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初到南京工作，心理上一时颇不适应。作《对食感怀》：“斗栗京华乐共炊，独食南国苦相思。”(390)复作《寿大兄生日》：“频年拜庆欢同宴，此日离居恨独醒。”(391)《次大兄芍药感怀诗韵》：“十载金门同委质，一朝玉署俄相失。……南国词林闲似僧，北窗卧看钟山青。”(392)由此可知，杨守阯习惯了北京兄弟相处生活，一时相当不适应南京的生活，尤其是南北首都忙闲之别。
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此时的长兄杨守陈，身体素质明显下降，出现失眠现象，曾作《夜不寐诗》。杨守阯作《和大兄夜不寐诗》：“耿耿无忧国，惺惺欲补天。”(393)这年底，作《岁余感怀》：“莺花三月到南州，冰雪相看一岁周。天上故人多特达，周南太史尚淹留。海桑世事眼前变，水竹幽居梦里游。最忆去年当此夜，弟兄相守醉新。”(394)看到朋友升迁，而自己滞留于南京，而且得承受骨肉分离之苦，这让杨守阯心情不舒畅。
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成化末，弘治帝登基，杨守陈为吏部侍郎。杨守阯作《贺大兄升吏部侍郎诗》，称：“玉署青宫四十年，盛名天下共称贤。闲情自拟迁南都，御笔亲除掌内铨。一代文章称领袖，九流人物仰陶甄。喜来吟步萝庭月，遥见文昌北斗边。”(395)这是杨氏家人首次荣登副部级官员，自然是狂喜之事。
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弘治元年（1488）五月，召修《宪宗实录》。杨守陈为副总裁，杨守阯为编纂，兄弟再次在北京相见，作《初召入史馆有作》：“金匮琅函次第开，青宫玉署集群才。……谬书未敢呈黄阁，先进吾兄副总裁。”(396)在史馆，杨守阯非常敬业，遍及六馆，《迁馆久别》诗有“修文未已还修武，问礼方来又问官”句。李东阳作诗称：“一代编年尊国史，六曹分局重天官。同埀汗竹夸群彦，对掌丝纶见二难。”(397)在史局四年，“所至毕力搜罗，无敢怠忽。至于纪时事，评人物，去取与夺，不苟同于人。诸公之在馆者皆推让之，以直笔称焉”(398)。
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弘治二年（1489），与经筵，召充日讲官。《镜川兄在成化间尝为讲官，今余实嗣讲事，又赋一首》称：“先朝曾赐兄重席，今日还客我滥竽。班伯弟昆皆殿讲，桓荣家世并朝儒。将何继续前人美，欲献周公无逸图。”(399)于是，每进言，进君子，退小人，为治乱之机，言甚激切。皇上为之改容，接受他的意见。十月，长兄杨守陈卒。《试院事毕闻大兄讣》：“一入词垣已十朝，每当较艺辄先辞。昔缘群从登科日，今值亡兄发引时。”(400)为位哭奠者三年，为此视力出现昏花现象。《考绩至吏部伤怀》：“赐环前岁谒铨司，鼎立薰风笑语怡。今日山公犹健在，吾家坡老竟安之。判花公署空遗墨，梦草西堂已废诗。俯仰伤怀双滴泪，断鸿云外一声悲。”(401)由此可知，长兄杨守陈的故世，让杨守阯伤心不已。当时，杨守阯年已54岁。
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弘治四年（1491）八月，《宪宗实录》成编，得升左春坊左谕德。作《进实录有感》，有“遗泽九原犹有望，吾兄会副总裁官”(402)。
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弘治五年七月，受诏，清理武选贴黄，次军功，纪年月，虽纤悉不遗。主考顺天府乡试，时称得人(403)。
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弘治六年（1493），杨守阯三兄弟分家。这有几个因素，一是杨守陈过世已三年，守丧期结束。二是杨守隰的两个儿子也已长大成人。三是长辈们纷纷过世，只剩下杨守阯。守丧结束后，杨茂元与杨茂礼到北京，请求分家。开始杨守阯不同意，说：“汝辈皆孤子，吾何忍为是哉？”(404)后来从弟杨守隅等人也主张分家，于是只得勉强同意。杨守阯以上田十余亩作为父亲的祀田，杨守陈诸子受田九十余亩，三弟遗孤受田六十八亩，自己仅受田十九亩，不足十分之一。大家都认为这样的分配方案不公平，杨守阯自有一套道理，称：“吾兄早宦，今薄田多其所置。少弟不禄早世，二子孤贫，稍以此资之。吾尚有一官可望也。”他仍然每年提供三十两银子，作为侄子们的生活补助。这是杨范后裔第二次分家。
