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文艺复兴式的开放城市的计划引发了比王朝预料到的更多的治安问题。乞丐、流浪汉和其他不受社会欢迎的人越来越被政府当作引发骚动、造成污染、传播疾病和犯罪的群体来看待。1496年查理八世下令将流氓、骗子和无赖统统用远洋大船送走。从16世纪20年代开始，对这类人的驱逐行为愈演愈烈。对乞丐和流浪汉的这种强硬态度也被用来对待妓女。1518年，西岱岛上的格拉蒂尼街区的古老妓院被关闭。1561年，国王下诏宣布全法兰西境内的妓院经营均为非法。在巴黎，由于天主教视出入妓院者为行为不端，城里的妓院行当早已经萎缩了。
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有一段时间，巴黎逐渐开始关注慈善事业，这方面以前主要是教会的事。1505年，政府委派专人负责原来由教会掌管的主宫医院。16世纪30年代，政府颁布了许多涉及公共救助方面的法令，将救济穷人视为城市管理工作的一部分内容。孤儿和弃婴是政府关注的另一群体。1535年，主宫医院开始提供一项名为“红色婴孩”的特殊服务项目；1541年，圣灵医院也开始实施这项计划；到1545年，名为“蓝色婴孩”的服务项目在圣德尼路上的圣三一会济贫院开展。1544年，政府组建了贫民局，开始征收贫困税，救济只发给那些值得救济的人；对身体强健的失业人员则安排他们工作，参与政府公共建设项目；对那些不在救济范围内的穷人，不问缘由，悉数给予严厉惩罚。
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对社会边缘人员带来的压力问题的关心与控制疾病传播的考虑直接相关。腺鼠疫仍噩梦般地接连发生，社会各界一致努力试图控制这种疾病，尽管还不清楚是否能减少该病对人口数量的影响。1496年至1497年，城外的居民区开始对患病者执行隔离，1506年，这种做法扩展到一种新的传染病——梅毒。1519年开始对鼠疫病人尝试这种新的控制和治疗方法。圣日耳曼德普雷教堂以外区域专门用作隔离区。1531年至1533年，巴黎市政委员会采取大量措施，并与国王和医疗机构进行协调，以做好疫病防治工作。为减少市民与危险群体的接触，政府下令关闭公共浴池、妓院和戏院，并将乞丐、流浪汉驱逐到城外（他们可能将疾病带去了其他地方，但那就是其他地方的问题了）。
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打击犯罪、控制疾病、救助穷人，旨在追求重塑城市空间和重建古典模式的这些努力并没有收到持久性效果，即使临时效果也不显著。最重要的是，在16世纪上半期，政府为显示自己王权和声望的文艺复兴光环黯然失色，王朝投入意大利战争上的时间和金钱过多，使美化市区的投入相对较少。另一个同样未尽如人意的表现是，弗朗索瓦一世最后并未死在巴黎而是死在朗布依埃，亨利二世弥留之时确实身在巴黎，但是在老托内尔公馆，而非装饰一新的卢浮宫。
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在16世纪大部分时间里，面对人口增长的失控局面，社会控制显得极为无力，乌托邦式的城市复兴理想因遭遇未曾预见的社会和人口发展问题而告幻灭。国王的追求似乎远远超越同时代普通人的品位：由国王发起的意大利式文艺复兴运动在建筑上的见证物，包括圣日耳曼欧塞尔教堂、圣厄斯塔什教堂和圣埃蒂安教堂等高度精美华丽的哥特式教堂，至今看上去仍金碧辉煌，堪称人间珍品。[118]然而巴黎的总体风貌并无多大改变，仍以中世纪特色为主，就好像在一块中世纪的地毯上镶上了一些文艺复兴的珠宝一样。
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1576年的巴黎地图
