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方庆喜之潜归大阪也，外人惊愕，各国公使因来至大阪，谒见庆喜。法使问曰：“今后交涉，谁能负责？”庆喜曰：“政体将凭公论定之。事前，余惟崇信义，守条约，以重邦交。”众退；法使乃进策曰：“战必难免。苟需援助，法愿助君。”庆喜却之。及战，朝臣岩仓具视告议定参与曰：“自庆喜奏开兵库，朝议主和。今待欧美诸国，其与中国等。”又召萨士大久保利通等，以其所著之《改革论》示之，文中详论攘夷之非，因使归藩游说其上下。复命使者谒见各公使，附书曰：“幕府条约，自后继续有效。”使团得书，开会议之；英使首主承认维新政府，列国公使，遂相继赞同。政府对外之地位乃定。天皇寻下诏于国中，略曰：“世事变易；迫于大势，朝议和外。嗟尔有众，毋怀疑惑……自今对外交涉，从公办理。”未几，朝廷复照会各公使，请其勿售火器于叛者；各国许之，宣布中立。西南强藩，以藩士游说之结果，亦上书天皇，请修外交之礼。天皇延请各公使，荷法二使，相偕入朝，礼遇甚周。然以世居深宫之神胤，忽接见“夷狄”之使者，爱国志士，拘于旧俗，大怒奋起。当英使入见，途为刺客所击，赖卫兵之力得免，伤英人二。英公使归馆，天皇即致书道负罪之意，捕行刺者，枭首示众，复与英人之伤者以恤金。先是，兵库戍兵，尝忿英人，挥枪刺之，英使令兵尾追，拘留日舰。事闻，朝命捕兵正刑以谢之。其后土佐藩士，杀法水兵十四人；法使大怒，提出要求四事：（一）遣重臣谢罪，（二）禁佩刀者入居留地，（三）偿金十五万元，（四）捕诛暴徒。限三日答复；政府许之。自此以往，外交形势，国人共喻，无复虐杀外人者，浪士之祸始止。
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方讨幕时，朝廷更改官制，置太政官代，总决万机；分神祇、内国、外国、海陆军、会计、刑法、制度七科，科设总督一人；其下为参与，分掌事务，名曰行政官衙；另设议定，陈议新政，赞助订法。逾旬，改三职七科为总裁、神祇、内国、外国、军防、会计、刑法、制度八局，总裁局置正副总裁、辅弼、顾问办事史官等；各局各置督正权、辅正权、判事等。一年之中，官制屡改，始简而终繁，员吏增多。其所以然者，朝廷自谓复古，模仿古制；其实古制适于简陋无事之朝廷，必不能存于事务繁杂之过渡时代，且其重要官员，多以皇族亲王任之，易启藩侯嫉妒之心；其下臣属，皆年少英明果敢有为之藩士，无能之亲王，反为所制，故时感困难。又其先各科之组织，分设总督参与议定三职，科内事务，无人专治。及改八局，始有专员，各治其事。综之，维新初年，事无经验，困难丛生；其所以屡改者，惟求制度适宜于其时而已。
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朝臣始以复古为标榜，强藩则以覆幕为目的；故庆喜归政之后，复古维新，渐为朝藩争执之点。复古云者，政出朝廷，由文官辅政，而武人闲居，受其管辖，若昔孝德改革之时，此非强大藩侯所欲也。盖藩侯之所以亟于覆幕者，为夺政权耳。其所议决之政事，辄自谓天下公论。公论根据于藩侯之意旨，显见其不愿受制于孱弱之朝臣；其下藩士，又多英哲知能之士，力主统一，进行改革，益不能与顽固之朝臣共事，相恶渐深。于是天皇乃亲临南殿，率公卿诸侯，祭天祀神，而宣读誓文：
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身着戎装的明治天皇
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一、广兴会议，万机决于公论。
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二、上下一心以盛行经纶。
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三、文武一途，下及庶民，使各遂其志。
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四、破除陋习，从天地之公道。
