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按照升序，权利最高的是庄园的庇护人。权利的增加有几个途径。他有可能是从朝廷获得赠地的身居高位的要人，也有可能是开垦土地或者从他人手里夺得土地的地方权贵。但是在所有典型的事例中，庇护人都是土地所有者，有别于管理者和耕种者。他拥有主要的权利，但未必是最有价值的。在他从权利中获益之前，这块土地可能已经经过了多层委托，每一层都产生了一个或多个“职”，当所有“职”的权益得到满足之后，留给他的不过是象征性的份额。此外，在动荡不安的年代，甚至他以及其他权利较低的土地所有者可能都会依靠大将军等其他强大庇护者的保护，所以可能会产生新的权利或利益。
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“职”不仅数量多、种类多，而且为了酬劳可以再做细分，也可以凭遗嘱转让；此外，因为日本的长子继承制发展缓慢，所以所有者倾向于将“职”分给子女；所有者死后，“职”或者“职”的一部分可以传给其女儿，然后就变成了其女儿夫家的世袭权利。因此，随着家族的分流，这些权利不断分化、组合，权利的数量增多，复杂程度增加。
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尽管这种围绕土地的权利和职责相互交织、错综复杂，但是也有一定的灵活性。从其中一方面来看，“职”看起来像是一种兑换媒介。它的流通性质及可以以主要作物来准确计算其价值的事实让它在一个货币经济遥不可及的时代在某种意义上有了货币的特征。此外，因为“职”可以细分、转让，在很多情况下可以远距离享有，所以所有权的有效变换可以在不破坏庄园生产平衡、不影响实际耕种者使用权的情况下进行。的确，这个体系独有的一个特征是权利是自下而上而非自上而下发展来的。典型的私家武士是与土地联系在一起的，耕农也同样和土地联系在一起，较低等级的武士与较高等级的耕农之间几乎没有区别。他的军事领主并未将领地切割出一部分作为对其服侍的回报，不过领主承认并保护他的既有权利，这是他身为家臣的酬劳。他的职位并非专门的军事职位，尽管他是领主的家臣，但是他往往还是对另一个人负责的佃户，甚至还是对作为主要领主的平民政府负责的佃户。
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在利益攸关的紧要关头，源赖朝为了巩固自己的地位，必须寻找某种方式控制这些利益，让它们于自己有利的同时又不冒犯这些利益的所有者。他在镰仓设立幕府预示着行政体系变化的来临，在这一点上可与645年的大化改新相提并论。但是大化改新是基于一种理论并且是作为一个计划实施的，而源赖朝的举措则主要是经验主义的。他没有试图取代或者推翻现有的机制，而是辅以自己首创的机构，以在察觉到自我需求的时候满足它们。他在大江广元的辅佐下，在适宜的令制国任命军事管理者即总追捕使（sō-tsuibu-shi）或守护（shu-go）（即地方治安官），并且在众多私有或公有领地中指定名为“地头”（ji-tō，即庄园总管）的职官。
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战场上的封建武士。头盔上有金色的羽冠，盔甲上有纹章，里衣是银布所制。源自镰仓时代的一幅绘卷
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他的举措独有的特点是这些职位并非新的，但是身居其位的职官的职责却有了新的变化。他本人成为首席治安官（Con-stable-General）兼首席总管（Steward-General），因此位居所有治安官和总管之上，而且这些人都是他的近臣。他即兴设置了这些职位，意在扩大自己在无法直接掌控的地域的影响力。因为封建体制尚不健全，所以像这样的、无法直接掌控的地域非常辽阔。全国上下居住着在本地地位牢固且享有私权的武士，同时很多地区还残留着很多国家权力机构。当这些人的利益与他的利益对立的时候，他有必要予以调和或遏制。因此，守护与身居高位的总追捕使保持一致，共同主管各令制国的军务和警务，并且他们在各自所辖范围内的权力在所有直接隶属于源赖朝的封臣之上。他们的职责包括：为皇家近卫征兵；镇压反叛者；逮捕暴力犯罪者。但是在实践中，在镰仓幕府的纵容与鼓励下，他们还取得了其他很多特权。
