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江隆基手忙脚乱，马寅初却颇为悠闲。江隆基对行政机构不敢倚靠，主要是出于政治上的恐慌和不信任。他认定，新北大的行政机构是以原燕京大学的行政机构为基础建立起来的，而原燕大的行政机构在帝国主义分子的长期麻醉与奴役之下是十分腐朽的，在工作上起的作用不大。而行政领导岗位上多是民主教授和一些旧留用人员，政治上不太可靠。
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1954年3月高教部下来调查，听取北大工作汇报。事后高教部形成一个检查报告，内中称：“北京大学在和马寅初、汤用彤等的合作上基本做到尊重其职权，校内一切公事都经过马寅初批阅，大事情都和他商量，做了的工作都向他汇报。在他出国的时候，江校长每月亲笔向他报告工作。”所述的多是某一小段时间的事实，但实际上数年内并不如此所为，这只能视之为官场惯常、应付的书面表达方式。
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真正的内情通过一个细节可以窥探到：马寅初不大管（或不能管）教学上的大事，却对校内清洁卫生工的调动、职员的大小事都很关心，一有变化都要人向他报告。有一次北京政法学院工友因个人琐事打了北大一职员，北大写信给政法学院请求解决，马寅初竟花了很多时间亲自修改这封信件。
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从目前保存下来的文件看，1953年、1954年江隆基写了好几件工作报告，都是直接以自己名义上报，一字不涉马校长，譬如1953年8月27日，他用毛笔写了万言报告致中宣部、高教部、市委，内容涉及学制延长一年、各系增设秘书一人并兼任支部书记、不适教员处理等重要行政事宜，全篇根本没有提及马寅初对这些事的表态如何。1953年10月4日晚，江隆基在临湖轩与各系主任座谈校内工作安排，人员齐整，唯独就缺马寅初一人。
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在如何使用党外校长这一点上，清华大学党委书记蒋南翔就比江隆基灵活巧妙。蒋南翔经常会把对校内重大事件的看法事先通告副校长刘仙洲及教务长钱伟长，并尽量让他们出面主持，由他们给各系提出处理意见。这种沟通方式极为有效，刘仙洲的工作热情比冷落的马寅初要高涨许多。据高教部、教育部1954年3月24日《北大、清华、师大三校重点检查统战工作简报》介绍，蒋南翔与刘仙洲共同管理教学，蒋南翔主管政治及人事工作，刘仙洲则兼管总务、图书馆、校长办公室。刘对这样的分工是满意的，因而在工作中发挥了积极性，检查各系教学计划的会也主动由刘主持。简报中对蒋南翔的统战工作方法予以较高的认可：“南翔同志经常将自己对校内各种问题的看法，讲给刘仙洲听，以促进思想上的一致，便于他从思想上接受党的领导。”
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那几年马寅初在北大的境遇可以用“孤寂”来形容。细翻北大50年代中期档案，可以发现上下重要沟通时往往都愿意绕过他这一关。偶有例外的是因高教部大学教育司一科长不通过北大校方，擅自决定聘请苏联专家与留助教的数目与专业，高教部副部长杨秀峰1953年5月24日为此向北京市高校党委会书记李乐光写信致歉，并许诺将以马叙伦部长名义正式函告马寅初校长。
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北大副校长、哲学家汤用彤1954年11月13日晚中风病危，在11月16日市高校党委动态简报中，列举北大党政领导前往医院探视的名单，竟把马寅初归入“向达、郑昕等教授”之列。这可以视为工作人员的一点笔误、失误，但多少也从侧面反映了马寅初的校长位置多年被漠视、冷遇的状态。
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1954年5月，北京市高校党委会也认为北大“党的领导核心不健全，党政关系不密切，党委也未主动了解行政意图，配合行政进行工作”。说及原因，是因为北大党委“片面地强调行政方面水平低，小资思想浓厚，对他们指责多，帮助少，缺乏支持”。（见1954年《关于北大召开党代会准备情况的报告》）
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高校党委借此批评一些党员校长习惯于个人决定问题，觉得“自己决定出不了大错”、“集体领导麻烦”。结果就是出现这样一个景象：“党委忙得要死，有些负责同志忙得身体也垮了，而非党行政负责人却闲得难受”（市委大学部1961年回顾几年来教育工作总结报告语）。