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这一年，佥宪王公按临浙江，“激扬有体，风裁凛然，间尝枉顾寒家，令有司作集贤乡、聚魁里二闾门。公固举其宪职，寒门得此则不世之遭也。”作《谢王佥宪为作闾门》：“忆自登科十五春，闾门如旧为家贫。草庐谁复能三顾，绰楔君来始一新。通德标名乡有郑，高阳更号里居荀。衰宗敢望前贤武，高义如君迈古人。”(405)晚年复作《集贤乡》诗，称：“何地不生才，此乡贤所集。栋梁与榱桷，明廷旋收拾。”又作《聚魁里》诗：“发解省廷试，魁元凡有几。庆归积善家，聚在高阳里。”(406)
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弘治八年（1495），升翰林侍讲学士，主考应天府乡试。作《奉命主考应天乡试》：“论秀奉丝纶，南畿有凤鳞。行将入吾网，献作禁园珍。”(407)
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弘治九年（1496），署翰林院事，主修《玉牒》，并教授庶吉士。作《被旨掌院事，修玉牒，教庶吉士，屠太宰赠以诗，次韵答之》：“玉署承恩愧菲才，金章斗大手亲开。增修帝纪千年历，疏析天潢一派来。教有英才真是乐，文非狂简若为裁。青宫少保诗成后，东壁增光籍上台。”(408)
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这一年四月，发生了传奉官谢恩与科道官廷杖两件怪事。杨守阯写信给同年兼亲戚、都御史屠滽（1440—1512），称：“今月十三日早朝，鸿胪寺奏引传奉官谢恩者至四十余人。及午刻，锦衣卫逮捕科道官，廷杖者至六十余人。一日之间有此二事，非小变也。士论咸谓三原公在，必有论谏，今四明公亦有意乎否邪？天下之士所以责望阁下者重矣。……阁下及今犹可一救，非惟救言官也，救国体也，亦阁下所以自救，以塞天下之责也。若夫传奉之事亦未有所论列，岂遂已乎？抑有所待乎？伏望阁下思圣天子所以信任之笃，士大夫所以责望之重，无使忠谏之路塞而侥倖之门开，天下幸甚！”(409)屠滽接受了杨守阯的建议，上报皇帝，科道官得释放。
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弘治十年（1497），修《大明会典》，充副总裁。这年大计京官，杨守阯时掌院事，言：“臣与掌詹事府学士王鏊俱当听部考察，但臣等各有属员，进与吏部会考所属，则坐堂上，退而听考，又当候阶下。我朝优假学士，庆成侍宴，班四品上。车驾临雍，坐彝伦堂，视三品，此故事也。今四品既不与考察，则学士亦不应与。臣等职讲读撰述，称否在圣鉴，有不待考察者。”诏可。学士不与考察，自守阯始(410)。
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弘治十一年（1498），东宫太子（即后来的武宗）出阁，杨守阯随往侍讲。这段时间是杨氏家族为官的鼎盛时期。《次韵寄守隅郎中》称：“高坡巷里向南衙，轮奂新修也自华。”(411)兄弟间也相当亲，《次韵奉大理家兄》称：“亲如鲁卫仕华衙，情似韩维念子华。……何幸一门蒙帝渥，瀼瀼露重紫荆花。”(412)
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（5）南京吏部右侍郎
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弘治十二年（1499），升南京吏部右侍郎。杨守阯作《升南吏部侍郎有作》：“两京游宦二十余，六十里霜鬓已疏。黄纸除书腾彩凤，青氊旧物佩金鱼。……圣德如天恩似海，涓埃图报欲何如！”(413)
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南京官事颇简，杨守阯得沉潜于学。自号“乾乾叟”，作《乾乾叟》，称：“卦位乾居南，卦象乾为天。叟为南天官，进修日乾乾。”(414)弘治十三年（1500），署南京兵部事。以星燮，协府部人员，杨守阯上《条省陈言疏》，条陈五事，皇帝高兴地接纳了。
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弘治十四年（1501），署南京国子监事。时祭酒刘震卒，诸生乘机改易簿书，以规速进，杨守阯悉为更正，但也没有处理作弊者。勤者劳之，惰者勉之，贫不能存者厚给之，士皆感德。譬如祝允明，就十分感激杨守阯的赏识。