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如果说巴黎在当时仍具有不凡的国际影响的话，那是因为它的城市规模而非建筑上的特色或者文化上的再生。到16世纪60年代，巴黎人口达到30万，在法兰西众多的城市中，甚至在整个欧洲都名列前茅。祖上流传下来的传统力量胜过新文化冲击的影响，如同亨利二世所说的那样，“巴黎仍然是一座污泥遍地、臭气熏天的城市”。[119]王宫迁至更为开阔的城西，其原因之一就是圣波尔和托内尔公馆里的露天排水沟，即沿着今天巴黎第四区的蒂雷纳街而流淌的“大阴沟”严重污染，即使鱼游到沟里也会迅即死亡。[120]1556年，西班牙贵族加斯帕·德·维加路过巴黎时曾经专程去游览卢浮宫。他写信对西班牙国王腓力二世说：“在那样一座偌大的城市中，该宫殿显得并不突出，我根本没有见到任何值得称赞的建筑，城市本身除规模外并无任何可取之处！”[121]
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不过，从16世纪60年代开始，正是城市的规模和社会活力使巴黎以一种不同的方式经受住了时间的考验。当时，王朝在城市规划、文化复兴方面的雄图大志让位于为争取生存而进行的斗争。1559年，亨利二世英年早逝，从此引发一系列的政治动荡。亨利十五岁的儿子弗朗索瓦二世只做了一年国王（1559—1560年在位），而他的弟弟查理五世（1560—1574年在位）继位后不久即患上周期发作的疾病。他们在位时一直受到母亲凯瑟琳·德·美第奇摄政王太后的控制，这种情况一直延续到凯瑟琳的第三个儿子亨利三世（1574—1589年在位）。亨利三世死后无子嗣，依据王位继承法，王位毫无争议地应传给旁系波旁家族的亨利，即当时的纳瓦拉国王。但纳瓦拉的亨利是新教徒，这就给后来的法国王位继承问题留下悬念。伴随着1517年德意志发生马丁·路德宗教改革，法兰西新教徒与天主教徒之间的宗教争端也愈演愈烈。1560年以后，宗教的分裂与王朝的斗争交织在一起，对法兰西的稳定、巴黎的声誉和繁荣构成致命打击。
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新教改革的影响很快席卷整个法兰西，巴黎尤为如此。随着路德与天主教当局之间冲突的升级，他对教会的批判也愈发严厉。必须承认，路德精神与当时法国人文主义者传扬的人文思潮和谐一致，路德追求的“因信称义”思想正是人文主义者倡导的现代笃信理念。人文主义学者对拉丁文、希腊文和希伯来文文献的研究早已集中在古籍圣典和宗教著作的方向上来，这些发展促进了新思想运动，并与改革教会的呼声息息相关。例如，在1484年法国的三级会议上，法国教会遭到严厉指责，会议代表敦促教会实施宗教改革。
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要求教会进行彻底改革的呼声已经引起法国宗教界的注意。例如，1503年至1519年的巴黎主教埃蒂安·蓬歇曾积极推行修道院改革，整治教士中的犯罪现象，他甚至付出巨大努力避免索邦神学院公开谴责伊拉斯谟和勒费弗尔·德·戴塔普勒的基督教人文主义思想，这种思想已经很接近路德的主张。勒费弗尔·德·戴塔普勒的学生纪尧姆·布里松内是圣日耳曼德普雷修道院的院长，1516年当选为莫城主教，上任伊始即开始实行改革。尽管当时索邦神学院并未在改革浪潮中起到积极作用，但其他一些学院接受了路德新思想，并成为西欧新教思想的温床。值得一提的是纳瓦拉学院和蒙泰居学院。例如，在蒙泰居学院，由佛兰德神父让·斯坦东克创立的严格修身法曾使年轻的伊拉斯谟相信：大学老师和上帝一样值得敬畏。一名到过该学院的荷兰游客这样写道：“学院与其说是一座学府，不如说是一座监狱。”[122]在枢机主教勒穆瓦纳学院，德意志学生是路德的衷心追随者，当时他的著作的印刷本已广为传阅。是古登堡产下了至关重要的一枚“改革思想之蛋”，马丁·路德只需要将它孵出来就可以了。
