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此外，每一名女性的线粒体DNA不仅与其母的线粒体DNA完全相同，也与其母亲的母亲，其母亲的母亲的母亲，以及自此上溯多代的女性的线粒体DNA都完全相同。男性就并非如此了。由于父亲并不向胚胎贡献其线粒体DNA，这种遗传的延续性只通过母系完成。
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20世纪70年代末，若干科学家注意到，少数民族的线粒体DNA可为其祖先的身份提供线索。他们的具体推理相当复杂，但基本原则十分简单。有着相似线粒体的人，按术语来说，就有着相同的“单倍群”。如果两个少数民族有着相同的单倍群，这就是他们彼此相连的分子证据，即其成员属于同一母系。1990年，一个由道格拉斯·C·华莱士（Douglas C. Wallace，现任教于加州大学欧文分校）率领的团队发现，96.9%的美洲原住民都属于四个线粒体单倍群。这又是印第安人遗传同质性的一个例子，但在此例中，原住民高度的同源性并没有造成任何已知的负面（或正面）后果。在这四个印第安单倍群中，有三个在西伯利亚南部都很常见。鉴于线粒体DNA的遗传规律，遗传学家必然可以得出印第安人与西伯利亚人有着同一祖先的结论。
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华莱士的研究给佩纳提供了一个目标。甚至在巴西政府消灭菩托库多人的过程中，一些欧洲血统的巴西男性也在与菩托库多女性通婚。在几代人以后，其女性后裔的线粒体应该仍与其菩托库多女性祖先完全相同。换句话说，佩纳可能在巴西的欧洲人口中找到隐藏的古代美洲人的DNA。
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佩纳从一些相信其祖父母或曾祖父母是印第安人并且曾经生活在菩托库多地区的人那里抽取了血样。“我找的是一个可能非常怪异的单倍群，”他告诉我，“既不是明确的印第安单倍群，也不是明确的欧洲人单倍群。”如果这样的单倍群确实见诸佩纳的化验结果之中，将有可能写下美洲原住民早期历史的新篇章。他预计这会花费一些时间，而且他的任何发现都将需要仔细地确认。
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在本书的第一部分里，我描述了一段时有曲折的历程，即多数（但并非所有）研究人员是如何开始相信印第安人口数远高于此前人们估值的。我同时也描绘了这一信念的一些后果。在本部分里，我将聚焦于第二种与此平行的进程，即多数（但并非所有）考古学家、人类学家、遗传学家和语言学家是如何开始相信印第安社会比哪怕是20年前人们所设想的还要历史悠久、还要先进的。这一主题颇为复杂，我将其分为两段。本章的焦点，是几十年来关于人类最初何时来到美洲的争论。这一辩论的胜方，看来是更为久远年代的支持者。接下来的两章审视了复杂社会在美洲的发展，这也比人们此前所确信的要早得多（早几乎2 000年左右），而且是在西半球的另一地区发展起来的。
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自从16世纪以来，美洲原住民的起源就是一个谜团[75]。无数的业余爱好者都曾试图揭开这层迷雾，而从人类学与考古学创立之初，这两个学科的从业人员就为此殚精竭虑。专业人员从未掩饰对业余爱好者的鄙视，他们把这些外行人视为麻烦、怪人或是骗子。然而对专家来说颇为不幸的是，在上世纪二三十年代，他们对印第安人进入美洲时间节点的初始理论被证明是错的，而那些疯子于是跳将出来要求平反。30年后，新一代研究人员又搞出了一个得到普遍认同的美洲原住民起源的新理论。但在上世纪八九十年代，从考古挖掘、人类学实验室、生化研究单位以及语言学家的电脑模型中，涌现出了一批关于美洲最初居民的新信息。这些发现再次打破了学界关于美洲早期历史的共识，并使其陷入重重争议之中。考古学家C·万斯·海恩斯（C. Vance Haynes）对我说：“有时候，看来的确好像是科学原理都被束之高阁了。如果你去听（那些持异议的研究人员的意见）的话，他们是想把我们建立起来的一切统统丢掉。”