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在源赖朝的一位武将带着一千铁骑到京都去强调源赖朝的请求时，朝廷才极不情愿地授予他任命总管的权力。源赖朝给出设立这些职位的理由是：为了保护天皇不受叛乱者的搅扰、维持各令制国的秩序，总追捕使必须有任他调遣的有效率的军队，因此要在各地区设置总管，为军队征税。这种税被称为“兵粮米”（hyōrō-mai），税额固定为每畈地5升米，相当于总收成的1/50。“兵粮米”的征收对象不是耕种者而是领主。鉴于征税所得会用于大众利益，所以所有耕作土地不论私有或公有都是纳税土地。这是革命性的一步，因为它意味着日本从此不存在完全免税的庄园。那些没有与源氏结盟的庄园所有者惊慌失措。宫廷贵族一想到他们宝贵的税收豁免权会被总管破坏就非常恐慌。他们的领地因治安官的侵扰而受到威胁，1186年早期发生了一次地震，都城把这次地震当作镰仓幕府即将吞并他们土地的征兆。至少在起初的时候，源赖朝注意到了这种反对，所以他在一些地区没有任命总管或者取消了任命。不过这个体系虽然因时因地有所调整，但整体上还是被广泛推行。治安官和总管走马上任，履行职责。
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日本系统的封建制度取代官僚体制经历了很长的一个过程，而这些职位的设立就是第一个阶段。这个过程之所以很长，是因为虽然旧的官僚机构已然腐朽，但是新的体制还很虚弱，需要经过内战的考验和训练才能成熟起来。公共权威被削弱，个人权力增加，总体上和民间力量或军事力量一样强大，并且一旦发生公开的冲突，这些个人会从继而发生的混乱之中脱颖而出，成为拥有最高权力的人。源赖朝手下博学多识的顾问意识到他必须谨慎行事，并且他们所奉行的政策不能直接损害反对者的利益，而是要通过增加自身利益以相对地削弱他人的利益。总管权力的逐渐增加描绘了这一过程，我们可以将这一过程描述为使用楔子而非斧子的过程。他们向其辖下的庄园征税或征收其他费用，（在按照一个不断上升的比例扣掉属于自己的收入）后将所征收的税费上交地方官员或（那些享受税费豁免的）庄园的所有者。在这些方面，他们取代了中央政府官员，同时作为回馈，他们有义务为幕府提供军事服务。这种提供军事服务的能力让他们成为源氏的助力、其他利益方的威胁。每一位总管都可以指挥一定数量的武士、本家族成员或者本地侍从，这样一来在每一个有总管驻扎的庄园，源氏都有一支忠诚的驻防军队。总管征税的权力加上军事实力让他在所在地区处于支配地位；这一支配地位是如此居高临下，事实上后来一些身处离镰仓较远的地方的总管也获得了丰富的土地和人力，他们自身变成了军事独裁者的劲敌。随着时间的推移，总管在地方的影响力扩大，继而被赋予更多职责。名为《吾妻镜》［Adzuma Kagami，又名《东鉴》（The Mirror of the East）］的编年史及其他记载表明，到1200年的时候，他们收到指示或自愿决定开垦荒地、监管道路和驿站、逮捕犯罪者、裁决诉讼。那些有从事海岸贸易港口的庄园的总管或许还和中国和朝鲜有往来。他们活动范围的扩大侵蚀了中央政府的权威，削弱了那些并非源氏封臣的大土地所有者的影响力。总管的权力在有些情况下会和治安官的权力冲突，所以一般两个本应互补的职位之间会有竞争。这两种职位后来都演化为可以细分、可以转让的“职”。它们因此有了世袭的特性，但是因为总管的权力明确且有地方性，所以要比治安官更加宽泛且不那么明确的权力更容易细分。继承总管权力的甚至可以是女人。因为这些以及其他原因，长期来看，治安官要胜过总管，在接下来的几个世纪里治安官逐渐发展为大的封建贵族，而总管则变成较小的地方贵族、普通的土地所有者和小乡绅。也有一些例外，那就是总管的影响力与治安官相当，因为尽管总管管理的土地只有十几英亩，但是也有少数总管的辖区像令制国一样辽阔。所以地籍调查中记载的丹波和丹后面积在50英亩到500英亩之间的庄园共1200个，而萨摩、大隅、日向都有面积在1000英亩以上的庄园，也有掌管多个面积如此广大的庄园的总管。既如此，我们从登记册中摘录一段如下。1197年，仅萨摩国总管（地头）右卫门兵卫尉（Uemon Hyōe no Jō）就掌管着18个庄园，总面积为4300英亩，大片土地划分如下：
