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荷兰人占领台湾11年后，郑芝龙击败了最后一位海商刘香，整个大陆沿海的制海权完全落入他手中。郑芝龙同时帮荷兰人袭击前往马尼拉贸易的中国商船，打击在马尼拉的西班牙人，借此壮大自己的势力 3。
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荷兰人来台湾的目的就是做生意，有了中国大陆海商供货，荷兰人更积极扩展国际贸易网。荷兰人早于1609年即在日本平户建立商馆，但在占领中国台湾之后，荷兰和日本为了贸易利益问题，反而不时发生冲突，后来甚至发生“滨田弥兵卫事件”（图3.5、3.6），导致两国贸易关系中断长达5年。
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图3.5 滨田弥兵卫事件
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1626年至1628年，荷、日双方因生丝抽税问题而产生的经济、外交冲突事件。图中所描绘的情景是诺伊次坐于椅中，遭滨田弥兵卫及其手下挟持，门外荷兰士兵仓皇中搭救不及。（台湾“国立博物馆”提供）
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图3.6 古堡石碑
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此石碑上原刻“赠从五位滨田弥兵卫武勇之址”，是1941年在安平居住的日本人所立。台湾光复后，台南市当局将其前后碑文刮掉，于原碑上改刻“安平古堡”四字。
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事件开端发生在1626年，日本人滨田弥兵卫发现日本与中国大陆的生丝价差很大，他说服长崎大商人野藤次郎投资，直接向中国大陆购买生丝，再经由中国台湾转运到日本，想赚取暴利。滨田弥兵卫先带着现款到泉州买进两万斤生丝，接着来到台湾，打算向荷兰人雇用帆船到泉州取货，却被台湾长官韦特（Gerard F. de Witt）拒绝；荷兰人甚至要他付一成税金，双方因此起了冲突。荷兰东印度公司为了改善关系，来年召回韦特，并派遣接任的台湾长官诺伊次（Pieter Nuyts）到日本谈判，但没有成功4。
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诺伊次从日本回到中国台湾后，滨田弥兵卫带了400多人再次来到中国台湾，甚至载运大批武器弹药，这些武装被诺伊次没收，滨田和随员也被留置在中国台湾。
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滨田弥兵卫到诺伊次官邸请愿要回日本，诺伊次不准。争辩中，滨田弥兵卫等人突然一拥而上，挟持诺伊次，并挥刀恐吓荷兰士兵，之后双方经数次交涉才达成和议。这一事件让日本人觉得受到屈辱，于是在1628年关闭了荷兰在平户的商馆；等到5年后，荷兰人将原本监禁在巴达维亚的诺伊次送到平户，日本才宣布恢复贸易。
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1634年，荷兰重开在日本平户的商馆，次年德川幕府开始第三次锁国令5，禁止日本商人出国，随后又禁止信仰天主教的葡萄牙船驶往日本，只有信仰基督教的荷兰船与中国船可以到日本贸易。这时，荷兰人终于确立了在日本的贸易地位，同时在中南半岛、印度洋各地的贸易也大有进展，中国台湾于是成为荷兰国际贸易网络的重要据点。
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荷兰重新对日贸易后，需要更多中国货物。郑芝龙起初对荷兰人还算尊重，他被明朝任命为福州总督后，甚至取缔海商（盗），然后自己供应中国商品给在台湾的荷兰人6。
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1633年至1640年的七八年时间，台湾的荷兰人顺利地从中国大陆来的船只取得丝和各种商品，再卖到日本，其中，丝占了八成以上，甚至高达九成。这模式最符合荷兰东印度公司最初对台湾的计划——在接近中国大陆的地方，由海商供应中国产品以换取日本白银。
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但是好光景很快就变调了……
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先是在台湾的荷兰人资金调度赶不上贸易扩展的速度，时常要等巴达维亚当局或从日本商馆调度资金，因船期时间较长，资金出现了缺口。郑芝龙眼见荷兰人资金不够，1640年起直接和日本贸易7，他甚至将荷兰人在中国大陆高价订购的丝织品直接运到日本，而不经中国台湾转运，使荷兰人无法居中赚一手。如此一来，荷兰人最为重视的生丝贸易被切断了，却不敢正面和郑芝龙进行武力对决。
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1644年清兵入关，两年后，郑芝龙投降清朝，却被挟持到北京，荷兰人以为从此可以松口气。没想到，郑芝龙的儿子郑成功快速整合郑家势力，以金门和厦门为基地，控制着台湾海峡两岸贸易8，并活跃于东南亚海域（图3.7）。
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图3.7 郑成功时代的台湾船
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（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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丝绸贸易量急速萎缩，具有商业灵敏度的荷兰人很快找到黄金作为另一个转运商品。从郑芝龙和日本直接贸易那一年开始，长达22年时间，荷兰人将台湾作为金银的转运中心。
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寻找黄金本来就是欧洲人航行世界的一大梦想。17世纪的荷兰水手间流传着“金银岛”传说：有一艘驶向中国以东海洋的船，遭遇巨大的暴风雨，船只主桅断裂。风暴过后，他们看到远方有一座高大的岛屿，于是将船驶到岛上修理。在岛上，形貌姣好的岛民和善地接待这些船员，并协助他们修理船只。船员们意外地发现，岛上道路两旁随处可捡到黄金与白银，居民用的餐具也是以金银制成的。
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西班牙在南美洲殖民地获得许多黄金和白银，荷兰人来到亚洲之后，两度派船队寻找这个遍地黄金与白银的岛屿，都宣告失败。虽然没有找到金银岛，台湾岛却让荷兰人做了一场更大的黄金梦！
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当时中国以白银作为货币，以黄金制造饰品，因此黄金的相对价格比邻近国家低，四五两白银就能换到一两黄金；但在日本与大部分亚洲地区，经常要10两以上白银才能换到1两黄金，因此以日本白银到中国交换黄金十分有利可图。