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海恩斯略有夸张，批评者并不是想把过去的一切都全盘抛开。但我能够理解他严厉的口气。专家又一次地被证明是错的，而这又打开了那扇直到最近还向疯子们紧闭着的大门。一个看来团结一致的学术领域分裂成了针锋相对的阵营。佩纳那种在不久前还看起来很边缘化，甚至是古怪的研究项目，现在可能也要得到认真对待了。
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在菩托库多项目上，佩纳的进展颇为缓慢，断断续续；这本来就是一个有冒险性质的主意，而且他还有很多别的事要做。他的6人团队在一个曾是菩托库多的乡下小村庄里接触了173个人，向他们解释了来意，获取了血样，抽取并检验了线粒体DNA。其中，20个人有印第安人单倍群，在其中9人身上更是发现了“不见于任何数据库或是文献”的小幅变异的模式。在里约热内卢的巴西国家博物馆，佩纳的团队还从14个菩托库多人头盖骨上抽取了DNA。2010年12月，在佩纳第一次向我讲述其项目来龙去脉的十多年后，他的团队发布了实验结果：二者的某些变异是吻合的。团队人员相信，他们从现代血样中找到了古代印第安人的踪迹，而这或许是重写美洲历史的第一步。
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多年以前，我曾问过佩纳，如果他发现古代印第安人与现代印第安人其实没有亲缘关系的话，反应将会怎样。他当时正站在一台不断吐出图形和图表（那是另一次DNA比较的结果）的打印机旁边。“这一开始会让人难以置信。”他边说着，边翻阅打印出来的材料。“但如果这是真的——我可没说它是——人们最终是会接受的，就像他们接受过的所有其他那些曾经难以置信的观念一样。”
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失踪的支派
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美洲曾有着形形色色的各类原住民种群，以至于对全大陆人类做出概括性归纳是件极为荒唐的事情，其学术风险之大可想而知。尽管如此，人们还是可以说，在大多数情况下，印第安人与欧洲人的最初接触，对欧洲人而非印第安人带来的知识冲击（intellectual shock）更大。在其海岸上见到长相古怪的人们的时候，印第安人的确颇为惊讶，但和欧洲人不同，他们并不对如此古怪的人类的存在感到吃惊。
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很多原住民在试图将新来者归类的时候，都不排除他们属于超自然领域生物的可能性。他们在接近这些访客时的举手投足之间，往往是把后者认作了天神一般。这或许是源自他们“趋利性赌注”（Pascal’s wager）[76]的实用主义观念，想把自己多年来拜错神灵进错庙的影响降到最低。哥伦布在首次航行后报告说，泰诺（Taino）印第安人“坚定地相信，我、我的船队和船员，都是天庭来客……无论我去到哪里，（他们都会）挨家挨户奔走相告，在周边镇上大声呼喊：‘来呀！来呀！来看天上来的人呀！’”在哥伦布后来的历次航行中，其船员都欣然接受了天神一般的待遇，直到泰诺人开始以实证主义精神来测试其神性的真伪：他们迫使西班牙人把脑袋长时间地浸入水中，想看看他们究竟是不是诸神那样的不死之身。
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而据许多学术资料记载，蒙特祖玛相信科尔特斯是为了实现预言而重归故土的羽蛇神。历史学家芭芭拉·塔奇曼（Barbara Tuchman）所谓的这名帝王的“宗教狂人一般的木头疙瘩脑袋”，通常被认为是他没有立即下令出兵消灭西班牙人的原因。但历史学家马修·雷斯托尔（Matthew Restall）指出，西班牙征服者的所有记述都没有提及这一神化的背景，甚至在科尔特斯写给西班牙国王的冗长的备忘录里，也丝毫不见对此事的追溯（他在备忘录里对自己做的所有其他好事都详述备至）。关于羽蛇神的故事反而是几十年后才首次出现。不错，墨西卡人显然也把西班牙人称作“teteo”，该词既用于形容神灵，也可以形容拥有权势和地位的人。这种含糊不清的表述，反映了原住民对这些出现在其海岸上的浑身多毛、衣着古怪的陌生人的态度：当地人承认他们的到来的重要性，也展示出了自己相信这些与众不同的人可能拥有异乎常人的能力的意愿。
