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可能会有人提出反对，既然一向宗能够抵抗如此强大的军事压力，那么就不能说这个时期的佛教机构没有威胁说要篡夺世俗权威。不过，我们必须记得大佛寺的军事胜利大多数取决于与封建领主的联合。这些封建领主欢迎任何于他们各自的争斗有益的助力，而一旦目的达成，他们就会背叛盟友。本愿寺长期存在得益于它的防御位置以及它从信长的对手—西部的毛利氏和东部的武田氏那里获得的支持。[2]此外，从某些方面来看，差一点就战胜世俗势力的一向宗到16世纪中叶已经算不上是宗教机构了。它的僧侣和住持既不遵戒律又不守斋戒，他们结婚，并且像世俗之人一样参与时事，他们之所以能够在封建斗争中对抗世俗势力，是因为就其同化程度而言，他们已与封建领主无异。毫无疑问，一些重要的僧职人员如本愿寺的住持光佐（Kōsa）即显如（Kennyo）的目标是获得最高世俗权力，不过事实是他们从未实现这个目标，而且这种情况下这个事实非常有力地证明了他们不可能实现这个目标。
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信长虽然没有完全粉碎但还是抑制了宗教机构的抵抗，因此他和部下接下来的任务就是制服日本中部和西部的大领主。他的军事总部这时位于近江国的安土城，他可以轻易离开位于京都附近的大本营来这里，因为这是一座兴建于1576～1579年的新城池，日本还是第一次兴建这种城池。它与日本当时的其他建筑一样都是木结构，但是它建在一个厚达70英尺的房基上。从坚固性上讲，它比日本先前的防御工事先进得多。这或许是受到了西方城池的影响，因为那个时期日本已经知道了火器，长达一代人之久。自1542年葡萄牙人到来后，他们也对欧洲的战争方式有了一定的了解。如果不对信长与这些外来人的往来加以叙述的话，我们对其生平的介绍就不算完整。当时，耶稣会传教士在日本扮演了重要角色。不过我们首先来探究与其军事事业有关的记载。信长将进攻毛利氏的重任交给了秀吉，他于1577年带着一支精选的强大军队从安土城出发。接下来的五年里，秀吉将毛利氏从7个重要的令制国赶了出去，在1582年一个不满的武将杀害信长的时候，他已经将毛利氏逼到了一个不利的地位。信长在被杀之前已经控制了日本一半以上的令制国—那些环绕在都城四周的、战略上最重要的令制国。他的地位虽然稳固，但也不是牢不可破的。日本要再次实现统一，还需要更多争斗、更多谋略。
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秀吉有一段时间处于危险之中，这种危险既有来自敌人的又有来自从前的盟友的。他与家康出现了嫌隙，不过在一番操作之后，二者达成和解，共同完成了信长开启的大业。1584年，秀吉被任命为摄政（关白），尽管他本人希望成为将军。仅在一年前他感恩地接受了天皇授予的通常由等级较低的朝官担任的四位官职，这一事实表明没有实力、没有财力的宫廷依旧是最令人垂涎的荣誉的来源。他现在开始清除阻止他完成对日本的军事统治的障碍。他镇压了惹人心烦的位于纪伊（Kii）国根来（Negoro）的真言宗佛寺—其僧兵配有火绳枪—他还威胁但最终放过了高野山的佛寺。他与北方的一些大名结盟，然后出发准备击溃位于九州萨摩的庞大的岛津氏。岛津氏（12世纪是贵族庄园的总管）处于全盛时期，实力很强，征战的路途遥远、艰险，所以他号召辖内的所有令制国帮助他筹集了一支25万人的军队和可使用一年的物资。[3]秀吉先是给岛津氏开出了慷慨的条件，但是被拒绝了。然后他调动大军，没怎么费力就让萨摩的统管者屈服并效忠于他。他扣留人质并将九州切分给了地方氏族和他的家臣，不过他对岛津氏非常大方，将他们的大多数地产作为新的封赏赐还给他们。这发生在1587年。
