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贝克认知疗法与研究中心的标志
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贝克同时也发现：当事人对自己的看法往往会影响他们对于自己的感受，并且当他关注当事人的消极思维，而不是他们的童年经历时，当事人反而会好得更快。这种种新发现开始让贝克退出精神分析的领域，转而开始形成自己的理论。他往往从观察开始，使用测量方法来获得观察的结果；如果大多数案例都符合这个结果，则逐渐形成理论，并且设计一些治疗方法和技术加以实验的验证，来巩固和深化他的理论。
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随着时间的推移，贝克的理论开始被广泛接受，并且深受好评。他在建构了“贝克抑郁量表”后，1979年出版《抑郁症的认知疗法》。1994年，他在宾夕法尼亚州的费城成立了“认知疗法与研究中心”。
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美满幸福的婚姻
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有人说，每个成功的男人背后一定有一个好女人，而贝克自己说，每个成功男人的背后都有一位温柔、奉献的好配偶。而这两句话在他的家庭中都体现得淋漓尽致。
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贝克和妻子菲丽丝·怀特曼的相识是在贝克担任住院医师时的一次基金会的会议上。用贝克自己的话来说，他一看到菲丽丝，就觉得整个房间都亮了起来！
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在贝克的学术生涯中，有一段时间恐怕只有两个人可以倾听他的想法，一个是他的妻子，一个就是他的女儿。菲丽丝在贝克退出精神分析的决定上起了推波助澜的作用，而且贝克关于认知结构的命名也是菲丽丝帮他作出的决定。
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菲丽丝在结婚生孩子后，依然攻读社会福利工作的硕士学位，之后又进入法学院就读，成为宾州最高法院中第一位女性法官。在贝克的四个孩子中，有三个继承了他们父亲的衣钵，在精神医学领域崭露头角，而另一个女儿走了她妈妈的道路，成了一名律师。
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创新的理论与治疗方法
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贝克曾经在一次访谈中引用了《圣经》的话：“太阳之下无新鲜事”。他认为自己的理论也是从别人那里吸取来的，但他自成一家的理论，尤其是完整的治疗技术影响了无数的心理治疗师。
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基础理论
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贝克的理论基础建立在信息加工模式上，即人对于周围所有事物、事件进行知觉、理解并赋予“意义”。这样一种加工模式所体现的是人的心理功能模式。
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在人的加工模式中，涉及一种认知组织或认知建构，它有不同的层次：其中最容易辨识的是“自主性思维”（voluntary thoughts）；比较不容易觉察的、也是非常重要的是“自动化思维”（automatic thoughts）；而最深层的是个人的价值观与假设，这是人无法觉察的，贝克将其称为“图式”。图式是由个人的早期经验而建构起来的，但在临床治疗上有一致性；也就是在同样的诊断之下，当事人往往产生同样的主题问题，并且反应信息的偏差状态也很类似——贝克称其为“认知轮廓”。
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个体心理障碍的产生并不是刺激性事件的直接后果，而是经过认知加工，在歪曲或错误的思维影响下促成的。因此他提出有七种常见的“认知错误”：
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（1）任意推断：即在缺乏证据或证据不充分时便草率地得出结论。
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（2）选择性概括：忽略整体或者部分事件，只根据小部分的细节就对整个事件作出结论。
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（3）过度引申：或称过度泛化，是指在单一事件的基础上作出关于能力、操作或价值的普遍性结论，也就是从一个琐细事件出发引申出普遍的结论。
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（4）夸大或缩小：对客观事件的意义作出不客观的评价。
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（5）极端的思维：要么全对，要么全错，非此即彼。当事人往往把生活看成非黑即白的单色世界，没有中间色。
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（6）“心理漏斗”：只注意负面的细节，并且过分地关注。
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（7）“应该”陈述：认为自己应该或不应该做什么，否则就会受到惩罚。
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认知疗法
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认知疗法的基本假设是，负面的自动化思维与令人不愉快的生理和情绪状态相结合，形成了不良的适应循环；这种循环的保持，就会夸大原来的问题和症状，从而导致情绪障碍。贝克认为，人们如何感受和作出行动很大程度上取决于他们的认知。因此，改变人们对自己经验的建构，是改变那些扭曲的感受和行为的最有效方法。因而认知疗法的目的就是辨识并且修正那些引起情绪障碍的负面的自动化思维。
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在治疗过程中，治疗师首先要了解当事人的问题背后的认知方式与内容。贝克认为，人的行为与情感是由人所不能觉察到的图式所推动的，因此从人的外显行为可以得出其图式的模型，将其模型与普遍性模型进行比较，进而将他们的个人案例概念化。