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他主要躲避的地点，是化安山。在那人迹罕见之地，他用研究历法和数学打发时间。我们往往只知他是人文学者，其实，黄宗羲算得上近世重要的科学家。清代历算之学以梅文鼎成就最高，全祖望却说：“梅徵君文鼎本《周髀》言历，世惊以为不传之秘，而不知公实开之。”[27]称梅氏先驱实为黄宗羲。而其自云：“勾股之术，乃周公、商高之遗，而后人失之，使西人得以窃其传。”[28]一是认为中国数学衰落已久了，言下之意，到他这儿才重续旧脉。其次，似乎他的历法与数学得之“西人”，当然，以他看来西方这类学问源出中国，他不过使之回了娘家而已，但由此看出，他是中国近世较早向西方学习自然科学的人物之一，具体经过我们并不清楚，有人推测可能从前在北京游历时与汤若望等有过交往。避祸二三年间，他总共写了十几种历法、数学著作，如《勾股图说》《开方命算》《割圆八线解》等，惜多佚，仅存名录。
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藏身两年后，1649年（即顺治六年，为尊重此时黄宗羲的立场，我们不书清朝年号）他终和鲁王重新接上头。这时，鲁王经过一段萍漂，落脚于宁海以南、台州以东的健跳所（所，为明朝的军事防卫单位）。黄宗羲赶去从亡。朱以海之所以落脚健跳，是因地处海边，敌退我驻，敌来我跑，可随时遁入大海。这种日子，实在无聊得很。黄宗羲述之：“诸臣无所事事，则相征逐而为诗……愁苦之极，景物相触，信笔成什。”形容“寄命舟楫波涛”。[29]
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无聊犹在其次，穷途末路才是挥之不去的感受；说是有了落脚点，实际上大多时间漂于海上，鲁王君臣的光景，即令俄底修斯见了也自叹弗如。“每日朝于水殿”[30]，“以海水为金汤，舟楫为宫殿”[31]。古代城墙、宫墙绕以护河，称“金汤”；眼下，朱以海的“金汤”便是海水。“水殿”云云，说来好听，其实就是破船而已。黄宗羲这些笔墨，似幽默而实苦涩，苦中作乐况味跃然纸上。还有更具体的摹绘：
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海泊中最苦于水，侵晨洗沐，不过一盏。舱大周身，穴而下，两人侧卧，仍盖所下之穴，无异处于棺中也。御舟稍大，名河船，其顶即为朝房（金銮殿），诸臣议事在焉。落日狂涛，君臣相对，乱礁穷岛，衣冠聚谈。是故金鳌橘火，零丁飘絮，未其形容也。[32]
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“无异处于棺中”，他日后坚持祼葬，或与这段压抑记忆有关抑未可知。他感慨：“有天下者，以兹亡国之惨，图之殿壁，可以得师矣！”倘把如上情景绘于宫墙，那些为君的就明白绝不可做亡国之人了。
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不过，这日子在他并不长：
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公之从亡也，太夫人尚居故里，而中朝诏下，以胜国遗臣不顺命者，录其家口以闻，公闻而叹曰：“主上以忠臣之后仗我，我所以栖栖不忍去也，今方寸乱矣，吾不能为姜伯约矣。”乃陈情监国，得请，变姓名，间行归家。[33]
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胜国，不是战胜国，相反，恰系亡国。姜伯约，即姜维，伯约是其表字，他在诸葛亮死后辅佐后主北复中原事业。陈情，指因奉孝之故提出辞职请求，晋武帝时李密写了千古传诵的《陈情表》，后遂以“陈情”指此类事。当时，满清为扑灭抵抗运动，下令对所有参与者的家属予以登记，其实就是以株连相威胁。黄宗羲说，为了母亲不受牵累，他要回家。
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黄宗羲辞去，直接理由是满清这道政令，而我以为，也只是一个理由罢了。其他从亡者，故里自然也各有亲眷，所受威胁是相同的，却并未都就此辞去。不过，黄宗羲找了个借口离开，又不等于当反清运动的逃兵。其实，从很早以前，对于黄宗羲我们就应该有将“反清”与“复明”区分来看的意识。在很多别的抵抗者那里，两者可能勾连并立，在黄宗羲却并非如此。这几乎是理解黄宗羲时最最关键的一点。
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“吾不能为姜伯约”，潜台词是对追随鲁王抗清，已不认为还有希望。前面引用他对健跳情形的描写，那种笔触，墨渖之间，充满乏竭空虚，待在这里，徒自凄苦而已。他不愿做这样无谓的事，或通过与鲁王不离不弃来表达什么。
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就这样，他离开健跳，回黄竹浦了。然而不数月，他又回来——此时鲁王已移驾舟山。为什么呢？因为鲁王召他充当副使，去日本长崎乞师。显然，只要有事可做，只要实实在在有益于抗清事业，他还是不辞驱策的。关于出使日本，黄宗羲后在《行朝录》卷八《日本乞师》中未有一语提及自己，那是出于避讳，而事情本身是确实的。全祖望《梨洲先生神道碑文》：“监国由健跳至翁洲（即舟山），复召公副冯公京第乞师日本，抵长崎，不得请。”[34]其后人黄炳垕所撰《黄宗羲年谱》亦载：“十月，监国由健跳至舟山，复召公偕冯侍郎跻仲京第、副澄波将军阮美，乞师日本。”[35]