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现在需要征服的、尚未归顺天皇或摄政的氏族首领只剩下两个。一个是身处陆奥国和出羽国要塞的伊达氏，一个是位于伊豆国、相模国及其周边地区的北条氏。于1500年崛起的北条氏与北条执权虽然同出一脉，但属于不同的家族。秀吉出于惯例，首先给出了友好的提议，提议被拒绝后，他非常审慎、细致地开始了击败他们的活动。三支军队（共计20万人）从京都出发，从三条不同的线路进攻位于小田原的北条氏要塞。北条氏的城池牢固且防御严密，所以秀吉不得不在城外驻扎下来，进行一场旷日持久的围困。京都的高台寺（Kōdaiji）保留有秀吉在驻扎之时写给妻子的一封信。信的部分内容如下：
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现在敌人像笼中之鸟，没什么危险，你不必担忧。我想念少主（即他尚在襁褓之中的儿子鹤松），但是我觉得为了未来，为了这个国家能够太平，我必须抑制这种思念。你切莫忧虑。我会照顾好自己的身体，甚至接受烧灼术，所以没什么好担忧的。我已经给所有大名下令，告诉他们我们要在小田原驻扎，他们要把妻子接过来。因为我已经宣布要长期围困，所以也想让淀殿（Yodo-gimi，他的妾室，也是鹤松的生母）过来。我想让你告知她并为她安排行程，告诉她，她是除你以外最讨我欢心的……我非常高兴能收到你的来信。我们离城池不过二三百码，并且围绕小田原设了两道防线，不让任何人通过。东部8个令制国的人都被困在防线里面，如果我们攻破了小田原，就打通了通往出羽国和陆奥国的通道。这两国的面积相当于全日本的三分之一。虽然我日渐衰老，但是我必须做对国家最有益的事情。所以我有意做辉煌的大事，我也做好了长期围困的准备，有充足的金银和物资供应，为的是凯旋，留下声名。我希望你能理解这点并告知每个人。（1590年5月17日）
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城池于7月被攻破，伊达氏听到这个消息决定宣誓效忠秀吉，近一个多世纪以来日本第一次实现和平。但过了不久秀吉就想再度出征。在一两年之内他重启了一项似乎在1577年征服毛利氏期间构思的计划，即远征中国。[4]
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人们对他的动机存有大量疑问。我们可以确定主导动机是他的野心；或许他觉得他最好把自己创建的强大的物质力量用于某项新的事业，以免家臣再度陷入争斗之中。我们还要注意，自室町幕府时代开始，日本人就喜欢海上冒险，而且日本人的冒险活动并不都是和平的。那些于15世纪和16世纪威胁中国和朝鲜沿海地方、迫使明朝皇帝巩固海防的海盗，并不总是散乱的抢掠者，他们是由领地在西日本沿海令制国海岸边的封建氏族首领控制的有组织的团体。尤其是大内氏，经常会组织甚至指挥海盗大规模地劫掠中国和朝鲜。中国关于1550年前后突袭的记录表明当时有10艘或20艘船靠近其海岸，每艘船载有50～300人，他们会登陆并接连抢掠沿海城镇。在当时海盗是一个受人尊敬的职业，一个贵族的儿子也有可能从事这一职业。当时人们也渴望从事合法的贸易。秀吉授予一些船只文书，允许他们每年去一次安南（即越南）和柬埔寨。而正如我们所提到的，一些大的封建领主急于扩大与中国的贸易往来。他们会耗费相当大的精力实现某种垄断。我们甚至可以说，秀吉夺得霸权以后，各封建领主的领地几乎已经固定下来，对土地的争夺转变成对其他形式的财富的争夺，他们自然会到海外寻找新的收入来源。总之，秀吉很容易就集结了一支远征中国的力量，他要求朝鲜国王允许他借道朝鲜，但是国王没有同意，因为中国是朝鲜的宗主国。