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到明朝末期，爆发了全国性的农民大起义，其中张献忠领导的农民起义军，对四川影响最大。
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1630年，张献忠领导的农民军武装起义，转战陕西、四川等省，曾经先后四次进入四川，在川东、川北、川西、川南都进行过战斗，所经之地包括成都、夔州、大宁、大昌、巫山、龙安（今四川平武）、剑阁、绵州、安岳等地。1644年，张献忠的农民军攻克成都，在成都建立了政权，国号大西，设置了完整的行政机构，并且采取了一系列的政策措施，内容包括政治、经济和文化等方面，力图巩固政权，发展经济。然而，1644年，清军入关，随即挥师南下，两年后兵临四川。张献忠率领军队赴川北抗击清军，战败牺牲，但其余部会同其他起义军，拥明永历皇帝，在川、滇一带继续抗清达十几年。
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明代中期以后的农民起义风起云涌，官兵镇压不断，而且以大肆屠杀为主要手段，不仅加剧了社会动乱，使得人口锐减，经济衰退，而且导致阶级矛盾更加尖锐。战乱的形势到明末清初发展到顶峰，对四川社会、经济造成极为严重的摧残。
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四川简史 第二节 元明时期的四川政治
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元明时期是中国封建社会后期，在这一时期，一方面，大一统的封建王朝统治得以建立，中央集权统治着辽阔的疆域，采取多种政治措施以巩固统治，稳定社会；另一方面，社会阶级矛盾尖锐，起义、动乱频发，尤其是元末、明末都爆发了长时间、大规模的农民起义，并且最终都直接推翻政权。
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一、建立行省制
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将“行省”作为地方行政管理机构的最高级别，同时也是一级政区的名称，首创于元代，并被之后的明代和清代沿袭。
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元朝分全国为11个行省，四川行省是其中之一。1286年，设置四川等处行中书省，治所成都。行省制之下，政区分别为路、府、州、县。四川等处行中书省设9路，另有属州36个、军1个、属县81个。
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明王朝建立后，为在政治上强化中央集权体制，于洪武九年（1376年）六月废除元代和明初设置的地方最高行政机关——行中书省，改置承宣布政使司，只掌民事，又置都指挥使司以统率卫所，置提刑按察使司主管刑狱。对于地方行政机关的分权性结构，避免了因地方权力过于集中而形成的对中央集权的干扰，但同时也限制了地方行政机关对突发事件的处理能力。
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明代四川省行政机构，有府（省以下的第二级行政机构）13个，直隶州（与府同级）6个，府辖州16个，县111个，宣抚司1个，安抚司1个，长官司16个。军事机构，都司以下，省卫7个，招讨司1个，宣慰司2个，安抚司5个，长官司22个。
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二、土官、土司制度的兴衰
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元朝建立后，在西北、中南和西南少数民族地区大量任用当地少数民族首领，让其担任本地行政长官，称之为“土官”，借土官的力量来管理、统治一方土地。土官由朝廷任命，是国家正式官员，官职包括宣慰使、安抚使、总管、长官、总把等，与流官一样被授予虎符等凭证。
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四川境内设有四川行省南道宣慰司管辖的宣抚司、安抚司、招讨司、长官司等。在沿边少数民族地区，设置蛮夷宣慰司，下辖宣抚司，宣抚司下设长官司，下辖千户、百户等。元廷在四川的岷江上游羌族地区、川西北藏族地区、凉山彝族地区、川南诸“蛮夷”地区及川东“西南夷部”地区，都采用土官制度管理。
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明代在元代土官制的基础上，进一步发展，形成土司制度。土司由朝廷任命，职位准许世袭，但必须遣送人质入朝。土司作为本地首领，有权力管理、处置本地的一切军政事宜，但必须向朝廷缴税纳贡，并在朝廷需要时按照征发令派兵出征，还要交纳赋税。明廷主要是在四川的藏族地区、彝族地区、羌族地区推行土司制度，力图以土官治土民。
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土官、土司制度与唐宋王朝对少数民族部落实行的羁縻制度大不一样，土司制度与朝廷的联系更加紧密，朝廷对土司的领导和管理更加直接，将少数民族地区纳入郡县制的管理轨道，加强了内地与边地少数民族的联系。
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土司制度自元朝开始，明朝继续，清代仍实行了一段时间。在实行土司制度初期，土司制度的优点迅速显现，加强了中央王朝对少数民族地区的统治，有利于维护国家统一，少数民族地区社会稳定，经济发展。
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但是，随着土司制度的长期实行，其制度固有的弊端逐渐积累，在明朝中期以后就越发明显地表现出来，甚至越来越严重，达到积重难返的地步。土司制度的弊端，最突出的有三条：一是土司势力越来越大，割据一方，无视朝廷，甚至对抗朝廷，使得朝廷无法进行有效统治；二是诸多土司之间，为了各自的利益而常年征战，造成地方局部战乱不断；三是土司独霸一方，形成相对封闭的地域，在区域内生杀予夺，肆意妄为，并且阻止了外地人迁入，使得区域经济发展迟缓，长期处于落后状态。
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越来越突出的弊端促使明廷加强对土司的管理，规范其行为，然而，收效不大。于是，明廷开始改土归流。到明朝中后期，全国的改土归流逐渐达到一定规模，不过，明廷在是否在全国都进行改土归流方面有分歧，一些官员，尤其是西南地区的官员认为土司制有必要存在，只是要将势力过大的土司改掉，要多分割土地，建立众多土司，使其势力不可能过大，即实行分而治之的策略。加之明末吏治腐败，农民起义席卷大半个中国，朝廷疲于应付，因此，明代的改土归流很有限。大规模的改土归流还是在清朝雍正朝前期完成的。
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三、推行屯田制
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宋末元初、元末明初，长期战乱造成大量土地荒芜，粮食供应严重不足。为解决军队的给养问题，元明两朝都积极推行屯田制度，就地发展生产，提供军需。
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屯田制是国家强制士兵或农民耕种国有土地，国家征收一定数额的田租。政府为了推行屯田制，提高屯田的经济效益，常给予优惠政策和扶持措施。
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屯田的主要形式包括军屯和民屯，还有少量商屯。军屯由驻军机构管理，军士耕种，官府提供耕牛和农具，头几年免缴租税，并且建有严格的考核制度，主要是为了解决军队粮饷供应之需。
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