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乞师，便是向日本借兵，请日本援华打满清，“诉中国丧乱，愿借一旅，以齐之存卫、秦之存楚故事望之。”最早是乙酉年（1645）秋，由一个名叫周鹤芝的日本通首先联络。据说“大将军慨然，约明年四月发兵三万，一切战舰、军资、器械，自取其国之余财，足以供大兵中华数年之用”，只待“中国使臣之至”，经正式外交途径确认。其后，戊子年（1648），御史冯京第与黄斌卿之弟黄孝卿到了长崎，但正赶上西方天主教徒扰日，日本对外戒严，冯京第不得登岸，“于舟中朝服拜哭而已”，后遇日本某“如中国巡方御史”的官员，“京第因致其血书”，日王见后，“曰：‘中国丧乱，我不遑恤，而使其使臣哭于我国，我国之耻也。’与大将军言之，议发各岛罪人。”拟以日本列岛狱中犯人组成军队，盖以此令其立功赎罪也。冯京第得到答复后先回，留黄孝卿留日作为联络人。日本打算援华，并非虚言，因为冯京第回国时，日方赠款“洪武钱数十万”令其携回，当时，日本还不掌握铸钱技术，故“但用中国古钱”，洪武年间所铸之钱，中国都已少见了，“舟山之用洪武钱，由此也”。应该说援华行动已经开始，问题是，留日代表中国的黄孝卿造成了很不好的影响。如今，日本AV发达，其实其声色之盛，自古而然，黄孝卿在长崎即为此出丑：
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长崎多官妓，皆居大宅，无壁落，以绫幔分为私室。每月夜，每悬琉璃灯，诸妓各赛琵琶，中国之所未有。孝卿乐之，忘其为乞师而来者，见轻于其国，其国出师意亦荒矣。
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丧国之人，处声色而乐之，被人瞧不起，出兵事因而搁浅。但当时浙闽抗清力量实在单弱，故对于日本援兵的想望很难割弃。又过一年，己丑（1649）冬，乃再遣使节赴日，这就是黄宗羲参与的一次，算来已经是第三次乞师。黄宗羲记述：
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十一月朔，出普陀，十日，至五岛山，与长崎相距一望。是夜大风，黑浪兼天，两红鱼乘空上下，船不知所往。十二日，舵工惊曰：“此高丽界也！”转帆而南。又明日，乃进长崎。
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然而这次中国使团未获日人信任，原因似乎是充当联络人的湛微和尚在日名声不佳。黄宗羲则谈了以其观察得来的印象：
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日本自宽永享国三十余年，母后承之，其子复辟，改元义明，承平久矣，其人多好诗书、法帖、名书、古奇器、二十一史、十三经，异日价千金者，捆载既多，不过一二百金。故老不见兵革之事，本国且忘武备，岂能渡海为人复仇乎？
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说日本生活太好，耽于安逸，不可能涉兵革之事。因是亲历，这一有关十七世纪中叶日本情况的讲述，颇为真切。[36]
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乞师不成，回国后，黄宗羲仍返故里，而非在鲁王身边留下。说明他接受使日，是临时的，不代表在健跳“陈情”辞职的想法有所改变。略加分析，从中显而易见，同意出使乃是因为这件事或能实际帮助到抗清事业，故不辞远涉，而有一段奇历。此更证实，健跳之别，不等于“当反清运动的逃兵”。
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之后，黄宗羲转入地下，继续抗清。他只是不再作为鲁王驾下“左副都御史”而已，某种意义上，现在他是一名“自由战士”，独立的民间抵抗者。他为义师传递情报、营救抗清志士、替抗清武装筹措经费、策反清军将领……与他合作的，主要是钱谦益，两人联手做了许多事。最大的行动，是为反攻长江的郑成功大军充当内应。这种地下独立抗清，持续多年。大致以1659年郑成功攻打南京而功亏一篑为标志，黄宗羲终于感觉无望，渐渐放弃努力，变得离群索居、沉默寡言。对此，他曾写《怪说》一文，述其“坐雪交亭中”之状：
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不知日之蚤晚，倦则出门行塍亩间，已复就坐，如是而日、而月、而岁，其所凭之几，双肘隐然。[37]
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除偶尔散步田间，天天整日枯坐，以致双肘支于几案上，隐隐磨出印痕。那必是痛苦的思索，并在内心与一种情感和生命惜别。又五年，老友和同志钱谦益病故，他益形孤单。
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他不能不意识到，历史的一页，业已翻了过去。
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