一支近20万人的军队在九州的大本营进行了周密的准备之后于1592年乘船渡过对马海峡，一路北上，一支分遣队抵达平壤（古时乐浪郡的治所），另一支分遣队到达中国东北边界，图们江边的一个地方。中国人开始警觉起来。带着那种有趣的面对所有外敌时的轻视，他们只派了5000人去应对日本入侵者。这一小股力量很快就被消灭了，不过到这个时候日本人已经意识到他们处于尴尬的境地。他们必须赶在中国派出更多的军队之前撤退，几乎在登陆一年之后他们就撤离了朝鲜，只留下一小支军队据守北方沿海地区。中国使臣于1593年来到日本议和，但是直到1596年双方才最终达成和解。不过中国使团到大阪城的时候，向秀吉出示了皇帝的信，在信中皇帝赐予秀吉“日本君王”的称号，不过信中明朝皇帝高人一等的词语表达让秀吉大为恼火，未及回信他就遣走了使团。他的怒火似乎很快就转移到了心怀不满的朝鲜人身上，1597年他再次派遣军队到朝鲜，但遭到了朝鲜和中国军队的强烈反击，遇到了严重的粮食补给问题。到1598年末，日本在一些激烈的战斗中赢得胜利，屠杀了数以千计的中国和朝鲜士兵；不过当秀吉逝世（1598年9月）的消息传来的时候，双方都已经厌战并开始议和。日本人在撤退之后就放弃了远征国外的想法，直到近代。日本放弃这种想法是再好不过的了，因为连续6年的海外冒险让它损失了很多士兵和财富。
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我们可以想到，秀吉逝世后，紧接着就是围绕谁应该作为秀吉继承人展开激烈争论。接下来几年的政治历史复杂而且有些模糊，不过它演变成德川家康及其盟友与一群桀骜不驯的大名之间的较量。家康的敌人包括毛利氏、岛津氏、上杉氏等强大的氏族，他们虽然被秀吉制服，但未被摧毁。1600年10月，双方在关原之战中进行了决定性的较量。家康胜利了，他再次分封了土地，这让他得以避免更多的负隅反抗。在这一过程中，他遭到一些人的坚决反对，直到1615年，在围困大阪的过程中，在摧毁了一些坚持支持秀吉家族继任权的群体之后，他才为德川氏赢得了统治日本的权力，统治时间长达250年。
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本多忠胜（Honda Tadakatsu，1548～1610），家康远征时的同僚。来自一幅当代肖像画
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第二节 与西方的第一次接触
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这些就是战国时代主要的政治事件。我们现在可以回顾一下日本社会发展和制度发展的重要方面。信长的一生主要是在做摧毁的工作，为新的大厦的建造清理出了地方，而新大厦的建造是由秀吉开始、由家康完成的。不过信长在世的时候，日本开始了一些给稍后的历史留有重要印记的运动。1542年—具体日期并不确定，三个葡萄牙人乘坐的前往宁波的中国帆船遭遇台风，他们被迫北上，并在种子岛登陆。种子岛是离大隅国不远的一个小岛，当时还是岛津氏的领地。他们受到热情的欢迎，携带的火绳枪也引起了极大的轰动。还没有见过火器的日本人立即开始复制，数个世纪以后火枪在日本仍被叫作“种子岛铳”。周边领地很快听闻了这些人的到来以及他们带来的武器和其他绝妙的物品；与此同时，沿中国和马来西亚海岸定居的葡萄牙人在听闻发现日本之后，立即准备远航去往这个新的市场进行贸易。两三年内—一定是在1549年之前—多艘葡萄牙船只到访九州的港口，葡萄牙人也去往京都。他们将京都描述为一座拥有9.6万间房舍的城市—这是对其他证据的一个有趣的证实。这些证据表明，在经历了使京都沦为一片废墟的应仁之乱后，京都的人口仍旧超过50万人，比当时欧洲任何一个城市的人口都要多。
