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1923—1924年对摩亨佐—达罗的新一轮发掘中，另一位考古学家马多·萨鲁普·瓦茨（Madho Sarup Vats）在另一个土丘内又发现了七枚印章。这些印章与哈拉帕出土的印章也很相似。在1924年4月写给马歇尔的信中，瓦茨有预见性地指出了摩亨佐—达罗和哈拉帕考古发掘中的其他相似之处：
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图9 时任印度考古调查局局长的约翰·马歇尔与妻子、调查局官员和职员于1925年的合影，拍摄于他开始发掘摩亨佐—达罗遗址后不久
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建立摩亨佐—达罗与哈拉帕之间的文化关联性，认为它们处于同一文化影响圈内，是颇有根据的。我们可以发现，两地建筑砖块尺寸相同——即11英寸×51/2英寸×（21/2至23/4）英寸[21]；两地出土的所谓印章间也有紧密联系，后者是目前最有效、最有价值的联系；另外，还发现了粗糙而夸张的小陶像、陶制手镯、投石器配套的球状物，它们本质上都有亲缘关系。考古发现中不断出现的证据表明，这个遗址可能是前孔雀王朝时期的[即在阿育王的孔雀王朝前就已出现]，但目前没有出土可断代的文物，也没有进行更深入、更进一步的发掘，要确定遗址断代，甚至只是给出一个大致时期，也是很困难的。[22]
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6月，在距离遗址相当远的西姆拉，马歇尔于考古调查局总部召开了一次特别会议，他和萨赫尼、班纳吉一同对两地出土的印章、砖头和其他物品进行了实物比对，包括彩绘陶器、素面陶器、燧石刀及燧石片、石制珠子等。三位考古学家很快得出结论，哈拉帕和摩亨佐—达罗遗址肯定属于同一文化或文明。数年后，马歇尔写道：“摩亨佐—达罗和哈拉帕所属文明具有高度同一性，这是两地考古发掘证明的最震撼的事实之一。尽管这两个地方相距400英里[23]，但它们的纪念碑和文物间实质上非常相似。”[24]在西姆拉的会议之后，马歇尔着手为《伦敦新闻画报》写稿。三个月后，那篇文章向世界宣告了这一激动人心的发现，文中也对萨赫尼和班纳吉的工作给予了应有的肯定。
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奇怪的是，班纳吉认为这个新发现的文明与克里特的史前文明有某种遥远的联系，而克里特正是马歇尔开始考古工作的地方。但是，尽管没有任何确凿证据，而且当时对印度历史的殖民主义研究也热衷于将印度的一切高等文明归功于西方的影响，马歇尔本人却从一开始就认定，这个文明是印度河谷及其周边地区原生的独立文明。在1924年那篇文章的结尾，马歇尔大胆得出结论：
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这个被遗忘的文明，这个通过哈拉帕和摩亨佐—达罗的考古发掘让我们初窥其光辉的文明，在印度河谷地区独立发展起来，如同尼罗河孕育的法老们的文明一样……在人类发展的早期，尼罗河、多瑙河、底格里斯河与幼发拉底河所起的作用已广为人知，但印度河和恒河哺育了何种文明却仍待发现。对于印度河流域而言，后续的外来移民在推动本地文化发展上起到了积极作用，就像美索不达米亚和埃及发生的一样；但是，要说这个地区的文明完全是舶来品，或者此地文明受到了外来文明的极深刻的改造，绝对是无稽之谈。[25]
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马歇尔不太确定的是这个文明的年代。一开始，他觉得这个文明应该比恒河河谷文明和佛教文明早几个世纪，不会早于公元前1000年。但是，在他发表这个推断后数周，他接到了美索不达米亚文明考古学家的反馈，便迅速改变了主意。反馈中指出，美索不达米亚出土的产生于公元前3000年早期的印章，与哈拉帕和摩亨佐—达罗新出土的印章很相似。那么很明显，新发现的文明要么是同时期的，要么还要更早。以此为时间参照，马歇尔认为，印度河城市的繁盛期大致开始于公元前3250—前2750年。我们之后会看到，通过对美索不达米亚和印度河谷出土文物进行放射性碳定年，马歇尔的断代也受到了大幅修改。