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市里对江隆基的工作方法也是存有一定看法的，但碍于江的老资格身份而有所容忍。在市高校党委工作报告中，对江的内部评论一直不高：“少数同志背着‘老资格’的包袱，自以为是。北大江隆基副校长自恃在掌握政策、思想意识、工作方法等方面的修养差不多了，不能虚心接受大家的意见，教学改革进展迟缓了，就产生了消极情绪。”市里领导由此形成对北大领导层现状的看法，这种评价持续相当长的时期：“北大集体领导不健全，党政关系不密切，干部及党员认识都不一致，行政、党委各部门间工作中配合不够，学校领导上的决定无法深入贯彻，致使教学工作稳步不前，相当一部分干部滋长了消极情绪。”（见1954年高校党委常委会议文件第7号《高等学校党员校院长学习四中全会决议检查思想情况的报告》）
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1957年，马寅初、江隆基陪同周恩来视察北京大学
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江隆基时常抱怨高教部、市委对他支持不够，自嘲为“过渡时期的校长”，强调许多客观困难。这让市委颇有些恼火，双方矛盾持续甚久。江隆基又因高教部不调给得力干部，常对高教部干部发牢骚，说：“又要马儿好，又要马儿不吃草。”高教部也认为江隆基与上级关系不够正常，对上级机关的检查和批评不够虚心。（见1954年7月1日市高校党委办公室《四中全会决议学习第一阶段总结材料》）而马寅初夹在其间，上下不得参与过问，小心观察两边的形势，不敢随意表态，只能高挂悠闲无事的姿态。
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三
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马寅初在敏感政治问题上的表态是极为慎重的，轻易不会在公开场合随便说话。但有些私下谈话还是被记录在案，譬如1954年谈及批判胡风运动，说“胡风倒霉了”，“胡风可能是对某些党员干部有意见”。由此引申道：“共产党是行的，但是党这么大，党员也不可能都一样，我也听说过，有的党员就是背着党的名，神气活现。”
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1954年高岗饶漱石事件之后，借传达四中全会的精神，北京市委根据事前布置，陆续向党员干部、党内积极分子逐步报告，人数已扩大至22万人的大范围，此时民主人士及党外骨干还尚未传达。对于向民主人士如何讲清“高饶事件”，中共高层颇费周折，最后决定：向党外人士传达依据中央统战部提纲，不要增加事实，少讲些枝节问题。当时向一般党团员传达的内容，依据的是中宣部提纲，事实部分比统战部提纲要多，但要求不要另外举例。高层还强调，涉及中央领导同志的问题最好不讲，名单问题不讲，中苏问题不讲，中央领导的名字都不提，否则就会冲淡其反党叛国的罪恶事实。而且还提出，非党人士听中央统战部提纲者一律不讨论，党团员听中宣部提纲者反而一律要讨论。中央还规定，一般讲不清楚的不要讲，也不应当讲，所有做报告的时间不要太长，控制在两小时以内。（见1954年9月10日《杨述同志报告传达四中全会的情况》）
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“高饶事件”是1949年中共建政以来最为惨烈、内幕最为沉重的党内斗争，如何向党内外人士圆满解释、减轻震动确是一桩令高层极为愁苦之事，布置之细之怪都是党内以往生活所少见的。从现存的一些单位传达记录本看，有些党委第一把手忍不住做了个人“违规”发挥，尤其是高岗生活极端腐化部分足以让党员听众心惊胆战，眼前一团发黑。马寅初没有机会听到党内报告传达，但他从党委人士严肃凝重的表情中已然看出莫测的深沉和巨大的不安。
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从简报中可以看出，非党人士初听“高饶事件”的传达深感震惊，有几个激愤人士还要求公审，要求中央立即枪毙高岗。但主体上还是弥漫一种强烈怀疑的消沉情绪，他们没想到中共党内还有如此不纯的事情发生，想象不到会呈现如此激烈的斗争程度，认为过去对党过于理想化了。有的甚至认为，今后不能对中央、上级无条件信任与服从了。简报中称，“埋怨中央的情绪相当普遍，产生‘怀疑一切’的思想。”这样的一种幻灭感伴随着埋怨和不解，是1949年后高级知识分子身陷的最大一次信仰危机。
