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马寅初在最高国务会议上作控制人口的发言
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1958年2月9日中央宣传会议上，首先就确定三条近期任务：一是社会科学进行理论批判；二是所有知识分子都要分批下放；三是学校要搞勤工俭学。中宣部设想的理论批判规划中，马寅初已是榜上有名。1958年3月5日，市高校党委召开各学校党委书记会，由北大党委书记陆平传达中央书记处对科学院、高校“双反”运动的指示：“在高校中只是搞三勤不够，应当搞教学质量，培养干部的质量，学生不红不专是最大的浪费。发动群众辩论，出大字报揭发，对大知识分子可一般开小型会，个别的可以开大会。”这就意味着中央已同意这样两个步骤，群众可以出大字报揭发，对个别大知识分子也可以开大会批判。
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1958年3月28日中央政治局朱德、彭德怀、陈毅、聂荣臻、彭真、陆定一等人听取北大、复旦、中国科学院工作汇报，就有中央领导强调：“两条道路斗争问题不解决，知识分子不会向党靠拢。”在4月6日召开全国第一次教育工作会议上，再次确定文化革命就是阶级斗争的主题，会议纪要提出：“教育和生产结合、教育服从于政治就有阶级斗争，会有‘算账派’‘观潮派’，革命革到资产阶级思想根上，就要打垮资产阶级的学术观点。”（见1962年市委大学部整理《高等教育工作三年大事记》）至此，通过阶级斗争整肃知识分子队伍的理论阐述和工作部署已经完成。
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北京市委由此开始布置相关“烧教授”的计划，提出要“猛火攻，慢火炖”。虽然市委大学部副部长宋硕曾说：“有理有利有节，不搞斗争会，典型批判暂时不搞，大字报过多时要做个别工作，对年老有病的要保护。”（见1960年市委大学部《市委大学科学工作部1958年至1960年大事记》）但他在4月8日会上已经改变声调，主题变得非常激扬：“发动群众，靠大字报造成声势，要三揭三打，即揭思想、揭盖子、揭矛盾，打破情面、打下架子、打下尾巴。”凶猛的运动开展之后，各高校都使劲加柴拱火，使局面很快失控。陆平把校内局势说得很严重：“北大青年学生中大多数是走粉红色道路，老教师中白专是多数。”他独创性地开办所谓北大“西瓜田”，让当事人认领，从个人的“西瓜”中抽出观点问题，结合人物进行辩论。清华大学大力推荐与名教授章名涛“决战”的经验，动员一大批师生揭露章与党不正常的关系、教育与科学的路线问题，迫使章在讲“序论”课上先做了四十五分钟的检讨。
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市委大学部、宣传部曾举办四次教改经验交流会，广泛传播各高校的斗争经验。到会的领导人每次都嫌运动进展过慢，讲话中多有批评之意，加重了会议上的凌厉气氛。教育部副部长黄松龄每次到会，都会再三强调斗争的主题：“对于资产阶级教授，要在政治上思想上加以孤立，肃清他们在群众中的影响。”市委宣传部部长杨述一再告诫与会者：“资产阶级思想的老巢是在教学、科学研究中，必须挖它的祖坟。”（见1962年4月7日市委大学部《五八年双反和教改经验交流会的情况和问题》）
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据统计，在1958年下半年，北大文科各系对资产阶级学术思想进行了一次集中的批判，受到批判的教授有17人，其中最为醒目的就是校长马寅初。但是这场大批判却是虎头蛇尾，声势做得很大，嗓门喊得很响，但不到几个月的时间就低调地吹号敛旗，众将们又习惯性地等待下一次斗争的呼唤。
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1958年至1960年在北京高校有一个奇异的现象，就是斗争鼓动最闹、战火烧得最旺的时候，领导层又怀有担忧之心去败火，去说一些留有余地的话语，努力显示政策怀柔、平衡的一面。火力强弱变化的根由，当然有物资匮乏、民心波动等外界因素的影响，跟高层貌似饱满而又脆弱的疑虑心态有关。高层在一些胜算败算的时间节点上并不想过多刺激知识界，避免树敌过多，招致政治上不必要的无谓麻烦。
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1958年12月26日，政治局委员、市委书记彭真召集北大、清华等12个高校党委书记，重点说明三年来工人阶级知识分子成长很快，老知识分子相形之下感到灰溜溜，批判到这个时候，要转到着重在具体工作中团结帮助他们。1959年1月全国教育工作会议上，也一反以往对资产阶级教授猛攻的势头，会议纪要委婉地说道，“在党委领导下教师在教学中发挥主要作用，教学相长。”会议指出有些地方有一场混战的情况，强调贯彻百家争鸣，教学改革不提口号。到了1959年7月，市委宣传部、大学部借总结“五四”学术讨论的情况，肯定1958年群众性的学术批判运动是树立为社会主义服务的政治方向，锻炼新生力量。但也指出运动也有简单粗暴的缺点，重点批判对象过多，对于左中右缺少区别对待。（见1959年7月10日市委宣传部办公室《关于五四学术讨论的情况报告》）一般来说，文件中的话语说到此地步，各单位就明白这一场批判到了收尾的阶段，刀剑入库，鸣金收兵。