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杨守阯十分关注屡试不中的祝允明，称：“始吾在史馆，见所叙上武功遗事者，赏之，询而知为子笔，谓武功之有孙也。继望子来以显而屡失之，后喜子举于乡，庆吾王先生之得人已。复寂然，第春试，辄从榜录觅子名而不得，知其滞矣。”又说：“比岁之闻，则或谓子崇饮，夫过必勿惮改行，必求副文名，必欲协实，年弥长则见弥定，子必力勉之。”(415)这让祝允明既激动又惭愧。
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弘治十四年八月，朝廷同意杨守阯回宁波省墓。自从外出做官以后，他已经17年没有回宁波了，思乡之情可想而知。到宁波以后，他先到了城内的新家。杨守陈三兄弟分家以后，杨守阯的家人首次到城内建立新的住所，在日湖东的采莲桥建立了大冢宰第，立兄弟尚书坊。新宅的修建，杨守阯学生、太监张和帮了不少忙，助以木石。田产不满三百亩，聊足以充子孙糊口之资。作《到家喜入新第》四首，第一首称：“几度思乡假寐还，今归真得到家山。帆樯风正舟来驶，鼓角城深门未关。秉烛对人犹似梦，举杯留客且怡颜。……”(416)第二首称：“曾将奏疏入金銮，敕赐园廛廿亩宽。苟合苟完成此室，爰居爰处咏干墙。……欲作休休亭自逸，君恩未报敢求安？”(417)第三首称：“新居门瞰日湖边，一脉南来自碧川。爽垲更新齐相宅，清寒依旧广文毡。无何文字五千卷，有此辛勤三十年。歌咏落成贻后世，能师吾俭是为贤。”(418)
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除了祭祀的祖先，他也祭祀了外公、舅舅与老丈人全直道。《祭外祖张公并舅氏墓悲感有怀》称：“栎社桥名宝佑桥，外家营构自前朝。当时九世簪缨族，今日孤坟楮币标。庙同故居他姓得，渭阳哀思我心焦。欲如靖节书公传，故老相传事几条。”(419)由此可见，杨守阯外公家在栎社的宝佑桥（今属栎社村），到弘治年间，已经衰落，连故居也为外姓人所得。他想替外公作传，但事迹已经渺茫。《祭外舅直道先生全公墓》：“好古常称直道民，平生诗酒乐天真。游心鸟迹工书篆，寄兴梅花为写神。泰岳一峰颓已久，佳城千载见无因。馆甥久作洲客，今日归来荐藻频。”(420)由此可知，其岳父人称直道先生，喜欢诗歌与书法，也喜欢饮酒，可见是一个文化家庭。
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弘治十五年（1502）七月回到北京。当时《大明会典》已经修了六年，尚无法定稿。内阁奏请杨守阯任《大明会典》总裁，他作《史馆述怀》：“奏绩遥趋凤阙来，岂知留却在麟台。三长殊愧古长史，再命仍叨副总裁。东观每迎朝旭入，西垣频带晚霞回。自知裒拙勤何补，润色何资馆阁才。”(421)在史馆期间，杨守阯“精力阅书，未尝少懈”。另一总裁、尚书吴宽称：“顷以考绩至，内阁大臣以纂修会典事严奏留之，予每与共食，见惟立食已，辄操笔属草，其精勤如此。”(422)王鏊（1450—1524）作诗称：“东角门前十馆开，史家自昔总难才。病容野客随行入，远喜诸公取次来。气合每联朝食坐，事多长后午朝回。扬雄识字今谁及，疑义须烦一一裁。”(423)由此可知，杨守阯非常尽责。前后花了五个月时间，《大明会典》成稿。记载精详，为人称道，人称他是“杨太史”。
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弘治十六年（1503）三月，杨守阯想回南京吏部。有人出主意，称：“六年未就之书，成于五月，功亦伟矣。留此月余，柄用可待。”杨守阯坚决不干，认为用不用取决于命。五月，吴宽升礼部尚书，杨守阯迁左侍郎，加俸两级，复旧任。时人有“功同报异”之讥，杨守阯作诗称“五月辛勤图要地，三秋依旧做闲官”。别人作诗称“荣枯原不关心事，只竭忠诚愧素餐”(424)。
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弘治十七年（1504）元日，作《甲子元日》：“去年正月候朝参，此日瞻天北斗南。新喜岁华逢甲子，早传家事付丁男。避贤未许六旬九，祝圣惟呼万岁三。重禄坐叨无以报，伐檀每诵不胜惭。”以疾请老，不许。六月，杨守阯奏，南京宝源局当铸弘治通宝二千五百六十六万，所费不少见。今灾伤特甚，乞暂停铸造。皇帝同意，命量减原数三分之一(425)。
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