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1954年4月市委高校党委组织各校非党教授座谈“高饶问题”，对会议评价为“一般教授发言慎重，不敢暴露，有不少混乱思想”。北大哲学系主任郑昕说：“过去是战争环境，很多负责同志没学到多少马列主义。”北大教授周炳琳问：“既然早知道高、饶有错误，为什么还要重用他们？”马寅初没有这么大胆，他只是跟在金岳霖发言后面补充几句，金说：“高的问题很严重，饶的问题没听出什么事。”马寅初马上跟着说道：“饶的罪恶轻，能认识错误，所以还称他为‘同志’。”（见市高校党委《各校非党教授对高饶问题的反映》）他明白，在小枝节上绕着说，一般不会犯大错误。
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马寅初所处的政治环境开始变得愈加恶劣，思想斗争火药味逐渐浓郁。1954年5月23日北大召开第一次党代会，与会者对上一届学校党委提出严肃的批评，措辞严厉，与会者集中谈到这几点：“资产阶级思想在党内外大量存在，未受到有力的批判”、“我们阶级觉悟不高，对阶级斗争的规律缺乏深刻的体会，因而对于在各样教学工作中和日常学习生活中所反映的许多资产阶级思想则缺乏分析，降低了应有的政治警惕性，也就很少提出对策。”党代会通过的总结报告中明确表示：“（北大）长期安于被资产阶级思想紧紧包围的环境中，敌情观念与政治嗅觉很不敏锐。”此后，马寅初所受的冷对待与此政治行情的看涨紧密相关。
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1956年绷紧的斗争之弦稍有松懈，马寅初一有机会还会为北大利益呼吁、争取。市委召开高等学校院长座谈会，马寅初在会上言辞激烈，严厉批评中国科学院到高校挖人的举动，认为科学院“独善其身”，只让自己发展，不管高等学校的死活。他说：“过去吴有训为科学院拉人，就把浙江大学这所综合大学拆垮了。现在又不断到北大来拔尖，甚至一般教师也要拉。北大与科学院的关系不是双方批评一下就能解决的问题了，需要中央来处理，才能公平解决。”高等学校与中国科学院的关系向来很紧张，一直是困扰各高校的难题，只有马寅初独挑这个话题，全场也只有向达一人帮他说话：“这样下去高等学校只有关门，或者什么人都不让出来，或者歇业。”
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马寅初还大胆地提出一个教学问题：“学生政治课用的是苏联的本子，讲的是苏联的事，不结合中国的实际，不能真正提高学生的思想觉悟。匈牙利事件反映出学生思想很多基本问题都不清楚。”（见1956年《市委召开的高等学校院长座谈会上提出的意见》）这是一个真实存在的教学问题，可以看出马寅初的敏锐和直率，但在场的中共领导人士碍于国际形势对此没有做出明确反应。相反，老资格的人民大学党委书记、副校长胡锡奎却接着马寅初的话题说：“今后可以考虑在政治理论教学计划中规定每年作一两次思想总结或鉴定，讲课中也要注重联系学生思想。”党员校长更看重的是给学生做思想鉴定，从这个细节也看出非党校长与党员校长的治校异同之处。
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四
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1957年4月6日，中宣部部长陆定一在杭州做报告，数年来第一次在公众场合表扬马寅初：“你们浙江，有马寅初、邵力子二位先生，他们主张节制生育。提出这个东西很好。现在江苏、浙江每平方公里有288人，比世界上人口最密的比利时高得多，它是170多人。所以江浙这地方提出这个问题完全可以理解，有道理。”陆定一在报告中还是有所批评，但批评力度真是弱化至极：“有的时候马寅初他们偶尔有些话不大很科学，譬如说，假使人口增加了，将来就不能同人家和平共处，要打仗，侵略人家。这一点就有点马尔萨斯，只有这一点点，很多是好的。应该有分析，哪一点对，哪一点不对。他们的意见基本上是好的，而且完全可以理解。”（见1957年4月6日《陆定一同志在杭州市的报告》）但是这种有限的“赞同”、“欣赏”只能是昙花一现，转眼到了1958年2月中央宣传会议确定进行社会科学理论批判，党内高层已经悄声把马寅初列入批判的预设目标。
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