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有感于国家经济的迅速恢复和发展，他在不同层次的学习会上这样表述过：“解放区来的干部是好干部，共产党是一个不平常的党。”“对今天这样的政府之下的生活，还有什么理由对政治灰心，对政治不闻不问呢？”他有一句名言常常为统战部门的工作报告所引用：“过去几十年自己太无知了，恨自己接触党太晚了。”
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1953年至1956年，陈垣在学校大小会上时常发言，大都是号召师生积极参加党的运动，努力配合政府各项任务。这些发言稿多是学校办公室年轻干部们帮忙起草的，讲话要点大都出自中共最新公布的文件精神，四平八稳，必然带有十足的概念化。但陈垣每次讲述起来都揉进不少激情，稍加一些个人发挥，减弱了草稿中社论一般的生硬程度。譬如1953年冬天因面粉供应紧张，市政府决定收缩供应并凭证售出。此事一出，遭致社会各界较大的不解和埋怨，也引起市委、市政府的不安和焦虑，赶紧布置相关的解释排忧的工作，希望将负面影响降至最低。陈垣为此在全校群众大会上积极阐发这一政策，希望师生多从正面理解和响应，他说：“解放四年的经验，使我们深刻认识到党和国家的一切政策都是以人民的最大利益出发的，大家应该信赖政府，从大处着眼，从长远利益的全局出发来考虑问题，不要只看到小的利益，要把好的执行，保证国家工业化的建设任务。”（见1953年11月6日市高校党委《各校教授对面粉计划供应的反映》）
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这些言语确是充满政治上的刚性特点，没有老学者所推崇的柔美、滋润的文字长处，说到学者的嘴上多少有些纠结、拗口。从当年会议记录原稿来看，那几年陈垣应约念了不少这样强烈政治化的稿件，通过个人影响和名气来配合政府的诸多事务工作，以高度热情的语言姿态来化解一些学界的矛盾和困惑，其中肯定有真切的投入，也会有不自主的盲从和苦涩。
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二
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教会型大学一向被官方认定为帝国主义文化侵略的顽固堡垒，作为辅仁老校长，陈垣思想如何转向就成为一个各方关注的风向标。在1952年院系调整之中，辅仁遭到撤并，教职员工折腾颇大。作为关键性的代表人物，受到礼遇的陈垣被分配到北师大当校长，中共高层也想以此举来安抚动荡中的旧部人员的情绪。他在这段重要的转折时期的表现及评价，现在还没有寻找到更多的内部官方资料，只在校方上报的《陈垣小传》中看到几句简单的评述：“经过辅仁大学的反帝斗争和参加土地改革后，转变了对党的态度，接受了党的领导，靠近党，拥护党的各项政策，参加各项政治运动也比较积极，在当时对辅仁大学运动的开展起了一定作用。”
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1953年9月16日，北京师范大学在新街口外大街19号兴建新校址，陈垣（中）为新校址奠基
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学校党组织对陈垣历史研究的学术水准还是持肯定的态度，认为他的学问路数大体继承了清代学者的考据方法，他的著作考证历史上的某些事件、问题或某一书籍较多，议论较少，研究一朝一代的经济制度几乎没有，因此他的某些著作对研究历史有一定的用处。涉及学术弱点，只是说他研究比较专门化，故使用范围也有所局限。
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陈垣常和别人说：“毛主席还让我带徒弟呢。”陈垣在一些场合主动讲了这个故事的来由，有一次开劳模大会他坐在毛泽东旁边，毛向工农界一线劳模们介绍说：“这是我们的国宝。”又转头对陈垣说：“你应该好好保养身体，带几个徒弟。”这个故事段子只是由陈垣单独述说，并没见到学校官方文件中正式引述，既不承认，也不否认，实际上给予冷处理。只是在1958年其入党材料中淡淡地提了一下：“他对毛主席给予的鼓励和要他带徒弟时刻铭记在心上。”这个故事在圈内流传了许久，校方到1953年4月止也没给他配备正式的学术徒弟，他自己在带徒方面有何打算外人也无从知晓。