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几年之间，来自澳门和果阿传教团的耶稣会士紧跟着贸易商来到日本。贸易商都是葡萄牙人，传教士也都是耶稣会士，因为这个时期教宗确定了葡萄牙在东方从事精神活动和商业活动的专有权利，而于1540年成立的耶稣会也是在葡萄牙的领土上建立的第一批神学院。从日本和西方往来的历史来看，这两大事实带来了重要的结果，即通过与欧洲贸易商的早期接触，日本对武力扩张阶段的国际商业竞争有了了解；通过最激进、最坚定的基督教派，它对基督教有了最初的了解。
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1549年，沙勿略和其他两名西班牙耶稣会士在鹿儿岛登陆，在萨摩领主的全力支持下，他们在那里传教。一个传讲陌生教义的陌生人不仅没被攻击，反而被各个阶层鼓励，佛教高僧也会恭敬地聆听葡萄牙人能够做出的关于天主教信仰的阐释，这一事实表明了日本人的宽容。很快沙勿略就给150位信徒施了洗礼，不过他们对这个新宗教的了解一定很模糊，因为日语是一种非常难的语言，而基督教义又很难阐释。[5]或许因为这些早期皈依基督教的信徒没有完全理解相关的教条，耶稣会士最初几年的传教才有了如此快的进展。至少有一份早期公文把他们描述为在宣讲佛法的一群人。他们的仪式与佛教的相似，他们的教义或许看起来也类似阿弥陀宗某种新的令人宽慰的形式，他们崇拜的是与观音相似的慈爱的圣母玛利亚。不过早期基督教在日本取得的成功还有其他更有说服力的原因。就时间而言，第一个原因是封建大领主渴望从对外贸易中获利，一些人认为这也是第一重要的原因。我们已经看到这种动机变得如何强大，从日本人和葡萄牙人早期的记录中我们还可以清晰地看到九州的一些大名为传教士提供特殊设施，因为在注意到商人对传教士的尊重之后，他们希望这样做可以吸引商人将船只停靠在自己领地内的港口。沙勿略来到日本之后，仅仅几年的时间里，我们就发现一个又一个氏族首领命令自己的臣民尊重耶稣会士，更有甚者，让自己的臣民全体皈依基督教。尤其是那些掌管着九州港口的大名—鹿儿岛、平户、大村、船井（Funai）—为争夺贸易商的支持，有时候到了残害佛教徒的地步；不过，当发现没有船只到来的时候，他们不止一次地把传教士赶走并且命令臣民恢复从前的信仰。他们这种心意的突然转变并不总是没有理由的，因为耶稣会士不会细察他人的情绪，他们的热心很容易变成一种咄咄逼人的偏执。不过我们必须承认他们表现出了极大的勇气，而这无疑为他们赢得了武士阶层的尊敬。沙勿略于1550年被逐出当时依旧是虔诚的佛教之乡的萨摩，因为他的偏执最终惹怒了佛教僧人；在大内氏领地的首府山口，他犯了一个大错，坚称所有生前不是基督徒的已逝之人永远处于地狱的烈火之中。对一个从未真正地相信地狱之火、极其尊敬热爱先祖的族群来说，这是一条令人厌恶的教义。不足为怪的是，他的争论在一个有众多有学问的僧侣居住的城市引起一片哗然，而基督教在大内氏的领地遭到禁止。
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不过沙勿略及其好友在与西部封建领主的交往中学到了宝贵的一课，因为他们发现在日本天皇的宠爱能够创造奇迹。所以他们去了京都，意在得到天皇的庇护，但是京都正处于战乱之中，他们没有见到一位掌权的人物。1552年，沙勿略离开日本，连续多年耶稣会士只取得了些许进展，在一些地方增加了皈依的人数，而在另一些地方则招致了危险的敌意。自愿皈依的人大多是需要他们给予医疗护理的地位低下之人。1576年，一位传教士汇报说，没有一位有地位的人敢接受福音，在一个封地传教长达20年之后，只有一位身患法国病（French evil）的有身份之人在治愈后成为基督徒。