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美索不达文明专家的意见也影响了马歇尔对这个文明最初的命名。他相信这个文明受到了美索不达米亚平原苏美尔文明的强烈影响，因此一开始将其定名为“印度—苏美尔文明”，而不是“印度河文明”。但是，1925—1926年，在他亲自主持的唯一一次考古发掘中，发现了令人惊叹的“大浴池”，1927年又出土了一个造型精美的神秘小雕像，被称为“祭司王”[26]，由此，马歇尔最终将其定名为“印度河文明”，因为“印度—苏美尔文明”这个名字“显示出的此文明与苏美尔文明的关系，比实际情况近得多”[27]。1931年出版的《摩亨佐—达罗与印度河文明》一书中，马歇尔通篇都使用了“印度河文明”这个术语。
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图10 1927年，摩亨佐—达罗出土“祭司王”半身像（雕像细节可见图1、图38）
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美索不达米亚文明对印度河文明的影响一直有争议。在过去几十年里，有些苏美尔学家甚至宣称，美索不达米亚人在公元前四千纪直接征服了印度河谷，与此同时，许多印度学者争论称，印度河文明是在与外界隔离的前提下、完全自发产生于印度河谷内的。在两极化的观点中间，还有很多学者认为，印度河谷与波斯湾/美索不达米亚地区确实有海上商贸往来，这才是问题的关键。例如，帕尔波拉认为，正是日益增长的海上贸易“刺激了全面城市化并导致印度河文明产生”[28]。但迪利普·恰克拉巴蒂（Dilip Chakrabarti）称，印度河谷与美索不达米亚地区间的贸易增长是在印度河文明产生后才发生的，并不是伴随印度河文明出现而发生，“因此，从任何角度来说，在印度河文明从早期到成熟（城市）期，都不能说[贸易的增长]催化了文明的转变”。[29]或许汉斯·尼森（Hans Nissen）所持的谨慎态度是最明智的，虽然可能不那么让人满意：
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很难想象[美索不达米亚文明]没有对[印度河文明]的构成产生影响，特别是我们已经掌握了两地联系的确凿证据。但即便如此，并没有确凿证据能够证明，印度河文明的某项突出特征，比如印章、陶器、建筑形式甚至文字，有什么西方的原型体。目前我们掌握的材料无法给这个问题下定论，[还必须]结合阿曼发现的印度河文明的新证据，位于印度河与幼发拉底河之间区域的国家接下来的考古研究也是我们必须仰赖的。[30]
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1924年马歇尔宣布印度河文明的发现后，联系他的人中有一位曾参军的考古学家欧内斯特·麦凯（Ernest Mackay），他当时正代表芝加哥的菲尔德博物馆[31]发掘苏美尔城市基什（Kish）。麦凯最初跟随皮特里在埃及进行考古，第一次世界大战期间加入英国军队，在巴勒斯坦服役，之后成为巴勒斯坦政府的文物监理员（Custodian of Antiquities）。忙得焦头烂额的马歇尔一意识到麦凯对印度河文明有兴趣，就邀请后者接手自己的发掘。1926—1931年，除了萨赫尼提供过一些帮助外，麦凯自己主持了五轮工作，在摩亨佐—达罗进行了广泛的发掘。他使摩亨佐—达罗的道路规划重见天日，让今日到访此地的人们感觉自己是在一座古代城市中穿行。与此同时，瓦茨在哈拉帕开展了八轮发掘工作，一直到1933—1934年才结束；他发现了墓地的遗址，还有一座复杂的建筑，马歇尔基于自己在克里特的工作经验坚持说是谷仓，尽管里面并没有谷物遗存（与梅赫尔格尔正相反）。此时，摩亨佐—达罗和哈拉帕的发掘工作因为资金削减，不得不停止。1931年，麦凯进行最后一轮工作，想要发掘“大浴池”所在土丘的东北方的剩余部分，但开工仅三天后，就接到考古调查局的电报，要求他的团队停止工作。在20世纪30年代的“大萧条”期间，小规模发掘可能还在继续，但摩亨佐—达罗和哈拉帕的大规模田野工作已经暂时告一段落。