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1961年间，在全国范围内生产滑坡、民生凋敝的大背景下，高校党组织对过去几年政治运动、思想批判有所甄别并大批量地向人道歉，敢于承认其间发生的错误，说了不少软话。1961年高校发布的正式文件多半带有检讨的成分，登载很多“神仙会”与会者怨气发泄的言语，对于指责的语句也能默然接受。这个阶段高校党组织的柔软身段和低头认错的工夫确实令人诧异和释怀，他们承揽过错的程度甚至超过老教授们的想象。
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譬如说，对于1958年涉及批判马寅初的“双反”运动的严重后果，人们多半语焉不详，不敢触及，但是在1961年8月有一份大学部文件就清晰地表达道：
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重点批判对象过多。对于左、中、右缺少区别对待，对于某些有错误的学术思想的人不适当地扣上“反动”“白旗”等政治帽子，对这些人的学术成就有一概否定的倾向。
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批判中有简单化的缺点，说服力不强，对一些需要展开讨论的学术问题，也轻率地下了结论，甚至有压服的情况。（见1961年8月市委大学部《北京大学在反右派斗争后对教授进行批判的情况》）
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这些近乎真实的历史性结论在当时就已经做出，对运动的恶劣效果也是明了在心的。可是转眼到了1963年，这些曾经暖人心的甄别语言刹那间都随风逝去，政治形态很快又恢复到原来凌厉、无情的本色。
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1959年底，还是有些单位对斗争恋恋不舍，以“政治挂帅、加强党的领导”为理由请战。北大党委书记陆平1959年12月30日特意致信市委大学部正副部长吴子牧、宋硕，谈到自己对这一段形势判断的观点：“当前以及这次反右后，学校阶级形势变化的估计并以此对今后如何在学校中坚持进行灭资、社会主义资本主义两条道路的斗争，这是与彻底贯彻党的教育方针密不可分的。从这次反右来看，党员干部对于这个问题认识得极不深刻，缺少远见。”他说，必须以最大的决心，艰苦努力，于最短期间内解决一支包括各主要学科方面的又红又专的师资队伍，真正占领教、科阵地，这是十分重要的事。过去取得很大的成绩，但是如真能有领导、有计划、有组织地进行，可以大大加速，看来三至五年完全可以办到，那么党的领导最后才能巩固。（见1959年12月30日《陆平致吴子牧、宋硕》手稿）陆平的“重建师资说”，建立纯而又纯的红专队伍，实际上变相采用了“排除法”，包含对资产阶级分子的错误教学、观点的斗争和剥夺，阶级界限分明。
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对斗争最着迷的当属中宣部部长陆定一，当全党工作有所缓和之时，他永不松懈的战斗热情、坚定的嗜好还一直拉动全国文教战线向左倾斜的姿势。1959年11月召开中央文教会议，他还高调宣布文教方面知识分子多，右倾很严重，要反透右倾。陆定一说，今后主要危险是右倾，“左”还是自己队伍中的问题，右是资产阶级的东西，要大张旗鼓地反。
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到了1960年3月，陆定一在文教书记会议上发言说，学术思想斗争要追到西方老祖宗，涉及政治、历史、教育、经济、哲学等领域，并具体地提出要以国内的巴人、李何林、尚钺、雷海宗、马寅初等人为批判对象，立即组织所有文科院校发动群众进行批判。他的发言展现了如此宽广的批判大视野，连党内干部都惊乎其斗争的特殊学识：“学术思想斗争要追到老祖宗。文学的祖宗是十八、十九世纪的巴尔扎克、托尔斯泰。哲学思维与存在问题上有否认同一性的倾向，祖宗是康德，不可知论，思维不能认识存在。教育学，资产阶级教育思想严重，还要第二个仗、第三个仗地打下去，祖宗是夸美纽斯。法律、新闻等也有老祖宗，都是十八、十九世纪资产阶级学术的高峰。”（见1961年12月市委大学部整理《有关高等学校的文件的一些问题》）
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除了斗争主题，陆定一对十年一贯、十一年一贯制的学制试验特别感兴趣，说话极为夸张，譬如“现在对天盟誓，以后永远要搞（教学）实验。”“二十年能把小学到高中的学制试验搞好，全国过渡过来，死也瞑目了。意义很大，等于缩短一个五年计划。”