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与此相似，万帕诺亚格、纳拉干以及豪德诺索尼等北美洲东部群体最初也都认为，欧洲人可能拥有超自然的能力。但这是因为大陆南北的印第安人都把欧洲人视作和自己全无二致的人类。在他们的世界观里，特定男女在适当的情况下能够发挥超越人类的能力。既然万帕诺亚格人和墨西卡人各自都有能魔法般地给人施加病痛的萨满巫师，那么，英国人又为什么不能有这样的人呢？（欧洲人也不会争辩这一点；他们自己也相信人们能成为巫师，并魔术般地传播疾病。）
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一般而言，印第安人在神学观念上对欧洲人的存在是有所准备的。例如，在乔克托（Choctaw）人的传说中，造物者把生气吹入了不止一对而是散落在全球各地的很多对远古人类的体内。对其思想家而言，看到其中一对的后裔在另一对的地域内出现，并不算是什么咄咄怪事。与此相似，祖尼（Zuni）人从容看待了西班牙人的存在（尽管他们对其行为的反应是另一回事）。祖尼人对其起源与早期历史的记载，有着如希伯来圣经一般的详细注释。在他们看来，全人类的祖先都曾苟活于狭小、黑暗、像子宫一样的下层世界。太阳本着对这一小群困惑的生灵的同情，给他们玉米吃，并把它们分配到了地球表面的不同方位。因此，当地人与欧洲人的遭遇，其实是与他们阔别已久的表亲的会面。
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与之相比，和印第安人的接触，却让欧洲人陷入了极大的惊恐之中。哥伦布一直到死依然坚信，自己是在印度附近的亚洲海岸登陆的。因此，这片此前未见的土地上的居民就是亚洲人了，原住民于是不幸得名为“印第安人”（Indians）。而当其后来者发现美洲并不是亚洲的一部分的时候，印第安人就成了一个人类起源学上的问题。据《创世纪》中的记录，除去诺亚方舟（方舟最终“停搁在亚拉腊山上”，这被认为是土耳其东部某地）里的人类和动物，其他活物都死于洪水[77]。如此说来，人类和动物又怎么可能跨越得了无尽的太平洋呢？难道说，印第安人的存在否定了《圣经》和基督教吗？
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耶稣会传教士何塞·德·阿科斯塔（José de Acosta）是第一批直面这个问题，并试图将其解决的人之一。他在新西班牙生活了25年。他在1590年写道，任何关于印第安人起源的解释，“都不能与圣经发生冲突，圣经明确教导说，全人类都是亚当的后代”。由于亚当曾在中东居住过，阿科斯塔“被迫”断定，“印度群岛的人们[78]是从欧洲或亚洲走到那里的。”而如果真是如此，美洲和亚洲“必定在某处相连”。
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如果这是真的，在我看来也的确如此，……我们就不得不说，（他们的穿越不是通过水路，而是通过在陆上行走完成的。）他们不假思索地遵循了这一方式，一点一点地改变了脚下的方位和土地，其中一些人在已被发现的土地上定居了下来，而另一些人继续去寻找新的土地。
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在接下来的几个世纪里，人们普遍接受了阿科斯塔这一假定的基本逻辑。实际上，对其后来者来说，他们的主要任务并非找出印第安人的祖先是否从欧亚大陆长途跋涉而来，而是判定一路走来的到底是哪些欧洲人或亚洲人。热心的人们列出了十几个可能的祖先群体：腓尼基人、巴斯克人、中国人、斯基台人、罗马人、非洲人、印度人、古希腊人、古亚述人、古埃及人、亚特兰蒂斯人，甚至还有走失的威尔士人群体。但最被广泛接受的候选群体，是以色列国的“失踪的支派”（the Lost Tribes of Israel）[79]。