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公有领地—理论上属于国家的土地，但是承载了过多的“职”，实际上相当于私有庄园。
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征用领地—曾经属于平氏或源氏其他对手的领地。
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佛寺、神社领地—右卫门尉代宗教机构主管的土地。
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名田（myōden）—一般指带有一些原耕种者名讳的、委托给庄园管理后被其吞并的土地。
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兵卫尉是忠久（Tadahisa）的宫廷头衔，忠久是萨摩国有名的贵族岛津氏的先祖。在随后的封建时期，岛津氏对最强大的将军构成威胁。他不仅是这个大庄园的总管，还是一位家臣，他替这个庄园的庇护者—一位藤原氏的贵族代为管理。他还是一位押领使（ōryōshi，英文为Police Commissioner），同时也是岛津庄园所在的三个令制国的治安官。忠久作为押领使听命于九州的总押领使，但是作为三个令制国的治安官，他可以凌驾于总押领使之上，阻止总押领使的部下进犯他的庄园。这显示了那个时代混乱的机制。他的宫廷位阶赋予他名义上的对近卫的指挥权，但是没有镰仓幕府的许可，即便有天皇的诏令他也无法亲临朝中。各地的局势虽然程度有别，但性质无异，都很反常。不过我们无须停下来予以探究，因为我们已经有足够多的了解，这些了解表明围绕土地、军事服务和纳税义务的权利和职责体系是如此复杂，只有不断地予以调整才能保持微妙的平衡。这是幕府的职能，13世纪镰仓幕府建立了完整的行政机构和司法体制，前者制定并执行政策，后者裁决纠纷。我们无须细细予以描述，不过要注意到这个体系与被它替换的官僚体制形成强烈对比。大化改新的改革者试图让现实适应他们的规划，而源赖朝的顾问则让他们的规划适应现实。所以，镰仓的中央管理机构尽管在很多方面变化不定，但是依旧有效运转了好几代人的时间。当时镰仓幕府主要有三大重要机构：军事机构、行政机构和司法机构。其中，第一个机构侍所（Samurai-dokoro）是一种惩戒性的裁决机构，除了追捕犯罪者外，它还处理武士阶层的事务。它决定升降、奖惩，分配军事任务，一般还会监管源氏家臣的行为。它所做的决定促进了武士阶层道德准则的形成，其决定也体现在这些准则之中。政所（Man-dokoro）是一个行政机关，由一位别当和几位顾问组成，其中有像我们在前文中提到的大江氏那样的世代从政的有能之士。问注所（Monchū-jo）是一个司法机构、诉讼法庭，对那些总管、治安官或将军代表无法处理的地方诉讼做出最终裁决。鉴于庄园制带来的多种多样的权利和义务以及混乱的管辖权，日本自然会出现这种机构。
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这三个机构与幕府的其他大多数机构一样，并非源赖朝专门新设的，而是现存机构的延伸。侍所模仿了藤原氏摄政为控制其军事上的拥护者而建立的一个类似机构；政所复制了摄政和其他大领主为管理各自领地而设立的机构的名称和性质；而问注所在本质上与检非违使后来的司法发展类似，也与私家庄园法庭的性质类似，私家庄园法庭负责裁决享受豁免的庄园内部税收权和土地所有权纠纷。因此，这三个机构起初并非官方机构，它们成为公共机构是因为源氏权益涉及范围广泛。这些机构的重要性在13世纪先升后降，其他偶然出现的机构超越了它们。但是这三个机构基本上得以保留下来，随着它们的发展和影响力的扩大，君主的中央集权逐渐被镰仓幕府的封建权威取代。中央和地方的执行权分别掌握在治安官和总管手中，官僚政体只剩下部分残留。
