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19世纪中那些不是自由派，不喜欢英雄的史学家很可能是悲观主义者或者宿命论者，如基佐。他们在处理历史资料时一定知道，每一页纸都出于人之手，是人的思想的结果，但是他们却又觉得广大的民众和民族中蕴含着一种不可抵抗的推动力；这促使他们认为，地理、气候、种族或某种其他实际因素决定着人的命运。个人其实无法选择自己的行为，人类只是傀儡而已。
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当时的历史似乎证明了这种假定。19世纪40年代，哲学家路德维希·毕希纳在著作中把这种教条极为生动地宣布为：无磷，即无思想。由此产生的错误推断是：思想除磷之外，别无他物。任何形式的“别无他物”都是简化主义。并非所有的科学家都是坚定不移的唯物主义者，但是几乎所有科学家都认为物质至上。正因为此，1859年达尔文的《物种起源》问世时才立即引起欢呼和震惊。直到那时以前，人们一直把生物进化解释为生物采取某种行动的结果，这就意味着意志力在大自然变化中的作用，即使这种作用是无意识发挥的。而达尔文提出的是一种纯机械论的运作方式，它提出了“自然选择”这种并非全新但是却几乎完全被忽略的观点，使旧的进化思想同物理学吻合起来。在此10年前，哲学家斯宾塞已经提出“优胜劣汰，适者生存”这句话。不过，这种说法需要有达尔文乘坐“猎犬”号考察船在大海航行期间和之后所观察到的大量事实来支撑。达尔文和艾尔弗雷德·罗素·华莱士在相隔几个月的时间里分别采纳了同样的假设。这一事实，再加上斯宾塞和其他先驱者的看法，表明当时这种观点已经广为流传。重新焕发生机的唯物主义使得这种观点为人们所乐于接受——事物自始至终驾驭一切。
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持相反意见的思想家（包括著名的科学家）从很多角度，尤其是宗教角度，用有力的论据驳斥了达尔文的假设，由此展开了被称为科学与宗教之间的战争这一历时半个世纪的论战。就公众而言，他们再也不能对物种进化漫不经心，只把它看作“有意思”或者仅仅是有点儿可能了。越来越多的人深信达尔文已经证实了这一点。当时普遍的看法是：人是由猿猴变来的。这种看法成为怀疑者的笑柄，和漫画及讽刺诗挖苦的对象。迪斯累里说过，在人是猿和人是天使的说法之间，他是“站在天使一边”的。高比诺说：“不是源自猿猴，但是却迅速地与猿猴越来越像。”人人都可看见，自然选择论是坚固的事物链条中的又一个环节，把自然科学、唯物主义、现实主义和实证主义紧紧联系在一起。
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生命和宇宙表现出自发性：
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应打倒的有神论真是荒谬！
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教堂和信条笼罩在迷雾中，
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真理应随实证论者去追求。
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他们的智慧大师无与伦比，
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孔德、赫胥黎、廷德尔、哈里森和莫利。
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有谁胆敢挤进
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实证论大军的这个行列里？
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从前曾经有只猴子，
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世纪沧桑使他的毛发蜷曲；
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再经千万年后他的手腕长出拇指，
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使他变成人和实证论者。
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——莫蒂默·柯林斯（1860年）
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时至今日，任何言论和文章都没能消除进化论和自然选择论之间的混淆。同样，科学家依然深信不疑《物种起源》把自然选择定为进化的唯一成因。而实际上，该书的第六版，也是最后一版，重新阐述了进化的两个其他成因，一是拉马克提出的功能的使用和废弃，二是环境的影响。达尔文后来写了一本较厚的书，详细解说了性选择的进一步作用。今天，这种理解上的混乱变得越发不可收拾。本书不适于查考各种思路是如何从达尔文的理论发展到面目全非的达尔文主义，进而又发展到今天各个研究出版中心的权威们提出的相互矛盾的信念的。今天，没有人质疑进化论的正确性，似乎没有理由要提出质疑。但是，所教授的进化论的性质和机制却绝非连贯一致；而这方面多种多样的观点却很少向学生或博学的读者披露。［请参阅诺曼·麦克贝斯（Norman Macbeth）撰写的小书《达尔文退休了》（Darwin Retired）。］
