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图7 亚历山大·坎宁安，印度考古调查局（Archaeological Survey of India）第一任局长，1871—1885年在任
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最关键的发现是一枚印章——世界上第一枚刊印的印度河印章。用坎宁安自己的话说：
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在哈拉帕发现的最稀奇的物品是一枚印章，由陆军少校克拉克所有[原文如此]。与它一同被发现的还有两个由深棕色碧玉制成的小物件，看上去像国际象棋里的卒子……这枚印章是一块未经抛光的圆润的黑色石头。印章上深深地刻着一头没有背瘤的牛，这头牛看向右侧，脖子下有两颗星星。牛的上方有一行铭文，由六个字母组成，我从来没有见过这种文字。它们肯定不是印度字；考虑到这头牛背上没有瘤，我认为这枚印章是域外传入印度的。[12]
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然而，坎宁安很快就改变了主意。1877年，他推测，这枚印章上的铭文是用公元前5世纪的一种古印度字体写成的，也就是说比阿育王时期的婆罗米字体和佉卢文字体要早一点。他甚至提供了一个试译。
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现在我们仍不清楚，马尔科姆·乔治·克拉克（Malcolm George Clerk）这位对古希腊钱币感兴趣的军官是怎么发现这枚印章的。在告知坎宁安这枚印章的事情后，克拉克于1892年把这枚印章捐给了大英博物馆。1912年，另两枚从哈拉帕发掘出的印章也被收入大英博物馆。这两枚新印章上的铭文明显使用了相同的文字，一枚上有一只“独角兽”（而不是牛），另一枚上没有动物图像。前者是一位地区军队主管发掘出来的，而后者被一个农民挖出，转手卖给了一位督学——这位督学恰好就是一位业余古文物收藏家，这样的收藏家在当时印度的英国官员中并不少见。1912年，这三枚神秘的哈拉帕印章被一同发表在《皇家亚洲学会期刊》（Journal of the Royal Asiatic Society）上。
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图8 世界上第一枚已知的印度河印章，1875年由亚历山大·坎宁安发表，还附上了现代的线描图。此印章现藏于伦敦大英博物馆
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这并不是全部。除了哈拉帕，在1924年之前的几十年，莫克兰的苏特卡根—多尔和拉贾斯坦的卡利班甘（Kalibangan）这样远的遗址地也出土了陶器和其他器物，其中有一些被发表在著名刊物上。但是，没有任何一位考古学家把这些零散的发现联系起来，因为这些物品的使用年代未知，而且看不出任何历史脉络。与那些印章一样，这些发现也沦为区区古玩。当时还没有人疑惑过印度文明到底有多古老：马森、坎宁安，或者坎宁安的继任者马歇尔都没有。
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1902年，在那位充满活力、受过良好教育的帝国主义思想浓厚的总督寇松勋爵（Lord Curzon）的鼓吹下，马歇尔来到印度就任调查局局长，此前他对次大陆的了解为零。那时马歇尔只有25岁，在克里特岛受过考古训练，是一位传统的考古学家。马歇尔一开始把地中海地区，特别是克里特岛的希腊文明作为参照，而非比对亚历山大大帝或印度佛教。但是，他很快就完全投身于发展印度的考古事业，并不介意他所在的部门经费有多么拮据。
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在阿斯科·帕尔波拉看来，1912年出版的关于大英博物馆所藏三枚印章的学术文章引起了马歇尔的注意，并且“在印度河文明的发现中起到了关键性作用”[13]。但是，这或许还不足以让马歇尔立即把哈拉帕的发掘提上日程。1912年，在他的一个助手购得另两枚印章后，马歇尔有先见之明地写道：“未来，哈拉帕遗址的发掘一定会产生最有价值的成果，并打开印度历史上崭新的篇章。”[14]1915—1916年，他授权对哈拉帕进行实验性发掘，但很快被第一次世界大战和印度战后掀起的民族独立运动浪潮所阻碍。马歇尔的助手最终在1921—1922年对哈拉帕进行了实验性发掘，并于1922—1923年和1923—1924年两次对摩亨佐—达罗进行实验性发掘，其结果果真如马歇尔预期的那样辉煌。
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在哈拉帕，达亚·拉姆·萨赫尼（Daya Ram Sahni）向两个圆丘内挖掘了三条浅沟。尽管暴露出的建筑结构很少，但出土了尺寸少见的熟烧砖以及大量有趣的人工制品，例如陶器、小雕像、球、手镯和坩埚，以及两枚保存完好的印章。萨赫尼颇有信心地向马歇尔报告称，这些印章上的文字与大英博物馆印章上的字体“属于同一种尚无人知的婆罗米字体”[15]。而后者立即纠正他：“据我所知，婆罗米字体和哈拉帕印章上的文字没有任何关系。”[16]即便如此，马歇尔还是在他向考古调查局递交的年度报告中，表现出对哈拉帕考古发掘的极大兴趣，因为萨赫尼的发掘仅仅触及了土丘的浅表层：“还有50英尺[17]深的遗迹亟待发掘，而且很明显，对更低地层的发掘很有可能带来极有价值的发现。”[18]