不过很快耶稣会士的境遇就有了改善，因为他们说服一些大名改变了信仰，而这些大名又让他们的家臣照做。几乎所有皈依基督教的人都住在日本西部一些小领主的领地上，这些小领主或出于盲信，或出于对贸易的渴望，会毫不迟疑地迫害佛教徒。不过，现在耶稣会士在京都周边也取得了一些进展，一位名叫维莱拉（Vilela）的耶稣会士受到比叡山一位天台宗住持的邀请，于1559年去了那里，这位住持急于了解这个新的宗派。在京都，贸易问题没有立即出现，所以人们评判耶稣会士主要基于他们的性格及其所传教义的优点。慢慢地，除了在最初遭到惯于厌恶新宗派的比叡山众佛寺的极大反对之外，一个人数在12人左右的耶稣会士团体开始在上层社会取得一些进展，虽然有一些圈子憎恶他们，不过他们还是努力争取到了一个受尊重的位置。他们得到了将军的接纳，促使一些实力弱小的大名改变了信仰，他们变成了最热心的基督徒，事实证明他们的家族联系对传教士有很大价值。在旅居京都和畿内期间，在这个流血事件频发、生命不值一钱的时代，他们忠诚的朋友不止一次救他们脱离危险，这些朋友并不都是基督徒。终于，在1568年的时候，他们得到了当时几乎处于权力顶峰的信长的接见，信长对他们态度和善，这让那些认为他严厉、冷酷的日本人大为惊讶。从那时开始直至去世，他与传教士为友，在他的支持下，他们获得了成功，而天皇听从天台僧人禁止基督教信仰则无关紧要。信长是日本最有权力的统治者，但耶稣会士可以轻易地接近他，有时可以同他一起用餐或在给贵族青年开设的神学院中见到没有侍从陪伴左右的信长。这些异域人士在外国宫廷富有异国特色的环境中，获准与有权势的贵族密切交往，近距离观察甚至参与动荡的时势，与他们生平有关的记录（可以通过耶稣会士的信件和日本人的资料来源拼凑起来）差不多比任何一个故事都有趣。
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不过从数量上来看，他们的收获并不可观。他们在1582年给罗马教廷的汇报中称日本皈依基督教的人数为15万人，大多数居住在九州，其领主要求他们改信基督教。
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长期以来，历史学界对信长及有权势的军事领主准许甚至鼓励这些外邦传教者的动机做出了诸多猜测。每个历史学家都倾向于选择一个原因而忽略其他原因。我们已经讨论过经济动机，可以确定的是，如果没有同胞提供的贸易诱惑，耶稣会士无法取得太大的进展。但是这无法充分地解释为什么信长本人表现出宽容、积极友好且和善的态度。不过，如果我们对他的处境加以考虑，就能清楚地明白他的态度。首先他是一个无法与下属家臣有亲密关系的独裁者，而且他或许喜欢与有着很强的个性和高深学问且对他没有威胁的人打交道。我们有足够的证据表明他很欣赏耶稣会士的勇气。尽管这些耶稣会士偏执到不近人情的地步，但是他们纪律严明，有教养、有学问，还有一些傲骨—这些都是为封建时期的日本所欣赏的特质。出于这些原因，或许还因为日本人的性格中有与拉丁人的性情相对应的东西，在当时可能没有一个欧洲人能够像西班牙的耶稣会士那样给人留下积极的印象。[6]信长喜欢基督徒的一个可以确定的原因是他憎恶佛教徒。在与耶稣会士往来期间，他正忙于镇压挑起叛乱的佛宗，他于1571年摧毁比叡山，然后对大阪的一向宗势力发起攻击。