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1944年，莫蒂默·惠勒被任命为考古调查局局长，印度河考古再掀高潮。在四年任期内，惠勒在哈拉帕和摩亨佐—达罗都进行了发掘，使用了比马歇尔更先进的方法，以自然文化分层为依据而不采用马歇尔的人为分层，并且进行连续的地层学记录。但是惠勒从未就自己的发掘工作发表完整的报告，只是在1953年出版了名为《印度河文明》（The Indus Civilization）的相当简要的报告，随后进行更新。他对印度河文明的论述，建立在他于第一次世界大战和第二次世界大战期间的个人军事经历基础上，并处处显露着在英国时所受长期罗马考古学训练的影响。1950年，惠勒的合作者斯图尔特·皮戈特（Stuart Piggott，曾在印度的军事情报部门任职）出版了关于印度河文明的《印度：从史前到公元前1000年》一书；在书中他直言不讳地指出：
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对于一个英国考古学家来说，无可避免地要去类比自己国家土地上曾存在的、建立在史前铁器时代未开化定居点上的罗马帝国……哈拉帕文明特征统一的产品可能源自某种中央集权政府体系下高度组织化社群的单一规则……哈拉帕文明体现出的可怕效率让人联想起罗马帝国最糟糕的部分。……一个人可以违心地去称赞无情的独裁主义统治的结果，就像他称赞罗马军队在行省进行的土木工程一样，而且同样毫无真心。[32]
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图11 莫蒂默·惠勒，1944—1948年任印度考古调查局局长，印度河文明最著名的发掘者
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对于“没有证据证明印度河文明发生暴力冲突和战争”的状况，惠勒并不接受，而是对支持战争曾发生过的证据进行重新解读；他认为文明不可避免地伴随着战争。例如，1944年他在哈拉帕见到主圆丘时，一眼就将其认定为保护城市免遭进攻的“堡垒”。刮去土丘表面浮土、露出砖线后，他感觉自己的预感得到了验证。在自传中，他骄傲地宣称：“几分钟的观察就彻底改变了印度河文明的社会特征，使其宗旨回归于可接受的、世俗性的社会宗旨。印度河文明资产阶级的自鸣得意已经烟消云散……取而代之的是彻头彻尾的穷兵黩武的帝国主义，在遗迹中露出它丑陋的真面目。”[33]在摩亨佐—达罗，惠勒认定，城市最晚期部分的街面上，散落着的几具未掩埋的尸体属于雅利安人大屠杀的受害者，雅利安人在公元前两千纪入侵正在衰退的印度和城市。“有旁证证明，[吠陀战神]因陀罗是被指控的”，惠勒这一著名的论断出现在他1946年的考古发掘报告中。[34]惠勒这两个引人注目的观点，以及他的其他看法，一直很有影响力，直到20世纪八九十年代最终被现在的考古学家们推翻。
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考古学家格雷戈里·波赛尔（Gregory Possehl）曾于2003年这样评价道：“惠勒—皮戈特范式颠覆了马歇尔的观点。在马歇尔看来，哈拉帕人是朴素、和平甚至可能有些无聊的商人市民，他们的信仰后来发展为印度诸多意识形态；但在惠勒—皮戈特体系中，他们是祭司王专横统治的受害者，这些君王对散布在广阔区域内的堡垒行使绝对权力，通过这些要塞维护他们自己和为自己权威辩护的神灵。”[35]
