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在前文我们已经讨论过，当时人们在洪峰退去后的两个时节种植谷物，即冬季和露季，以及夏季和雨季（季风季）。有些地方土地肥沃，种子可以直接播撒；有些地方则需要先犁地。目前考古发掘并未出土犁具，但巴纳瓦里出土了一个陶制的犁玩具，瑙舍罗出土了黏土制的牛轭小模型，更有许许多多牛车的陶土模型，这些都证明了犁的存在。另外，考古学家们研究了家牛的遗骨，从中发现了非常典型的病理学特征，这些病征是拉车或犁地等体力劳动导致的。在卡利班甘发现了目前世界上最早的已犁田地，这块田地的遗址上反映出的犁地方法与当地现存的耕作方法颇为相似。人们先以较窄的宽度沿一个方向犁地，然后在垂直的方向上以较宽的宽度再犁一遍。现在，人们在窄犁沟中种硬皮豆（horsegram，学名Macrotyloma uniflorum），在宽犁沟中种芥末，而芥末正是印度河文明种植的农作物之一。不过，现在还没有证据能证明印度河文明时期，卡利班甘地区栽种的也是芥末。
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前文也提到了，印度河文明种植的作物多种多样。但是这些作物并不是在同一时间段被培育出来的。印度河文明成熟期的主要作物是小麦、大麦和豆类（pulses），即西亚系驯养作物，这些作物从西欧到印度河地区均有分布。到成熟期晚期，或者印度河文明末期时，人们种植了一些新作物——几种粟米，还有稻子。但古吉拉特地区的人们可能早已开始种植这些“新”作物了，其培育史甚至可以上溯到印度河文明成熟期刚开始的时候。粟米和稻子可以在洪水泛滥后种植，因此比小麦与大麦更能适应季风性气候。它们的种植改变了已有农耕区的作物产量，并开发出了新的耕地。
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据推测，粟原产自非洲，约公元前四千纪由阿拉伯人驯化。粟米通过阿曼与印度河文明的贸易通道，从阿拉伯半岛传播至印度河地区。今时今日，在印度次大陆，粟的印地—乌尔都语名称已是耳熟能详，如“jowar”（高粱，Sorghum bicolor）、“bajra”（珍珠稷，Pennisetum typhoideum）和“ragi”（龙爪稷，Eleusine coracana）。波赛尔这样写道：
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这些作物[粟]的重要性在于，它们是夏季作物，可以在西南季风地带丰产，而小麦和大麦是冬季作物，在季风地区并不高产。因此，粟可以让粮食作物实现一年双收甚至全年产出。对史前食物供给来说，粟即便不是举足轻重的，也是非常重要的。[4]
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如前文所述，印度河文明先民何时开始培育稻米是个更复杂的问题。许多关于印度河文明的书籍，包括马歇尔1931年的那本学术研究著作《摩亨佐—达罗与印度河文明》，都没有提到稻米，或者只是一笔带过，因为大家认为能证明印度河先民培育稻米的证据太微不足道了。一个使问题更加复杂的情况是，稻米原本就是南亚和东亚部分地区的原生物种，印度河流域和恒河河谷地区就包括在内；换句话说，在被人类驯化之前，它原本就生长在这片土地上。在古吉拉特、洛塔尔和伦格布尔（Rangpur），印度河文明的陶器里发现了烧焦的稻米壳，陶器上也留有稻米壳和叶子的痕迹。但是，从一些学术研究——至少是从内奥米·米勒（Naomi Miller）的研究结果看，这个事实并不能推定出稻米的驯化。米勒认为，这些“稻米”是野水稻，在这片草场上进食的牛群把它们吃下去，将稻谷壳和草叶通过粪便排出，当时的人们捡拾牛粪做燃料或做陶器的控温材料，才产生了陶器上的痕迹。
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图26 印度河谷的牛车
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稻米的驯化或许是在不止一个中心地完成的。麦金托什认为，遗传学证据显示，稻米的驯化地在亚洲至少有两个：“东亚的一种多年生野水稻产生了短粒的粳稻（japonica）种系”，而在南亚，“一种一年生的野水稻产生了长粒的籼稻（indica）种系，后来传播到了东南亚和中国”。[5]稻米在南亚的驯化可能早在公元前5000年就在恒河河谷开始了，恰克拉巴蒂认为，这一进程开始的“或许更早”，不过可以肯定的是，公元前三千纪人们已经在驯化稻米了。[6]然而，稻米在印度河谷内何时开始被驯化，这一进程又是否受到恒河河谷内统一进程的影响，还不是十分清楚。“尽管在哈拉帕，大米或许存在”——当地出土的陶器和砖块中发现了稻壳，“但总的来说，能证明印度河地区种植稻米作为粮食作物的证据是有限的”，麦金托什谨慎地写道。[7]可以想象，稻米驯化的开端，是先民将野水稻种子播撒到印度河洪水退去后在河谷低地处产生的湿地上，而不像今天的大米种植者那样，可以利用门杰尔（Manchar）人工湖边因蓄水变化产生的湿地，这个人工湖坐落于印度河以西，是20世纪30年代苏库尔水坝（Sukkur Barrage）建成后形成的。无论稻米的驯化是如何开始的，印度河文明成熟期末期，约公元前2000年或更晚，胡拉斯（Hulas）出现了籼稻种系最早的、不可置疑的育成品种。胡拉斯位于恒河—阎牟那河地区，是印度河文明的一个东部定居点。