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五、求知识于世界，以振皇基。
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伤“广兴会议”，“文武一途”，此皆天皇所以安藩侯之心者。会议云者，非谓国会，指藩侯会议也。其“破除陋习”，“远求知识”，则又示国中有为之士以将欲改革力务富强之决心。自誓文宣读后，政府之政策遂定，而朝臣之势寖衰。天皇又下诏于国中曰：“朕以幼弱，忽绍大统。……今日之事，朕自劳其筋骨，苦其心志，立于艰难之先，缵古列祖之鸿绪，勤求治迹，庶几不溺天职，无忝为亿兆之君。……尔来列强对峙，各自争雄之时，独我国疏于世界之形势，固守旧习，不谋一新其国命。朕若徒居九重之中，偷一日之安，忘百年之忧，恐遂受与国之凌辱，上羞列圣，下苦亿兆。故今与百官诸侯誓，欲继述列祖之伟业，不问一身，艰难辛苦，经营四方，安抚亿兆；冀终开拓万里之波涛，宣布国威于四境，置国家于山岳之安。……汝亿兆，其善体朕志，相率去私见，采公议，以助朕建业而保全神州，使列圣之神灵得以安慰。……”观上诏旨，辞意空疏，若不知其所指，但以其空疏，政府得因时事之需要，解释行之，以符众望，抑亦空疏之便欤？
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初，庆喜逃归江户，朝命进讨。旋下诏亲征，车驾发自京师，幸临大阪，阅海军会操。大阪在平安西南，濒于大海，扼交通之冲，贸易兴盛，其城建于丰臣秀吉，高巍宏壮。及车驾至，萨摩藩士大久保利通，遂上奏请迁都于此。盖时旧都，历史上之习惯已深，难于改革；迁都则远旧习，显示人民以维新之意。但朝议不可，天皇复归平安。俄而庆喜归命，诏改江户为府。江户在本州中部，东临太平洋，便于交通；幕府建设于其地二百余年，城池之雄伟，街市之整齐，冠于全国。庆喜献城后，屋市未毁，人民安堵，故迁都之议复盛。卒至东北乱平，车驾遂幸江户，改幕府之宅第为宫殿，号曰东京，而称平安曰西京（一曰京都）。
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晚年时期的德川庆喜
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先是车驾归自大阪，朝廷复改官制，徙太政官代于禁内。太政官分设议政、行政、神祇、会计、军务、外国、刑法七官，各治其政。又置议官，分上下二局；上局有议定参与，下局分议长议员，局员多系藩侯所推举之武士。因萨长藩侯，连署上奏，请选人材，采纳众议，朝廷借符广兴会议之誓，遂召集之。然藩士与会者，知识陋隘，性偏守旧；政府咨以废除武士佩剑之例，局员全体二百余人，皆力反对。后议救济贱民之法，及期投票，又阒然无人；政府乃命其闭会。一八六九年，又改官制，以行政官为太政官，置神祇、民部、大藏、兵部、刑部、宫内外务六省。一八七三年，卒解散二局。议官之所以失败者，其原因有二：（一）局员多为武士；武士自为特殊阶级，唯求保己权利，轻视平民，不能知其需要，自不能有为。（二）议局权限，朝无明文；其所讨论议决者，将何以实行？是其性质犹学校内之学会耳；事无专权，焉能责其有为？
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1868年年底，16岁的明治天皇从京都前往东京
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青年敢为之藩士，渐握朝权，进行改革，乃易衣冠，禁喝道，许民游历，去邪教之禁，令民得信教自由。初，外人在住留地者，得建教堂，国中耶教之势复盛。一八六八年，政府尝令曰：“严禁邪教，凡为教徒者，当受重罚。”令出，各国公使，严重抗议，谓为轻视其国人所信仰之宗教。外交官答曰：“数百年前，尝禁耶教，今惩教徒，盖本于旧律。且事属于内政，外人无干涉之权。”结果教徒之在长崎左近者，朝令徙之；然远徙者殊少。盖是时官吏，惧撄外怒，不敢实行也。一八七二年，朝议始许流者归乡，宗教之禁告终。
