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新港堂位于今台南市新市区台南科学园区内道爷路，近邻古台江内海堤塘港，为明郑时代之港西文书馆遗址，更是新港社大聚落及中寮、三甲、宅仔内、五间厝、太爷庄、道爷庄、木栅庄等部落所在地中心，历史渊源相当深厚。
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图5.4 会船点今貌
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新港堂紧临着古台江内海东岸之新港溪（今盐水溪）支流，是客商出入海域的重要港口，即是早期会船点所在位置。
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不久，荷兰东印度公司因兴建防御工事与商馆的经费过于庞大，第一任长官宋克向大员市镇的商人课征进出口“什一税”作为补贴 6，并决议向日本人征税。日本人拒绝交税，荷兰人因而没收了日本人的金钱与生丝，引发一连串的冲突，也就是著名的“滨田弥兵卫事件” 7。
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滨田弥兵卫为了报复荷兰人，安排邀集新港社的理加等人组成“高山国使节团”（日本称中国台湾为“高山国”），前往日本长崎，控诉荷兰人在中国台湾的暴行。理加向德川幕府表示要奉献台湾土地，让荷兰人失去对在台通商者课税的权力；德川将军虽然没有接受理加献地，但回赠银条、衣物与布匹等。
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理加到日本的举动，使得荷兰东印度公司派往日本谈判的第三任台湾长官诺伊次无功而返。诺伊次等到理加一行人返回台湾时，立刻加以逮捕监禁，直到日、荷双方和解才释放他们。荷兰人与新港社的关系，因而陷入谷底。
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虽然只有少数新港社人参与这次行动，但突显的事实是：荷兰无法妥善处理新港社与麻豆社之间的冲突，讲求实力的先住民认为日本是更有力的靠山。
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荷兰对台湾先住民的统治策略中，很重要的一环是“教化”。1625年，第一任长官宋克写信给巴达维亚当局，希望能派遣牧师来台湾传教。
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1627年6月，德国籍牧师康第纽斯来到台湾8，在新港社居住一年多后，提出报告指出，台湾先住民的学习能力比巴达维亚先住民强很多。台湾先住民没有文字，传统信仰没有被记载，对外来宗教的接受度较高。但不久之后，荷兰人与先住民发生冲突，无法大规模地传教；康第纽斯便投注心力以新港语翻译《圣经》的重要章节，并编写《新港语字典》，以罗马字母拼音的方式将新港语文字化，即是“新港文书”（图5.5），是先住民初次文字体验。
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图5.5 新港文书
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“新港文书”俗称“番仔书”，指台南平埔族民间房地产之类的私人文书。以基督教传教教材、平埔族与汉人间处理土地问题的地契为大宗，通常是汉语、西拉雅语双语对照。这批文书是1871年由美国驻厦门台湾领事李仙得（C. W. Le Gendre）在新港发现的，将其命名为“新港文书”的是日本学者村上直次郎，他是台北帝国大学文政学部史学科“南洋史学”讲座的首任教授。（秋惠文库提供）
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三年后，又有一位祐纽斯牧师（图5.6）来到台湾，待了14年（直至1643年），是停留最久的传教士。祐纽斯曾与康第纽斯共同提案，希望派送数名新港社少年到荷兰留学，培养成为传教士之后，再回到台湾服务，但被巴达维亚当局以花费过高为由否决，却更加强了祐纽斯培养先住民教士的决心。
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图5.6 祐纽斯牧师
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（台湾“国立历史博物馆”提供）
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除了怀柔的教化，武吓也不能少。诺伊次为展现荷兰东印度公司统治实力，决定处理麻豆社，因为常有“非法”来台交易的汉人海盗或倭寇，以及走私的汉人海商，躲藏在这个西拉雅最大的部落中9。
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1629年7月底，诺伊次得到情报，海盗三脚大爷（Sachataija）在麻豆社一带出没，遂派遣60多名士兵前往搜捕，麻豆社人推说三脚大爷和部属已逃走了，荷兰士兵于是折返。途中必须经过一条溪流，麻豆社人主动表示要替荷兰人背枪、背人过河；荷兰士兵不疑有诈，走至河中央时，岸边埋伏的麻豆社人一举冲出，士兵全数被歼灭，只有汉人通事侥幸逃过一劫，史上称为“麻豆社事件”，使得荷兰人的威信受到挑战，麻豆社在先住民眼里，一跃成为“霸主”；而与麻豆社是世仇的新港社，则不断受到麻豆社与目加溜湾社的侵扰。
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第四任长官普特曼斯（Hans Putmans）上任后，恢复了与新港社的关系，并向巴达维亚请求增派援军，展开对麻豆社与目加溜湾社的惩罚性讨伐行动，调派了230名武装兵力袭击目加溜湾社，纵火迫使麻豆社、目加溜湾社的代表到大员商谈，而后签订停火协议，为荷兰人挣回了一些声望。
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即使如此，麻豆社依然是地方势力最强大的村社，其中有位气焰高涨的人物，名为直加弄（Taccaran）。1633年，他计划搭船前往日本，以争取日本人共同对抗荷兰人，并率领部众在魍港（今八掌溪口）一带骚扰受荷方保护从事渔业和贸易的汉人。
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普特曼斯除了派康第纽斯牧师前往麻豆社送礼外，并邀请直加弄共同率军征讨今屏东沿岸、小琉球岛的先住民10。征讨军启航时，却只有萧垄社和新港社加入，直加弄和麻豆社人不但没有参加，甚至扬言要攻击萧垄社和新港社。
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直加弄的气势更强盛──宣称荷兰人对他敬畏三分，并威胁要烧毁新港社、杀害居住其中的荷兰人；荷兰官员更发现萧垄社人与麻豆社人早就结盟了。
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