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周培源并不是始终平淡行事，他也有压不住火气、放任情绪的时候。1954年9月市高校党委办公室来人调查，周培源突然说了一段分量颇重的“出格”话语：“科学工作者如何发挥作用问题，至今未很好解决，几年来科学工作者虽然起了很大的作用，但是觉得发挥力量不够，英雄无用武之地，怀才不遇，心里总是很不开朗。这种感觉很普遍，觉得党没有把我们的才能肯定下来。”（见1954年9月18日市高校党委办公室《高等学校重要教授反映汇报》第五号）言辞中有曲折之意，但对人的刺激还是能感觉到的，主管市委日常工作的常务书记刘仁读到此处时还特地用钢笔在文件原件上画了长段的粗线，在“党没有把我们的才能肯定下来”此句下多画了一道。
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1957年以后，北大处在政治运动的运转之中，此时尚不是中共党员的周培源插不上手。1958年北大干脆由两位年轻党委副书记兼任教务长、副教务长，工作直接布置到系总支、党员系主任，各系各处的工作统统由新教务长掌握，周培源形容为“一竿子插到底”，自己倒落得一个无事的清闲。有时参加会议，也只是听取党委布置工作，没有什么意见可提。有时党委书记兼副校长陆平找他商量大事，但因为不掌握第一线的材料，也说不出好坏的意见。
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周培源感到党委具体工作抓得太多，分不清哪个是主次，哪个是原则问题。他跟陆平说，有时觉得党委抓多了，就抓不胜抓。陆平解释说：“党抓政策、政治思想工作，需要通过具体工作，不然不落实。”
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有一次，周培源直率地问陆平到底党政如何分工？陆平说：“你应该在教学方面多讲话。”可是周培源感觉到，恰恰是在这方面往往不知道什么样该讲，什么不该讲。
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1961年7月，在讨论高等学校工作条例草稿时，周培源谈及领导体制的问题时说得非常直白，直接说党委常委们根本无须去钻研学术问题，不必去下什么结论：
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党委在学校是否就只抓方针、政策和政治思想工作，行政工作、教学工作可以交给行政去做，党委可以进行审查。党委如果把具体工作抓多了，势必很被动。北大党委，特别是常委确实很忙，很多问题他们花了时间钻研，但是看来有些问题不必去钻研，特别是一些学术问题，不必也不能作结论。（见1961年7月21日市委大学部《周培源、傅鹰等在讨论高等学校工作条例草稿时发表的意见》）
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1962年2月在专门研究学校领导体制问题的会议上，周培源说话的锋芒依然锐利，单刀直入地说：“知识分子管行政就要有三权：人权、财政权、发言权，过去都剥夺了。”他细致地讲解其间存在的问题：“人权方面，1958年以来相当混乱。配备教研室副主任，常常不和正主任商量。如高崇寿当理化物理教研室副主任，校委会通过了，理论物理教研室主任王竹溪还不知道。我那教研室配了两个副主任，我在校委会讨论时看了名单才知道，其中一个我就认为很不合适。”
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1958年以来北大党委执行严厉的教员淘汰方法，只强调政治条件而忽视业务能力，先后以各种名目把一批业务好、政治较差的教师送出北大到外单位。周培源举例说，数学系就送走三位，对教学工作有很大的损失，就不知当时怎么决定这些事的？
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1958年北大理科各系仓促间从五年制改为六年制，那一年周培源因出国任务多，常不在学校，陆平没有和他细谈，实在不解为何一定要改六年制？他批评说：“我怀疑是否一定要六年，这个问题校委会、教研室都没有很好谈过。”
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谈及发言权，周培源只说了淡淡的两句话：“发言权方面问题大，很多人不发言。”在场领导再请他说几句，他又说：“任命几位副校长后，大家发言可能积极一些，但要知识分子畅所欲言，还需要做许多工作。”（见1962年2月9日大学部《情况简报》2期《北大周培源副校长对北大的领导体制和工作的一些意见》）
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他建议傅鹰、魏建功、王竹溪三位新任副校长分管相关各系的教学科研工作，有意增加他们的发言权，可以深入各系摸摸情况，找老教师谈谈心，做点思想工作。学校几个处联系各系的干部，应当多与分工管该系的副校长联系挂钩。但他心里也明白，在现有领导体制下，要达到这一步各方都会勉为其难。
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三
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最让周培源介意的是，1958年以后的学术批判问题很大，界限不清。他特别强调，尤其1960年搞学术批判过于急躁，老教授中没有一个人赞成的。他回忆说，当时和情绪不满的黄子卿教授谈心，聊到两人都很关注的溶液理论，他希望黄教授继续把这项重要研究坚持下去，但黄子卿气呼呼地说：“你算老几？党委支持，群众要搞试剂。”周培源由此感叹，党委号召，群众跟着走，知识分子有意见也就不提了。
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为何不让黄子卿搞溶液理论，党委竭力鼓励群众搞试剂，这也是最让周培源焦虑的事情之一。他说，1958年北大科学研究大跃进是有成绩的，但搞的是设备、试剂等技术性工作，没搞多少基础理论的工作。