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内乱定后，维新之基础，日渐巩固，其犹能为朝廷患者，厥为藩侯。以藩侯拥据封地，自治其人，俨若列国；其下臣属，复忠于其主，赴水蹈火不辞，不易统一也。长门藩士木户孝允，深悉其弊；归说其主曰：“倒幕复政之功虽成，诸藩分据之势如故。万一不逞之徒，一呼而起，人心摇动，将酿政变。为今之计，莫急于正名，而使诸藩奉地归朝。”藩侯称善，戒之曰：“汝谨勉之，毋激成变。”孝允往告大久保利通，利通以为然；说西乡隆盛，亦如之。长萨已定策，乃连合土肥，由四藩上奏。其文曰：“朝廷不可一日失者大体也；不可一日假者大权也。自圣人建国开基，皇统一系，万世无穷，普天率土，莫非其地，莫非其臣，是为大体。一予一夺，以爵禄维持天下，尺土不能私有，一民不得私攘，是为大权。……方今大政维新，天皇亲总万机，千载一时之会也。有其名者，不可无其实；欲举其实，莫如以明大义，正名分为先。……臣等所居者天子之土；所牧者天子之民；安可私有！今谨收版籍以献，愿朝廷善为处置，可与者与之，可夺者夺之。列藩封土，宜下诏命，从新改定。自制度典刑军旅之政以及戎服机械之制，一皆出自朝廷，使天下事无大小咸归于一。然后名实相副，始足与各国并立于海外。……”书上，诸藩效之，争请归土。时朝廷犹不敢轻决，天皇乃诏亲王大臣行政长官及诸藩使者议之；始许其请。其有未请归土者，令自上书。旋下诏委藩侯二百六十一人为藩知事，定其俸禄，约当其封土收入十分之一；废公卿诸侯之称，号曰华族。其下藩士，改为士族，朝廷给以廪禄。于是废藩之基始立，实一八六九年也。
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自朝命藩侯为知事，治理其地，封建之余习，未能尽除。木户孝允、大久保利通忧之，筹谋实行废藩置县之策，曰：“非得萨长之助，事必难成。”议定，天皇命岩仓具视为敕使，偕木户、大久保二人，至鹿儿岛山口，厚慰萨长之主，赐以御剑，谕以朝旨。皆无异议。一八七一年，政府谋合强藩之力，实行废藩，罢行政长官数人，而以土肥之士代之。朝议将决，独西乡隆盛之意有不可测者。政府使人说之；隆盛曰：“诺，吾将以死任之。”于是天皇召藩知事之在京者，谕之曰：“……朕曩纳诸藩奉还版籍之请，命藩知事各奉其职。但数百年之因袭已久，或有名实不符，将何以保亿兆对万国乎？朕深慨之！今废藩为县，去繁就简，除有名无实之弊，免政令多歧之忧……”藩侯咸奉命；其在外者，召之入京，朝廷更委任知事，以治其地。封建割据之势遂终。藩侯在京，享十一之俸。其下藩士，政府仍如其禄以与之。
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天皇下诏废藩置县
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诸藩封地，多自其先祖于锋镝万死之中艰难辛苦以得之，传之子孙，期于无穷，一旦朝命废之，藩侯不敢有违，其故何耶？试分述之。（一）自东北乱平，朝廷收幕府所辖及诸藩与乱者之地，面积过于全国三分之一；天皇又尝拣西南精兵为其亲卫，朝廷之权日隆。覆幕而后，君臣之义益著，藩侯所封，莫非天皇之土地。分散之小藩，何敢违拒？（二）萨长土肥四藩，地大兵强；幕府之亡，多出其力。自四藩相结，力主废藩；苟有拒绝反抗者，将生战事，自顾力不能敌，唯有奉命而已。（三）藩侯庸弱，不能有为。自朝廷委为藩知事，每不能尽其职，大权仍归于藩士之手。又其先治藩也，岁入之粟虽多，然须支付武士俸金行政费用，偶值岁歉，常患不足。今朝廷以其收入十分之一与之，孱庸者，得安享重金，才能者，更借谋入京以求高位。（四）废藩之后，四十万之武士，政府仍以其禄与之。武士力能养家，废藩与否，初若无关己事者然。其具才能掌握藩权者，政府复收而用之，向为藩侯之下，今为天皇之臣，好名之士，殊乐为之。（五）日人忠于天皇；天皇之命，辄不敢违。美人郭立富斯Griffs时在日本，记其所见之事，略曰：“废藩令下，藩侯召赴京师。一侯将行，武士送者数逾千人。上下悲泣，若离慈母，藩侯慷慨而去。”二百余侯之中，竟无一人肯抗皇命，其忠君爱国，有足多者。综之，废藩置县，势在必行。其能于数年之中废之，和平无事，则木户、大久保筹谋之周，殊足钦佩。