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惠勒在考古调查局局长任期内，恰逢1947年印巴分治，新的国境线从印度河文明东部地区穿过。分治带来的积极影响在于，受此激励，印度的考古学家们纷纷在印度境内寻找新的印度河文明遗址，例如古吉拉特（1954年发现洛塔尔遗址，1967年发现多拉维腊遗址）和恒河—阎牟那河东北地区（1958年发现阿拉姆吉普尔[36]遗址，1975年发现帕格万普尔[37]遗址）。1947年，仅有37个印度河文明遗址为人所知，今天这个数字已经超过了1000，而且遗址分布在一个相当广阔的区域内，印度和巴基斯坦都有。不那么好的影响则是，“巴基斯坦和印度分治为现代国家，同时也分割了学者群体，阻碍了两国在研究项目上的合作”，丽塔·赖特（Rita Wright）在她最近的印度河文明研究报告中这样写到。[38]比如，巴印双方各自独立地调查研究流经古娑罗室伐底河河道的河流，巴基斯坦研究哈克拉（Hakra）河而印度研究克格尔（Ghaggar）河[39]，到现在还没有达成明确的学术关联。更重要的是，至今为止，学者们仍未对印度河文明诸多分期的术语和年表达成共识，特别是印度河文明从早期到成熟期（城市文明）的转型，以及其衰落的过程。不过，对于印度河文明的衰落而言，还有一个原因导致了共识的缺乏：目前学术界普遍认为，印度河文明整体的发展，并不像马歇尔、惠勒和其他学者一开始认为的那么统一一致，毕竟他们当年只对哈拉帕和摩亨佐—达罗这两个主要城市进行了发掘。举例而言，1982—1995年，在苏拉什特拉的罗吉迪（Rojdi）遗址进行的考古发现显示，当位于文明中心区域的哈拉帕和摩亨佐—达罗开始衰落时，在文明更外围一些的区域，如古吉拉特还有东部地区，并没有同步发生衰落，这些地方在印度河文明晚期反而更为繁荣。
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在文明的断代问题上，答案相对清楚一些，学者们达成了共识，这主要归功于1949年在美国被发明出来的放射性碳定年法。20世纪50年代末，印度就已经有一所放射性碳实验室了，一开始建在孟买，后来转移到了艾哈迈达巴德。1964—1965年，摩亨佐—达罗接受了最后一次获得准许的考古发掘（因为盐碱化对遗址破坏太大）。那时，乔治·戴尔斯（George Dales）为放射性碳定年收集了第一批样本，但因为最早期的几个地层在水平面以下，他没能取样。自此，这项技术应用于所有能提供合适的待检有机物样本的印度河遗址考古发掘中。经过放射性碳检测断代，再结合改进后的美索不达米亚文明年表，“基本可以认为，印度河文明的核心城市大约在公元前2400年以前建成，并以某种形式一直存续到公元前18世纪”，惠勒在1968年版的著作中这样写道。[40]今天，学者们基本达成一致，认为印度河文明成熟期是从公元前2600年到公元前1900年。
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1947年以来发掘出的最重要的遗址当属俾路支省的梅赫尔格尔，因为它告诉人们，印度河文明的源头可能有多么古老。这个遗址位于印度河谷西边的波伦山口（Bolan Pass）附近，在摩亨佐—达罗以北不足200千米处。在1931年对摩亨佐—达罗的考古报告中，马歇尔以他具有极强洞察力的直觉这样陈述道：“几乎可以肯定的是，现在已经展露在世人面前的故事，一定可以在其他遗址中找到更为久远的前情，就在信德省和俾路支省无数亟待发掘的遗址中。”[41]马歇尔已经见证，斯坦因正是在受到摩亨佐—达罗最早的考古发现的启发后，于1927—1928年在俾路支省南部莫克兰的沙漠中发现了大量史前遗址。但惠勒正相反，他把俾路支省看成某种文化“死水潭”，与印度河谷截然断裂，“两个文化圈间没有任何关联”，考古学家让·弗朗索瓦·雅里热（Jean-François Jarrige）这样描述惠勒的观点，“[在惠勒看来，]出现摩亨佐—达罗和哈拉帕这样的城市，应当是一种自然发展出来的现象”。[42]
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