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失踪的支派的故事，主要见于《圣经·旧约·列王纪下》，以及虚构的《以斯拉记下》（取决于《圣经》版本的不同，或为《以斯拉记四》）。据经文记载，希伯来部族当时分裂成了两个相邻的邦联：位于南部、建都耶路撒冷的犹大国和地处北方、建都撒玛利亚的以色列国。在南部恶行昭彰之后，神的惩罚降临，亚述王撒缦以色五世侵占了以色列，并将其10个支派流放到美索不达米亚地区（如今的叙利亚和伊拉克）。《圣经》解释说，这些悔过其恶的支派最终“来到一片从没有人居住过的土地上。他们希望在那里能够遵守在他们自己的国家里他们没有遵守的律法”[80]。他们言出必行，离开后就再没有露过面。
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由于《以西结书》预言上帝在最后的日子里“要将以色列人从他们所到的各国收取……引导他们归回本地”[81]，基督教学者相信古以色列人（Israelites）的后裔，即《以西结书》中提到的“以色列人”[82]，一定还生活在某个偏远地区，等着被带回自己的故土。而如果把印第安人认定为这些“失踪的支派”，就能一举揭开两大谜团：古以色列人去了哪里，以及美洲原住民的起源是什么。
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经过反复的权衡，阿科斯塔最终排除了“印第安人是犹太人”的理论，因为印第安男性是不割包皮的。此外，他愉快地解释说，犹太人胆小而贪婪，而印第安人不是如此。其他人并不认为他的驳斥有什么说服力。“失踪的支派”理论得到了各界权威的一致认同，从巴托洛梅·德拉斯·卡萨斯到宾夕法尼亚的奠基人威廉·佩恩，以及著名神父科顿·马瑟（Cotton Mather），均对此予以首肯。（其变体之一见于《摩门经》[83]。该书认为一些印第安人的确是以色列人的后裔，但其祖先并不一定就是失踪的支派。）1650年，阿尔马大主教[84]詹姆斯·厄舍（James Ussher）按《圣经·旧约全书》的系谱数据，计算得出上帝创世的精确日期：公元前4004年10月23日，星期天。历史学家安德鲁·迪克森·怀特（Andrew Dickson White）写道，厄舍的声誉甚隆，以至于“他得出的这一日期被写入钦定《圣经》英译本中的空白处，并很快就几乎被认为是与圣文本身同样具有启示性。”据厄舍的年表，失踪的支派是公元前721年离开以色列的。他们大概不久以后就开始步行向美洲进发。即便是慢速前进，以色列人也必定在公元前500年左右到达了此地。这样一来，当哥伦布登陆的时候，他们在美洲的居住史已有近乎2 000年。
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直至19世纪遭到新发现的挑战前，“失踪的支派”理论长期占据着主导地位。在19世纪期间，与伦德在巴西的遭遇相似的是，英国科学家发现，一些外观奇特的人类骸骨与已经灭绝了的更新世哺乳动物骸骨混杂在了一处。很快，人们在法国也有了同样的发现。这些发现引起了轰动。对达尔文当其时发表的进化论学说的支持者而言，这些发现证明了现代人类的远祖曾生活在数万年前的冰河时代。其他人则攻击这一结论，这些骸骨于是成为了这场进化战争的宣战缘由（casus belli）。与此同时，这些发现还间接地引发了关于美洲定居历史的争议。进化论者相信，东西半球的发展是一致的。如果早期人类在冰河时代已定居于欧洲，那么他们同时也必然有一部分人在美洲居住。因此，印第安人必定是在公元前500年以前抵达了美洲。也就是说，厄舍的年表和“失踪的支派”方案都是错的。
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19世纪是业余科学的全盛期。在美国和欧洲，达尔文最热心的支持者多为成功的商人，而他们的业余爱好不是收集蝴蝶，就是收集甲虫。当这些外行人听说印第安人的祖先必然是在几千年前来到美洲的时候，其中相当数量的人都决定去四处寻找能证明此事的证据。
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