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除了中央与地区政治力量、种族分离主义的斗争外，宗教教派间的冲突是另一个积重难返的社会政治问题。始于20世纪80年代中期的印度教与伊斯兰教的寺庙圣地之争，在拉奥政府时期达到狂热化并演化为大规模的教派流血冲突。1992年12月6日，在印度人民党及世界印度教大会的鼓动下，50余万印度教教徒涌向阿约迪亚，在巴布里清真寺外集会。成千上万的狂热分子冲入清真寺内，将有着400多年历史的清真寺拆毁，并在原址修起一座临时性的罗摩庙。护寺的穆斯林奋起反抗，200余人在冲突中丧生。
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毁寺当晚，拉奥发表电视讲话，呼吁人民保持冷静，重申政府坚持世俗主义的国策。此后政府宣布禁止世界印度教大会、国民志愿服务团以及与之对立的伊斯兰教志愿服务团等宗教社团的活动。联邦政府派军进驻阿约迪亚，并表示重建巴布里清真寺和修建罗摩神庙。
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尽管如此，毁寺（庙）事件仍然引发了全国性的教派冲突，一周之 内造成了1000多人死亡。1993年1月4日，孟买又一次发生了袭击穆斯林的教派动乱，致使500余人丧生。这是印巴分治后规模最大的一次印度教与伊斯兰教的教派流血冲突，先后约有3000多人死亡，近6000人受伤，其中三分之二是穆斯林。拉奥政府对整个骚乱局势的应对无力，饱受各方的批评。
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巴布里清真寺被毁事件
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拉奥政府后的十余年里，中印关系总体上和平与安宁，并不断朝着友善与合作的方向发展。1996年11月，江泽民主席对印度进行国事访问。28日江泽民在夏尔马总统举行的欢迎宴会上，引用“欲穷千里目，更上一层楼”来期待两国今后的友好进程。两国在新德里签署了《关于在中印边境实际控制线地区军事领域建立信任措施的协定》等四项协议，将双方的关系推到一个新的高潮。作为访问的丰硕成果，双方共同确立在和平共处五项原则的基础上，建立面向21世纪的建设性合作伙伴关系。
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1998年的“中国威胁论”，虽使中印关系出现倒退，但两国领导人随后都不懈努力，修复了关系。1999年2月，中印外交官在北京会谈，确认双方互不构成威胁。6月，印度外长贾斯万特·辛格访华，双方确 认中印关系发展的前提是互不视对方为威胁，并且愿意一起努力推动双边关系继续恢复和改善。2000年5月印度总统纳拉亚南访华，2001年1月李鹏委员长访印，达到了增进了解、发展友谊和加强合作的目的，进一步推动了“中印睦邻友好关系在新的世纪持续、健康、稳定地向前发展”。2002年1月朱镕基总理访印，双方就进一步加强经贸、科技、文化等领域的合作达成广泛共识，并签署了包括旅游、科技、水利、空间等领域进行合作的六个文件。2003年6月，瓦杰帕伊总理访问中国，这是印度总理十年来首次访华，胡锦涛、江泽民、吴邦国、温家宝、曾庆红分别会见了瓦杰帕伊。胡锦涛表示，中印双方应为两国关系的长远发展打好基础，使中印睦邻友好世代相传。瓦杰帕伊则重申：“如果占世界人口三分之一的中国和印度建立起稳定而持久的关系，21世纪将是亚洲的世纪。”两国总理进行了会谈，温家宝对双边关系的发展提出了扩大交往、拓展合作、加强协调和维护友好关系等四方面的具体建议。尔后，双方签署了《中印关系原则和全面合作的宣言》（简称《宣言》），确定了发展“长期、稳定和建设性合作伙伴关系”，即“建立新型国家关系”。在《宣言》中，印度政府首次明确承认西藏自治区是中国领土的一部分。两国还签署了科技、海洋、司法、教育、文化、能源、签证、边境贸易等领域的10个合作文件，标志着两国关系进入全面发展的新阶段。
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拉奥政府后的十余年里，中印贸易发展迅速。截至2004年上半年，印度在华投资共101个项目，中国在印度投资15个项目。
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自1988年12月拉吉夫·甘地总理访华以来，双方一直在努力寻求彼此都能接受的解决边境问题的办法，并同意建立有关解决世界问题的副外长级联合工作组。至2005年上半年，联合工作组已举行了15轮会谈。2003年6月瓦杰帕伊访华，双方重申通过平等协商，寻求公正合理的解决边界问题的方案。双方同意各自任命特别代表，从两国关系大局的政治角度出发，探讨解决边界问题的指导原则。2003年和2004年 间，双方特别代表已四次会晤，商讨和交换了相互的意见。2005年4月10日，中国特别代表、外交部副部长戴秉国与印方特别代表、国家安全顾问纳拉亚南在新德里举行第五次会晤，双方就《解决中印边界问题政治指导原则的协定》达成一致，4月11日正式签署。双方同意的解决边界问题的政治指导原则共有11项。主要为：通过和平友好方式协商解决边界问题，互不使用武力或以武力相威胁。
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一本书读懂印度历史 [:1706584593]
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一本书读懂印度历史 和平交往政策
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自拉吉夫·甘地执政以来，印度各届政府大多把发展经济作为首要任务，这就要求外交政策为之服务。拉·甘地适时调整，更多以经济外交和全方位外交的姿态活跃在国际舞台上。拉奥政府沿承了这一外交政策的基调，并根据世界局势变化，做出了一些新的调整，如经济外交的成分增加，政治外交更多地起辅助作用。1991年12月20日，拉奥在议会做报告，解释外交政策的重点是创造对印度有利的国际经济环境。鉴于西方集团强大的经济实力和贸易权重，印度有意识地加强与美国、与西方国家的关系并逐渐使之上升到重要位置。