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1962年2月市委大学部派人来校调查，周培源再次谈及北大科研方面的得失，指出忽视基本理论研究将造成全校实验技术水平过低的后果：
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这几年在基本理论的研究方面没搞出多少成绩来，在基本理论研究中如何搞群众运动还没有成功的经验，还需要摸索。北大在基本理论研究方面一个很大的问题是实验技术水平太低，自然科学的研究就要求精密、准确，这方面要靠严格的训练，也要靠踏踏实实地多做工作。（见1962年2月9日大学部《情况简报》2期《北大周培源副校长对北大的领导体制和工作的一些意见》）
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实际上周培源在这个争议问题上已经屡屡报警，早在1961年7月，在教育部召集重点高校部分院校长、教务长和少数教授座谈全日制大学高等学校工作条例（草案）的会议上，周培源提得最多的就是基本理论研究严重削弱的现象，但他说得比较委婉，角度适宜，没有那么刺激：“几年来我们最大的收获是培养了一批能讲课的讲师，可是由于没有经过严格的科学研究训练，提高有困难，应当解放一批教师作为研究生培养。”（见1961年7月21日市委大学部《周培源、傅鹰等在讨论高等学校工作条例草稿时发表的意见》）
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周培源内心里对学术批判是有很大抵触的，只是平时深藏不露，看到身边的多年好友挨斗，斗争目标也一度触及自己的理论研究，他做不到无动于衷。1962年形势缓和之时，他几次恼怒地提及当年大批判令人伤心的旧事：“如对量子力学的批判就很有问题，运用了一些哲学概念，并没有能把科学问题讲清楚。对热力学的批判伤了王竹溪，当时也搞到我教的流体力学，有同学找我，硬说有的理论与实践不符，是唯心的。这个运动有些地方，做得太急躁简单，甚至粗暴。例如要唐有祺在课堂检讨十五分钟。伤了一些人，不可能一下子都解决，需要通过一些具体工作慢慢解决。”（见1962年2月9日大学部《情况简报》2期《北大周培源副校长对北大的领导体制和工作的一些意见》）批量子力学居然使用哲学概念，说流体力学是唯心，让赫赫有名的教授讲台检讨十五分钟，周培源的懊丧是很明显的。面对这种粗暴运动方式，他只能眼睁睁地看着它裂变、疯长而至烂熟。
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四
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周培源是学校里有名的“空中飞人”，常年承担繁重的出国任务。中共看重他在世界物理学界与力学界的学术威望，他十几年来在湍流理论方面的成就颇让国外同人赞赏，具备在国外从事学术交流与和平事业的优越条件。在党内议定的范围内，他是国内科技界政治可靠、名望相当、处置得体的头几号出国人选。
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出于“代表新中国的形象”这样严肃的政治托付，中共高层努力为他创造各种有利条件，迫使周培源频频地能够受邀出访，时间一长就让他苦不堪言。据市委大学部统计，截至1961年7月初，那一年周培源已出国三次：1月去印度出席新原子反应堆落成典礼，历时25天；3月，去印度出席和平理事会，会后又转去索菲亚出席世界科协编辑会议，历时23天。而7月26日又得去日本出席禁止氢武器大会，估计8月底才能回来。9月还将去瑞典参加世界科协会议。最恼人的还有，每次出国前的准备工作与事后的总结汇报所花的时间还要超过在国外的时间。
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他在校外兼职高达16个，不少是虚职（如全国人大代表、全国政协常委、对外文协理事、中外友好协会理事等），有的却是实职，需要耽搁不少时间，譬如任全国政协文教组第三组召集人，需每月召开会议一次；任九三学社副主席兼组织部部长，每月都得到九三中央机关主持一至三次的学习会及办公会议；被选为中国科协书记处书记，平时工作不定期，但一有重要会议就得出席，如1961年4月内已参加过三周的全日工作会议。代表中国担任世界科协名誉秘书，也得每年出国参加会议一次，连准备与回国后的汇报，前后花费时间约一个月。
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由于周培源的行政工作及社会活动过多，学校也没有给他配备一个学术助手，研究工作很难开展。让周刺激的是，近些年苏联以概率论为工具进行湍流理论的研究，进展甚快，他对这些新成果掌握得也不够多，有落伍之势。因此在1961年8月周培源萌生强烈的研究冲动，正式向校党委写了报告，要求减少兼职和社会活动，从北大附中调回他原来的助手是勋刚，开始新一轮的理论研究工作。
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就在此时，周培源焦急找到校党委，说最近中国科协拟成立国际活动委员会，据闻已内定由他出面主持。周坚决表示在目前的情况下实在不能再接受，请学校党委出面阻拦。（见1961年8月24日北大党委《关于适当减少周培源同志校外职务的请示报告》）
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在周培源向党委写的正式报告中，明确要求辞去全国政协文教组第三小组召集人、物理学报编辑委员和力学学会党内领导小组副召集人等职务，不再接受中国科协邀请他担任的国际活动委员会委员的职务，并希望政协双周座谈会每月参加一次（现每两周一次）、参加九三学社会议每周不超过二次、中国科协书记处书记的工作每月去一次。其他外宾招待及宴会，每月参加一次。北大党委同意周的意见，并上报市委拟请帮助解决。（见1961年8月市委大学部《周培源的专长和对他的安排使用》）北大党委称，周培源的校外职务，均属中央或中央各主管部门所安排的，因此请市委转报中央考虑。党委预计，经过这样调整后，周的校外活动时间每周至少还需占用一天半。
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