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1534年，巴黎发生了所谓的“布告事件”，抨击罗马天主教信仰的印刷品贴满了巴黎的大街小巷，市民对宗教信仰之争就是通过那些印刷品有了广泛的了解的。但是宗教冲突早就如火如荼了。早在1521年，索邦神学院就已经发起攻击，斥责路德和勒费弗尔·德·戴塔普勒的一些基督教人文主义作品。两年后，一名路德派教士被烧死在巴黎的火刑柱上（一同烧掉的还有路德的大量书籍）。16世纪20年代，先后又有几人因此被处死。1528年，西西里国王街路边的圣母玛利亚雕像遭人亵渎，引发天主教徒的强烈抗议，他们参加了由弗朗索瓦一世亲自组织的游行活动，后者“不戴冠冕，手持火把”。[123]
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16世纪20至30年代，尽管双方有过激烈甚至有时是血腥的较量，天主教徒却并未大获全胜。弗朗索瓦一世的文化观使其对基督教人文主义持某种容忍态度。1517年他创办了国王学院，即现今的法兰西学院，后来又赐给该校希腊语、拉丁语、希伯来语甚至一些东方语言教授席位。国王的妹妹昂古莱姆的玛格丽特是一位有造诣的诗人和人文主义事业的支持者，与布里松内领导下的莫城人文主义者有密切联系。她曾保护过勒费弗尔·德·戴塔普勒的一名学生路易·德贝尔甘（暂时地，因为他在1527年被处死），后者曾将路德的作品译成法文。1527年，玛格丽特与纳瓦拉国王亨利·阿尔贝成婚，但仍继续住在巴黎。1533年，她委派自己的忏悔神父热拉尔·鲁塞尔主持一次被认为是宣扬新教思想的大斋节布道。同年，大学校长尼古拉·科普以及一位来自努瓦永的名叫让·加尔文的年轻律师共同撰写了一份具有新教思想的形象演说词：“他们（指天主教徒）只得跳过屋顶来逃避巴黎新教徒的大型聚会。”后来两个人逃往日内瓦，那里成为法国新教教会的精神家园。
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布告事件使天平向天主教一方倾斜，1528年发生的圣像破坏运动激起了天主教徒的行动。据说，竟然有一封恐吓布告贴在了通向国王卧室的门上，这令国王暴怒不已，他下令追捕新教嫌疑犯。国王弗朗索瓦宣布，那些信仰异教的人即使是自己的孩子，他也会将他们送上火刑柱。1535年，他组织了一次忏悔游行。当六名涉嫌参与布告事件的巴黎人被处决的时候，矛盾达到白热化的程度。“反路德派”的大网越张越大。曾由昂古莱姆的玛格丽特资助出书的安托万·奥热罗于1534年1月被烧死在火刑柱上。1535年1月，第一个印刷布告的人被处死，接着是女教师玛丽·拉卡泰勒，原因是她用法语向她的学生宣讲《圣经》福音，并在星期五吃肉。从1544年起，索邦神学院列出一份禁书清单。1538年被封为王家印刷商的罗贝尔·埃蒂安在1551年以宗教避难者的身份逃往日内瓦。如果说弗朗索瓦一世在1547年去世前越来越不能宽恕新教徒的话，那么他的继任者亨利二世则表现得对新教徒坚决不能容忍。1547年他在卢浮宫设立了一间火刑房，在三年的时间里先后举行了500次审判，被处以火刑的人达38名。
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更为严重的是，路德派越来越走向加尔文主义。以日内瓦为根据地的法学家让·加尔文于1536年发表了他著名的《基督教制度》，论述了改进路德教义并建立在信徒基本社区基础之上的一种新型教会组织机构。16世纪50年代，巴黎有四个加尔文秘密教会，用一位追随者的话讲，他们寻求在敌人内部工作，“就像使徒传布福音时代的教会一样”。[124]从1560年开始，像加尔文信徒所称的那样，“胡格诺派”的改宗劝说工作很是奏效，尤其是在大学生、印刷业人员和宫廷管理人员（包括巴黎高等法院）之中。法国的加尔文信教徒自称为“胡格诺派”的原因是多方面的，而且是神秘的。当局禁止胡格诺派教徒当众布道，不过他们的宣讲一直在秘密进行，在左岸牧师草地的小酒店里、防范较松的穆夫塔街上、圣梅达尔这样的郊区地带、波宾科特的农舍里等。皈依吸引了越来越多的人参与。1559年在巴黎召开的一次全国宗教会议聚集了来自72所教堂的代表参会，到1561年全国共有教区1200个，信徒人数至少达100万。