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图27 这枚印章出土于摩亨佐—达罗，由皂石制成，上绘有瘤牛的形象
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印度河文明时期，有数量繁多、品类丰富的各种动物，这一点可以从印章图案、陶器上的绘画、陶土小模型以及骨头化石看出。出现在印章图案上的真实物种有瘤牛（Bos indicus）、家牛（Bos taurus）、水牛（Bubalus bubalis）、印度野牛（Bos gaurus）、印度独角犀（Rhinoceros unicornis）、老虎（Panthera tigris）、亚洲象（Elephas maximus）及以鱼类为主食的恒河鳄（Gavialis gangeticus）。没有出现在印章图案中，但却在其他艺术形式中出现的真实动物包括熊、狗、兔、猴、鹦鹉、孔雀、猪、公绵羊（ram）、松鼠等，还有一些鸟类，但因为绘制太过粗糙，难以辨认其具体种类。举例来说，摩亨佐—达罗出土了一件陶制鸟模型，尾巴长且大张，眼部以椭球形表示，这可能是一只孔雀，而在强胡—达罗的陶器上，它就被画得相当简单。（楔形文字文献记录称，美卢哈盛产“haia鸟”，这种鸟的叫声“可以充满整个皇宫”，或许就是指孔雀。）令人惊讶的是，山羊几乎没有出现，不过它的野生形态——野山羊和捻角山羊都出现了，引人注目的羊角相抵互斗。完全没有出现在印章中、也没有出现在任何其他艺术形式中的动物是马和骆驼。有一种长有独角的、让人摸不着头脑的动物频繁出现在印章上（摩亨佐—达罗超过60%的印章和哈拉帕大约46%的印章上都有这种动物），同时这种动物的小陶像也有出土（哈拉帕、摩亨佐—达罗和强胡—达罗都有）。学者普遍将其称为“独角兽”，古希腊作家认为这是源自印度传说中的一种生物；它的动物学“原型”受到广泛争议——如果确实有这样一个“原型动物”存在的话。在马歇尔看来，出现这种动物的印章并不怎么写实，可能说明“独角兽”是一种并不真实存在的神话生物。
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毫无疑问，牛、山羊、绵羊和狗早已被驯化。牛——这里所说的“牛”包括瘤牛、家牛和水牛——是最重要的家养动物。印度河文明出土的牛陶像中，牛背上的隆起[8]和牛头上的角区分了不同的品种，克诺耶基于这些小陶像的特点和当前印度河地区牛的分布，这样写道：“这些迥然不同的牛类适应不同的栖息地，或许被印度河先民以不同的方式利用。”他进一步解释说：
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现在在泛印度河谷地区发现的几个品种，都经历了人工选育和环境适应，而这两个进程可能在印度河文明进入城市阶段时，甚至比这还要早的时候，就已经开始了。在中部平原发现的牛都有较大的背部隆起和中等长度的角，而古吉拉特地区和信德部分地区发现的牛，背部隆起更小，角也是相对扁而宽的。这两套不同的特征都适应于当地的高温，且它们迟缓的步态在拉犁和拉牛车时反而很有用。在山麓和高地地区发现的牛普遍角小、无背瘤，并有一系列杂交种，这让它们可以方便地在多石的山地斜坡上取食。它们很适应山地环境，因此很有可能被当作有用的驮兽。平均每个驮夫可以在山地上运输20公斤的货物，而这些牛能运送的货物要多得多。[9]
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相比之下，水牛就更适应河流附近的湿地环境。它们皮肤相对无毛，需要时常在泥地里摸爬滚打。尽管水牛也可能被用来拉车和犁地，但它们更可能用来产奶，拉维河附近的一片区域现在就是这样的农业生产方式，而这片区域离哈拉帕并不远。萨希瓦尔（Sahiwal）的水牛品种久负盛名，就是因为那里的水牛产出的牛奶中，脂肪含量比一般的牛所产的高得多。或许萨希瓦尔水牛在古哈拉帕时期也很有名。