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在当地语言信德语中，摩亨佐—达罗是“逝者之丘”[19]的意思。拉赫达斯·班纳吉（Rakhal Das Banerji）第一个意识到，这个当时还默默无闻的遗址年代颇为久远。在他之前，调查局的另一位考古学家提婆达多·罗摩克里希纳·班达卡（Devadatta Ramakrishna Bhandarkar）也去过摩亨佐—达罗。班达卡之前在信德的其他地方发现了佛塔遗址；1911年，他前往主圆丘，希望能发现类似的宏伟佛塔。但难以解释的是，班达卡未能认出圆丘上已损毁的佛塔，并且根据砖块的大小和形状断言，这个遗址可能只有200年的历史，从而导致马歇尔完全没有意识到摩亨佐—达罗的潜在意义。不过班纳吉很快就辨认出塔内柱基的圆鼓石，并着手发掘佛塔的基座。更重要的是，在佛塔基座下方的沟渠内，他发现了三枚印章，这是哈拉帕以外首次出土此类印章。1923年初，班纳吉详细地告知马歇尔：“他们与坎宁安的哈拉帕印章如出一辙。”[20]（他那时候还不知道萨赫尼也发现了印章。）
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1923—1924年对摩亨佐—达罗的新一轮发掘中，另一位考古学家马多·萨鲁普·瓦茨（Madho Sarup Vats）在另一个土丘内又发现了七枚印章。这些印章与哈拉帕出土的印章也很相似。在1924年4月写给马歇尔的信中，瓦茨有预见性地指出了摩亨佐—达罗和哈拉帕考古发掘中的其他相似之处：
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图9 时任印度考古调查局局长的约翰·马歇尔与妻子、调查局官员和职员于1925年的合影，拍摄于他开始发掘摩亨佐—达罗遗址后不久
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建立摩亨佐—达罗与哈拉帕之间的文化关联性，认为它们处于同一文化影响圈内，是颇有根据的。我们可以发现，两地建筑砖块尺寸相同——即11英寸×51/2英寸×（21/2至23/4）英寸[21]；两地出土的所谓印章间也有紧密联系，后者是目前最有效、最有价值的联系；另外，还发现了粗糙而夸张的小陶像、陶制手镯、投石器配套的球状物，它们本质上都有亲缘关系。考古发现中不断出现的证据表明，这个遗址可能是前孔雀王朝时期的[即在阿育王的孔雀王朝前就已出现]，但目前没有出土可断代的文物，也没有进行更深入、更进一步的发掘，要确定遗址断代，甚至只是给出一个大致时期，也是很困难的。[22]
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6月，在距离遗址相当远的西姆拉，马歇尔于考古调查局总部召开了一次特别会议，他和萨赫尼、班纳吉一同对两地出土的印章、砖头和其他物品进行了实物比对，包括彩绘陶器、素面陶器、燧石刀及燧石片、石制珠子等。三位考古学家很快得出结论，哈拉帕和摩亨佐—达罗遗址肯定属于同一文化或文明。数年后，马歇尔写道：“摩亨佐—达罗和哈拉帕所属文明具有高度同一性，这是两地考古发掘证明的最震撼的事实之一。尽管这两个地方相距400英里[23]，但它们的纪念碑和文物间实质上非常相似。”[24]在西姆拉的会议之后，马歇尔着手为《伦敦新闻画报》写稿。三个月后，那篇文章向世界宣告了这一激动人心的发现，文中也对萨赫尼和班纳吉的工作给予了应有的肯定。
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奇怪的是，班纳吉认为这个新发现的文明与克里特的史前文明有某种遥远的联系，而克里特正是马歇尔开始考古工作的地方。但是，尽管没有任何确凿证据，而且当时对印度历史的殖民主义研究也热衷于将印度的一切高等文明归功于西方的影响，马歇尔本人却从一开始就认定，这个文明是印度河谷及其周边地区原生的独立文明。在1924年那篇文章的结尾，马歇尔大胆得出结论：
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这个被遗忘的文明，这个通过哈拉帕和摩亨佐—达罗的考古发掘让我们初窥其光辉的文明，在印度河谷地区独立发展起来，如同尼罗河孕育的法老们的文明一样……在人类发展的早期，尼罗河、多瑙河、底格里斯河与幼发拉底河所起的作用已广为人知，但印度河和恒河哺育了何种文明却仍待发现。对于印度河流域而言，后续的外来移民在推动本地文化发展上起到了积极作用，就像美索不达米亚和埃及发生的一样；但是，要说这个地区的文明完全是舶来品，或者此地文明受到了外来文明的极深刻的改造，绝对是无稽之谈。[25]
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马歇尔不太确定的是这个文明的年代。一开始，他觉得这个文明应该比恒河河谷文明和佛教文明早几个世纪，不会早于公元前1000年。但是，在他发表这个推断后数周，他接到了美索不达米亚文明考古学家的反馈，便迅速改变了主意。反馈中指出，美索不达米亚出土的产生于公元前3000年早期的印章，与哈拉帕和摩亨佐—达罗新出土的印章很相似。那么很明显，新发现的文明要么是同时期的，要么还要更早。以此为时间参照，马歇尔认为，印度河城市的繁盛期大致开始于公元前3250—前2750年。我们之后会看到，通过对美索不达米亚和印度河谷出土文物进行放射性碳定年，马歇尔的断代也受到了大幅修改。
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美索不达文明专家的意见也影响了马歇尔对这个文明最初的命名。他相信这个文明受到了美索不达米亚平原苏美尔文明的强烈影响，因此一开始将其定名为“印度—苏美尔文明”，而不是“印度河文明”。但是，1925—1926年，在他亲自主持的唯一一次考古发掘中，发现了令人惊叹的“大浴池”，1927年又出土了一个造型精美的神秘小雕像，被称为“祭司王”[26]，由此，马歇尔最终将其定名为“印度河文明”，因为“印度—苏美尔文明”这个名字“显示出的此文明与苏美尔文明的关系，比实际情况近得多”[27]。1931年出版的《摩亨佐—达罗与印度河文明》一书中，马歇尔通篇都使用了“印度河文明”这个术语。
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