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在政治学习气氛很浓、冲击业务厉害的时段，他几番表态，还是愿意钻自己的历史业务，期望建立一个业务氛围不错的学术团体。他曾经在史学研究会上提出希望成立史学研究所的意见，过了一段时间，听说要成立历史研究所，他兴高采烈地说：“我可以做这个工作。”（见1953年4月20日高校党委统战部《各校上层统战工作情况》）
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没想到的是，陈垣报名参加了西南土地改革运动后，所见所闻改变了他原有的一些学术思路。譬如他在四川巴县乡间应邀参加了斗争地主的大会，并做了革命性较强的发言。他在当地干部陪同下到处走访，实地看到村中地主所立的碑碣，发现与斗争大会上所听到的地主剥削的残酷事实不符，由此想到自己过去所研究的金石碑文很少记载劳动人民被压迫的情况，对以往“闭门治学”所依据的考证材料产生了怀疑。过后不久，校党委欣喜地向市委汇报说，陈垣已经对几十年来考据研究中缺乏阶级观点进行了初步的批判。
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大跃进运动来临，陈垣陷入一阵慌乱，对自己的学术研究不知“何去何从”，感觉再整理旧东西“不能为大跃进服务”。他诚恳地对党委的同志说：“历史这门学问太难了，自己过去的著作是否有错误已无能力辨别批判，希望一些研究历史的党内负责同志给予帮助。”他一口气批判了“不问政治”、“学术与政治无关”、“超阶级”、“超政治”的错误思想。北师大党委向市委介绍说，陈垣几次表态拥护对资产阶级学术思想进行批判，想做一位“红色老人”、“红专老人”，急切地期盼研究历史的党内负责同志给予具体指点，但又担心自己的著作被完全否定。（见1958年12月北师大《陈垣小传》）
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三
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陈垣出任北师大校长时，名义上是说掌握全面，但一落到实际，他就只领导校长办公室、大辞典编纂处和研究所。所谓的研究所尚未成立，大辞典编纂处也较为空泛，而校长办公室更是空洞化地运作，造成他在学校没有什么实际工作可负责。最重要的是，由于中共构建的组织体系的党外排他性，挂虚职的陈垣与北师大各系统是脱节、隔离的，教务、人事等大权根本无缘经手。正因为对学校具体情况不了解，本来颇具几十年教育行政经验的陈垣往往对工作提不出意见和办法，下面偶尔来请示也不知如何决定。这使陈时常处于苦恼和困窘之中，时间一长，慢慢适应并养成习惯后，反而大小事都要请示党委书记来定，只有与书记商量，得到认可后才稍觉放心。
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陈垣自己对此有个解释版本，如是再三在会议上说：“我几年来因病未愈，但师大还是办下来了，没有党的领导是不可能的。解放前提教授治校，现在体会到应当明确提出‘以党治校’。”（见1956年《市委召开的高等学校院长座谈会上提出的意见》）
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市里统战部门曾提出，像陈垣这样的知名教育家，应如何恰当地发挥其长处，使他起更大的作用问题值得进一步研究，目前的问题在于是让他钻到行政工作里？还是让他整理他的业务，带几个徒弟更好？学校党委向上级汇报时，始终说陈垣年岁已大，对行政工作很不感兴趣。举例说，有一次开系主任汇报会，他从头听到尾，但一言不发，别人请他说话，他也坚决摆手不说。校党委的汇报中写了这么一句：“他对校务工作不关心。”
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历史系主任柴德赓，被校党委视为陈垣旧日的亲信，有一次曾私下劝陈垣要好好关心行政工作，不能先从兴趣出发，光做自己的业务。据说陈垣当时也默然接受了柴的劝说，没有多做什么解释。
