五期，后收录入《饶宗颐潮汕地方史论集》，《饶宗颐二十世纪学术文集》卷九·潮学；