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福建巡抚商周祚听到荷兰人占领澎湖，立即要求他们撤出，建议荷兰人改道台湾淡水，还愿意提供引航人员，但雷尔生仍表示要固守澎湖。
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当时荷兰人比较台湾岛和澎湖列岛，觉得除了澎湖的港口更适合让船货转运或停泊的因素之外，对于由巴达维亚、暹罗（今泰国）出航往来台湾与日本的荷兰海船来说，澎湖更是重要的中继站；再者，澎湖列岛距离中国大陆较近，可以阻截马尼拉的西班牙人、澳门的葡萄牙人与中国大陆、日本间往来的商船。就商业据点的选择而言，荷兰人认为台湾岛不如澎湖列岛理想 6。
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于是，雷尔生开始在澎湖风柜尾筑城作为根据地（图2.4、2.5）。以荷兰人当时对澎湖地理位置的认识，却选择了海风非常强劲的风柜尾，这至今仍令人疑惑，因为风柜尾虽然地势可以扼守出入马公湾的船只，却不适合大船避风与货物装卸。可能荷兰人真正属意的还是到中国大陆沿海找寻通商据点，澎湖只是短暂停留之处；而且在商言商，荷兰人采取不卷入当地社会的立场，另一岸的妈祖庙附近为汉人居住、中国官员活动之处，因此据守风柜尾应是不得已而做出的选择（图2.6）。
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图2.4 荷兰人绘制的澎湖风柜尾图
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依据1623年所绘《澎湖港口图》及史料记载，荷兰城堡平面呈正方形，长、宽各约55米，城墙高约7米，其四角正对着东、南、西、北四个方位。城堡每一角上各有外凸的棱堡，其上共安置了29门大炮。（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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图2.5 风柜尾位置图
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图2.6 风柜尾
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左边凸出去的部分是荷兰人建造城堡的所在位置，正中小路靠海小石碑处是荷兰船靠岸、人员登陆之地。对岸即马公市中心。翁佳音教授认为荷兰人在澎湖选择筑城地点，与来台湾后选择地点建造热兰遮城（今安平古堡）有同样的思维模式。
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荷兰的城堡建筑得很“克难”，巴达维亚命令不要盖得太大，以免造成公司财务负担；而且巴达维亚对供应砖石、石灰等建材，态度非常消极，因此大部分建材都是就地取材，通过挖掘现场土石堆成，再用草皮黏固。虽然有些部分是敲凿山上的岩石而成，但整体结构仍相当脆弱；加上澎湖多风雨，城墙经常倒塌，不断填土、用木板固定，仍然无济于事。这座位于风柜尾的“红毛城”可以说相当简陋（图2.7）。
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图2.7 荷兰风柜尾城堡遗址
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台湾澎湖县政府为保存此遗址，陈报“内政部“于2001年11月21日公告为“国定古迹”，并由澎湖县政府与荷兰政府共同出资整修。此四座碑即分别为中、英、荷文的说明，前面那座则标出东、西、南、北的方位。
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澎湖除了渔产之外，没有生产制造日用品，荷兰人只好在厦门附近海岸寻找补给和贸易机会，甚至抢劫中国大陆的船只或登陆后打劫村庄。
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雷尔生到澎湖，毕竟不是来打家劫舍的，于是到福州见巡抚商周祚希望进行贸易，商周祚却要求荷兰人先离开澎湖，才能与中国大陆进行贸易；雷尔生表示没有权力决定撤离澎湖，更要求中国船只不可以到马尼拉与西班牙人贸易。最后双方约定，由中国派人到巴达维亚与荷兰东印度公司总督交涉，但是谈判还没开始，福建、澎湖已经开打了。
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新任福建巡抚南居益一上任就下令沿海实施戒严，要赶走荷兰人。此时，荷兰由法兰斯尊（Christian Franszoon）率领5艘船来到澎湖增援，并占领福建漳州河，不让中国帆船前往马尼拉，南居益设计将法兰斯尊的舰队引到厦门鼓浪屿，邀他上岸签订协议，半夜却以火船攻击荷兰船，杀死8个荷兰人，法兰斯尊等人被押到北京处死。
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接着南居益发动第二次进军，雷尔生仍不愿撤出澎湖；第三次进军时，便以火炮包围荷兰人。雷尔生只好请示巴达维亚要求撤出澎湖，并多次请辞，荷兰东印度公司于是派宋克（Martinus Sonck）前来接替，宋克到达澎湖时，明朝官兵很快从4 000人增加到1万人，船只由150艘增为200艘；荷兰官兵不到1 000人，其中有100多人是少年。宋克要求进行和平谈判，但是明军已准备兵分三路进攻荷军，眼看一场战争即将爆发，这时，关键性人物李旦神奇地出现了……
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李旦是当时最大的贸易走私业者，抵达澎湖后，先和荷兰人商定谈判条件，再与福建总兵俞咨皋谈判，他提出“荷兰人从澎湖列岛撤走，但福建当局应该允许荷兰人到台湾岛贸易”的意见。福建官员很快同意了这个方案，和荷兰签订《明荷议和》，内容是荷兰退出澎湖列岛后，可以占领台湾岛，明朝官方没有异议；荷兰人可以到中国大陆通商，中国大陆商船也可以到中国台湾、爪哇与荷兰人交易。
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这个戏剧性转折看似达成了荷兰人与明朝政府的正式协议，其实根本没有经过明朝政府的认可，而是福建地方官员为了尽快让荷兰人离开澎湖，找李旦说服荷兰人到台湾，因此有人将李旦称为“左右台湾命运的商业巨子”。
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为什么李旦一出面斡旋，整个局势就快速地改变？
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李旦是泉州人，洋名为Andrea Dittis，是住在日本平户的大海商，他在欧洲世界的知名度比在华人世界更高。西方人称李旦为“中国甲必丹”7，是船长、司令官或首领的意思，他也算是日本侨界的领袖。
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