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镰仓幕府的一个突出特征或许是最高法庭迅速、公正的司法，这在早年间尤为突出。毫无疑问，源赖朝意识到家臣之间普遍存在的不满于他不利，所以他急于让他们学会依赖自己的公正，但这并不是他唯一的动机。武士阶层在经历了内战的进退之后，产生了一种强烈的共同责任感，这一点体现在他们的族法当中；镰仓幕府的法典本质上是大规模适用的族法，其内容涉及众家臣的权利、对彼此的义务以及对其大领主的义务。所以我们在研究幕府法庭的裁决时会发现，幕府法庭很少会为了大领主的利益而牺牲其家臣即诉讼当事人的合理诉求。它们严肃、实事求是，受阶层情感的影响，尽管其理念既狭隘又片面，但是在很多方面它们开明得令人诧异。它们仔细查验证据，谨慎地遵循并记录判例，它们极其重视书面证据。在这个以剑为主的文化中，笔的重要地位引人关注。在司法程序中，口头辩论只占一小部分。诉讼人递交书面诉状，围绕地产和服务达成的协议常常通过起草的特许状、契据、协定来体现。象征性的效忠仪式和授权仪式很少见，取而代之的是书面宣誓和授权。做好一个大庄园的记录和账目需要有相当高的读写能力，所以庄园的发展促进了学问在各令制国的传播。很多封建贵族几乎没什么学问，但是他们的府邸住着很多能写善记的有学问的人。现存的一些封建文档可追溯至13世纪，这些文档中的精美书法可以证明这一点。[3]
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日本早期封建司法的这些特点无疑是受到了从中国借用来的法典的很多影响。这些法典在使用了500年之后已经发生彻底的变化并且失去了影响力，但是它遗留下对书面授权证明的尊重和对专门人才的依赖，从在奈良的大学讲学的明法博士（myōhō-hakase）到大江、三善[4]（Miyoshi）、中原[5]（Nakahara）等有时与源赖朝本人或其身居至高位的代理人同坐的博学多识的顾问，好几代官方学者小心地维系着这个传统。
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一位担任旗手（hatasashi or Bannerman）的封建武士，取自镰仓时代的一幅绘卷
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豪族的族法极大地影响了日本制度的发展，通过对这些族法进行研究，我们可以看到这样一个有趣的事实，即日本的封建制度逐渐发展出的一些突出特征可以追溯到早期的家长制，而另一些特征则显示出中国政治理论的影响。我们已经看到，尽管日本人做出种种改变社会结构的努力，但是氏族情感一再彰显，并通过一个又一个强大的氏族的崛起表现出来，这些氏族崛起时常常会作为独立自主的单元。即便是日本改良的外来法典也允许高位贵族享受相当程度的独立，供养家族内由公职人员、护卫、仆人组成的一般的等级体系。随着土地的增加，他们对居住在其庄园内的人员及其地产享有近乎完全的支配权，包括惩治的权力。
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一些土地占有形式甚至还赋予了占有者不让公职人员进入的自由。随着这些自治单元的扩大，每一个单元都发展出了习惯法以管理其成员之间的关系。这些习惯法约定了氏族成员的义务、婚嫁事宜、继承权和祖传的仪式，总之它们构成并保留了一个家族的行为传统。武士家族的族法就是在这种习惯法的影响下产生的。举例来讲，那些约束源氏武士对其氏族首领行为的法典和藤原氏及其依赖者所遵循的行为指南属于同一类。所以，我们可以说，起初日本领主和家臣之间的封建关系受到封建时期之前甚至史前时期的家长制的影响。那些使武士阶层处于显要地位的战争自然会强调 将领与属下之间的关系的军事层面。不过在幕府建立之后，很长一段时间内领主和家臣之间的关系更多地带有某种家族忠诚的性质，而不是契约责任的性质。随着源氏权力的扩大，他们获得了本氏族以外的他人的支持，当然他们得为新的家臣提供一些物质回报。不过就连源赖朝先前的对手都受邀成为其“家人”，并借此和他建立了一种近似于亲属关系的联系。
