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但陈垣对其中一条意见始终很在意，几次在会上诚恳认错，这一条就是对刘景芳、魏重庆、杨荣春三位教授抱成见的问题。细翻现存的材料，无法找到陈垣与三位教授发生冲突的原因，不知事情的来龙去脉及是非。陈垣首先承认是自己的错误造成的：“这完全没从人民利益来考察问题，这不但是旧社会的作风，违背了新民主主义道德，而且不是一个人民大学的校长对同仁应有的态度，这就是资产阶级的腐朽思想。”（以上见1955年1月29日市高校党委《关于陈垣在三反运动中的自我检讨和反映》）一般性的人事纠葛是难免的，陈垣却把它上升到资产阶级腐朽思想，这种自污应该也是一桩说不出口的伤感之事。
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在极其险恶的运动环境中，陈垣在公开会议场合的表态都极为到位、简洁，北师大党委在几份“三反”运动工作总结中爱用这几句话来表述陈垣那种天生俱来的位置感：“会后大家被他的诚恳态度感动，一些教授说校长能这样深刻检讨真使我们钦佩。”
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五
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对于1957年整风反右期间陈垣的实际表现，校党委的态度显得复杂、微妙和为难，最后以上下合力的方式保护过关。党委给出的正面理由是，陈在鸣放初期就称赞党的整风运动是“古今中外史无前例”，要求知识分子“反求诸己”，“要帮助党整风，就要有党的领导”，反对“民主办校”，主张在党委领导下分工负责。因此陈校长属于“基本上能站稳立场”。
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陈垣被人抓住把柄的是在1957年春季鸣放阶段中央统战部一次座谈会上的“错误言论”，其爆发的激烈程度足以让事后参与处理的中共教育口官员有所棘手。在1959年1月9日北师大党委整理的陈垣入党材料中披露了其间的发言要点：“陈垣说，旧知识分子都有一些高傲的气质，自尊心很强，士可杀不可辱。老教授一次次检讨、被斗争，有时人家原是热爱国家的，但都指着脸骂人家是反革命，那当然会使人感到无限委曲，抑郁难平，感情的创伤一时不易弥补。”还说，运动过后，大家都不敢随便说话了。党和知识分子中间的墙，有的地方就是这样筑起来的，希望党在这方面多做些工作。
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反右斗争展开后，惶恐不安的陈垣在党委授意之下做了两项弥补工作，一是对右派分子的反动言行积极进行批驳，二是“双反”中主动向党交心，写了五千多字的自我检查，批判了在鸣放中发表的错误言论、名利思想和对入党等问题的错误看法。他有些迷惑，怅然若失，看到北大校长马寅初挨批，他就有所顾虑：“经济学方面批判马寅初，历史学方面是不是也要批判我？”他私底下埋怨说：“那些过去不研究学问的，不写著作的，倒没有什么事。我们这些人，过去费了力气做学问，今天被叫做资产阶级专家要被批判，真不如不做了。”（见1959年1月9日北师大党委《师范大学陈垣入党的材料》）
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北师大党委多少在为他说情，竭力让他脱离险境。为他开脱的材料中，就再三提到他的国际学术影响力：“某些资产阶级国家，如法国、日本等汉学家对他的一些著作有较高的评价，又因他研究过宗教史，任过天主教办的大学校长二十多年的原因，在宗教界有一些声望，罗马教皇曾赠过他勋章。”（见1958年12月20日北师大党委《陈垣小传》）可以看出，北师大党委在全力保他过关，运用诸多资源努力撑高“保护伞”，以证明他的政治立场无大问题。
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1959年7月3日，陈垣在北师大历史所参加学术讨论。左起依次：顾颉刚、胡厚宣、王毓铨、张政烺，右起依次：陈垣、侯外庐、熊德基、刘迺和
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1960年9月24日，陈垣在励耘书屋院内劳动。陈垣曾为一幅《锄耕图》题诗曰：“寒宗也是农家子，书屋而今号励耘。”