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胡格诺派教徒的勇敢行为得到了16世纪50年代皈依新教的社会和政界精英的支持。1558年对圣雅克街胡格诺派教徒的聚集场合的突袭暴露了与会的许多社会名流。来自上层的支持者有纳瓦拉女王胡安娜·达尔布雷（昂古莱姆的玛格丽特的女儿），她的丈夫安托万·德·波旁是瓦卢瓦家族的旁系主要代表，他的兄弟孔代亲王以及勇猛的加斯帕尔·德·科利尼，后者是退役老兵及法兰西海军上将。科利尼和孔代，连同天主教首席法官米歇尔·德·洛皮塔尔，是查理九世的母亲凯瑟琳·德·美第奇的摄政委员会的主要人物。但是，直到1561年底，双方的代表会议也未能找到和解的基础。由于一系列事件的发生，局面变得越来越严峻。从1561年开始，圣梅达尔教区发生了许多新教徒和天主教徒相互施暴及焚烧房屋的事件。1562年又发生了一场暴力事件，天主教徒吉斯公爵袭击了香槟的瓦西的一个新教集会，造成数十人的死亡。在这种背景下，国王法律对胡格诺派的一些让步对天主教“公牛”犹如一块红布一样具有刺激性。
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事实上，是“瓦西屠杀”事件而非圣梅达尔“暴行”引发了宗教战争。在宗教改革运动的前几十年，巴黎曾先后是人文主义、路德派和加尔文主义运动的核心。但在宗教斗争的过程中，它的核心作用越来越减弱。1562年到1598年间曾有过八次宗教战争，战争间隙是片刻的休战以及徒劳的希冀治愈宗教分裂带来的创伤的努力。这些战争的战场是整个国家，是信念与信念的争斗，是政治王朝与政治王朝的争夺。聚集在比利牛斯山一带的纳瓦拉小王国的波旁家族已经成为胡格诺派事业的拥护者，与此同时，曾在法兰西北部及东部的大片领土活动的强大的吉斯家族仍强硬地坚持天主教事业，只有蒙莫朗西家族（包括科利尼）在两派之间摇摆。想保持宗教派别平衡的凯瑟琳·德·美第奇则竭力避免国王成为宗教战争的俘虏。她的犹豫立场使两派都不满意。
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在这种情况下，1563年摄政王太后自誉为“巴黎城市母亲”的行为完全是一个徒劳的政治姿态。由于巴黎现在坚定地站在天主教一边，用战争解决问题的有效性很值得怀疑。1572年一起重要事件的发生彻底抹杀了巴黎在胡格诺派事业发展进程中的中枢作用。该事件就是“圣巴托罗缪大屠杀”，它给巴黎市及法兰西宗教史和政治史留下严重的创伤。在过去的十年里，胡格诺派代表了法兰西境内一支强大的军事、政治力量。许多城市，尤其是南部、西南部城市，公开申明支持胡格诺派的事业，一些强权人物，如孔代和科利尼，为该派信徒提供了保护和军事支持。对于王国来说，要解决宗教争端似乎并不存在任何军事出路，因为很难保证战场上军队士兵的数量，更不用说保证他们的忠诚。凯瑟琳发现，要解决瞬息万变的派别之争是根本不可能的。在1567年的圣德尼战役中，巴黎的义勇军组织有效抗击了胡格诺派教徒的进攻，但是人员损失惨重，加重了巴黎天主教徒的痛苦。为缓和宗教派别斗争，摄政王太后安排查理九世的妹妹瓦卢瓦的玛格丽特与胡安娜的儿子纳瓦拉的亨利结婚，而纳瓦拉的亨利是胡格诺派的领袖。1572年8月，他们在巴黎圣母院举行了婚礼。