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1953年初何锡麟出任北师大党委书记兼副校长，掌控全校的党政实权。何锡麟到校任职后，陈垣对他的反映还是不错的，一再对人说：“很久就盼望有这样一个人来。”“何校长太好了。”但何锡麟的领导作风较为强势，自信心较强，再加上政治运动的惯性原则，不自觉地就掌握了学校所有的党政事务。很快，他由于同陈垣合作较弱而受到上级批评，此后稍微有所改进，同陈的联系比过去增强，但是整体工作还是由何说了算。何有时找陈垣谈问题，陈就认为何的意见已经很好，自己没有什么可提的了。时间一长，竟成了一个工作模式，陈对何事事依赖，高高挂起，被校办的一些工作人员戏称为“牌位”。
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北师大虽然在行政上建立了校长教务长的联席会，但只是拿一些琐碎具体事在会上谈论，而且会前大都没有准备，与会者在会上随便聊几句就走过场。学校的核心或中心工作一般不拿到联席会上讨论，而由党委会去决定。1953年3月联席会有一次开会讨论一般性的教学计划，预定下午两点开会，上午十一时半身为副校长的何锡麟才去找陈垣和副教务长林传鼎商量，下午两点前告知另外一位副教务长祁开智。由此也可见出，在这样天生隔阂、保密至上的组织体制下，党员校长对非党校长、教务长的漠视和应付是习惯使然的。
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1953年4月上旬市高校党委统战部来人调查，记录这样几件小事。何锡麟有一次曾拿一个计划草案交给校办公室金永龄，金问：“陈校长看过没有，有什么意见？”何说：“他提不出什么意见来。”
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进步群众刘迺和反映，有时陈垣在办公室里转圈，说：“你说我应该干些什么呢？”“老了，做不了什么事。”有一次说：“年轻人（指何锡麟）那么能干，偏偏身体不好。我这老头子没有能力，身体反而那么好。”刘逎和还验证了校内传言甚久的“牌位说”，说陈校长“过去是傀儡，今天是牌位”。
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有一次某系学生慕名来办公室请陈垣校长题字，陈高兴地答应了，亲自拟好题词的内容，多是鼓励性的简单言辞，思虑再三，最后还得请何锡麟看看题词妥当不妥当才提笔挥就。（见1953年4月20日高校党委统战部《各校上层统战工作情况》）
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在北京高校中，非党校长不受重视而被忽略，是左倾政策推行后必然带来的一种工作常态。陈垣的境遇并不是偶然的个例，也不是北师大独有的现象。譬如在财经学院，所有需院长签字的材料如党委书记秦穆阳没看过，非党副院长陈岱孙就不肯签字，因为他知道签字大多是无效的。许多情况陈岱孙不了解，有些会议的内容到开会时才知晓，因此党员副院长罗青不到场就根本开不了会，如罗青中间因故退席陈岱孙就无法继续主持。
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皮科教授胡传揆是公认的向党积极靠拢的著名非党派人物，他在市委里颇获好感，因此获任北京医学院院长一职。但高兴一段时日后，胡院长就频频感到难堪，卫生部的领导有事常常直接找北京医学院党员副院长马加，很少找他商量要事。有时马加同意了就直接做了，胡传揆还不知情。因此胡消沉地表态：“我这院长应当怎么当，不知道？还不如回皮科去。”更有甚者，有时马加有意把一些棘手的事如药学系要并入旁系，交给胡传揆去处理，结果让胡碰钉子，扫兴而归，威信大跌。
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在校长位置上，享受无上的政治荣耀和光环，但实际上又长期处于权力的真空地带，为人摆设，看人眼色，陈垣的滋味一定是百感交集，难以名状的。在20世纪五六十年代起伏不断的思想运动之中，陈垣在大小会上说了不少拥护式配合式的即令话、应景话，已经难得听到他脱口而出的内心言语。1955年初，有一回听说李四光、华罗庚在中国科学院会上遭人批判而流泪，陈垣极为少见地大发脾气：“如果把我像他们那样在台上被斗，我可不干……”这种激烈的表态，对于陈垣来说，只能落在口上，只是一时苦闷的发泄，也是自卫性质的表露。