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尽管我们不能愚蠢地认为封建政体的存续靠的是抽象的忠诚而不是具体利益，但是在理想情况下我们可以说忠诚是排在前面的。理论上家臣服侍侍主只是因为他是自己的侍主，他并没有要求得到庇护或奖赏，尽管在理性上他是希望得到的。因此，身为源氏忠臣的佐佐木定纲（Sasaki Sadatsuna）及其先祖曾为源氏英勇征战、受苦受难，他在给儿子的训示中如是说：“武士的职责是像僧侣一样遵规守诫，是通过保护主君来保护国家。不管他只有一丁点儿的土地还是掌管着上千英亩的土地，他的忠诚都是一样的。他不能把生命看成是自己的，而要把它献给侍主。”一位侍主可能会偏爱一个并未给他什么辅助的家臣，也可能会拒绝赐封一个曾经辅助他的家臣，因为个人关系存在的基础是彼此之间的依赖与信任，与奖赏无关。这种关于家臣职责的观念是道德观念，而不是实践观念，这种观念自然是封建氏族首领所提倡的，他们从儒家教义中找到了一个非常便宜的、能增加自己利益的依据。的确，从源起和发展来看，中国的教义是用来巩固稳定的官僚秩序的，尽管一般来讲它强调的是忠诚的重要性，但是它主要考虑的还有诸如孝顺、服从等公民道德。在一个好战的社会，这种道德准则很容易就被化归为一种突出武士对将领的忠诚的美德。我们会发现源赖朝的祖父源为义（Minamoto no Tameyoshi）在被召进宫廷面见一位归隐的天皇时说：“我来是因为族长让我来，否则即便有诏令我也不会来宫廷，因为源氏不会侍奉两个主人。”武士不仅只侍奉一位主人，而且他对主人的忠诚超越了他对其他所有人的忠诚。他与其他人的关系是短暂易逝的，但他对侍主的服侍在过去、现在、未来始终存在。当时有一种说法：父子一代、夫妻两代、君臣三代。在典型的日本悲剧中，情感表达主要是通过对上级的职责与自然情感之间的冲突来体现。一位母亲将自己的孩子献上，作为氏族首领孩子的替代品，受她欺瞒的敌人在她眼前将她的孩子杀死的时候，她不露声色。一位儿子会为了将领的利益牺牲自己的父母。一位丈夫会把他的妻子卖为妓女以获得钱财，维护自己作为武士的荣誉。
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这就是武士阶层的道德准则，早期的作品称之为“弓马道”而不是“武士道”（武士道是近来流行的一个词）。“弓马道”这个术语与我们的“骑士精神”类似。[6]不过这种相似性主要是语言学上的。欧洲骑士的道德准则是在宗教热情的氛围中发展起来的，以对弱者的责任为核心，具体表现为对女性的敬重崇拜。日本的封建武士尽管可能会崇拜战神，会虔诚地向佛祖祈祷，但他不会被那种宗教热情鼓舞。他不会带着圣物上战场，也不会打着天使或圣徒的名号，他会大声喊出自己的名字和出身。一位平氏武士在一次大规模的海战中登上一艘敌船并宣称：“我是大街小巷连孩童都知晓的平家的盟友，藤原忠清[7]的次子，下总国（Shimōsa）恶七兵卫景清（Akushichihyōe Kagekiyo）。”甚至连《船弁庆》（Benkei-in-the-Boat）这部能剧中的一个鬼魂都报上了先祖的名号，他是这么说的：“我是桓武天皇的第九代子孙，平知盛（Taira no Tomomori）的一个鬼魂。”在充满密谋与仪式的宫廷生活中，女性有着强大的影响力，而且封建庄园的实际管理和女性有很大的关系。但是，日本中世纪传奇故事中的武士不会到野外骑游、拯救受困的少女，他一定会为那种试图赢得一些淑女偏爱的想法而深感震惊。尽管这个时期日本有很多关于高尚女性的或悲戚或英勇的故事，但是她们的形象不是让人心生敬意、振奋人心的高贵美人，而是忠诚的服侍者和伴侣。
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不过欧洲和日本的道德规范都促进了一个特殊阶层的利益，都有严重的缺陷。日本人的道德理想以自己的方式，在有限的范围内促进了强调责任和献身的优良传统的形成。当然，行为与理想是有差距的，甚至在封建时代早期，当军事抱负刚刚出现、规范还没有饱经岁月和贪欲的磨砺的时候，就已经出现了很多令人厌恶的背叛的事例。源赖朝是忠诚之梁的支柱，也曾有过残忍、怯懦的行为。在本阶层的习惯法没有明令禁止的情况下，一个不遗余力地兑现自己誓言的武士也会犯下最卑劣的、最违反常理的罪行。尽管如此，规范依旧促成了一种对抗道德困境和物质困境的力量、一种高度的责任感，这对国家是非常有价值的。