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1958年春夏之际，陈垣要秘书把报纸上登出的各类展览会的消息告诉他，一有信息就急忙前往，先后参观了三大工程（宝成铁路、武汉大桥、鹰厦铁路）展览会、北京高校中专红专展览会、全国工业交通展览会等大跃进著名展览。在三大工程展览会听到讲解员讲到这些工程都是我们自己设计时，一时感动不已，在现场不禁流泪。他走出时看到门口的大雕塑说：“这一切都是毛主席领导得好。”回来以后对工作人员说：“一方面增加了自卑感，觉得自己不如一个普通工人；一方面又感到骄傲，一个中国人的骄傲。”看高校跃进展览时，他夹在拥挤人群中仓促地看了一个半小时，只看了部分展览，他余兴未尽地表态，颇有几分自责：“真感到中央教育方针的正确，毛主席早就说过教育与劳动相结合，可是我们为什么没早想到办工厂呢？”（见市委大学部1958年7月16日《动态简报》第12期《陈垣参加三个展览会的反映》）
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六
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1949年后北京市高校党委对发展高级知识分子入党之事一直持谨慎的态度，基层党组织顾虑重重，认为高级知识分子思想复杂，很难改造。据市高校党委1955年11月21日《北大、清华、师大等五校教授入党情况和问题》中披露，解放六年来北京市这五所高校一共才发展16名教授入党，迟缓的主要原因在于党内还存在不少思想障碍，不肯积极进行培养工作。
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1956年1月8日，北京市高校党委组织部召开建党问题座谈会，着重研究在高级知识分子中发展党的问题。与会者多半都在感叹多年来办事之难，举步维艰，最后形成的简报这样表述：“对高级知识分子的进步估计不足，认识不够，因而没有积极进行培养以外，还由于领导上对发展教授入党过分慎重，控制太严，使得大家对发展教授入党束手束脚，顾虑重重。”（见1956年1月20日市高校党委办公室编《高等学校动态简报》第117期）
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50年代以来北京高校系统每年建党计划都没有完成，1954年成为全市完成建党计划最差的单位之一。市委组织部追查原因，高校基层党组织无非还是认为高级知识分子个人历史或家庭社会关系比较杂乱，只能采取简单放弃的消极态度。
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1956年中央组织部明确提出两年内高校建党指标，即教授党员要占教授总数的20%。并要在今后7年内，使高级知识分子的党员数量，达到高级知识分子总数的三分之一左右。迫于高层压力，各高校加大了建党的速度和力度，有近百名教授被突击成为发展对象，其中有13名学部委员、十几位正副校长（或教务长、系主任）。在这广泛引起瞩目的大名单中并没有陈垣，北师大傅种荪、白寿彝、钟敬文、何兹全、陶大镛、马特等老教授在榜中列名，而且1956年10月市高校党委把陈垣列入“不够条件者，如何处理尚无更好办法”之列，与之同类的还有梁思成、汤用彤、孙晓邨、钱端升等人。过了一个月，市高校党委组织部再次在《教授中发展党的计划》中表示：“陈垣，觉悟不够，且年老卧病，已丧失工作能力，不具备入党条件。”市委一领导用钢笔在此标注：“高知中够条件是少数……无党派（陈垣）更复杂。分一下类，不够者算了。”
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当时高校党委对此有个解释，就是要避免“对党的认识还不足、民主人士气味很重的人拖着小尾巴进来。”（见1956年10月10日高校党委《发展党发言提纲》）陈垣始终处于党组织“难权衡”之列，既够不上积极，又不处在“落后”之中，连他自己细想起来都觉得事情难办，也就是他常说的“太不自量”。
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转机出在1958年大跃进之时，郭沫若等人入党的消息公布之后，对陈垣震动不小，他马上表示“不灰心”之意，并于12月正式提出申请入党。北师大党委转年1月9日向市委汇报，上交了一份四千余字的陈垣思想内部评价及小传材料，建议“可考虑发展其入党”。
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想不到赶上1959年初春中共“开闸放水”的短暂时期，原本复杂万分的问题得以简单解决。1959年初市委很快批复同意北师大报告，并在两个月内连续批准梁思成、周培源、张子高、吴朝仁、黄昆等12位拖延多年的著名教授入党，在报刊上广泛宣传，引发了一股接收左派教授入党高潮。
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1959年1月28日，陈垣以79岁高龄加入了中国共产党。图为1959年2月14日，入党接受《人民日报》记者采访，摄于书房
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