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在诸多遗址地点都出土了山羊（Capra hircus）和绵羊（Ovis aries）的遗骨，清晰地证明了这两个物种已被驯化。在哈拉帕，山羊的遗骸相对较少，而绵羊的遗骸非常丰富。克诺耶认为，这些绵羊骸骨尺寸较大，说明当时的人们是为了获得羊肉和羊毛而饲养它们的。然而，能够直接证明印度河流域先民养羊取毛的证据并不充足。例如，在前文提到的已腐化的织物遗存中，没有检测到羊毛；印度河文明中也不像美索不达米亚文明那样，有对长着长毛的绵羊以及羊毛织物的描绘；也没有发现毛梳（用于从山羊和绵羊身上获取羊毛）或纺锤（用于纺织羊毛）一类的器具，这些器具在欧洲则有出土。此外，巴拉科特（Balakot）是印度河文明沿海定居点之一，这里也出土了绵羊遗骸。在分析过这些绵羊骨头之后，人们发现，公绵羊往往长不到生产羊毛的最佳年龄，就被早早宰杀了。也许印度河文明的先民们确实使用了羊毛，但更倾向于从美索不达米亚进口，而不是在本地生产。
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图28 哈拉帕出土的陶制狗塑像，脖子上戴着项圈。这暗示了狗的驯化
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狗（Canis familiaris）在印度河文明的家庭生活中极为常见，这一点可以从考古发现的遗骸和图像中得到证实。在摩亨佐—达罗的一所房屋中，出土了一副狗骨架。研究过这幅骨架后，动物学家们这样说：“现在，在印度的每个村庄里，都家养或散养犬只，这种狗也在遗址周围生活着。出土的遗骨与这一犬种的骨骼并无二致。”[10]1931年马歇尔的考古报告中记录了这个结论。在出土的小雕像和小塑像中，狗常常戴着项圈；其中，有一只很明显是宠物狗，另一只则是做乞讨动作的表演犬，另有一只斗犬，还有一只似乎是猎犬——它的嘴里叼着一只猎物。也许，印度河文明的猎人们捕捉、训练，甚至曾经出口野生的红狗（red dog），因为在楔形文字中，提到了美卢哈来的“斑点狗”或“红狗”。在出土文物中，有一块强胡—达罗的砖块，当它被放在阳光下晒干时，一只狗追着一只猫跑过，在上面留下了一串脚印，这些脚印随砖块保留至今。不过，现在还不能确定，猫是否也像狗那样被驯化了。
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印度河流域的先民猎杀大象以获取肉和象牙，这几乎是板上钉钉的结论。他们把获得的象牙雕刻成装饰品、赌博用品以及镶嵌物。在出土印章和其他图像中，大象的形象基本不与人类骑手一同出现。这也许说明，当时的人们并未将大象用于重劳动——与我们所熟悉的历史上的印度正相反。不过，有一枚印章上的大象背上有一块布料，可能是一种披挂。在哈拉帕出土了一个栩栩如生的陶象头，可能是一个玩具或者陶偶。这个象头上残留着颜料的痕迹，红色和白色的条纹横贯大象脸部。这种装饰不禁让人联想到印度现存的传统，在节日场合或宗教仪式上，人们也会给大象脸上画纹饰。因此，印度河文明也可能已经驯化了大象。
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图29 哈拉帕出土的一个陶制象头。在这个象头的脸部有彩色颜料的痕迹，令人联想到当代南亚地区在大象脸上涂色的习俗
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大多数考古学家认为，旁遮普地区是印度次大陆最早驯化马（Equus caballus）的地方，时间在公元前1700—前1500年，有确凿的考古证据支持，不过这个时间比印度河文明消失的时间还要晚。而一小部分研究者力争，马在印度河文明成熟期就已经存在了。这部分研究者大多来自印度，其中就包括恰克拉巴蒂和S.P.笈多（S. P. Gupta）。对印度教民族主义者而言，马的驯化具有政治意涵。因此，对于印度次大陆居民到底什么时候驯化了马匹，各方争论不休。印度河文明成熟期没有出现马的明确图像，不过如果出土了马的骨头，也能让人信服。梅多对出土的马科动物遗骸进行了详细研究，他认为，这些来自印度河文明成熟期或更早时代的骨头，最可能是中亚野驴的而不是马的。中亚野驴又叫蒙古野驴[11]，对于非专业人士来说，长得很像现在的驴子。中亚野驴是生活在南亚北部的本土物种，但马[12]的祖先是普氏野马（Equus przewalskii），生活在乌克兰到蒙古的草原地带。麦金托什指出：“从形态上讲，[中亚野驴和普氏野马]这两个物种很相似，通常很难区分它们的骨头。”[13]
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现在，我们对印度河文明可以利用的植物和动物有了一个大致的概念。当时的人们如何食用这些动植物呢？很可惜，这方面的证据相当稀少。举例来说，遗址中发现了少量古蔬菜的遗存，但就像克诺耶说的那样，“没什么精心烹饪的痕迹保留下来”。因此，要重现印度河文明的食谱，就只能依赖于已知的当时城市菜市场中可能有的食物种类，以及原产于印度次大陆的蔬菜、水果、坚果、蜂蜜等的相关知识。