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政治局势急转直下，历史学家一直对后来发生的一系列事件到底由谁来负责的问题争执不休。最初，天主教领袖们态度强硬，决意要尽可能多地杀死他们的敌人，这些杰出人物中有海军上将科利尼，他似乎在摄政委员会中赢得了绝大多数成员的支持。阴谋家们可能认为婚礼庆典上会有众多胡格诺派领导人物到场，也可能因为他们害怕这些人要伺机发动政变，但是事实如何已经不重要了。8月22日密谋暗杀科利尼的计划遭到挫败，但这进一步激发了天主教阴谋家们的野心，当然他们得到了年轻的查理九世（尤其是他母亲）的暗中支持。1572年8月24日圣巴托罗缪日这一天，邻近卢浮宫的圣日耳曼欧塞尔教堂响起黎明前的第一声钟声，那是对全城胡格诺派教徒展开大屠杀的信号，天主教徒开始有计划地屠杀全城胡格诺派教徒。纳瓦拉的亨利和年轻的孔代亲王被赦免，但是被当作讨价还价的筹码，并确认他们马上会皈依天主教。科利尼被推出窗外，尸体遭到践踏：“一些小孩子将他的头割去，身体被分割成数百块。”[125]
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“屠杀胡格诺派教徒的行动从星期日持续到星期一。”一名天主教编年史家以一种令人战栗的满不在乎的口气这样告诉世人。[126]暴行似乎已被国王合法化：“把他们全部杀光，国王命令杀死他们。”吉斯就是这样下的命令。[127]曾有一段时间，事态近乎失控，因为天主教平民还乘乱劫掠袭击了许多天主教富人。一名受惊的德意志目击者说道：“不论谁有敌人，只要喊他为胡格诺派教徒，都可以将他碎尸万段。”[128]
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塞纳河里尸体成堆，河水已经被染成了红色。一句小曲这样唱道：“不用乘船就可以将巴黎发生的事情告诉新教徒掌握的鲁昂。”[129]半宵禁迟续了几周时间，到8月27日傍晚，遭屠杀的胡格诺派教徒达1500至2000人，以现在的计算数字应当更高。
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“圣巴托罗缪日”对于新教事业来说是一个巨大的损失，因为那场大屠杀使他们失去了那么多的政治领袖，加上由巴黎屠杀引发的外省8000到10000名胡格诺派教徒遭残杀的事实，足以构成欧洲宗教改革斗争中最为残暴的屠杀事件。巴黎天主教徒似乎引以为荣：国泰民安了，人民在欢呼“国王万岁！”，就好像这一切都应当受到赞誉。[130]巴黎城内的胡格诺派被彻底消灭了，巴黎已经从两个宗教激烈斗争的战场蜕变成狂热的啦啦队，在为天主教事业尤其是吉斯家族呐喊助威。
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1572年以后，宗教战争的战事转入法兰西南部和西部，停战时有发生，因为新国王亨利三世（1574—1589年在位）认为维持一支赢得双方尊重的军队代价太大。1576年，亨利召集的三级会议上出现了一种希望政局稳定、倡导保持宗教宽容的呼声，但是天主教徒和胡格诺派教徒都缺乏这种思想准备。有人建议在靠近荷兰“联合省”的南部边境上为胡格诺派教徒建立一个新的国家。但是天主教反对派对此不愿做出丝毫让步。而且从1584年起，胡格诺派维持法兰西统一的信念被这一事实所坚定：亨利三世的弟弟安茹公爵去世，这样作为波旁家族成员的纳瓦拉的亨利（他母亲嫁给了波旁的安托万）即成为王位的合法继承人。普遍认为亨利三世身有缺陷，尽管已想尽各种办法，但不太可能生下一位继承人来。
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1584年以后，政治赌注越来越高，它们也与巴黎直接相关，巴黎不希望国王是一个新教徒，事实上这种可能性也极小。一位巴黎高等法院官员对吉斯家族的一名成员说：“巴黎是您礼帽上的第一枝花。如果您失去了它，我们就会失去其他城市的信任。”[131]面对纳瓦拉的亨利可能继位的事实，吉斯家族的杰出人物，“刀疤”吉斯公爵亨利[132]以及他的弟弟马耶纳，与西班牙国王的代表在茹安维尔签署了一份协约，后者许诺一定要保持天主教的永恒存在。“神圣联盟”是一份意欲坚持法兰西国家的统一和贯彻天主教教义的国际条约，对于纳瓦拉的亨利，在某种程度上甚至对于亨利三世本人都是不小的打击。
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