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自然选择论在知识分子当中盛行的那段时期内，还影响到了宗教以外的其他关注。它在应用于政治学方面之后，产生了国家以及其他团体争斗不休以求适者生存这样一个信条。这项“原则”深受欢迎，以至于得名“社会达尔文主义”。“达尔文的斗牛犬”托马斯·赫胥黎最后觉得必须站出来以正视听。他在牛津大学礼堂发表演说，30年前他曾在这里舌战并大败援引道德理由和《圣经》经文的威尔伯福斯主教，这次他鼓吹的却是进化论与伦理之间的区别：人群是受道德法律约束的。
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不过，赫胥黎的否认并没有改变生存竞争者的思想，正如他撤回他关于人如自动体的文章未能对唯物论者产生影响一样。结果只是增加了公众的迷惑不安，就像丁尼生很早以前因斯宾塞提出的大自然景象而感到不安一样。根据斯宾塞的理论，大自然不是华兹华斯描绘的一片平和美丽，而是“张牙舞爪，鲜血淋漓”。丁尼生是国家诗人，斯宾塞是国际级的哲学家。如果这些舆论领导者所描绘的宇宙中的人类是受盲目力量驱使的，那么，他们说最后结局一定圆满的预言就令人怀疑了——他们怎么知道呢？应当相信谁呢？物理学家已经计算出了太阳消失的精确时间，仅此一点就足以使人对生活感到阴沉而绝望。
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时代的基石本身正在崩溃，由于科学、历史和分析，对《圣经》的高等考证（＜359）重获生机。德意志人从语法上对《圣经》进行分析，结果发现了许多可疑之处。大卫·施特劳斯的著述从耶稣的生平中去除了神性的因素，乔治·艾略特将他的著作译成了英文；法国的埃内斯特·勒南则更为激烈，他原来是神父，后被免去圣职，是著名的学者和作家。他相信，科学会使思想所有其他的产物过时：哲学、神学和文学统统都会消失。信念即愚蠢。一位来自非洲的圣公会主教因他的“谬见”而遭到基督教会法庭的审判，他告诉法庭说，被他劝归基督教的一个祖鲁人听他宣讲了教义之后问他：“你真相信这些吗？”其他几位圣公会的牧师写了一本《散文与评论集》，有意地否认了基督教的某些信念。他们也受到审判，但是未被解职。除了几个垂垂老矣的牛津“皮由兹分子“（＜532）之外，似乎只有天主教徒依然立场坚定，纽曼在他卓越的著作中为天主教信仰作了出色的辩护。
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如果把维多利亚时期的人笼统地看作一群自负自满的伪君子和假正经，就是忘记了这场宗教和科学之间的大辩论引起了多大的惊愕和自省。一个身为科学家的宗教信徒所经历的痛苦在埃德蒙·格罗斯的回忆录《父与子》中可见一斑。更大的思想斗争除在期刊上进行之外，还在玄学社里展开。玄学社的成员不是专事哲学的人，而是社会和宗教思想的领袖，他们相互宣读和讨论自己的论文，却谁也说服不了谁。他们的观点和性格在W·H·马洛克虚构的（而且是引人发笑的）《新共和》里得到了戏剧性的刻画。
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当时有思想的人面临着种种抉择，一时不知何去何从；马修·阿诺德在作品中对这种混乱的场面进行了批评和解释，他本人也曾深受困扰。他的父亲曾在英国拉格比建立了一所英国模范“公学”，其建校原则是：严守基督教《十诫》的道德行为是高尚生活的核心，因此应成为教育的中心。父亲对此深信不疑，儿子则不信这一套。对他来说，宗教不过是“带情感色彩的道德”；如果道德规定来自于宗教启示，那么，两者皆没有坚实的基础。
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在阿诺德看来，英国各社会阶层的行为既不受精神力量影响，也不为知识力量左右；上层阶级是野蛮人，中等阶层是市侩庸人，再往下就是他所称的大众，这些人自己根本无法为自己的行为负责。实际上，没有社会，只有无政府状态。阿诺德能想到的唯一妙方是文化，他所谓的文化是世界上思想和言论的精品。它包括希腊-罗马传统和希伯来《圣经》传统，并由现代西方文学加以充实，换句话说，就是人文学科或者文科。
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另一个批判当时混乱倾向的人来自完全不同的背景。詹姆斯·菲茨詹姆斯·斯蒂芬（后来成为弗吉尼亚·伍尔芙的舅舅）是位博学的法官和政治理论家，他在19世纪70年代初发表了《自由、平等与博爱》一书，作为对穆勒《论自由》一文的反驳。斯蒂芬是自由派，坚决捍卫言论自由和行动自由，可是穆勒认为自由的理想禁止干涉任何“与己有关的”个人行为，如酗酒，斯蒂芬对此却不能苟同。斯蒂芬认为，没有多少行为是完全只与行为者本人有关的，社会凝聚力的大小取决于就哪些是可接受的行为达成普遍一致，而且一旦达成一致，就须强制执行。他不仅当过法官，而且还在印度编纂过法律，其中包括禁止寡妇在亡夫火葬的葬礼上投火自焚（与己有关）这类习俗的法律。这些经历证实了他对英国法研究的心得，即各种自由是在其发展的过程中得到具体确定的。
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斯蒂芬为了与穆勒和边沁抽象的风格相抗衡，有意使用实实在在的措辞，尽管那些措辞完全正确，却使当时崇尚仁爱的人们深为惊骇，使他显得狭隘偏执，导致了迄今为止对他的误解。例如，他说，通过刑法，“人合法地、有意地、冷血地杀死、奴役或者用其他方式折磨自己的同胞”。读者无法驳斥这番话，但是却不愿接受这种冷冰冰的说法。同样，斯蒂芬赞成政府应征得被统治者同意的主张，但是他指出，所有政府都靠武力和武力威胁来统治——武力越强，威胁越大，对和平与正义越好。
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