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印美关系日趋密切，这是世界新形势下，双方共同的政治、经济、军事的利益决定的。印度在区域内首屈一指的实力，更为稳定的政局以及印美同为民主政体的潜意识作用，使美国意识到加强与印度的关系更有价值。为了自身经济的发展以及在国际事务中争得发言权，印度转而增强与美国的关系，这是必然的选择。两国在经济和贸易上合作的前景也十分广阔。海湾战争后，美国削减了在印度洋的军事力量，并打算逐步扶植印度来填补空白。而拉奥政府更希望从美国得到高科技的武器和军事设备。
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但是，当印度认为牵涉到民族尊严和利益、牵涉到独立自主的原则 时，仍然不予让步。例如，印度发展核武器的计划就是印美关系进一步密切的一大障碍。美国先后提出并施压印度放弃核计划的“五国磋商”及“九国磋商”建议，但遭到印度明确拒绝。尤其是1993年印度向俄罗斯购买低温制冷火箭技术，招致美国制裁，双方关系一度低落。1994年克林顿政府调整政策，从施压印度放弃核计划，改为督促印度保持核克制，并且将核武器扩散与发展两国关系脱钩，双方经贸关系才得以再次发展。
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拉奥政府时期，印度与欧洲共同体的经济和贸易关系上了一个新台阶。拉奥为从欧盟吸引投资、发展经贸和技术合作，1991年分别出访德国、法国和西班牙，宣传印度宽松的贸易政策和日益改善的投资环境。1993年12月20日，印度与欧共体签署第三代全面合作协定，加强和深化在各个领域的合作。
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印苏关系原本一直密切，但苏联解体以及俄罗斯一度自顾不暇，印俄关系趋于冷落。1993年1月28日，俄罗斯总统叶利钦访问印度，重启两国合作进程，此后双方友好关系进入恢复和发展时期。
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印度和巴基斯坦的关系仍然时好时坏。1991年初两国《互不攻击核设施》协议生效，1992年双方按协议交换了核装置和核设施的现况。1993年印控克什米尔局势不稳时，双方关系也一度紧张。此后核武器竞争的新因素，又让两国关系面临新的考验。至于南亚区域经济合作方面，总体进展顺利，1993年南盟七国签署了《优惠贸易协定》（简称《协定》），通过减少贸易壁垒，促进各国间贸易发展。《协定》在1995年12月正式实施，同时南盟又提出了更远大的区域合作目标，即2005年前建立南亚自由贸易区。
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直至2001年7月中旬，巴基斯坦总统穆沙拉夫与瓦杰帕伊举行了阿格拉会晤，两年以来两国的僵持对立才有突破。但由于双方的分歧太大，这次会谈没有产生具体的结果。
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两个月后“9·11”事件发生，美国出兵阿富汗，南亚局势直接受 到影响。印度意图把克什米尔地区的不安定与恐怖主义联系起来，借国际反恐的气势，一举击垮巴基斯坦。10月1日印控克什米尔邦议会发生爆炸，造成38人死，60余人伤，印度声称此案是巴境内恐怖组织所为，理应炮击巴境内恐怖武装分子的营地。同年12月13日，印度议会大楼遭恐怖分子枪击，印政府指责这是巴情报局支持的伊斯兰教极端组织“真主军”和“先知军”所为，要求巴政府取缔这些组织并将犯罪嫌疑分子交印度处理。双方关系急剧恶化，相互采取外交上的一些惩罚性措施，如印度召回驻巴大使，中断两国间的陆路与空中的交通，驱逐一名巴基斯坦驻印外交官等。巴也做了类似的报复。军事上双方在克什米尔实际控制线陈兵百万。最后在国际社会的斡旋下，双方分别撤兵。
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2002年2月，印度古吉拉特邦的大规模教派流血冲突，又一次引起双方互相指责，印度内政部长阿德瓦尼谴责巴基斯坦是幕后策划者，巴反驳印度是一派胡言。
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2003年，印巴双方都主动而谨慎地做出和解姿态。瓦杰帕伊发表向巴伸出“友谊之手”的讲话。4月28日印巴政府首脑互通热线电话，巴方主动向瓦杰帕伊发出访问邀请，印度总理认为时机尚未成熟，以委婉的解释而未接受邀请，但大谈恢复双边经贸合作，恢复民航运输的意愿，以及阻止“越境恐怖主义”问题。5月2日，瓦杰帕伊宣布恢复两国大使级外交关系，终使双方关系正常化。
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2004年1月，瓦杰帕伊到巴基斯坦出席第十二届南亚区域合作联盟首脑会议时，与巴总统穆沙拉夫进行了会谈。瓦杰帕伊对两国关系保持乐观态度：“我认为我们不会再发生战争了，和平将在两国之间永存。”瓦杰帕伊提出新的看法，认为印巴和平进程的最大障碍不是克什米尔问题，而是缺乏信任和互相猜疑。一旦两国恢复互动，增进贸易往来，感受到和平共处带来的利益，那么就可以找到每一个问题的解决方法。会晤后，两国发表了联合声明，印巴关系出现了前所未有的好转。
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印度和孟加拉国的关系出现摇摆状况。2004年4月，两国发生了 边界纠纷，甚至出现严重的边境冲突，双方武装人员又一次在边境交火。两国在20世纪70年代的密切关系已难再现。
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