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虽然信长与耶稣会士一样恨恶佛教僧侣，虽然他所在的时代佛教出现了明显的衰退迹象，但是这并不是说他积极地促进了基督教信仰的发展。他时不时地会聆听布道，作为统治者，他对任何一种宣扬好的行为和顺从的宗教都有好感。不过他喜欢传教士是因为他们对他有用而且招人喜欢，他更感兴趣的是他们的世俗学识而非教义。他喜欢和他们讨论西方的事情，当然也喜欢他们赠予他的西方器物。他的头盔留存至今，头盔前檐有用葡萄牙制或佛兰德斯制的深红色的布制成的装饰。整体来看，虽然基督教在日本也有圣徒和殉道者，但是基督教几乎没有在国民生活中留下任何痕迹，它对日本人思想和观念的影响也不像朱熹哲学那样深远。日本人也迟迟未能利用西方文化所带来的某些物质好处。或许我们可以说，相比于其教义，日本人更能接受欧洲人带来的土豆和烟草。[7]诸如钟表、地球仪、地图和乐器等西方器物似乎引起了他们极大的好奇心，一些学者对学习西方的自然哲学理念很感兴趣，但是我们不能说日本人像7世纪时全盘接受中国文化那样急于接受西方的思维方式。他们似乎并不喜欢思辨哲学，正如一位欧洲观察者坎普法（Kaempfer）在17世纪末的时候说的那样，他们认为思辨哲学是适合懒惰僧人的消遣，不过他们对他口中的“道德部分”很是认可。西方知识分子的最高成就是当时欧洲给他们的大礼，但他们没有做好接受的准备或者不愿接受，因为套用坎普法的话，他们“不了解数学运算，更不了解西方思想深奥、思辨的部分”。[8]
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有人说火器的引入彻底改变了日本的战争方式，而且它帮助确立了足轻这个步兵阶层，帮助调整了策略并推动了配有铁制炮台、城门、桥梁的大规模城池的建造。不过，在日本，火器对社会结构的影响不像在西方那样，因为它没有加速封建制度的瓦解。职业的士兵即以剑为武器的侍，仍旧有很高的社会地位，就像欧洲的骑士一样，他们并未被先是配备长弓后又配备火枪的步兵取而代之。[9]自16世纪末开始，日本已经确立了稳定的制度，所以统治者的目标就是确保制度不被改变。因此，他们有意无意地拒绝任何会改变既有设置的创新，最后甚至采取闭关锁国的极端措施来规避所有外来的影响。不过这是在他们从欧洲的神职人员和世俗之人那里有了足够多的不好的体验以后才发生的。信长之后，秀吉对耶稣会士的态度并没有变化。在长达数年的时间里，他对他们非常热情友好。传教士前景大好。然后，他毫无征兆地于1587年颁布了一条诏令，把所有传教士赶出日本，不过他细心地解释说葡萄牙商人可以继续贸易。他做出这种突然的举动，主要原因肯定是政治性的。在他的支持下，耶稣会士的主要人物在践行其争取身居高位的人这一深思熟虑的政策上取得了良好进展，他的一些最强大的大名和最有能力的武将都已经皈依基督教。这似乎让他产生了一些担忧，唯恐基督徒之间形成一种联系，使他的家臣联合起来反对他。不过他没有采取严厉的措施，并且对那些继续待在日本、不加掩饰地小心传教的神父睁一只眼闭一只眼。他们继续取得惊人的成就，一些皈依基督教的人是真的相信，甚至到了狂热的地步，[10]并且在面临危险的时候始终持守自己的新信仰。不过，从经常会席卷日本的那些风行一时的东西来看，我们忍不住怀疑模仿外邦人的包括信仰在内的风俗习惯已经变成一种风尚。我们知道很多非基督徒急于购买、佩戴念珠和十字架，据说连秀吉本人也是如此；当时流行穿戴外邦人的衣饰，背诵拉丁语祷文。诏令颁布之后的10年里，秀吉一直忍着，没有执行；与此同时，耶稣会士也很谨慎。随着时间的推移，日本发生了很多事情，这证明了他的观点，即基督教是一个政治威胁。西班牙方济各会士和贸易商人，密谋针对葡萄牙人，直至最后，传教团的教派纷争和一艘西班牙大型帆船领航员的吹嘘让秀吉相信，外国传教团只不过是政治扩张的先行者。这个时候他已经非常清楚西班牙和葡萄牙传教士作为殖民事业协助者的策略，所以他决定把所有传教士赶出去。接着日本于1597年发生了禁教运动，与之同时发生的是对基督徒的迫害。6名西班牙方济各会士、3名耶稣会士和17名日本信徒被处决。一些虔诚的耶稣会士依旧留在日本，大多数躲藏了起来，只有少数得到了秀吉的默许。整体来看，这则诏令严格但并不残酷，并得到了执行。与当代的欧洲相比，秀吉的行为算是开明大度的了。那个时代，宗教裁判所掌权，圣巴托洛谬（St. Bartholomew）殉难，荷兰的阿尔瓦（Alva）惨遭折磨，残忍的奴隶贸易仍在进行。如果秀吉闻到了这些文艺复兴的花朵极淡的香味—他肯定闻到了，因为这个时候日本人已经旅行到了印度和罗马并就欧洲文明写出了报告—那么他可以认为本国的机制更加人性，这几乎是无可指摘的。