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在这同时，中宣部将《关于组织文艺界批判现代修正主义思想和批判资产阶级文学艺术遗产问题向中央的报告》的草稿发到北大、北师大、人大党内讨论，作为战斗大纲提前供重点高校把握。北京学术界已经着手开展对巴人、李何林等人的批判，专门组织的一批大批判文章陆续见报。
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1960年3月中宣部上报“关于学术批判报告”草稿，通篇都充满浓郁的火药味，每隔三四句就会不自觉地跳出“批判”的字眼，譬如：“对马克思主义阵营内部文艺研究著作中所表现的某些错误论点和教条主义倾向，也要适当地加以批评，还可选择一些在青年中间发生了显著消极影响的作品，大张旗鼓地展开批判。对于现代欧美资产阶级反动文艺思潮及其有代表性的作品，应当予以彻底的批判。”陆定一已经拧紧战斗之弦，容不得下属文教单位一丝喘息。此时生活物资极端贫乏，社会初显动荡不安的痕迹，中宣部主管的思想斗争反而没有见缓，实际上已打上鲜明的陆定一的个人印记，如果没有陆的步步紧逼和全力推动，可能1960年的思想斗争景观就会大大不同。
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1960年初期，中宣部直接指导北京市展开对修正主义、人道主义、人性论观点的批判工作，指定的主要靶子是巴人、马寅初、尚钺。5月初中宣部提出具体的操作细则，其中有一条为“在经济学方面进一步深入批判马寅初和马尔萨斯、新马尔萨斯学派”，其他还有对“思维与存在的同一性问题”讨论中的修正主义思想进行批判，并准备批判康德；在历史学方面批判尚钺并准备批判“食货”派。当务之急是如何组织力量，搜集关于巴尔扎克、康德、食货派、马尔萨斯等西方老祖宗的详细资料，准备进行彻底地有分析或有说服力的批判。（见1960年3月17日市委大学部《在高等学校中开展学术思想批判的情况和意见》）
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1960年7月间陆定一又提出文科教学改革，要在文科教材中消灭修正主义的痕迹。7月30日市委大学部召开专门会议，压力颇大的大学部部长吴子牧压不住火气，在会上把话说得很重：“最大的紧张是在我们的教材中有修正主义观点，你再讲修正主义，你就会碰到最大的紧张，就要对你进行斗争，那时才真正紧张。不改掉修正主义，党委书记能睡得着觉吗？一定要把住这一关，谁再继续教修正主义，明知而故放，谁就是犯错误，就是犯罪。”他把问题突然上升到犯罪的高度，让会场气氛骤然紧张。两年后，吴子牧反省说，自己当时发言确实不够冷静，让同志们备感压力。回想当年中宣部强加的措施，他反问道：“当时提出要求教学改革，要求检查修正主义是不是有根据、有必要、有效果呢？”他也承认，1958年以后“双反”运动固然使文科教学开始以马列主义、毛泽东思想为指导，但也有过火的地方，如过多地否定某些老教师的学术成就，把有些学术思想提高到政治思想上来批判。（见1962年4月10日《吴子牧同志在市委扩大会议期间在高教口全体会议上的讲话》）
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1960年春季，由于受陆定一及中宣部的直接影响和管制，市委大学部对高校知识分子队伍的整体判断过于悲观和消沉。他们整理出一份材料，内中称全市高校教授、副教授共1169人，其中左派只有23.7%，这部分可以算工人阶级知识分子，其余76％的人基本上都属于资产阶级知识分子范围。整个教师队伍14000人，也有57％的人基本上属于资产阶级知识分子的范围。旧教师中许多人在解放后虽有很大进步，但是资产阶级世界观还没有转变过来。（见1960年市委大学部《关于高等学校政治理论教育工作情况简介》）这就配合了上级领导部门偏左的估计，为全面打击旧资产阶级分子提供第一手材料。1962年开完广州会议，形势趋缓，为知识分子松绑的呼声高涨，吴子牧为此诚恳检讨道：“我们当年对知识分子思想政治状况的估计、认识落后于实际，应当属于劳动人民知识分子，不应当再看作是资产阶级知识分子，看他们的消极面、缺点多，未能全面地贯彻执行知识分子政策。”（见1962年4月10日《吴子牧同志在市委扩大会议期间在高教口全体会议上的讲话》）
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与1958年相比，1960年北京市已深受副食品、粮油匮乏之困，底气不足，人心惶恐，市委已无精力去掀动新一轮批判热潮。对于中宣部的斗争部署，市委及市委大学部明里支持，暗地里却划定很多限制的圈圈，比如说“批判的对象只限于中央提出的几个人，不要再从学校中另找靶子”。结果北大草草地发了几篇批马寅初的文章交差，上报时称“在党委的直接领导下批判了马寅初的反党反社会主义言行”。过了一段，悄悄地连马寅初的大名都不见了。这种“雷声大雨点小”的做法实属特殊时期的无奈之举，致使马寅初侥幸地躲过一场原定到来的斗争风暴。此时马寅初被免去校长一职，很快成为知识界一只销声匿迹又臭名昭著的“死硬老虎”。