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普特曼斯决定进行延宕多年的麻豆社征讨计划，1635年11月底，他带着500人，从热兰遮城渡过台江内海登陆，与祐纽斯牧师所带领的新港社人会合，进攻麻豆社。
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麻豆社人事先获得情报，多数人逃往他处避难；没有逃离的人（包括首领直加弄）都死在新港社人刀下，荷兰军队焚毁住屋后，当天凯旋而归。
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战后麻豆社人托人出面求和；接着，四名麻豆社人来到新港社，由祐纽斯牧师陪同前往大员，获得普特曼斯接见后，带回缔和草约商讨。
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12月初，更多麻豆社人来到新港社，奉上种在土里的小槟榔树和小椰子树，代表要将土地权利让与荷兰人；完成献地归顺仪式及确认和约内容后，荷兰官员要求麻豆社派出8位长老，由他们选择半数人担任头目。
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12月中旬到热兰遮城正式签订《麻豆协约》11，荷兰人任命四个人担任头目，负责处理麻豆社与荷兰东印度公司之间的交涉事务。他们承诺服从后，被授予荷兰奥兰治亲王（Prince of Orange）的三色旗、黑丝绒礼袍、镶了银杖头的藤杖，杖头标示着公司纹章，作为权威的象征，完成了麻豆社降服仪式（图5.7）。
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图5.7 拿藤杖的西拉雅族人
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（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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《麻豆协约》签订后，陆续有萧垄等村社以此协约为蓝本，主动表示归顺，将主权让渡给荷兰联邦议会管辖，荷兰人与台湾西部各村社的关系才算初步稳定下来。
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按西拉雅族传统，村社原本没有产生领导者的制度，却有议会组织（Takasach），由全村40至42岁的男性（属长者）中推举出来组成；能言善道、得人望或展现实力者就能成为对外交涉的代表人物。但议会每年重组，没有太多行政职权，大事要经过村社大会公开讨论。此外，西拉雅社会的女性地位优于男性，通过姨（图5.8）占卜与预言，更是村社一切行事的准则。
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图5.8 姨杀猪
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“姨”即村社女巫，具有很高的地位。据说有能力通鬼神，预知吉凶，专主各种祭典、占卜，乃至治病或施咒；举凡建屋、狩猎、播种、收割及纷争无法议定之事，皆得由姨占卜，再做决定。另有一种姨专以巫术施咒害人，被称为“鬼婆”。归降荷兰的村社的姨于1641年被放逐到今嘉义一带，总数有250人，从此不再有任何影响力。（台湾“中央研究院”台湾史研究所翁佳音教授提供）
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普特曼斯接受祐纽斯牧师建议，1636年2月在新港社举行各村社代表“归顺集会”，共28个代表参加，让服从荷兰主权的村社取得更正式的地位，并使先前相互攻击的村社联合起来。
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仪式先是呼吁各村社要友好和平，不许族群“私斗”，只能参与“公战”；接着说明荷兰东印度公司属民的义务，并在每个村社代表里任命二到三人为头目，授予签订《麻豆协约》时的三色旗、黑丝绒礼袍、藤杖，通过一连串繁复又隆重的归降仪式，展示公司至上的威权，最重要的是对村社领导人（头目）的任命权。
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这次集会开启了地方会议的前奏，也是先住民首次在外力引导下大会合。祐纽斯牧师说：“由外界统治者任命的头目握有管理权，他们会成为殖民地不可或缺的中介角色。”
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集会中，新港社理加也成了荷兰人任命的新港社头目。理加的态度转变，主要是因麻豆社势力扩张，他体会到若不是荷兰人介入，新港社结局将大不相同，同时在共同出兵征讨各村社的过程中，他见识到荷兰人的战斗实力，以及无往不利的好处，因而拉近了彼此间的关系。
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理加成了荷兰人扩张殖民地的得力助手，选择结盟巩固了他在族人中的地位，也影响了村社势力的消长。
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同一时间，荷兰以武力控制了诸罗山（今嘉义）到放索（今屏东林边）的区域。祐纽斯牧师5月在新港社开设第一所学校，男女学生兼收，授课内容主要是学习基础课程和基督教教义，教授罗马字母，锻炼读写能力。
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1640年，第六任台湾长官保罗士（Paulus Traudenius）上任，来年又在新港社召开一次集会，确认服从新任长官，赠送礼袍、三色旗和藤杖。会议中，各村社代表立约和平相处，“若有争执由长官仲裁”，象征荷兰人对各村社拥有司法权。
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接着，荷兰人征服了最大的鹿场虎尾垄，双方签订《虎尾垄条约》（1642年2月），虎尾垄人两年后派代表出席地方会议。条约签订后，只允许领有捕鹿执照的汉人进入鹿场，荷兰人于是得以控制台湾的捕鹿经济活动，同时打通了前往台湾中部的通路，对之后进入淡水、鸡笼，甚至自北部攻伐大肚王12所管辖的中部地区村社，都获得了具有战略意义的进展。
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1643年，第七任台湾长官麦尔（Maximiliaen Le Maire）上任，来年3月于赤举行第一届“地方会议”（图5.9）。参加人数约300到400人，有125个荷兰人，其他全是先住民。
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图5.9 地方会议实况