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在1597年的教徒迫害运动之后，他有所节制，原因是多样的。对西部的领主，他或许不想逼得太紧，他们对耶稣会士很有好感。对基督教，他并没有憎恶之意，在第一次教徒迫害运动爆发之后，他或许对基督徒默默进行自己的神圣事业已经很满意了，因为他可以在任何时间对付他们，而日本人与英国人一样，过去也有一种虽不合逻辑但便宜的习惯，即对违法行为睁一只眼闭一只眼，只要它不是骇人听闻的恶行。此外，他并不确定如果把所有葡萄牙传教士赶出去，他会不会失去葡萄牙贸易商，自足利时期开始，日本人就非常重视对外贸易。我们一定不能认为这种贸易仅限于欧洲商品。相反，这个时期的大多数商品是来自亚洲的。船货中最重要的物品就是绢丝，这些绢丝在质量上比内战中工业受创的日本当时所能生产的要好得多。中国的丝绸、书籍、绘画和瓷器，以及来自中国和东印度群岛的药品、香料、树胶和香水是富有的日本人必不可少的奢侈品。这个时期日本还大量进口黄金，以铜和银作为交换。[11]秀吉在计划远征中国之前曾尝试与中国签订商业条约，但是协商失败，葡萄牙人从这一形势中获利，因为他们成为日中贸易往来的运送者兼中间商。或许仅这一点就足以解释为什么秀吉在执行诏令的时候有所犹豫。要是他能找到葡萄牙人的替代者，他或许早就将所有葡萄牙神父赶出国门了，不过他于1597年之后忙于其他事务，在1598年逝世，因而日本的传教士有了喘息的机会。
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家康在接管秀吉的权力以后，出于同样的原因，最初给予传教士相似的宽容。他的政策是鼓励增加日本商船的数量，同时不让对外贸易有所减少。通过一位西班牙方济各会士，他与位于菲律宾群岛的西班牙官方机构建立了联系，并提出对西班牙的商船开放东部港口，同时表明他不会实施针对基督徒的诏令。重要的是，他提出互惠互利的贸易政策，并让对方派出造船专家到访日本。显然，他当时无意排斥外邦人，甚至希望自己的臣民能够从事海上贸易。不久之后，他发现西班牙人虽然急于将传教士送往日本，却对与东部日本的贸易不大感兴趣，他开始怀疑并严密监控在其新都江户的基督徒，并寻找其他对外贸易渠道。这发生在1605年。荷兰已经连续多年挑战葡萄牙人在东方的贸易垄断地位，并且派了商船到日本来。其中一艘商船脱离了其不幸的同伴，于1600年到达丰后国的港口。船上刚好载有船队的领航员—一个名叫威尔·亚当斯（Will Adams）的英国人，他得到家康重用，并在与贸易和航行相关的事宜上为家康出谋划策。值得一提的是，家康对地图和威尔能够阐释的“一些几何学要点”非常感兴趣。他还了解了关于荷兰人和英国人的一些知识，亚当斯还告诉了他新教国家对罗马教宗的态度。他自然会觉得在没有外国传教士的情况下进行对外贸易是更可取的，也是可以实现的。他依旧以克制甚至宽容的态度对待传教士，不过他的疑心一直在增加，到1612年的时候他下定决心不再容忍他们。
