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其《仆归寄书》第一首，亦恋恋于高堂：
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乡心踯躅纸难舒，汝善为辞代我书。先劝高堂调寝食，更宽阖室倚门闾。愤诗久为严慈戒，浮气新从佛老除。若问形容憔悴否，讳吾消渴似相如。
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子留于兄弟之间，亦心存忠厚。《仆归寄书》第二首云：
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汝到穷乡雪意残，天涯一字一悲欢。弟兄共纸须分读，妻女常谈亦细看。鸿雁乡关传涕泪，蟪蛄客舍望平安。年来心益乖徐庶，待得琼瑶慰岁寒。
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另有《水崖未出门时有作》一首，起句透露其兄弟惧子留欲分占家财，而子留则坦然处之：
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但得芒鞋任所之，几双鞋破出门迟。园鸠忌我分桑椹，山笋留人看竹枝。
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及幼弟之出仕浙江，子留赋《送舍弟之浙江》，亦但言各从其志，而不强求同：
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各自成消息，何须问是非。得沾微禄养，不恨采薇饥。鹤立乾坤病，花分湖海辉。我存双眼在，秋看彩衣归。
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然则子留一生之行谊，苟度之以方文所述其族之家风，于忠义之道，固可称无愧。即于孝悌之道，虽力不能至，心实向往焉。
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考子留仆仆于皖中浙东之间，身预抗清运动之顷，正其同族亲属汲汲于清室科场之时，既如前述。然此八九年间，方门子弟亦多有讲气节而不与清朝谋妥协者。是辈或隐乡里，或参加南明抗清政权，则皆多出大镇一门，而又为子留所及见者：
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方大镇一房三代，于晚明得进士者三。大镇得进士于万历十七年（1589），卒于崇祯三年（1630）[76]，未及见朱明之亡。子孔炤为万历四十四年（1616）进士[77]，崇祯朝以右佥都御史巡抚湖广，又尝领兵驻北边御。后为杨嗣昌所劾，诏逮下狱。其子以智，伏阙讼父冤，得减死戍绍兴，为崇祯末年一大事。[78]明亡之后，孔炤归隐乡里，卒于顺治十二年（1655）。
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孔炤好治《易》，欲承父学。其为二儿取名，亦据《易》理，且有《名儿以智其义》诗纪之，则世之知之者尚鲜：
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大儿方以智，天下藏于密。二儿方其义，所以用乾直。连理著易蠡，荷薪以意释。两儿念此名，根本在学易。[79]
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孔炤又善诗，有《环中堂诗集》。[80]余飏为之序，盛称其“一生事君事父，敬宗尊祖，匡时拨乱，悲天悯人”[81]。故其诗，实即其性情；而其性情，“实天下之性情”。观集中有《训孙》一题，为其晚年所作。以不事新朝劝诫其子孙，知孔炤于忠义之道，终身不渝。诗云：
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繁霜被燕麦，孤松怜兔丝。墓门有梅棘，维斧以斯之。长生乱离中，父母皆乖离。苦我一遗老，旦暮不可知。人情如滟滪，谣诼伤蛾眉。刀俎相鱼肉，破巢难支持。汝等既失学，何以当波靡。胝足以负药，喋血以吹虀。努力作贫士，勿谓公卿儿。[82]
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《嵞山集》卷六有《除夕至白鹿庄访三兄仁植先生》，系乙酉年（顺治二年[1645]），于孔炤之忠节，极力揄扬：
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维舟江岸怅斜晖，百里无由见母帏。在客久忘新节序，入山重访旧渔矶。家亡国破身何有？弟劝兄酬事已非。吾祖岂知王氏腊，辛盘仍荐北山薇。
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仁植为孔炤别号，白鹿庄则其桐城旧居也。“吾祖岂知王氏腊”句，用汉陈咸事，前已及之，而尚未详言。盖王莽既篡汉政，咸与子偕隐，岁终祭祀，犹用汉腊。人问其故，咸曰：“我先人岂知王氏腊乎？”[83]此则恋恋于前朝，而于新朝不与认同之意也。
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孔炤长子以智，字密之，崇祯十三年（1640）进士。[84]国亡后，密之流离于岭南，一度服官于永历朝廷。后削发为僧，主青原，终而以身殉明。其事余英时于所著《方以智晚节考》中已辨析甚详。[85]惟密之主青原前，曾受戒于觉浪道盛，时在顺治九年（1652）春，后于其从兄弟子留之往依仅数月。然则方门子弟是时连袂逃禅，而又先后投觉浪之门，可为补记。
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文于密之为从叔，少密之一年。文赠密之诗有句云：“与尔同学十四年，寒冬夜夜抵足眠。”[86]具见二人交情。考《嵞山集》中所及密之之篇什凡八题，作于甲申后者三，分系壬辰年（顺治九年[1652]）、甲午年（顺治十一年[1654]）及甲辰年（康熙三年[1664]），皆成于密之削发之后。其中壬辰所作《庐山访无可道人即从子密之》四律，述密之国变后之流离转徙、生计盘营及二人之交谊颇详：
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自尔去东海，神州遂陆沉。诗书种漫灭，廉耻道浸淫。独秉雪霜操，能坚桧柏心。谁言好奇服，但不愧朝簪。
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闻说苍梧陷，孤臣被絷维。血甘涂斧锧，信及格蛮仁。妻子散仍聚，云山归转羁。三秋才解脱，一叶下彭蠡。
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我梦匡庐好，驰情二十年。经过曾有咏，登眺却无缘。闻尔归栖此，令人兴勃然。轻舠来远渚，曷敢惮霜天。
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束发同师友，心期在匪躬。迹虽分显晦，道不限穷通。遇变方征学，逃禅岂慕空。明朝寻栗里，相与酹陶公。