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细察中国和日本文献记载中的史实，我们会清楚地发现，作为统治者他无法再理智地做出其他决定。他看到耶稣会士密谋将西班牙人赶出去，看到西班牙人迫切要求将荷兰人排除在外。他了解到方济各会士和多明我会士之间的争执。西班牙人和葡萄牙人的举止或言行不止一次让他有理由担忧他们想要推翻他的政权，甚至企图窃取日本的主权。西班牙人或葡萄牙人不认为他们可以通过武力征服日本，不过传教士肯定希望当时的政权被推翻，希望一个支持基督教的派别取而代之。鉴于耶稣会士在统治阶层中所取得的成绩，这样的事情并非绝无可能，秀吉和家康都觉得这是一个切实存在的危险。所以，当家康发现属下一名官员滥用职权，为一个皈依基督教的领主谋利时，当他偶然发现一些家臣和外邦人联合起来密谋针对他时，当他得知一支西班牙舰队停靠在马尼拉时，当他从派去欧洲的间谍了解到基督教君主的野心和罗马教宗的傲气时，他决定立即行动，不再迟疑。到这个时候他已经没有理由担心失去对外贸易了，因为他知道荷兰和英国的商人都希望到访日本港口，而且尽管中日之间并无官方往来，但是日本商船近来已经去到更远的地方，从中南半岛和其他地方的转运口岸带回中国产品。
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不过即便到了这时他也没有采取极端措施对付基督徒。1606年、1607年和1611年，他颁布了一些敷衍了事的禁令；1612年和1613年，他颁布了更多禁止基督教的诏令。这些禁令更像是警告性质的，并没有得到彻底落实。对基督徒的打击起初是温和的。在一些封地，基督徒被捕入狱，被拷打、杀害，而另一些封地的统治者或官员，或许是出于对基督教教义的认同，或许是出于一般的人道，只是表面上执行了家康的命令。1612年以前，无论是都城还是德川氏直属领地的外邦，基督徒都没有受到家康的骚扰，甚至在1612年以后家康及其官员虽然拆毁了一些教堂，对武士阶层尤其是身居高位的皈依基督教的人采取了有力措施，但是他们并没有剥夺较低阶层的宗教信仰自由。我们必须了解日本统治者的态度长达多个世纪都是如此。只要宗教不干预他们的统治，他们也不会干预宗教。
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虽然这项政策，根据不同的偏好，可能会被归因于信仰无差别主义或宽容，但是我们必须承认它是特别开明的。同样，总是热情友好地对待外国访客的日本人大体上也以极大的尊重和忍耐对待传教士，不过没有人能否认他们往往是令人恼火的、爱管闲事的客人。那些耶稣会士认为留守在岗位上是自己的职责，尽管他们蔑视诏令，但家康没有虐待他们，显然家康也不愿意杀害外国人。这可能是因为他害怕西班牙或葡萄牙的报复。事实是，虽然1615年一位勇敢的耶稣会士在监狱遭受了难以言喻的苦难，但是第一次处决外国传教士的事件发生在1617年家康逝世后。不过，在这期间，日本皈依基督教的信徒处境不佳。德尔普拉斯所著的《官方殉道者名录》（Martyrology of Delplace）记录了1612～1613年全日本有一些基督教徒被放逐，有一些圣所被焚毁，还有不超过50人被处决。早在1614年家康颁布另一条诏令之前，一些地区的迫害行为就变得更加激烈。在长崎及其周边地区，这种迫害如此残暴，以致九州最精锐的侍在被征召来协助执行命令的时候只是做做样子。总之，在都城以及大多数大家臣的领地，人们是同情基督徒的，所以诏令只得到部分、适度的执行。1615年末，家康忙于对付由秀吉的儿子秀赖（Hideyori）领导的、在大阪城抵抗他的群体，传教士和皈依基督教的信徒都得以喘息，直至这次战乱结束。直到建立德川氏统治地位的家康于1616年6月去世，他的儿子秀忠（Hidetada）继位之后，日本政府机构与外国文明之间才出现了普遍、强烈的敌意，这种敌意以迫害告终。正如一位近代日本作者所说，这场迫害的残暴程度“即便没有超越”西方类似的恶行，至少也是“与之相当的”。
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